• 제목/요약/키워드: Web Databases

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KUGI: A Database and Search System for Korean Unigene and Pathway Information

  • Yang, Jin-Ok;Hahn, Yoon-Soo;Kim, Nam-Soon;Yu, Ung-Sik;Woo, Hyun-Goo;Chu, In-Sun;Kim, Yong-Sung;Yoo, Hyang-Sook;Kim, Sang-Soo
    • 한국생물정보학회:학술대회논문집
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    • 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
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    • pp.407-411
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    • 2005
  • KUGI (Korean UniGene Information) database contains the annotation information of the cDNA sequences obtained from the disease samples prevalent in Korean. A total of about 157,000 5'-EST high throughput sequences collected from cDNA libraries of stomach, liver, and some cancer tissues or established cell lines from Korean patients were clustered to about 35,000 contigs. From each cluster a representative clone having the longest high quality sequence or the start codon was selected. We stored the sequences of the representative clones and the clustered contigs in the KUGI database together with their information analyzed by running Blast against RefSeq, human mRNA, and UniGene databases from NCBI. We provide a web-based search engine fur the KUGI database using two types of user interfaces: attribute-based search and similarity search of the sequences. For attribute-based search, we use DBMS technology while we use BLAST that supports various similarity search options. The search system allows not only multiple queries, but also various query types. The results are as follows: 1) information of clones and libraries, 2) accession keys, location on genome, gene ontology, and pathways to public databases, 3) links to external programs, and 4) sequence information of contig and 5'-end of clones. We believe that the KUGI database and search system may provide very useful information that can be used in the study for elucidating the causes of the disease that are prevalent in Korean.

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An intelligent system for automatic data extraction in E-Commerce Applications

  • Cardenosa, Jesus;Iraola, Luis;Tovar, Edmundo
    • 한국지능정보시스템학회:학술대회논문집
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    • 한국지능정보시스템학회 2001년도 The Pacific Aisan Confrence On Intelligent Systems 2001
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    • pp.202-208
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    • 2001
  • One of the most frequent uses of Internet is data gathering. Data can be about many themes but perhaps one of the most demanded fields is the tourist information. Normally, databases that support these systems are maintained manually. However, there is other approach, that is, to extract data automatically, for instance, from textual public information existing in the Web. This approach consists of extracting data from textual sources(public or not) and to serve them totally or partially to the user in the form that he/she wants. The obtained data can maintain automatically databases that support different systems as WAP mobile telephones, or commercial systems accessed by Natural Language Interfaces and others. This process has three main actors. The first is the information itself that is present in a particular context. The second is the information supplier (extracting data from the existing information) and the third is the user or information searcher. This added value chain reuse and give value to existing data even in the case that these data were not tough for the last use by the use of the described technology. The main advantage of this approach is that it makes independent the information source from the information user. This means that the original information belongs to a particular context, not necessarily the context of the user. This paper will describe the application based on this approach developed by the authors in the FLEX EXPRIT IV n$^{\circ}$EP29158 in the Work-package "Knowledge Extraction & Data mining"where the information captured from digital newspapers is extracted and reused in tourist information context.

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Prevalence of underweight and wasting in Iranian children aged below 5 years: a systematic review and meta-analysis

  • Moradi, Yousef;Shadmani, Fatemeh Khosravi;Mansori, Kamyar;Hanis, Shiva Mansouri;Khateri, Rozhin;Mirzaei, Hossein
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제61권8호
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    • pp.231-238
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    • 2018
  • Purpose: Wasting and underweight are the 2 main indicators of children's undernutrition. We aimed to estimate the prevalence of undernutrition at the national level in Iran. Methods: We performed a search for original articles published in international and Iranian databases including MEDLINE, Web of Science, Google Scholar, Scopus, CINHAL (Cumulative Index to Nursing and Allied Health Literature), Scientific Information Database, Irandoc, Iranmedex, and Magiran during January 1989-August 2017. Seven keywords, in English and Persian, including malnutrition, protein energy malnutrition, growth disorders, underweight wasting, weight loss, children below 5 years old, and children, were used to search the databases. Results: Finally, 17 articles were included in the meta-analysis, based on which the prevalence of underweight and wasting in Iranian children were estimated to be 11% and 5%, respectively. The prevalence rates of underweight among children in the central, western, southern, and northern parts of Iran and at the national level were 24%, 5%, 20%, 17%, and 6%, respectively. The prevalence rates of wasting in the central, western, southern, and northern parts of Iran and at the national level were 9%, 4%, 11%, 5%, and 4%, respectively. Conclusion: Although the prevalence of underweight and wasting in Iran was low, some parts of the country showed high prevalence. The main reason behind this difference in the prevalence of malnutrition may be due to the level of development in different regions.

