• 대한의생명과학회지
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• 제29권2호
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• pp.81-87
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• 2023

Pan-Enterovirus (Pan-EV) infects millions of children and infants worldwide every year. As severe infections have recently been reported, the need for monitoring has consequently intensified. Pan-EV is a categorical name for waterborne enteroviruses belonging to the Picornaviridae family, and includes a wide range of pathogens including Coxsackievirus (CoxV), Echovirus (EcoV) and Enterovirus (EV). In this study, we proposed an optimal RT-nested PCR method for diagnosis of various types of Pan-EV in an aquatic environment and developed a positive control. Considering detection sensitivity, specific reaction, and final identification, one condition capable of amplifying 478 bp among the four candidates in the 1^st round PCR (RT-PCR) and one condition in the 2^nd round PCR (nested PCR) were selected. Through the detection of nucleic acids extracted from 123 groundwater samples and the detection sensitivity test based on artificial spiking in the sample, the methods are optimal for non-disinfected water samples such as groundwater. We developed a positive control for Pan-EV detection that can be amplified to different sizes under the two conditions. Accuracy could be further improved by testing for contamination from the control group. The method proposed in this study and the positive control developed are expected to be used in monitoring Pan-EV in aquatic environments including groundwater through future research using more samples.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제56권5호
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• pp.419-427
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• 2018

This study aimed to develop a new multiplex real-time PCR detection method for 3 species of waterborne protozoan parasites (Cryptosporidium parvum, Giardia lamblia, and Cyclospora cayetanensis) identified as major causes of traveler's diarrhea. Three target genes were specifically and simultaneously detected by the TaqMan probe method for multiple parasitic infection cases, including Cryptosporidium oocyst wall protein for C. parvum, glutamate dehydrogenase for G. lamblia, and internal transcribed spacer 1 for C. cayetanensis. Gene product 21 for bacteriophage T4 was used as an internal control DNA target for monitoring human stool DNA amplification. TaqMan probes were prepared using 4 fluorescent dyes, $FAM^{TM}$, $HEX^{TM}$, $Cy5^{TM}$, and CAL Fluor $Red^{(R)}$ 610 on C. parvum, G. lamblia, C. cayetanensis, and bacteriophage T4, respectively. We developed a novel primer-probe set for each parasite, a primer-probe cocktail (a mixture of primers and probes for the parasites and the internal control) for multiplex real-time PCR analysis, and a protocol for this detection method. Multiplex real-time PCR with the primer-probe cocktail successfully and specifically detected the target genes of C. parvum, G. lamblia, and C. cayetanensis in the mixed spiked human stool sample. The limit of detection for our assay was $2{\times}10$ copies for C. parvum and for C. cayetanensis, while it was $2{\times}10^3$ copies for G. lamblia. We propose that the multiplex real-time PCR detection method developed here is a useful method for simultaneously diagnosing the most common causative protozoa in traveler's diarrhea.

• 대한환경공학회지
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• 제29권8호
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• pp.904-908
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• 2007

병원성 원생동물인 지아디아 람블리아는 수인성 질병을 야기하는 주요 원인이 되고 있다. 본 연구는 PCR 및 RT-PCR 기법을 적용하여 한강본류 하천수 시료에서 사람감염성 종인 지아디아 람블리아를 동정하고, 활성 여부를 판별하여 현 표준시험방법을 보완하고자 하였다. PCR과 RT-PCR에는 지아디아의 복부 흡반 구성 유전자를 증폭하는 giardin primer를 사용하였으며, DNA/RNA 추출 및 PCR/RT-PCR 과정에서의 민감도 검사를 수행한 결과, 1포낭까지 검출가능한 것으로 나타났다. 또한 한강본류 및 유입지천 시료 48점에 적용하여 면역형광항체법과 PCR 및 RT-PCR 방법을 비교하였다. 면역형광항체법을 이용한 현미경관찰 결과 48개 시료의 지아디아 총포낭수의 평균 농도는 6.3 cysts/10 L이었고 양성율은 62.5%였으며, 속빈 포낭을 제외한 지아디아의 평균 농도는 4.5 cysts/10 L이었고 양성율은 52.1%였다. PCR 수행결과 48개 시료 중 24개(50%)의 시료에서 지아디아 람볼리아가 검출되었으며, RT-PCR 수행결과 10개(21%) 시료가 살아있는 G. lamblia를 포함한 것으로 나타났다. 본 연구를 통해 PCR/RT-PCR 기법이 지아디아 포낭을 저농도로 포함하고 있는 하천수 시료에 적용가능하며 원생동물 표준시험방법을 보완하여 종(species) 및 활성에 대한 정보를 제공할 수 있을 것으로 결과되었다.

