• The Plant Pathology Journal
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• 제25권1호
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• pp.13-20
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• 2009

Ninety isolates of Colletotrichum species from new persimmon tree twigs and 50 isolates from pepper plant fruits were isolated via single-spore isolation. Of the 140 isolates, 26 were examined for mycelial growth, carbendazim sensitivity, and ITS sequence. Four of the isolates from the persimmon trees, which were cultivated exclusively in an orchard, showed fast mycelial growth and sensitivity to carbendazim, while five of the pepper isolates showed slower mycelial growth and were resistant to the fungicide. However, 17 isolates from persimmon trees cultivated with pepper plants in the same orchard showed slow mycelial growth like the pepper isolates and they were sensitive to carbendazim like the persimmon isolates. ITS sequence analysis of these 27 isolates led to the identification of the 22 persimmon isolates as C. gloeosporioides and the five pepper isolates as C. acutatum. PCR with species-specific primers confirmed that the 90 isolates from persimmon were C. gloeosporioides whereas the 50 isolates from pepper were C. acutatum. The 90 persimmon isolates of C. gloeosporioides and 50 pepper isolates of C. acutatum were compared by a wound inoculation test to determine their capacity for host cross-infection. All of the C. acutatum isolates from pepper caused typical symptoms of anthracnose on the fruits of pepper plants and twigs of persimmon; they differed from the C. gloeosporioides isolates from persimmon, more than 90% of which were able to infect only persimmon. Amplified fragment length polymorphism analysis revealed the existence of two groups (C. gloeosporioides and C. acutatum isolates group). At 80% genetic similarity, the C. gloeosporioides group was defined within four clusters, while the C. acutatum group was within three clusters. However, these clusterings were unrelated with the virulence of Colletotrichum species against pepper fruits.

• 농업과학연구
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• 제41권2호
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• pp.101-106
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• 2014

This study was conducted to identify lily species native to Korea from formosan lily (Lilium formosanum) belonging to Longiflorum section. Due to flowering time, flower color and orientation, long shelf life and resistant to diseases, the native lily species can be valuable genetic resources for interspecific hybrids. One of the chloroplast genes, matK, was used to clone and sequence to explore any base changes. The matK was successfully amplified into 1,539 bp (94% of the gene) and phylogenetic tree demonstrated 6 clades for those 11 lily species used in this study. There were one or two base substitutions among 10 lilies native to Korea, while formosan lily native to Taiwan exhibited 6 base substitutions in matK gene, rendering it genetically distant. A restriction enzyme NruI recognized one of the six base changes, and digested the matK gene of 10 native lily species only, but not in formosan lily. The confirmed cleavage characteristic of the target region in matK gene was designed into a CAPS (cleaved amplified polymorphic sequences) marker which will be available to estimate compatibility of interspecific hybridization and to trace the pedigree when those native lilies are crossed with the formosan lily.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제54권4호
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• pp.503-507
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• 2016

The genus Spirometra belongs to the family Diphyllobothriidae and order Pseudophyllidea, and includes intestinal parasites of cats and dogs. In this study, a plerocercoid labeled as Spirometra mansonoides from the USA was examined for species identification and phylogenetic analysis using 2 complete mitochondrial genes, cytochrome c oxidase I (cox1) and NADH dehydrogenase subunit 3 (nad3). The cox1 sequences (1,566 bp) of the plerocercoid specimen (USA) showed 99.2% similarity to the reference sequences of the plerocercoid of Korean Spirometra decipiens (GenBank no. KJ599679), and 99.1% similarity in regard to nad3 (346 bp). Phylogenetic tree topologies generated using 4 analytical methods were identical and showed high confidence levels with bootstrap values of 1.00, 100%, 100%, and 100% for Bayesian inference (BI), maximum-likelihood (ML), neighbor-joining (NJ), and maximum parsimony (MP) methods, respectively. Representatives of Diphyllobothrium and Spirometra species formed a monophyletic group, and the sister-genera status between these species was well supported. Trapezoic proglottids in the posterior 1/5 region of an adult worm obtained from an experimentally infected cat were morphologically examined. The outer uterine loop of the uterus coiling characteristically consisted of 2 complete turns. The results clearly indicated that the examined Spirometra specimen from the USA matched to S. decipiens very well, and indicated possible presence of the life cycle of this species in this region.