The Correlation between E-Selectin S128R Gene Polymorphism and Ischemic Stroke in Chinese Population : A Meta-Analysis

  • Yang, Xitong;Ma, Rong;Zhang, Yuanyuan;Wang, Guangming
    • Journal of Korean Neurosurgical Society
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    • 제63권5호
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    • pp.550-558
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    • 2020
  • To perform a systematic review of the data collected from case-control studies conducted earlier to investigate the correlation between E-selectin S128R polymorphism and ischemic stroke (IS) risk among the Chinese population. The PubMed, Web of Science, Chinese biomedical literature database (CBM), Chinese databases China National Knowledge Infrastructure (CNKI), WanfangData knowledge service platform (Wanfang Data), and information resource integration service platform (VIP) Databases were searched to retrieve case-control studies on the correlation between E-selectin gene S128R polymorphism and IS from the inception of the database till June 2019. The literature was screened, data were extracted, the risk of bias was reviewed, and the studies included were assessed independently by two reviewers. Stata ver. 12.0 software (Stata Corp LLC, College Station, TX, USA) was used to perform the meta-analysis. A total of 2907 cases from eight case-control studies involving 1478 IS patients and 1429 controls were included in this study. The R allele and RS genotype in E-selectin were found to be associated with the risk of IS as per the results of the meta-analysis (R vs. S : odds ratio [OR], 2.75; 95% confidence interval [CI], 2.15-3.51; p<0.00001; RS vs. SS : OR, 2.50; 95% CI, 1.95-3.19; p<0.00001; RR+RS vs. SS : OR, 2.85, 95% CI, 2.21-3.67; p<0.00001). The E-selectin gene S128R polymorphism is likely related to IS based on the results of a meta-analysis in the Chinese population, and the R allele and RS genotype of E-selectin may be IS risk factors.

객체지향 데이터베이스의 다중계승을 위한 동시성 제어 기법 개발 (Development of a Concurrency Control Technique for Multiple Inheritance in Object-Oriented Databases)

  • 전우천;홍석기
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제15권1호
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    • pp.63-71
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    • 2014
  • 인공지능과 웹 데이터베이스와 같은 분야에서는 기존의 관계 데이터 모형보다 더 고급 모델링 기능을 필요로 한다. 이러한 분야에서 객체지향데이터베이스는 객체를 모아 클래스를 제공하고 또한 클래스 사이에서 상위클래스는 하위 클래스에게 물려주는 계층구조를 제공하기 때문에 더 좋은 데이터 모형이 될 수 있다. 본 논문의 목적은 객체지향데이터베이스에서 다중 계승을 위한 동시성 제어 기법을 개발하는 것이다. 본 논문에서 제안하는 MIIL(Multiple Inheritance Implicit Locking) 기법은 기존의 Implicit 로킹(Locking) 기법에 기반을 두었다. MIIL 기법은 기존의Implicit 로킹에서 불필요한 로킹을 제거하였다. 또한 본 논문에서 제안하는 MIIL 기법에서의 Intention 로킹은 기존의 Implicit 로킹기법과 동일하게 작동한다. 본 논문에서 제안한 MIIL 기법은 기존의 Implicit 로킹 기법보다 로킹 오버헤드가 적음을 증명하였다. 또한, 본 논문에서는 단일 계승과 다중 계승 등 계승구조만을 이용함으로써 로킹 오버헤드를 줄이기 위한 추가적인 비용을 필요로 하지 않는다.

