• 미생물학회지
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• 제45권4호
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• pp.430-434
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• 2009

세균 16S rRNA 유전자 염기서열은 분자계통분류, 진화역사 규명, 미생물 검출 등 다양한 목적으로 이용되어 왔다. 세균 제놈(genome)은 multiple rRNA 오페론을 갖고 있으며, 이들 유전자 염기서열은 일부 변이가 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 Vibrio 속의 16S rRNA 유전자 염기서열을 이용하여 세포 내 16S rRNA의 이질성을 규명하였다. 분석은 GenBank 자료 중에서 제놈 염기서열 annotation이 완료된 V. cholerae, V. harveyi, V. parahaemolyticus, V. splendidus, V. vulnificus를 이용하여 실시하였다. Vibrio 속은 1번 염색체에 7~10개의 16S rRNA 유전자 copy를 갖고 있으며, 이들의 세포 내 유전자 변이는 0.9% 이하 상이성(99.1%이상 DNA 상동성)을 보였다. 2번 염색체에서는 16S rRNA 유전자가 1개 이하로 존재하였다. 유전체내 16S rRNA 유전형은 최소 5개(V. vulnificus #CMCP6)에서 최대 8개(V. parahaemolyticus #RIMD 2210633, V. harveyi #ATCC BAA-1116)로 조사되었다. 본 결과는 Vibrio 속의 16S rRNA 유전자 염기서열이 높은 이질성을 갖는 것을 제시해 준다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권2호
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• pp.325-334
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• 2007

Recently, quorum sensing has been implicated as an important global regulator controlling the production of numerous virulence factors such as capsular polysaccharides in bacterial pathogens. The nucleotide and deduced amino acid sequences of smcR, a homolog of V. harveyi luxR identified from V. vulnificus ATCC29307, were analyzed. The amino acid sequence of SmcR from V. vulnificus was 72 to 92% similar to those of LuxR homologs from Vibrio spp. Functions of SmcR were assessed by the construction of an isogenic mutant, whose smcR gene was inactivated by allelic exchanges, and by evaluating its phenotype changes in vitro and in mice. The disruption of smcR resulted in a significant alteration in biofilm formation, in type of colony morphology, and in motility. When compared with the wild-type, the smcR mutant exhibited reduced survival under adverse conditions, such as acidic pH and hyperosmotic stress. The smcR mutant exhibited decreased cytotoxic activity toward INT 407 cells in vitro. Furthermore, the intraperitoneal $LD_{50}$ of the smcR mutant was approximately $10^2$ times higher than that of parental wild-type. Therefore, it appears that SmcR is a novel global regulator, controlling numerous genes contributing to the pathogenesis as well as survival of V. vulnificus.

• 한국어병학회지
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• 제37권1호
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• pp.97-110
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• 2024

The Serranidae is high-quality fish species with good meat quality and is traded at high price, and is attracting attention in South Korea as a cultured species that creates high added value. However, the high-density fish farming for mass production increases the risk of mass mortality due to infectious diseases, leading to enormous economic losses. Therefore, in order to safely prevent and protect farmed fish from serious infectious diseases, it is necessary to conduct disease monitoring on a regular basis. In this study, Hyporthodus septemfasciatus, Epinephelus moara, and the hybrid longtooth grouper (E. moara ♀×E. lanceolatus ♂) were collected once a month from fish farm of Garorim and Aquabiotech Co., Ltd for a total of six months, from July to December 2023. We investigated infections of five species of bacterial diseases, including Flavobacterium columnare, six species of viral diseases, including LCDV (lymphocystis disease virus), and parasitic pathogens in grouper farms. As the result, Vibrio vulnificus and V. harveyi were detected in H. septemfasciatus in August, in the case of viral diseases, NNV was detected in H. septemfasciatus from July to August using RT-PCR or PCR. Finally, In the case of parasitic diseases, Tricodina sp. was detected in E. moara and the hybrid longtooth grouper from August to December.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제44권3호
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• pp.355-362
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• 2016

