• Journal of Interdisciplinary Genomics
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• 제6권1호
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• pp.6-13
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• 2024

Background: ABO typing is crucial for ensuring safe blood transfusion and is commonly performed by examining antigen-antibody interactions. Determining ABO blood group can be difficult when dealing with ABO discrepancy and ABO subgroups. ABO genotyping may be necessary to resolve ABO discrepancy. ABO genotyping primarily involves direct sequencing, with the possibility of using other molecular methods. Methods: PCR and direct sequencing of exons 6 and 7 were performed for total 108 samples from June 2010 to December 2019. Also, other molecular methods including cloning sequencing and short tandem repeat analysis were carried out just in case. Sequencing data were compared with allele information of blood group antigen mutation databases. Results: The predominant causal allele among 108 ABO discrepant cases was cis-AB01, with 28 cases. This was followed by rare ABO alleles (B309, B306, A204, Bw29, and Ax01) with 14 cases, and blood chimera with 5 cases. Five new alleles were identified during the investigation. Conclusion: This study reaffirms that cis-AB is the most common cause of inherited ABO discrepancies, and cis-AB01 is the most prevalent cis-AB allele in the Korean population, also in the southeastern region. In addition, we discovered five new alleles and five blood chimeras by adopting sequencing analysis and additional molecular techniques to resolve ABO discrepancies, which provide regional data on rare alleles. This study presents rare and new ABO alleles and blood chimeras identified over a ten-year period at two major university hospitals in Southeastern Korea.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권1호
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• pp.59-66
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• 2010

목 적: QF-PCR법은 흔한 염색체 이수성에 대한 빠른 산전 진단을 가능하게 하는데, 낮은 가격, 빠른 속도, 그리고 자동화가 가능하여 한꺼번에 많은 검체에 대해 적용할 수 있다는 장점들이 있다. 하지만 아직까지 국내에서 QF-PCR법은 산전 염색체 이수성 선별검사로 주로 사용되는 방법이 아니다. 본 연구에서는 한국인에서 빠른 산전 진단을 목적으로 시행하는 짧은 염기서열 반복(short tandem repeats, STR) 표지자를 이용한 QF-PCR법의 수행능을 검증하고자 한다. 대상 및 방법: 2007년에서 2009년까지 산전 염색체 이수성 선별을 목적으로 의뢰된 847개의 양수 검체에 대해 QF-PCR법을 시행하였는데 13번, 18번, 21번, X, Y염색체에 위치한 총 20개의 STR 표지자로 구성된 Elucigene kit (Gen-Probe, Abingdon, UK)를 사용하였다. 총 847개의 양수 검체에 대한QF-PCR 결과는 염색체 검사 결과와 비교하였고, STR 표지자의 정보력을 평가하기 위해서 각 표지자에 대해 이형접합체 지수(heterozygosity index)를 구하였다. 결 과: 총 847개 양수 검체에 대한 QF-PCR 검사 결과 19개(2.2%, 19/847)에서 13, 18, 21번 염색체와 X, Y염색체의 수적 이상이 관찰되었는데 염색체 검사에서도 동일한 결과를 보여100% 양성 예측율을 나타냈다. 하지만 염색체 검사 결과 7개(0.8%, 7/847) 검체에서 5개의 균형전좌와 2개의 불균형 염색체 이상이 관찰되었으나 QF-PCR에서는 진단되지 않았다. STR 표지자의 평균 이형접합체 지수(he-terozygosity index)는 0.76으로 서양인에서 보고된 0.8에 비해 다소 낮았다. 본 연구에서 D13S634표지자의 미세수준의 중복(submicroscopic duplication)이 1.4% (12/847)에서 관찰되었는데 이는 한국인에서 특징적인 소견으로 생각된다. 결 론: 본 기관에서는 산전 염색체 이수성 선별을 위한 QF-PCR법을 검증하였으며 효율적이고 신뢰할 수 있는 방법임이 입증되었다. 하지만 QF-PCR결과를 해석하기 위한 지침을 만들기 위해서 검사실마다 독립적으로 각각의 STR표지자에 대한 검증이 필요하며, 또한 QF-PCR법을 통상적인 염색체 검사 업무흐름에 통합하는 것이 필요하다고 사료된다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제2권3호
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• pp.163-167
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• 2002

