• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권9호
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• pp.1566-1575
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• 2017

MicroRNAs (miRNAs) are abundant in bovine milk and milk derived from other livestock, and they have functional roles in infants and in the secretion process of mammary glands. However, few studies have evaluated miRNAs in dairy processes, such as during cheese making and ripening. Thus, we investigated the characteristics of milk-derived miRNAs during the manufacturing and ripening of Camembert cheese as well as the microbiota present using the quantitative reverse transcription polymer chain reaction (RT-qPCR) and 16S rRNA pyrosequencing, respectively. Pyrosequencing showed that the cheese microbiota changed dramatically during cheese processing, including during the pasteurization, starter culture, and ripening stages. Our results indicated that the RNA contents per $200mg/200{\mu}l$ of the sample increased significantly during cheese-making and ripening. The inner cheese fractions had higher RNA contents than the surfaces after 12 and 22 days of ripening in a time-dependent manner (21.9 and 13.2 times higher in the inner and surface fractions than raw milk, respectively). We performed a comparative analysis of the miRNAs in each fraction by RT-qPCR. Large amounts of miRNAs (miR-93, miR-106a, miR-130, miR-155, miR-181a, and miR-223) correlated with immune responses and mammary glands were present in aged cheese, with the exception of miR-223, which was not present on the surface. Considerable amounts of miRNAs were also detected in whey, which is usually disposed of during the cheese-making process. Unexpectedly, there were no significant correlations between immune-related miRNAs and the microbial populations during cheese processing. Taken together, these results show that various functional miRNAs are present in cheese during its manufacture and that they are dramatically increased in amount in ripened Camembert cheese, with differences according to depth.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제11권1호
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• pp.1-7
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• 2007

Altered environmental gravity, including both hypo- and hypergravity, may result in space adaptation syndrome. To explore the characteristics of this adaptive plasticity, the expression of immediate early gene c-fos mRNA in the vestibular related tissues following an exposure to hypergravity stimulus was determined in rats. The animals were subjected to a force of 2 g (twice earth's gravity) for 1, 3, or 12 h, and were examined poststimulus at 0, 2, 6, 12, and 24 h. RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) and real-time quantitative RT-PCR were adopted to analyze temporal changes in the expression of c-fos mRNA. The hypergravity stimulus increased the expression of c-fos mRNA in the vestibular ganglion, medial vestibular nucleus, inferior vestibular nucleus, hippocampus, cerebellum, and cortex. The peak expression occurred at 0 h poststimulation in animals stimulated with hypergravity for 1 h, and at 6 h poststimulus in those stimulated for 3 h. In contrast, those stimulated for 12 h exhibited dual peaks at 0 and 12 h poststimulus. Bilateral labyrinthectomy markedly attenuated the degree of c-fos mRNA expression. Glutamate receptor antagonist also dramatically attenuated the degree of c-fos mRNA expression. These results indicate that expression of c-fos mRNA in response to hypergravity occurs in the vestibular related tissues of the central nervous system, in which peripheral vestibular receptors and glutamate receptors play an important role. The temporal pattern of c-fos mRNA expression depended on the duration of the hypergravity stimulus.

• 생명과학회지
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• 제22권3호
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• pp.417-427
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• 2012