• 생명과학회지
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• 제21권7호
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• pp.939-946
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• 2011

미토콘드리아 산화효소(COI) 유전자의 서열을 이용하여 한국 내 육지플라나리아의 분류와 계통관계를 규명하였다. 유전자은행에서 Bipaliidae과의 종에 관한 기 발표된 서열을 계통분석을 위해 포함시켰다. 육지 플라나리아의 서열 배당은 387 bp에서 444 bp로 나타났으며 이런 차이는 염기 삽입에 기인하였다. COI 분석에 근거한 계통학적 분지도는 형태적 형질에 의한 결과와 일치하지 않았다. Bipalium nobile가 나머지 분류군(Bipalium adventitium, Bipalium venosum, Bipalium kewense, Bipalium multilineatum)을 포함하는 관계로 나타났다. 내부 가지의 분지군은 강하게 지지되었다(>91%). The phylogenic tree on COI 분석에 의한 계통도는 잘 분리되었다. 이들은 단계원을 형성하였다. 미토콘드리아 산화효소 유전자는 한국 내 육지 플라나리아 분류군을 동정하는데 유력한 도구가 될 수 있다.

• 한국균학회지
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• 제47권1호
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• pp.89-94
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• 2019

중국에서 범부채의 녹병균이 Puccinia iridis로 동정됨에 따라 우리나라에서도 범부채의 녹병균을 재검토하였다. 저자들이 채집한 2점의 시료를 형태적으로 검토한 결과 모두 P. iridis의 특징과 일치하였다. 또한 유전분석한 결과 ITS 및 LSU rDNA 영역의 염기서열이 기존에 기록된 P. iridis와 각각 100% 및 99%의 상동성을 나타냈다. 이를 Neighbor-joining 분석법으로 계통수를 작성하였을 때도 P. iridis 계통군에 속하였다. 따라서 우리나라에서 범부채의 녹병균으로 P. iridis의 존재가 확인되었다. 한편, 우리나라에서 2003년에 범부채의 녹병균으로 기록된 Puccinia belamcandae에 대한 재검토는 향후 숙제로 남게 되었다.

• 식물분류학회지
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• 제49권3호
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• pp.224-239
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• 2019

본 연구에서는 DNA 바코드, 즉 엽록체 DNA의 rbcL, matK와 핵 리보솜 DNA의 ITS 염기서열을 이용하여 한국산 도둑놈의갈고리족 식물들의 종 식별을 실시하였다. 총 5개속 25분류군(총 75개체)의 식물에 대한 염기서열이 밝혀졌고, DNA 바코드 구간 조합에 따라 neighbor-joining 계통수들이 작성되었다. 그 결과, 종 식별률은 DNA 바코드 3개의 구간을 모두 사용하였을 때 가장 높게 나타났다(72%). rbcL+matK+ITS 계통수에서 본 족의 두 개의 아족과 다섯 속들은 단계통군으로 유집되었다. 도둑놈의갈고리아족군에서 도둑놈의 갈고리속과 갈고리속이 된장풀속보다 더 가깝게 묶였다. 갈고리속군에서 큰도둑놈의갈고리는 개도둑놈의갈고리 복합체의 자매군으로 형성되었고, 개도둑놈의갈고리의 종내분류군들은 각각 단계통을 형성하였다. 특히 형태적 변이로 인해 도둑놈의갈고리의 변종 또는 개도둑놈의갈고리와의 중간형으로 인식된 바 있는 긴도둑놈의갈고리는 개도둑놈의갈고리와 가장 가깝게 묶였다. 한편 도둑놈의갈고리의 변종이나 이명으로 인식되어온 애기도둑놈의갈고리는 변종으로 판단되었다. 싸리아족군의 경우, 매듭풀속 분류군들은 계통수상에서 각각 단계통으로 지지되었으나, 싸리속의 식물 16분류군 중 9분류군만 종식별이 가능하였다. 특히 싸리속내 땅비수리절보다 싸리절에서 낮은 종판별 해상능이 나타났다(싸리절=28.5%, 비수리절=77.8%). 싸리속 식물 중에 비수리는 계통수상에서 형태적으로 유사한 자주비수리와 확연히 구분되었다. 잡종으로도 인식된 바 있는 해변싸리와 청비수리 중, 해변싸리는 독립종으로 판단되었다. 반면 청비수리는 잡종 여부를 판단할 수는 없었지만, 땅비수리와 근연 관계에 있는 것으로 사료된다.