• 환경생물
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• 제21권1호
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• pp.36-41
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• 2003

연안지역의 환경오염 및 양식용수의 이용과정에 파생될 수 있는 구리의 오염에 따른 넙치의 생존, 대사율, 사료효율 및 성장율에 미치는 구리의 영향을 검토하였다. 4개의 아치사구리 농도(50, 80, 180, 320 $\mu\textrm{g}$ L$^{-1}$)에서 6주동안 실험하였다. 실험기간 동안 넙치는 대조구에서는 실험종료시 까지 사망개체가 전혀 나타나지 않아 100%의 생존율을 나타내었다. 구리 노출농도 180 $\mu\textrm{g}$ L$^{-1}$에서는 노출 4주부터 감소하기 시작하였으며, 노출기간이 길어짐에 따라 지속적으로 감소하여 노출 6주에는 84.0%까지 감소하였다. 또한 구리 노출농도 320 $\mu\textrm{g}$L$^{-1}$에서 노출 2주부터 감소하여 노출 6주에 82.0%로 높은 두 개의 농도구에서 유의한 감소가 나타났다. 산소 소비량은 노출농도 180, 320 $\mu\textrm{g}$ L$^{-1}$에서 대조구보다 각각 27.0, 42.0%가 저하하여 유의한 감소를 나타냈다. 사료효율은 대조구가 43.6%로서 가장 높은 효율을 나타냈고, 노출농도가 320 $\mu\textrm{g}$ L$^{-1}$에서는 30.0%로서 가장 낮은 성장 상태를 보였으며, 노출농도 80 $\mu\textrm{g}$ L$^{-1}$이상에서는 대조구에 비해 유의한 감소를 나타냈다. 성장율은 대조구에서 평균 16.8%로 나타나 가장 높은 성장을 보였으며, 노출농도 320 $\mu\textrm{g}$ L$^{-1}$에서는 5.4%로서 가장 낮은 성장을 보였다. 성장률의 전체적인 양상은 노출농도가 증가할수록 성장이 떨어지는 결과를 보였으며, 사료효율과 마찬가지로 노출농도 80 $\mu\textrm{g}$ L$^{-1}$ 이상에서 유의한 감소를 나타냈다.

• Journal of Radiation Protection and Research
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• 제9권2호
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• pp.90-96
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• 1984