대장균 야생주와 프로판올 내성 변이주에서 프로판올 스트레스에 의해 발현이 크게 변화하는 유전자를 DNA microarray 기술을 이용하여 비교 분석하였다. 프로판올 첨가한 야생주와 무첨가한 야생주 사이의 RNA 발현 연관값은 0.949이며, 50개의 유전자 발현이 2배 이상 변화하였다. 프로판올을 첨가한 내성변이주와 무첨가한 변이주 사이의 연관값은 0.952이며, 71개의 유전자 발현이 크게 변화하였다. 그러나, 야생주와 변이주 사이의 연관값은 프로판올 무첨가한 조건과 첨가한 조건에서 각각 0.992 및 0.974로 매우 높았으며, 2배 이상의 발현차이를 나타내는 유전자는 각각 1개 및 2개로, 두 균주는 매우 유사한 발현양상을 보였다. 야생주 또는 변이주에서 프로판올 스트레스에 반응하는 대표적인 유전자들의 특징은 많은 열충격 반응에 관여하는 유전자들의 발현이 크게 증가하였으며, 리보소옴 합성에 필요한 많은 유전자들의 발현이 감소하였다. 또한, 전사조절인자들인 ArcA, CRP, FNR, H-NS, GatR, PurR에 의해 조절받는 유전자들의 발현이 크게 변화하였으며, 시그마인자들 중에서는 RpoH에 의해서 발현되는 유전자들의 발현이 크게 증가하였다. rpoH가 정상적으로 발현되지 못하는 변이주와 야생주를 이용한 프로판올 내성정도를 측정한 결과, RpoH는 대장균에서 프로판올 스트레스에 적응하는데 중요한 기능을 하는 것으로 확인되었다.

• 비교문화연구
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• 제20권
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• pp.5-27
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• 2010

This paper studies the relation between canonical/variegated babble (CB/VB) and early speech in an infant acquiring Mandarin Chinese from 9 to 17 months. The infant was audio-and video-taped in her home almost every week. The data analyzed here come from 1,621 utterances extracted from 23 sessions ranging from 30 minutes to one hour, from age 00:09;07 to 01:05;27. The data was digitized, and segments from 23 sessions were transcribed in narrow IPA and coded for analysis. Babble was coded from age 00:09;07 to 01:00;00, and words were coded from 01:00;00 to 01:05;27, proto-words appeared at 11 months, and some babble was still present after 01:10;00. 3821 segments were counted in CB/VB utterances, plus the segments found in 899 word tokens. The data transcription was completed and checked by the author and was rechecked by two other researchers who majored in Chinese phonetics in order to ensure the reliability, we reached an agreement of 95.65%. Mandarin Chinese is phonetically very rich in consonants, especially affricates: it has aspirated and unaspirated stops in labial, alveolar, and velar places of articulation; affricates and fricatives in alveolar, retroflex, and palatal places; /f/; labial, alveolar, and velar nasals; a lateral;[h]; and labiovelar and palatal glides. In the child's pre-speech phonetic repertoire, 7 different consonants and 10 vowels were transcribed at 00:09;07. By 00:10;16, the number of phones was more than doubled (17 consonants, 25 vowels), but the rate of increase slowed after 11 months of age. The phones from babbling remained active throughout the child's early and subsequent speech. The rank order of the occurrence of the major class types for both CB and early speech was: stops, approximants, nasals, affricates, fricatives and lateral. As expected, unaspirated stops outnumbered aspirated stops, and front stops and nasals were more frequent than back sounds in both types of utterances. The fact that affricates outnumbered fricatives in the child's late babble indicates the pre-speech influence of the ambient language. The analysis of the data also showed that: 1) the phonetic characteristics of CB/VB and early meaningful speech are extremely similar. The similarities of CB/VB and speech prove that the two are deeply related; 2) The infant has demonstrated similar preferences for certain types of sounds in the two stages; 3) The infant's babbling was patterned at segmental level, and this regularity was similarly evident in the early speech of children. The three types being coronal plus front vowel; labial plus central and dorsal plus back vowel exhibited much overlap in the phonetic forms of CB/ VB and early speech. So the child's CB/ VB at this stage already shared the basic architecture, composition and representation of early speech. The evidence of similarity between CB/VB and early speech leaves no doubt that phones present in CB/VB are indeed precursors to early speech.

