본 연구(硏究)는 식물(植物)의 발생(發生)과 분화(分化)에 관(關)한 생화학적(生化學的) 분자생물학적(分子生物學的) 구명(究明)을 위해 조직(組織) 발생(發生) 단계(段階)의 특이적인 유전자(遺傳子)의 발현조절 기작과 역할(役割)을 연구(硏究)하기 위한 기초(基礎) 지식을 얻고자 수행(遂行)되었다. 벼를 실험재료(實險材料)로 하여 현미로부터 callus를 유도(誘道)하고 이들 callus에서 여러가지 방법(方法)을 통(通)해 embryogenic callus와 nonembryogenic callus를 분리(分離)해 somatic embryogenesis에 관련된 특수한 단백질(蛋白質)을 찾고자 하였고 그 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 지금까지의 보고(報告)에 의하면 재분화가 잘되는 callus와 그렇지 않은 callus간에는 여러가지 면에서 차이가 난다고 알려져 있다. 재분화가 잘되는 callus는 표면이 거칠고 흰색에 가까우며 조직(組織)이 단단하다. 반면에 재분화가 되지않는 callus는 표면(表面)에 윤기가 나며 단단하지 않다. 이러한 보고(報告)를 기초(基礎)로 하여 $N_6$ media에 1mg/1의 2,4-D가 첨가(添加)된 배지(培地)에서 2주 정도 callus를 유기시키고 유기된 callus는 다시 배양(培養)하였다. 7-8차 계대배양하면서 embryogenic callus와 nonembryogenic callus를 분리(分離)한 다음 이를 시료(試料)로 하여 protein을 추출(抽出)하여 SDS-PAGE 상에서 비교하여 보았다. 그 결과(結果) 두 callus간에 차이가 있음을 알 수 있었다. 7-8차 계대배양한 두 종류(種類)의 callus로 부터 protein을 분리하여 two-dimensional gel 전기영동에 의해 비교하여 본 결과(結果) 몇 개의 단백질(蛋白質)이 서로 다름을 알 수 있었다.
In order to screen the aging related proteins in human normal colon epithelia, the comparative proteomics analysis was applied to get the two-dimensional electrophoresis (2-DE) profiles with high resolution and reproducibility from normal colon epithelial tissues of young and aged people. Differential proteins between the colon epithelia of two age groups were found with PDQuest software. The thirty five differential protein-spots were identified by peptide mass fingerprint (PMF) based on matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOFMS) and database searching. Among them there are sixteen proteins which are significantly up-regulated in the colonic mucosal epithelia of young people group, which include ATP synthase beta chain, electron transfer flavoprotein alpha-subunit, catalase, glutathione peroxidase 1, annexin A2 and heat shock cognate 71 kDa protein, etc.; There are nineteen proteins which are significantly up-regulated in the colonic mucosal epithelia of aged people group, which include far upstream element-binding protein 1, nucleoside diphosphate kinase B, protein disulfide-isomerase precursor and VDAC-2, etc.. The identified differential proteins appear to be involved in metabolism, energy generation, chaperone, antioxidation, signal transduction, protein folding and apoptosis. The data will help to understand the molecular mechanisms of human colon epithelial aging.
The breeding value of marbling score in skeletal muscle is an important factor for evaluating beef quality. In the present study, we investigated proteins associated with the breeding value of the marbling score for bovine sirloin to select potential biomarkers to improve meat quality through comparative proteomic analysis. Proteins isolated from muscle were separated by two-dimensional gel electrophoresis. After analyzing images of the stained gel, seven protein spots for the high marbling score group were identified corresponding to changes in expression that were at least two-fold compared to the low marbling score group. Four spots with increased intensities in the high marbling score group were identified as phosphoglycerate kinase 1, triosephophate isomerase, acidic ribosomal phosphoprotein PO, and capping protein (actin filament) Z-line alpha 2. Spots with decreased intensities in the high marbling score group compared to the low score group were identified as 14-3-3 epsilon, carbonic anhydrase II, and myosin light chain 1. Expression of myosin light chain 1 and carbonic anhydrase 2 was confirmed by Western blotting. Taken together, these data could help improve the economic performance of cattle and provide useful information about the underlying the function of bovine skeletal muscle.