이질의 생물 정보원 통합을 위한 랩퍼 시스템에서의 XML 질의 처리 시스템 (An XML Query System in a Wrapper System for Integrating Heterogeneous Biological Databases)

  • 박은경;강동완;정채영;김현주;배종민
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제12D권4호
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    • pp.553-568
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    • 2005
  • 분산된 생물 정보원을 물리적으로 혹은 가상적으로 통합하기 위해서는 정보원들의 이질성을 해결해야 하며, 사용자의 다양한 요구를 수용할 수 있도록 범용성과 적응력이 뛰어나야 한다 본 논문에서는 데이터는 물론 응용 프로그램의 통합을 위한 미들웨어를 설계함에 있어서 랩퍼 시스템에서의 융통성 있는 범용 XML 질의 처리 엔진을 제시한다. 제시된 질의 처리 엔진은 사용자 정의 XML 뷰를 지원함으로서 융통성 있는 통합 질의 구성을 가능하게 한다. 질의 처리 과정은 뷰 합성, 지역 정보원에 대한 질의 변환, 그리고 결과 문서 생성과정을 동반하는데, 이를 위해 XML 뷰와 XML 질의어를 뷰 트리로 표현하는 XML 뷰 트리 기반의 질의 처리 모델을 제시한다. 그리고 제시된 질의 처리 모델의 범용성을 확인하기 위해 관계형 데이터베이스와 웹 정보원, 그리고 응용 프로그램에 대하여 정보원의 질의 결과 형이 관계형 튜플과 XML 문서인 경우에 대한 질의 처리 방법을 제시한다.

해외전자학술자료 확충 전략에 관한 연구 (Strategies for Expanding Foreign Electronic Scholarly Information Resources)

  • 심원식
    • 한국문헌정보학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.293-311
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    • 2009
  • 본 연구에서는 국내 대학도서관의 전자자료 확충을 위해 비교 분석을 실시하였다. 먼저 전자자료 구입비를 기준으로 한국의 대학도서관과 미국의 대학도서관을 비교하였다. 또한 국내 상위 대학도서관 세 곳과 해외 비교 대학 도서관(미국 6, 캐나다 1, 호주 1, 그리고 중국 1개 기관)의 전자자료 확보 수준을 구체적으로 비교하였다. 우리나라 상위 대학 도서관은 해외 경쟁 대학 도서관과 비교해 주요 전자학술지의 구독 수준에서는 더 우위에 있으나 다양한 참고정보원 웹DB 구독 면에서는 매우 저조한 수준으로 조사되었다. 전체적으로 국내 도서관은 전자학술지 패키지 위주의 구매를 한 반면 해외 비교 대학도서관은 세부 주제 분야의 웹DB를 다수 구독하고 있다. 향후 국가라이선싱 프로그램의 확대를 통해 국내 대학 도서관의 전자학술자원을 확충하는 구체적인 방안을 제시하고 있다.

한방 변증 이론에 근거하여 사용된 체외충격파 연구에 대한 문헌 고찰 (A Literature Review on the Use of Extracorporeal Shock Wave with Syndrome Differentiation Theory)

  • 이상현;김현태;박선영;허인;황만석;신병철;황의형
    • 한방재활의학과학회지
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    • 제30권2호
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    • pp.95-103
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    • 2020
  • Objectives This report aimed to review literatures using extracorporeal shock wave with syndrome differentiation theory. Methods By March 3, 2020, five foreign electronic databases (PubMed, Web of Science, Cochrane Library, EMBASE, CAJ) and six Korean medical electronic databases (KMBASE, KISTI, KISS, NDSL, DBpia, RISS) were reviewed with the key word 'extracorporeal shock wave' and 'syndrome differentiation'. We did not impose restrictions on age, gender, treatment methods, duration, results and the design of the paper. Results Twelve papers met the inclusion criteria. Seven papers used extracorporeal shock wave lithotripsy with syndrome differentiation theory and six out of seven papers treated urologic stones using extracorporeal shock wave lithotripsy. The other five papers used extracorporeal shock wave therapy with syndrome differentiation theory and four of them treated musculoskeletal disorders. However, the data of the characteristics of extracorporeal shock wave was insufficient. Conclusions After thorough review, it is considered to be meaningful to treat urologic stones and musculoskeletal disorders using extercorporeal shock wave with syndrome differentiation theory. However, some of the literatures were limited in their feasibility and reliability in terms of research design. In addition, the data regarding the strength of the extracorporeal shock wave applied on each acupoints was insufficient. Therefore, further study on the use of extracorporeal shock wave on acupoints should be conducted.