• 한국균학회지
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• 제49권4호
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• pp.487-495
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• 2021

표고는 사극성의 교배계를 갖는 담자균의 일종으로, 표고의 교배형은 A와 B라 불리는 서로 독립된 두 유전자좌에 의해 결정된다. 이론적으로 하나의 이핵균주는 네 개의 서로 다른 교배형을 갖는 담자포자를 1:1:1:1의 비율로 만들 수 있다. 과거 연구 결과에 따르면, 표고 담자포자에서 교배형이 편향된 분리비로 나타남이 보고되었다. 하지만 이러한 결과들은 꺽쇠연결과 같은 형태학적 특성만을 기반으로 교배형을 결정했다는 한계가 있다. 이에 본 연구에서는 교배형의 편향된 분리비가 표고에서 일반적인 현상인지 보다 명확하게 알아보기 위해서 최근에 보고된 DNA 마커를 활용하여 세 가지 표고 품종들의 담자포자에 대한 교배형 분석을 수행하였다. 그 결과 교배형의 편향된 분리비가 과거 보고와 일치하게 균주 특이적인 특성임을 확인하였다. 분석한 세 품종 중 한 품종을 제외하고 나머지 두 품종에서 편향된 분리비가 관찰된 것이다. 다음으로는 각 담자포자 유래 단핵균사들의 생장 속도와 교배형의 상관관계를 분석하였다. 그 결과 표고 단핵균사의 생장 속도는 B 교배형과는 관계가 없고, A 교배형과 관계가 있음을 확인하였다. 따라서 A 교배형 유전자좌에 존재하는 호메오도메인 전사인자 혹은 A 교배형 유전자좌와 연관된 유전자들이 단핵균사의 생장에 영향을 줄 것으로 보인다. 버섯 신품종 육성에서 교배형의 중요성을 고려할 때, 본 연구는 효율적인 신품종 육성 전략을 세우거나 단핵균사 생장 기작을 이해하는 데 도움을 줄 것으로 기대된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제46권3호
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• pp.180-188
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• 2019

옥신은 식물의 생장과 발달 과정에서 중요한 조절자로서 기능한다. 옥신 신호전달 과정은 3개의 주요 옥신 반응 전사인자인 Auxin/indole-3-acetic acid (Aux/IAA), Gretchen Hagen 3 (GH3), 그리고 small auxin up RNA (SAUR) 유전자에 의해 조절된다. 특히, Aux/IAA는 옥신 신호에 반응하여 빠르게 축적되는 수명이 짧은 핵 단백질이다. 이 실험에서 우리는 현사시 나무(Populus alba ${\times}$ P. glandulosa)로 부터 PagAux/IAA1 유전자를 분리하고 발현 특성을 분석하였다. PagAux/IAA1 cDNA는 4개의 보존된 도메인과 2개의 nuclear localization sequence (NLS)을 포함한 200개의 아미노산을 암호화하고 있다. Southern blot 분석으로 현사시나무 genome에 PagAux/IAA1 유전자가 single copy로 존재하는 것을 확인하였다. PagAux/IAA1 유전자는 잎과 꽃에서 특이적으로 발현되었다. 그리고 PagAux/IAA1 유전자는 현탁배양세포의 생장 과정에서 초기 지수생장기에 발현되었다. PagAux/IAA1 유전자의 발현을 분석한 결과, 건조와 염 스트레스 및 식물호르몬인 ABA 처리에 의해 발현이 감소된 반면 저온 스트레스, 형성층의 세포 분열 과정 그리고 식물호르몬인 GA와 JA 처리에서 발현이 증가하였다. 따라서 PagAux/IAA1 유전자가 현사시나무에서 저온 스트레스 반응뿐 아니라 생장 과정에 관여할 것으로 판단된다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제51권3호
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• pp.323-328
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• 2019