The breeding of yaks is highly seasonal, there are many crucial proteins involved in the reproduction control program, especially in follicular development. In order to isolate differential proteins between mature and immature follicular fluid (FF) of yak, the FF from yak follicles with different sizes were sampled respectively, and two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) of the proteins was carried out. After silver staining, the Image Master 2D platinum software was used for protein analysis and matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) was performed for differential protein identification. The expression level of transferrin and enolase superfamily member 1 (ENOSF1) was determined by Western blotting for verification analysis. The results showed that 2-DE obtained an electrophoresis map of proteins from mature and immature yak FF with high resolution and repeatability. A comparison of protein profiles identified 12 differently expressed proteins, out of which 10 of them were upregulated while 2 were downregulated. Western blotting showed that the expression of transferrin and ENOSF1 was enhanced with follicular development. Both the obtained protein profiles and the differently expressed proteins identified in this study provided experimental data related to follicular development during yak breeding seasons. This study also laid the foundation for understanding the microenvironment during oocyte development.
2DE는 조직 내의 단백질을 규명하는 단백질 분리 기술이다. 그러나 2DE 이미지는 실험 조건, 스캐닝 상태와 같은 환경에 민감하게 영향을 받는다. 이러한 이미지간의 변화를 극복하기 위해서 사용자는 각각의 서로 다른 이미지에 수동으로 기준점을 입력해주어야 한다. 그러나 이 과정은 에러를 발생시키며 긴 시간을 요구하는 작업으로, 빠른 분석에 장애 요인이 된다. 따라서 본 논문에서는 기준점 프로파일에 기반 하여 기준점을 자동으로 추출하는 방법을 개발하였다. 기준점 프로파일은 이미 확인된 이미지들의 기준점들에 대한 클러스터링 방법을 통하여 생성하며, 각 클러스터의 다양한 속성을 정의한다. 새로운 이미지가 입력되면 기준점의 후보 스팟들을 대상으로 프로파일과 비교하석 기준점을 추출한다. 그리고 $A^*$알고리즘을 이용하여 기준점 선정 과정을 최적화한다. 본 논문에서는 실제 사람의 간 조직 이미지를 이용하여 기준점 추출 방법의 성능을 분석하였다
Nonsteroidal anti-inflammatory drugs such as indomethacin (IN) can exert anti-colorectal cancer (CRC) activity through cyclooxygenase independent mechanism, but the exactly biological mechanism is not completely known. Here we use proteomic tools to investigate the molecular mechanism of this action. First, nude mice bearing tumors derived from subcutaneous injection with human CRC cell line HCT116 were randomly allocated to groups treated with or without indomethacin. Later, tumor lumps were incised and then total proteins extracted. After separated with two-dimensional electrophoresis, thirty-one differently expressed spots were found between IN-treated and non-IN-treated groups, of which 25 spots decreased and 6 spots increased in abundance in IN-treated group. Through matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry and then NCBInr and SWISS-PROT databases searching, 12 protein spots were finally identified including galectin-1, annexin A1, annexin IV, trancription factor BTF3A, calreticulin. Most of the identified proteins are correlated with tumor's biological prosperities of proliferation, invasion, apoptosis and immunity, or take part in cell's signal transduction. From above we thought that indomethacin can exert its effect on colorectal cancer through regulating several proteins' expression directly or indirectly. Further study of these proteins may be helpful in founding new targets of drugs for cancer chemotherapy.