장주기핵연료(長週期核燃料) 노심기법(爐心技法)에 의한 사용후핵연료(使用後核燃料)가 기존(旣存) 사용후핵연료저장시설(使用後核燃料貯藏施設)의 설계변경(設計變更)없이 동(同) 시설(施設)에 수용(受容) 가능(可能)한지를 결정(決定)하기 위하여 저장시설(貯藏施設)에서의 예상(豫想) 방사선피폭선량률(放射線被曝線量率) DLC-23/CASK (22n, 18g) 단면적(斷面積)자료(資料)와 ANISN-W 전산(電算)코드로 계산(計算)하여 설계기준치(設計基準値)와 비교(比較) 검토(檢討)하였다. 사용후핵연료내(使用後核燃料內)의 방사능량(放射能量) 및 감마선스펙트럼은 핵연료교체(核燃料交替)모델에 따라 ORIGEN 전산(電算)코드로 계산(計算)하였다. 방사선량률(放射線量率)의 계산(計算)에 있어서 저장조(貯藏槽)의 기하학적(幾何學的) 모델은 무한평판모형(無限平板模型)이며 저장(貯藏)된 사용후핵연료(使用後核燃料)의 구성물질(構成物質)과 방사선원(放射線源)은 핵연료집합체내(核燃料集合體內)에 균일(均一)하게 분포(分布)되었다고 가정(假定)하였다. 사용후핵연료저장조(使用後核燃料貯藏槽)에 저장(貯藏)된 핵연료집합체(核燃料集合體) 및 저장용수중(貯藏用水中) 방사성핵종(放射性核種)에 의한 방사선량률(放射線量率)의 계산(計算) 결과(結果)는 정상(正常) 및 사고수면시(事故水面時) 계산(計算)된 방사선량률(放射線量率)이 설계기준치(設計基準値)를 만족(滿足)시켜주는 것으로 나타났다.

• 환경생물
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• 제38권1호
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• pp.93-100
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• 2020

본 실험에서 아질산 급성노출은 대왕범바리의 혈액학적 성상 및 혈장성분에 유의적 변화를 나타내었다. 혈액학적 성상인 Hct와 Hb는 아질산 노출에 의한 유의적 감소를 확인하였다. 혈장 성분인 glucose, cholesterol, GPT 및 ALP는 아질산 노출에 의해 유의적으로 변화를 나타냄을 확인하였다. 본 실험의 결과 아질산 노출 100mg L^-1 이상의 농도는 대왕범바리의 혈액 성상 및 혈장 성분의 유의적 영향을 미치며, 800 mg L^-1의 아질산 급성 노출은 대량 폐사를 유발할 수 있으나, 기존 국내 양식 대상종인 Olive flounder, P. Olivaceus는 171.043 mg L^-1 (Kim et al. 2018), Yellow tail, Seriola quinqueradiata는 147 mg L^-1 (Sugiyama et al. 1991)에 비해 상대적으로 높은 값을 보여 아질산 내성이 상대적으로 강함을 확인할 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제16권5호
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• pp.729-733
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• 2006

크립토스포리디움의 활성 및 감염성 판정을 위해 Direct RT-PCR, 세포배양 후 RT-PCR 및 면역형광염색법을 비교한 결과는 다음과 같다. 1) 크립토스포리디움의 HSP70 gene에 대해 direct RT-PCR한 결과, 민감도가 매우 높아 저농도로 존재하는 환경시료에서의 크립토스포리디움 활성을 모니터링하는데 장점이 있을 것으로 보이나, 감염성의 판정은 알 수 없으며, 정량화가 안되는 단점이 있었다. 2) ${\beta}-tubulin$ gene에 대해 RT-nested PCR을 한 결과 크립 토스포리디움의 난포낭이 $1{\times}10^4$ 세포수정도 되어야 검출이 되는 것으로 나타나 HSP70 gene에 대한 RT-PCR결과와 비교할 때 10,000배 이상 민감도가 떨어지는 것으로 나타났다. 3) 세포배양 후 RT-PCR 또는 면역형광염색법을 이용할 경우에는 민감도가 direct RT-PCR보다 다소 떨어지는 단점이 있었으나 크립토스포리디움의 오염원이나 오염이 심한 지역의 감염성 조사에 적합할 것으로 나타났으나, 정량화가 필요한 경우에는 세포배양 후 면역형광염색법이 효과적일 것으로 나타났다.