Purpose: Interleukin 1$\beta$ (IL-1$\beta$) polymorphisms are associated with hypochlorhydria, atrophic gastritis, and increased risk of gastric cancer in Caucasians. We tried to determine whether the IL-1.. and IL-1 receptor antagonist (IL-1 RN) genetic polymorphisms contribute to the development of gastric cancer and the specific type of gastritis in Korean. Materials and Methods: The study population was comprised of 128 gastric cancer patients with histologically proven carcinoma and 63 normal healthy individuals. Sixty-eight carcinomas were of intestinal-type and sixty tumors were of diffuse-type. No patient had a familial gastric cancer history. The 511 bp and 31 bp polymorphisms in the IL-1.. were genotyped by polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphism. The polymorphism of the IL-1 RN was analyzed with variable number tandem repeat after PCR. Results: The genotype of 511C/-31T of IL-1$\beta$ and allele 1 of IL-1 RN was dominant in the present subjects. The allelic frequencies of the C allele IL-1$\beta$, which is a high risk genotype for gastric cancer, were 0.551 and 0.429 in gastric cancer and normal controls, respectively. Statistically, significant difference in allelic frequencies of three polymorphic sites between gastric cancer patients and normal controls, and between intestinal-type and diffuse-type was not observed. Conclusions: These results suggest that the polymorphisms of IL-1$\beta$ and IL-1 RN may not contribute to the development of Korean gastric caner and that other endogenous or exogenous factors will be important for gastric carcinogenesis.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제34권3호
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• pp.127-134
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• 2010

This study was to investigate the effect of flavonoid treatment on in vitro development of bovine somatic cell nuclear transfer (SCNT) embryos, and their pregnancy and delivery rate after embryo transfer into recipient. In experiment 1, to optimize the flavonoid concentration, parthenogenetic day 2 ($\geq$ 2-cell) embryos were cultured in 0 (control), 1, 10 and $20\;{\mu}M$ flavonoid for 6 days. In the results, in vitro development rate was the highest in $10\;{\mu}M$ flavonoid group (57.1%) among treatment groups (control, 49.5%; $1\;{\mu}M$, 54.2%; $20\;{\mu}M$, 37.5%), and numbers of total and ICM cells were significantly (p<0.05) higher in $10\;{\mu}M$ flavonoid group than other groups. We found that $10\;{\mu}M$ flavonoid treatment can significantly (p<0.05) decrease the apoptotic index and derive high expression of anti-oxidant, anti-apoptotic, cell growth and development marker genes such as Mn-SOD, Survivin, Bax inhibitor, Glut-5, In-tau, compared to control group. In experiment 2, to produce the cloned Jeju Black Cattle, beef quality index grade 1 bull somatic cells were transferred into enucleated bovine MII oocytes and reconstructed embryos were cultured in $10\;{\mu}M$ flavonoid added medium. When the in vitro produced day 7 or 8 SCNT blastocysts were transferred into a number of recipients, $10\;{\mu}M$ flavonoid treatment group presented higher pregnancy rate (10.2%, 6/59) than control group (5.9%, 2/34). Total three cloned Jeju Black calves were born. Also, two cloned calves in $10\;{\mu}M$ flavonoid group were born and both were all healthy at present, while the one cloned calf born in control group was dead one month after birth. In addition, when the result of short tandem repeat marker analysis of each cloned calf was investigated, microsatellite loci of 11 numbers matched genotype between donor cell and cloned calf tissue. These results demonstrated that the flavonoid addition in culture medium may have beneficial effects on in vitro and in vivo developmental capacity of SCNT embryos and pregnancy rate.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제35권1호
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• pp.77-83
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• 2011

One-step dilution and direct transfer would be a practical technique for the field application of frozen embryo. This study was to examine whether Jeju Black Cattle (JBC, Korean Cattle) can be successfully cloned from vitrified and one-tep diluted somatic cell nuclear transfer (SCNT) blastocyst after direct transfer. For vitrification, JBC-SCNT blastocysts were serially exposed in glycerol (G) and ethylene glycol (EG) mixtures [10%, (v/v) G for 5 min., 10% G plus 20% EG (v/v) for 5 min., and 25% G plus 25% EG (v/v) for 30 sec.] which is diluted in 10% FBS added D-PBS. And then SCNT blastocysts were loaded in 0.25 ml mini straw, placed in cold nitrogen vapor for 3 min. and then plunged into $LN_2$. One-step dilution in straw was done in $25^{\circ}C$ water for 1 min, by placing vertically in the state of plugged-end up and down for 0.5 min, respectively. When in vitro developmental capacity of vitrified SCNT blastocyst was examined at 48 h after one-step dilution, hatched rate (56.4%) was slightly lower than that of control group (62.5%). In field trial, when the vitrified-thawed SCNT blastocysts were transferred into uterus of synchronized 5 recipients, a cloned female JBC was delivered by natural birth on day 299 and healthy at present. In addition, when the short tandem repeat marker analysis of the cloned JBC was evaluated, microsatellite loci of 11 numbers was perfectly matched genotype with donor cell (BK94-14). This study suggested that our developed vitrification and one-step dilution technique can be applied effectively on field trial for cloned animal production, which is even no longer in existence.