[ $CD8^+$ ] T Iymphocytes with the cytotoxic activity and capability to release various cytokines are the major players in immune responses against viral infection and cancer. To identify the proteins specific to resting or activated human CD8$^+$ T cells, human CD8$^+$ T cells were activated with anti-CD3+anti-CD28 mAb in the presence of IL-2. The solubilized proteins from resting and activated human CD8$^+$ T cells were separated by high-resolution two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis, and their proteomes were analyzed. Proteomic analysis of resting and activated T cells resulted in identification of 35 proteins with the altered expression. Mass spectrometry coupled with Profound and SWISS-PROT database analysis revealed that these identified proteins are to be functionally associated with cell proliferation, metabolic pathways, antigen presentation, and intracellular signal transduction pathways. We also identified six unknown proteins predicted from genomic DNA sequences specific to resting or activated CD8$^+$ T cells. Protein network studies and functional characterization of these novel proteins may provide new insight into the signaling transduction pathway of CD8$^+$ T cell activation.
Lieu Hae-Youn;Song Hyung-Seok;Yang Seung-Nam;Kim Jae-Hwan;Kim Hyun-Joong;Park Young-Doo;Park Cheon-Seok;Kim Hae-Yeong
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
제16권6호
/
pp.946-951
/
2006
To study the effect of iron on Saccharomyces cerevisiae, whole-cell proteins of Saccharomyces cerevisiae were extracted and subjected to two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D-PAGE), and differentially expressed proteins were identified. The proteins separated were further identified by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry and were compared with a protein database. Of more than 300 spots separated by molecular weight and isoelectric points, 27 differentially expressed spots were identified. Ten proteins were found to be differentially expressed at high iron concentration. Triosephosphate isomerase (TPI), YDR533C hypothetical protein, superoxide dismutase (SOD), 60 kDa heat-shock protein (HSP60), pyruvate dehydrogenase beta subunit 1 (PDB1), and old yellow enzyme 2 (OYE2) were upregulated, whereas thiol-specific antioxidant (TSA), regulatory particle non-ATPase subunit 8 (RPN8), thiol-specific peroxiredoxin 1 (AHP1), and fructose-1, 6-bisphosphate adolase (FBA) were downregulated by iron. Based on the result, we propose that SOD upregulated by iron would protect the yeast from oxidative stress by iron, and that TSA downregulated by iron would render cells hypersensitive to oxidative stress.
Korean Panax ginseng C. A. Meyer (P. ginseng) is a well-known and one of the most important tonic herbs used in traditional Korean medicine. The pharmacological effects of P. ginseng have been reported by many researchers. Nevertheless, little is known between the mechanism of action and the active compounds. In this study, we performed a comprehensive proteomic analysis and protein categorization in order to understand the physiological characteristics of the major components in the adventitious roots of P. ginseng. Whole proteins extracted from the cultured adventitious roots of P. ginseng were separated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2-DE). Among the 1000 spots which were detected by silver staining, 113 spots were labeled and identified by matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight-mass spectrometry (MALDI-TOF MS). Our results showed that 40 proteins were identified among the 113 spots, with a hit ratio of 35.3%. A number of proteins identified on the 2-DE gels (30%; 16 spots) were involved in energy metabolism. These proteomic data will be helpful to better understand the physiological and pharmacological effects of P. ginseng.
초파리는 유전학, 발달 생물학, 행동 유전학, 노화 연구에 이르기까지 수많은 연구에 이용 되어져 왔다. 최근 초파리 전체 유전자의 염기서열이 보고되었으며, 유전자의 기능 분석과 발현 단백질에 대한 연구가 진행되고 있다. 본 연구에서는 야생형 초파리에서 추출한 단백질을 이차원 전기영동을 통해 400여개 이상의 단백질 스폿으로 분리하였으며, 각 스폿을 적출하여 트립신으로 처리하여 얻어진 펩타이드 단편을 MALDI-TOF-MS를 이용한 펩타이드 지문 검색으로 질량을 측정하였다. 측정된 질량을 초파리 데이터 베이스를 이용하여 분리한 단백질을 동정함으로써 59개의 유전자에서 발현되는 65개의 단백질 스폿을 동정하였다. 이러한 결과는 향후의 발생단계, 외부 자극, 노화 등에 관련되는 특이적 단백질 연구의 기초 자료로 활용될 수 있을 것이다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.