• 한국산림과학회지
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• 제77권3호
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• pp.338-350
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• 1988

남한(南韓)에 자생(自生) 또는 도입재배(導入栽培)되고 있는 향나무속(屬) 종류(種類)들의 분류학적(分類學的) 문제(問題)들을 해결(解決)하고 재정비(再整備)할 목적(目的)으로 자생종(自生種) 7종류(種類)와 조입종중(導入種中)에서 많이 재배(栽培)되고 유용(有用)하게 이용(利用)되고 있는 원예종(園藝種) 4종류(種類)를 재료(材料)로 하여 각종류(各種類)의 꽃의 구조(構造), 구과(毬果), 종자(種子), 가지습성(習性), 기본수형(基本樹形) 및 잎의 형태적(形態的) 특징(特徵)을 조사(調査)해서 속(屬)과 종(種)의 검사표(檢査表)를 작성(作成)했으며 외부형태적(外部形態的) 특징(特徵)으로는 종간(種間)의 식별(識別)이 모호(模糊)한 것을 명확(明確)히 구명(究明)하기 위(爲)해서 근단(根端)을 재료(材料)로 하여 염색체(染色體)의 기본수(基本數)와 핵형분석(核型分析)을 하고 그 결과(結果)로 각(各) 종간(種間)의 차이점(差異點)을 비교분석(比較分析)하였던바 전종(全種)의 염색체장(染色體長)은 $9.0{\sim}15{\mu}m$, 향나무, 심향나무, 가이즈가향나무, 섬향나무(일본산(日本産))은 4배체(倍體)(4n=44), 옥향나무, 눈향나무, 뚝향나무, 연필향나무, 노간주나무, 좀노간주나무, 해변노간주나무는 2배체(倍體)(2n=22)이고 향나무절(節)의 종(種)들은 염색체(染色體)길이 및 동원체(動原體)의 위치(位置)의 변이(變異)가 대단(大端)히 심(甚)하였다. 노간주나무절절(節)의 종(種)들은 11번 염색체(染色體)가 t형(型)이고, m형(型) 염색체(染色體)가 많은 비교적(比較的) 균일(均一)하고 단순(單純)한 염색체(染色體) set를 이루는 것이 향나무절(節)과 뚜렷이 다른 세포학적(細胞學的)인 특징(特徵)이다. 향나무절(節)에서는 대도시(大都市)에 여러 종류(種類)들이 혼식(混植)되어 잇는 곳에서는 동종(同種)의 지역품종(地域品種) ecotype간(間), 때로는 기본종(基本種)과 변종간(變種間)에 교배(交配)가 일어나고 있기 때문에 향나무 종내개체(種內個體)들 간(間)에는 형태적(形態的)으로 차이(差異)가 다양(多樣)하다. 상기(上記) 결과(結果)들을 종합(綜合)하여 향나무속(屬)의 특성(特性)을 세포학적(細胞學的)으로 명확(明確)히 식별(識別)하고 종간(種間)의 고유특성(固有特性)을 밝히고 종(種)의 특징(特徵)을 기재(記載)하였다.

• 생명과학회지
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• 제29권1호
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• pp.123-128
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• 2019

원핵생물 분류의 기본단위인 종(species)의 동정에 16S rDNA가 사용되지만 한계가 있고 원핵생물의 속(genus)에 대한 연구가 많지 않다. 본 연구에서는 보존 유전자를 확보한 COG database와 대사경로를 확보한 MetaCyc database에 공통적인 원핵생물 중 속이 같고 종이 다른 13개 속 28개의 원핵생물을 대상으로 속 수준에서 연구하였다. 전체 유전자에서 core-genome인 속 보존 유전자의 비율은 최저 27.62%(Nostoc 속)에서 71.76%(Spiribacter 속)의 범위로 평균 46.72%였다. 각 원핵생물에서 core-genome의 비율이 낮으면 특이한 생명현상을 보이거나 서식지가 다양할 수 있을 것이다. 속 수준의 공통 대사경로의 비율은 최저 58.79%(Clostridium 속)에서 최대 96.31%(Mycoplasma 속), 평균 75.86%로 core-genome의 비율보다 높았다. 비교대상을 확장하면 속 특이 보존 유전자와 대사경로는 확인할 수 없었다. 보존 유전자와 대사경로 보유 계통수에서는 대체로 같은 속의 구성원들이 가장 인접하였으며, Bacillus속과 Clostridium 속이 그룹을 형성하였고, 고세균끼리 그룹을 형성하였다. 보존 유전자 보유계통수에서는 Acidobacteria, Cyanobacteria, Proteobacteria 문(phylum)의 Granulicella, Nostoc, Bradyrhizobium의 3개 속이 하나의 그룹을 형성하였다. 본 연구 결과는 (i) 각 계통 단계에서 보존유전자와 대사경로의 확인, (ii) 수평적 유전자 전달 또는 부위 지정 돌연변이를 통한 균주의 개선 등의 분야에 기초자료로 활용될 수 있을 것이다.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제37권1호
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• pp.52-61
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• 2021