관계형 데이터베이스 뷰 정의로부터 온톨로지 클래스와 계층 관계 생성 기법 (Generating Ontology Classes and Hierarchical Relationships from Relational Database View Definitions)

  • 양준석;김기성;김형주
    • 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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    • 제37권6호
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    • pp.333-342
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    • 2010
  • 온톨로지는 시맨틱 웹을 구현하기 위해 중요한 역할을 하지만 이를 구축하는 작업은 많은 시간을 필요로 한다. 그러므로 기존 웹의 데이터 중 많은 양을 차지하고 있는 관계형 데이터베이스로부터 온톨로지를 자동으로 생성하는 연구들이 진행되고 있다. 기존의 연구들은 데이터베이스 스키마와 저장된 데이터 분석을 통한 온톨로지 생성에 대한 연구들이 주를 이룬다. 이러한 연구들은 데이터베이스 스키마 중 테이블과 제약조건만을 분석하여 온톨로지 스키마를 생성하며, 뷰 정의를 고려하지 않는다. 그러나 뷰는 데이터베이스 설계자가 데이터베이스를 사용하는 도메인을 고려하여 정의하므로, 뷰 정의를 고려할 경우 추가적인 클래스와 상하위 관계를 생성할 수 있다. 그리고 이렇게 생성된 클래스는 온툴로지에 대한 질의 처리와 통합에 유용하게 사용될 수 있다. 본 논문에서는 기존의 방법들을 분석하여 클래스와 상하위 관계 생성을 정형화하였으며, 뷰 정의를 분석하여 기존의 방법을 통해 생성된 온톨로지에 추가적인 클래스와 상하위 관계를 생성하는 방법을 제안한다. 또한 제안하는 방법을 이용해 예제 데이터베이스 스키마로부터 생성된 온톨로지의 결과 분석을 수행하고, 이를 통해 뷰 정의로부터 의미 있는 클래스와 상하위 관계가 추가적으로 생성되었음을 보인다.

방사선 의료영상 검색 시스템에 관한 연구 (A Study on Radiological Image Retrieval System)

  • 박병래;신용원
    • 대한방사선기술학회지:방사선기술과학
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    • 제28권1호
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    • pp.19-24
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    • 2005
  • 방사선사를 위한 교육 및 영상 정보에 대한 정확한 판단에 유용한 주석-기반 방사선 의료영상 검색 시스템을 설계 및 구현하고, 방사선 의료영상에 대한 단순 속성정보, 부가적인 정보인 텍스트 설명정보로부터 추출한 중요 키워드에 대한 효율적인 검색을 위해 $B^+$-트리와 역화일 기법을 이용한 색인기법을 제안하고자 한다. 윈도우즈 XP에서 Delphi를 이용하여 구현하였으며, 방사선사는 방사선 의료영상에 대한 속성 정보, 부가적인 설명정보, 이미지 정보를 저장하도록 하고, 구축된 영상 데이터베이스로부터 속성정보와 텍스트 키워드 정보를 이용하여 검색 가능하도록 하였다. 임상방사선사가 단순속성정보 및 텍스트 설명정보를 찾아냄으로써 임상현장에서의 체계적인 교육뿐 만 아니라 지식을 구조화함으로써 교육시간의 단축과 방사선 의료영상에 대해 정확한 판단을 내릴 수 있다. 구현되어진 방사선 의료영상검색 시스템은 차후에 일반촬영, 특수조영영상을 포함한 통합화상시스템으로의 확장이 요구되며, 아울러 웹을 통한 서비스를 구축함으로써 의사결정시스템으로 발전 할 수 있는 기반기술로 기대된다.

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