결핵균에 의한 만성 세균성 감염인 결핵은 결핵균의 특성, 숙주의 면역상태와 유전적 감수성의 차이에 의해 잠복성과 활동성으로의 진행정도에 차이가 있다. 결핵균에 대한 숙주 방어 기전은 주로 대식세포, T 세포 및 수지상 세포 사이의 상호 작용에 기인한다. CD44는 결핵균에 감염되면 활성 T 세포에서 발현되며 림프구 이동을 조절한다. 또한 CD44는 ECM에 대한 백혈구의 부착을 매개하여 대식세포, CD4+ T cell 등을 폐로 불러모으는 역할을 한다. 따라서, CD44 유전자의 다형성은 결핵균에 대한 숙주세포의 면역기전 저하를 유발할 수 있다. 이 연구의 목적은 CD44 유전자의 유전자 다형성이 결핵의 감수성에 영향을 미치는지 조사하는 것이다. 결핵균과 CD44의 연관성에 대하여 대한 한국 협회 자원의 443명의 cases와 3228명의 control을 이용하여 CD44 유전자의 237개의 SNP를 분석하였다. 이 중 17개의 SNP가 결핵과 통계적으로 유의한 관련성을 보였다. 가장 유의성 있는 SNP는 rs75137824였다(OR=0.231, CI: 1.51~3.56, $P=1.3{\times}10^{-4}$). 또한 결핵 발병에 유의성이 있는 SNP중 rs10488809의 경우는 전사인자 JUND 및 FOS에 결합하는 부위로써 CD44 유전자 발현에 영향을 줄 수 있는 것으로 확인할 수 있었다. 이러한 결과는 결핵 발병이 CD44 발현 차이에 의한 숙주 면역반응에 차이에 의해서 감수성의 차이가 있을 수 있음을 나타 낼 수 있다. 이번 연구 결과는 결핵균 감염에 대한 숙주면역의 유전적 차이가 결핵 진행정도의 차이를 유발할 수 있다는 유전적 배경에 대한 기반을 마련해 줄 수 있을 것이라고 기대한다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제38권5호
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• pp.381-389
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• 2023

비브리오패혈증균은 세계에서 치사율이 50%에 달하는 가장 치명적인 수인성식품매개 병원균으로 해수에서 흔히 있으며, 특히 따뜻한 계절에 발생한다. 본 연구는 제주도의 해수, 유통 수산물, 수족관물에서 분리한 비브리오패혈증균에 대해서 RT-PCR을 이용한 독소 유전자, Vitek을 이용한 항생제 내성, PFGE를 이용한 유전적 특성을 조사하였다. 총 487개의 시료를 조사한 결과 비브리오패혈증균 46주(중복 균주 포함)가 해수에서 44주, 유통수산물에서 1주, 수족관물에서 1주 분리되었다. rtxA, viu와 같은 독소 유전자는 각각 8주(17.4%), 9주(19.6%) 검출되었고, vvhA와 같은 독소 유전자는 모든 균주에서 검출되었다. 항생제 내성 실험결과 cefoxitin 항상제에 대해서 100% 내성이 나타났다. 비브리오패혈증균 46주에 대한 PFGE 분석 결과 총 6유형이 100% 상동성을 보였고, 유사도는 81.3-98.0%로 나타났다. 수산물과 수족관물에서 분리된 비브리오패혈증균은 해수와의 상동성 결과 유사도는 불일치로 나타났고 지역과 시료 사이에는 유사성이 없었다. 독소 유전자를 가진 비브리오패혈증균에 의한 식중독 환자가 제주도에서 발생한 점을 고려해볼 때, 해수, 유통 수산물, 수족관물에서 분리한 비브리오패혈증균에 대한 모니터링이 지속되어야 할 것으로 보인다.