Decay fungi can decompose plant debris to recycle carbon in the ecosystem. Still, they can also be fungal pathogens, which can damage living trees and/or wood material and cause a large amount of timber loss. We isolated and identified basidiomycetous fungi from the decayed bark of Mongolian oak wrapped with sticky roll traps. The degrading enzyme activities were then tested for all fungal isolates. The decay ability of selected isolates was assessed based on the weight loss of wood discs after inoculating with culture suspension of decay fungi under the different humidity levels. A total of 46 basidiomycetous fungal isolates belonged to 12 species, and 10 genera were obtained from Jong Myo (16 isolates), Chang Kyung palace (7 isolates), Cheong Gye (10 isolates), and Gun Po (13 isolates). Gymnopus luxurians was the most dominant fungus in the present study, and this species distributed in all survey sites with 9 isolates in Jong Myo, followed by 3 isolates in Chang Kyung palace, while Cheong Gye and Gun Po had only 1 isolate each. Among 46 isolates, 44 isolates secreted at least one enzyme, while 25 isolates produced both cellulase and phenol oxidase enzymes, and 2 isolates produced neither. The assessment of decay ability by artificial inoculation indicated that the weight loss of wood discs was significantly influenced by humidity conditions when inoculated with bark decay fungi. The percent weight losses by G. luxurians inoculation in RH of 90-100% and RH of 65-75% were 4.61% and 2.45%, respectively. The weight loss caused by Abortiporus biennis were 6.67% and 0.46% in RH of 90-100% and RH of 45-55%, respectively. The humidity reduction approach should be applied for further studies to control the growth and spread of bark decay fungi on the trunks wrapped with sticky roll traps.

• 한국조경학회지
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• 제51권2호
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• pp.94-102
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• 2023

1981년 ICOMOS-IFLA 국제 역사 정원 위원회에서 제정한 플로렌스 헌장에서는 역사정원을 식물이 주를 이루는 건축적 구성으로 이를 영원히 변하지 않도록 유지하고자 하는 예술가와 장인의 욕구사이에 존재하는 끊임없는 균형으로 보았다. 이처럼 정원의 주된 구성요소인 수목은 계절의 순환에 따라 생성과 소명을 반복하기 때문에 지속적인 관리가 필요하다. 이에 따라 우리나라 궁궐에서도 수목의 모습을 유지하기 위한 관리는 필수불가결한 요소였을 것이다. 다만 과거 궁궐의 수목관리 기법을 고증하는 것은 매우 중요한 일이지만 역사적 기록 부재와 일제강점기로 인해 명맥이 단절됨에 따라 연구가 어려운 실정이다. 또한 일반적으로 궁궐의 수목은 관리를 하지 않았다는 견해에 따라 궁궐 수목 관리 기법에 관한 연구는 지금까지 수행되지 않았다. 본 연구는 근대에 촬영된 사진을 토대로 전문가 인터뷰를 통해 과거 궁궐의 수목관리 판단 여부를 밝히는데 목적을 두었다. 근대기에 촬영된 사진을 활용하여 전문가에게 심층 인터뷰를 통해 수종의 식별과 전정여부를 파악한 내용을 토대로 결과는 다음과 같다. 첫째, 사진을 통해 수목의 수형과 잎 형태 식별이 가능함을 확인하였으며 정지·전정 등에 의해서 생기는 현상을 관찰함으로써 근대기 궁궐의 수목관리 시행 여부를 추정할 수 있었다. 둘째, 4개 분야에서 8명의 전문가들에게 심층 인터뷰를 한 결과 수종 식별, 전정여부 및 목적, 방법 등의 관리여부의 판별이 가능하였으며 집단별 의견의 차이가 크게 발생하지 않고 근거를 명확하게 제시하였다. 셋째, 궁궐 수목의 관리 유형은 수형관리, 수목의 위해 요인 제거, 하층식생관리가 주된 것으로 판단하였으며 존덕정, 관람정 등의 사진을 통해 촬영 시점인 일제강점기 이전에도 수목의 관리가 이루어졌음을 확인하였다. 촬영된 사진을 토대로 전문가 인터뷰를 거쳐 일제강점기 이전 수목관리 여부 추정이 가능하였다. 그러나 당시 시대 상황에 따라 자체적으로 수행된 것인지 일제에 의해 수행된 것인지는 사료의 부족으로 규명하지 못하였다. 하지만, 과거 궁궐의 수목관리를 하지 않았다는 견해를 수집된 자료를 통해 반박할 수 있는 근거자료를 마련하였으며 이를 뒷받침하는 전문가 의견을 종합하여 여부를 판단하였다. 또한 일반적인 정지·전정 이론을 토대로 전문가 의견에 대한 실증적인 검토를 실시하여 연구결과에 신뢰성을 확보하였다.