• 분석과학
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• 제29권2호
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• pp.79-84
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• 2016

최근 손안에 들어올 정도로 크기가 작아 범죄현장 등에서 사용이 가능하며, 다른 일반적인 장비들에 비해 가격이 1/10이하로 저렴하여 누구나 사용할 수 있는 MiniPCR^TM mini8 Thermal Cycler (Amplyus, Cambridge, MA, USA)가 개발되었다. 본 연구에서는 DNA감식에 일반적으로 사용되고 네 가지 종류의 상염색체 STR 다중증폭 키트들과 한 종류의 Y 염색체 STR 증폭키트, 그리고 미토콘드리아 DNA HV1/HV2의 염기서열 분석법을 사용하여 MiniPCR^TM mini8 Thermal Cycler의 성능을 Applied Biosystems사의 GeneAmp^® PCR system 9700와 비교하였다. STR 다중증폭키트 키트들의 민감도와 증폭 불균형 정도를 비교한 결과 두 PCR 장비에서 큰 차이가 없었으며, 미토콘드리아 DNA HV1/HV2의 염기서열 분석 결과도 동등하였다. MiniPCR^TM mini8 Thermal Cycler는 DNA 감식 실험실은 물론이고, 가격이 저렴해 학교와 개인이 간편하게 사용할 수 있으며, 휴대가 간편해 차량이나 야외에서 활용 될 수 있을 것으로 기대된다.

• Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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• 제30권2호
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• pp.205-212
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• 2008

인간 게놈의 DNA서열의 차이는 개개인의 특이성을 의미하기 때문에 염기서열의 변화는 질병에 대한 감수성, 약물에 대한 반응 등 개인의 성향에 큰 영향을 미치게 된다. 인간 게놈에는 여러 가지 형태의 유전적 변이가 존재하지만 그 중 단일염기다형성이 인간의 유전적, 표현형의 다양성을 설명하는 주된 유전적 변이로 생각되었으나 최근 유전체 전체 분석법의 발전으로 1 kb 이상 크기의 CNV의 발견으로 개체간의 유전적 다양성에 대한 더 많은 이해가 가능하게 되었고, 진화와 유전 질환에 대한 CNV의 역할을 조사하는 연구의 기초를 제공하게 되었다. 현재 인간게놈의 CNV를 찾아내고 특성화 작업을 목표로 하는 The Copy Number Variation Project를 위해 The Wellcome Trust Institute (Hinxton, United Kingdom), Hospital for Sick Children (Toronto), University of Tokyo (Tokyo), Affymetrix (Santa Clara, CA), 그리고 Harvard Medical School/Brigham and Women's Hospital (Boston, MA) 등이 참여하는 international consortium이 구성되어 보다 심도 있는 연구가 진행되고, 또한 향후 진보된 DNA microarray-based technology와 서열화 기술의 개발로 인간 게놈 상의 모든 유전적 변이를 발견하게 되고 포괄적인 CNV 지도를 완성하고 인간 유전자 다양성 인간의 진화, 유전적 질환 개인 맞춤형 의학에 대한 새로운 이해와 연구가 가능하게 될 것으로 기대된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권11호
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• pp.2044-2051
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• 2017

The main pathological hallmark of Alzheimer's disease is the deposition of amyloid-beta ($A{\beta}$) peptides in the brain. $A{\beta}$ has been widely used to mimic several aspects of Alzheimer's disease. However, several characteristics of amyloid-induced Alzheimer's disease pathology are not well established, especially in mice. The present study aimed to develop a new Alzheimer's disease model by investigating how $A{\beta}$ can be effectively aggregated using prokaryotes and eukaryotes. To express the $A{\beta}42$ complex in HEK293 cells, we cloned the $A{\beta}42$ region in a tandem repeat and incorporated the resulting construct into a eukaryotic expression vector. Following transfection into HEK293 cells via lipofection, cell viability assay and western blotting analysis revealed that exogenous $A{\beta}42$ can induce cell death and apoptosis. In addition, recombinant His-tagged $A{\beta}42$ was successfully expressed in Escherichia coli BL21 (DE3) and not only readily formed $A{\beta}$ complexes, but also inhibited the proliferation of SH-SY5Y cells and E. coli. For in vivo testing, recombinant His-tagged $A{\beta}42$ solution ($3{\mu}g/{\mu}l$ in $1{\times}PBS$ containing $1mM\;Ni^{2+}$) was injected stereotaxically into the left and right lateral ventricles of the brains of C57BL/6J mice (n = 8). Control mice were injected with $1{\times}PBS$ containing $1mM\;Ni^{2+}$ following the same procedure. Ten days after the sample injection, the Morris water maze test confirmed that exogenous $A{\beta}$ caused an increase in memory loss. These findings demonstrated that $Ni^{2+}$ is capable of complexing the 50-kDa amyloid and that intracerebroventricular injection of $A{\beta}42$ can lead to cognitive impairment, thereby providing improved Alzheimer's disease models.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제50권4호
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• pp.445-456
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• 2008