수해양성 병원성 미생물로 알려진 Vibrio anguillarum으로부터 mannose-1-phosphate를 mannose-6-phosphate, glucose-1-phosphate를 glucose-6-phosphate로 가역적으로 변환시키는 phosphomannomutase/phosphoglucomutase (pmm/pgm)의 유전자를 sequencing하여 1338 bp의 open reading frame (ORF)을 밝혔다. 이는 446개의 아미노산을 포함하며 47,625 Da을 가지고 있다. 보고된 다른 Vibrio sp.의 pmm/pgm 유전자와 상동성을 비교하였을 때 V. mimicus V. vulnificus, V. splendidus, V. harveyi와 92.3%, 91.4%, 89.9%, 89.9%에 해당하는 상동성을 지니고 있었다. 증폭된 목적 유전자를 pET-28a(+) vector에 연결하여 대장균에서 단백질의 대량발현을 유도하였으며 이는 주로 soluble한 상태로 나왔다. Soluble fraction을 Ni-NTA column chromatography로 정제하여 약 50 kDa의 단백질을 얻었고 이는 주로 mannose-1-phosphate를 이용하는 효소로 확인되었으며 Mg²⁺ 이온이 존재할 때 효소의 활성이 나타나는 것을 확인할 수 있었다. 본 연구의 유전자는 낮은 온도의 stress하에서 발현이 증가됨을 Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)을 통해 확인하였고, 상동성 재조합 (homologous recombination)에 의한 돌연변이 균주 제작을 통해 PMM/PGM protein과 lipopolysaccharide (LPS)의 생합성과의 관계를 규명하였다. V. anguillarum wild type과 mutant로부터 LPS를 분리하였고 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE)후 silver staining을 통해 LPS의 high molecular weight (HMW) 부분인 O-antigen에서의 변화를 확인하였다. 또한 V. anguillarum wild type과 mutant의 growth와 viability를 확인한 결과 mutant가 wild type보다 정지기까지 더 낮은 생육을 보였으며 viability가 감소함을 확인하였다. 본 연구를 통하여 V. anguillarum의 pmm/pgm 유전자가 미생물의 생육과 LPS 생합성에 관여하고 있음을 알 수 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제46권2호
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• pp.127-134
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• 2018

본 연구에서는 해조류인 Umbraulva japonica의 표면에서 79개의 세균을 분리하였다. 16s rRNA 유전자 분석 결과, 주요 계통군은 Proteobacteria (74.69%), Actinobacteria (2.53%), Fimicute (2.53%), Bacteroidetes (20.25%)로 4개의 문(Phylum)이 관찰되었고, 7개의 강(Class), 13개의 목(Order), 17개의 과(Family), 31개의 속(Genus)을 확인하였다. 계통학적 분석 결과 3개의 균주가 표준균주와 97% 이하의 유사성을 보여 신속 또는 신종으로 보고될 가능성이 있다고 여겨지며, 향후 표준균주들과 함께 추가적인 신종 실험이 수행되어야 할 것으로 사료된다. 분리된 79 균주를 이용하여 인체 및 어류 병원균을 대상으로 항균 활성을 확인하였다. UJT7, UJT20, UJR17의 균체 현탁액이 Vibrio vulnificus에 대하여 항균 활성을 나타냈으며 UJR17의 균체 현탁액은 V. vulnificus와 Streptococcus parauberis에 항균 활성능이 있음을 확인하였다. UJT7은 Bacillus sp., UJT20과 UJR17은 Pseudomonas sp.로 확인되었으며 다양한 활용을 위한 추가적인 실험을 수행한 후 유익하게 이용 될 수 있을 것이라 사료된다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제22권2호
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• pp.5.1-5.9
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• 2019

Background: Live fish import may lead to the unintended introduction of pathogens. We examined the monthly distribution of microbial pathogens in ornamental finfish imported into South Korea over a 6-month period. Results: Vibrio alginolyticus was detected in one lemon damsel in June and July; V. vulnificus was detected in one lemon damsel, one caerulean damsel, and one pearl-spot chromis and one ocellaris clownfish in July, April, and May, respectively; Photobacterium damselae was detected in one ocellaris clownfish and one caerulean damsel in June and July, respectively; V. anguillarum was detected in one pearl-spot chromis in February; V. harveyi was detected in one ocellaris clownfish and two mandarin fish in February and April, respectively; Yersinia ruckeri was detected in a pearlscale goldfish group in June and July and in two colored carp groups in July; and Lactococcus garvieae was detected in a lemon damsel group and a sutchi catfish group in July and May, respectively. European catfish virus, the only viral pathogen detected, was found in two sutchi catfish groups in May. Conclusion: This study is the first to identify pathogenic species and the presence or absence of pathogens (non-quarantine diseases) in imported ornamental finfish. These results demonstrate that various pathogens with the potential to harm indigenous fish populations can accompany ornamental finfish imported into South Korea.