• 식물병연구
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• 제30권1호
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• pp.60-65
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• 2024

2020년 7월, 전라남도 해남에서 퇴록병반과 엽맥녹대 등 바이러스 병징이 보이는 패션프루트(Passiflora edulis) 잎으로부터 total RNA를 추출했으며, RT-PCR 검정과 염기서열 결정을 통해 CMV-HN2를 동정하였다. 패션프루트에 감염하는 CMV의 생물학적 특성을 확인하기 위해 10개 지표식물에 CMV-HN2를 접종한 결과, CMV-Fny와 비교하여 전형적인 CMV의 감염 패턴을 나타냈다. CMV 패션프루트 분리주들의 외피단백질에 대한 계통발생학적 분석한 결과, CMV의 패션프루트 분리주들은 subgroup I에 속하는 것으로 나타났으며, 그중 CMV-HN2는 subgroup IA에 속하는 것으로 나타났다. 또한 국내 패션프루트 CMV 분리주들 사이의 subgroup 차이가 확인되었다. 패션프루트 분리주 간의 외피단백질 아미노산 서열을 비교하였을때, CMV-HN2는 다른 분리주들과 특이적으로 4-8개 아미노산 차이가 존재하였다. 이 결과를 통해, 패션프루트 CMV 분리주들의 외피단백질에서 유전적 다양성이 있음을 확인하였다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제30권6호
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• pp.1082-1094
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• 2023

본 연구는 무김치에서 우점균인 Leuconostoc속의 균주 특성을 살펴보고 유용한 균주를 발굴하여 소재화하기 위해 수행되었는데, 이들 Leuconostoc속 4균주의 효소학적 특성, 안전성 평가, 및 면역증강 효과는 양성대조구 LGG와 함께 비교·분석하였다. 효소활성 평가에서 모든 시험균주들은 벤조피렌과 같은 발암성 전구물질 생성과 연관된 β-glucuronidase 효소활성을 갖고 있지 않았고, β-1,4 당쇄결합을 유리시키는 β-glucosidase 효소활성을 나타내어 식품, 세제, 화학 등 여러 산업 분야로의 활용성을 기대할 수 있는 특징을 보유하고 있었다. 또한, 시험균주들에 대한 항생제 내성 평가결과는 8종 항생제들에 대해 MIC 값이 EFSA 기준치 이하로 감수성을 나타내었다. 용혈성 현상 실험 결과, 4종의 시험균주와 양성대조구로 사용된 LGG균은 모두 용혈능이 없는 감마 용혈 현상을 나타내었고, 병원성 미생물 4종에 대한 항균활성 결과에서도 Leu. mesenteroides K2-4 균주가 B. cereus와 Sta. aureus에 대하여 각각 19±0과 20±0 mm의 억제환을 나타내었는데, 이는 양성대조구인 LGG균보다 높은 항균활성을 보였다. 대식세포 RAW cell에 시험균주들을 처리하였을 때 NF-kB/AP-1 전사인자의 활성도는 모든 유산균주가 처리 농도가 낮을수록 농도 의존적으로 증가하였다. 이들 세포들에 의해 염증성매개물질 중 TNF-α와 IL-6의 생성량 역시 시험균주의 처리 농도가 낮을수록 높은 값을 보였는데, 특히 Leu. mesenteroides K2-4 균주는 모든 항목에서 다른 균주들에 비해 뚜렷한 차이를 보였다. 또한, mRNA 수준에서 TNF-α와 IL-6 발현량 역시 통계적 유의수준(p<0.05)으로 높은 활성을 저농도에서 처리하였을 때 유의적(p<0.05)으로 높은 값을 나타내었다. 따라서 이들 균주들이 분비한 사이토카인들은 T세포와 B세포를 자극하여 체내 면역체계를 활성화시켜 면역증강에 기여할 수 있을 것으로 사료된다. 종합적으로 본 연구에서 사용한 모든 Leuconostoc 균주들은 효소활성과 안전성이 확인되었는데, 그 중 Leu. mesenteroides K2-4균주가 높은 면역활성능을 보여, 향후 면역 기능 개선을 위한 건강기능식품 개발을 위한 후보소재로서 유용하게 이용될 수 있을 것으로 기대된다.