텔로미어란 염색체 말단부에 TTAGGG의 반복 염기서열과 특정 단백질로 구성되어 있는 것으로 핵 내 염색체의 안정성에 작용을 하며 세포의 노화, 사멸 및 암의 발생과 관련이 있다. 텔로머레이스는 텔로미어의 길이를 일정하게 유지하기 위한 직접적 효소로서 telomeric DNA 합성에 관여하는 ribonucleoprotein이다. 본 연구에서는 한우와 Holstein종 136두를 대상으로 백혈구 세포를 이용하여 연령 별, 품종 별, 성 별 텔로미어 함량을 분석하였다. 또한 동일 연령에서 혈액, 간, 뇌, 심장, 신장 및 생식선 조직들의 텔로미어 함량과 텔로머레이스 활성도도 비교 분석하였다. Telomeric DNA의 양적분석은 양적형광접합보인법(Q-FISH)을 이용하였고, 텔로머레이스 활성도의 분석은 TRAP방법을 이용하였다. 분석 결과, 소의 백혈구 세포들에 있어 개체의 연령이 증가함에 따라 텔로미어의 함유율이 점진적이며 유의적으로 감소되는 양상을 보였고, 한우가 Holstein에 비해 텔로미어 함유율이 높게 나타나 품종 간 유의적 차이가 있었으며, 성 간에도 수컷이 암컷에 비해 유의적으로 높은 텔로미어 함유율을 나타내었다. 반면 동일 연령의 간, 심장, 신장, 폐, 혈액 세포내 텔로미어의 함유율은 차이가 없는 것으로 나타났다. 텔로머레이스 활성도는 태아의 모든 조직에서 비교적 강한 활성을 보였지만, 성 성숙이 된 18개월령에서는 생식선 조직을 제외한 나머지 조직에서 텔로머레이스 활성도는 현저하게 떨어져 조직별 세포의 증식성 특이성과 텔로머레이스 활성도간에는 밀접한 연관성이 있는 것으로 나타났다. 이상의 결과로서 세포내 텔로미어 양적 분포 양상 및 텔로머레이스 활성도를 이용하여 개체의 연령 지표 또는 생리적 표지의 개발 가능성을 제시하고 자 한다.

• 한국동물학회지
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• 제39권4호
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• pp.378-386
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• 1996

우리는 두 가지의 새로운 luciferase reporter plasmid를 개발하였는데 그 하나는 이 plasmid에 promoter조각을 삽입한 다음에 그 promoter의 활성을 측정하는 용도로 사용 될수 있고, 다른 하나는 매우 낮은 basal promoter 활성을 갖고 있기 때문에 진핵생물의 전사 조절인자의 연구에 도움이 될 수 있다. 후자의 reporter plasmid에는 17염기쌍의 initator 와 Spl,GAL4그리고 일부 Drosophila homeodomain protein의 결합우뷔에 해당하는 cis elements등을 들어 있다.그리고 tranciption termination을 촉진할 수 있는 signal을 initiator앞서 삽입하여 이런 reporter plasmid에 존재할 수 있는 cryptic promoter에서 시작된 transcript가 luciferase reporter cDNA로 진행되는 것을 방지하는 개선된 reporter plasmid를 제조하여 promoter활성을 Drosophila Schneider line 2 cells을 이용한 transient transfection assay방법으로 측정하였다. 여기에 사용한 termination 촉진 signal은 SV40 polyadenylation signal의 3연속 조각(AAA)과 tenscription termination signal이 포함된 것으로 믿어지는 mouse c-mos 유전자의 일부조각 (UMS)이다. 기대한으로 이 두가지의 signal을 삽입하였을 때 basal promoter활성이 최대한으로 감소하였으며 이 두 가지 signal을 삽입된 reporter plasmid를 사용하여 promoter의 활성을 보다 sensitive하게 측정하였다. 이 reporter plasmid는 Droiophlla melanogaiter뿐만 아니라 포유동물을 포함한 고등생물의 전사 조절인자 연구의 한 도구로 사용될 수 있을 것이다.