• 생명과학회지
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• 제20권7호
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• pp.1073-1077
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• 2010

병원성과 독성을 포함하는 곰팡이속은 사람의 건강에 직접적인 영향을 끼치며, 수계에 분포할 경우 수처리 공정에서 소독과정을 방해할 뿐만 아니라 잔류염소의 유지를 어렵게 하여 여러 가지 맛과 냄새문제를 야기 시키는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 부산시 상수원으로 사용하고 있는 물금, 매리 지점을 대상으로 수계에 존재하는 곰팡이속에 대한 분포실태를 2009년 3월부터 10월까지 조사하였다. 곰팡이속은 4월에 최소, 9월에 최대 농도를 보이는 특성을 보였으며, 검출농도는 5~64 CFU/100 ml 범위로 분포하였다. 그리고 곰팡이 농도는 여러 가지 수질인자 가운데 수소이온농도, 수온 및 총대장균군과 상관관계를 보였으며 지점별로는 물금 지점이 매리 지점보다 개체수가 높게 나타났다. 검출되어진 곰팡이속을 대상으로 종 동정을 실시한 결과 Aspergillus fumigus, Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Mucor pusillus, Penicillum notatum 등 9종이 분리되었으며, 이중 Aspergillus flavus, Penicillum notatum이 우점종으로 조사되었다. 그리고 지점별로는 물금에서 6종, 매리에서 9종이 검출되어 매리 지점이 물금 지점보다 종 수는 많은 것으로 확인되었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제40권1호
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• pp.39-42
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• 2012

벼흰잎마름병을 억제하는 물질의 활성을 확인하기 위하여 벼 잎 생엽절편을 이용하는 새로운 스크리닝 방법을 개발하였다. 96 well plate에 잔토모나스 오라이자의 배양액을 분주하고 균등한 크기의 벼 잎 생엽절편을 배치한 후 효능을 확인하고자 하는 물질을 처리하였다. 흰잎마름병균을 억제하는 물질의 활성도는 벼 잎 생엽절편 병징의 면적율로 환산되었다. 물질에 의하여 병의 발생이 억제된 벼 잎 생엽절편은 병원균 배양액 내에서 건전한 녹색을 유지하였고 병이발생된 벼 잎 생엽절편은 황갈색 병징을 나타내었다. 이를 통하여 본 실험법이 빠르고 간편하며, 농도 의존적인 활성확인이 가능하고, 소량으로 다수 물질의 활성 여부를 동시에 평가할 수 있음을 확인하였다. 본 스크리닝 법은 벼흰잎마름병 뿐만 아니라 여타의 수인성 작물질병억제 활성을 확인하는 데 응용 가능성이 있을 것으로 생각된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제38권4호
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• pp.246-254
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• 2023

장염비브리오균은 급성 설사와 같이 수인성·식품매개 질병을 일으키는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 제주지역 해수, 수족관수, 유통 수산물에서 분리한 장염비브리오균을 real-time PCR을 이용하여 잠재적인 독소 유전자 또는 종특이성 유전자(tdh, trh, tlh, toxR)를 조사하고, 이 균주의 유전적인 특성을 PFGE로 분석하였다. 총 245개 시료 중 해수에서 33주, 수족관수에서 7주, 수산물에서 50주로 90주(36.7%)의 장염비브리오균을 분리하였다. 모든 장염비브리오균에서 tdh 유전자는 검출되지 않았지만, tlh 유전자 또는 toxR 유전자는 검출되었다. 또한, 해수에서 3주와 수산물에서 1주 분리된 균주에서 trh 유전자가 검출되었다. 매달 해수를 정량검사한 결과 장염비브리오균은 수온과 양의 상관관계를 가지고 있었다. 90주의 장염비브리오균은 64.0-97.3% 범위에서 유사한 유전자 상동성을 보였다. 이중에서 13개 유형에서 유전자 상동성이 100%였다. 이러한 결과는 일부 독소 유전자를 가진 장염비브리오균이 분리되었고, 해수, 수족관물, 유통 수산물에서 분리된 장염비브리오균 사이에 유전적 유사성이 있기 때문에 식중독 역학조사에 도움이 되도록 지속적인 모니터링이 필요함을 나타낸다.