Initial subcellular responses in susceptible (PI 274420) and resistant (cv. Hartwig) soybeans infected with the soybean cyst nematode (SCN) were examined 2 and 4 days after inoculation (DAI). Subcellular features common to both soybeans at 2 DAI included hypertrophied initial syncytial cells (ISCs) and syncytium-component cells (SCs) with a dense cytoplasm containing proliferated rough and smooth endoplasmic reticulum (RER and SER), a hypertrophied nucleolus, and reduced vacuoles, suggesting that the nematode-infected cells were dedifferentiated. In the resistant soybean, a striking initial subcellular difference from the susceptible soybean was the dilation of the RER, indicating ER dysfunction and leading to cell death. This disturbed nematode feeding, as evidenced by disrupted feeding tubes. In PI 274420, the ISC cytoplasm was depleted, with the exception of ER membranes, at 4 DAI, while the SC cytoplasm was dense with proliferation of starch-containing plastids around multiple nuclei that might be derived from the congregation of nuclei in the neighboring SCs and in part by nuclear division without cytokinesis. In cv. Hartwig, syncytia were necrotized with secondary cell wall thickening outside the plasma membrane and an extremely dense cytoplasm containing a nucleus with an electron-lucent nucleolus, accompanied by the proliferation of closely stacked parallel RER and ribosomes. These results suggest that syncytia develop continuously in PI 274420 to produce and store nutritional substances in SCs, providing for the nematode through ISC until maturation, but in cv. Hartwig, syncytia degenerate early due to excessive metabolism, blocking nematode feeding and cytoplasmic connections with adjacent intact cells.
Seon, Jeong-Hoon;J.Steven Szarka;Maurice M. Moloney
Journal of Plant Biotechnology
/
v.4
no.3
/
pp.95-101
/
2002
Molecular faming has the potential to provide large amounts of recombinant protein for use in diagnostics and as therapeutics. Various strategies have been developed to enhance the expression level, stability, and native folding of recombinant proteins produced in plants. Few investigations into the subcellular distribution of recombinant proteins within plant cells have been published despite the potential to increase the expression level and impact the purification process. This review article discusses the current strategies used for targeting recombinant proteins to various subcellular locations and the advantages of targeting to seed oil bodies for molecular farming applications. Specifically, the affinity capture of antibodies using recombinant oilbodies is discussed.
Kim, Yeong-Mi;Cha, Seung-Ju;Mun, Chang-Hun;Do, Jeong-Wan;Park, Jeong-U
Proceedings of the Korean Aquaculture Society Conference
/
2006.05a
/
pp.476-478
/
2006
To analyze subcellular localization of betanodavirus protein B2, a plasmid expressing Betanodavirus protein B2 fused to enhanced green fluorescent protein (EGFP-Nl) was constructed. The transient expression of full-length B2 fused to EGFP in GF cells confirmed the equal distribution of protein B2 between cytoplasm and nucleus. However, transfection of N-terminal half of the B2 revealed that this truncated form predominantly localized to the cytoplasm. By using several deletion mutants and point mutants, we determined the regions and/or motif responsible for the subcellular localization of betanodavirus.
The cttl+ gene in Schizosaccharomyces pombe encoeds a catalse responsible for H2O2-resistance of this organism as judged by the H2O2-sensitive phenotype of the ctt1Δ mutant. In this study, we investigated the subcellular localization of the Ctt1 gene product. In wild type cells catalase activity was detected in the organelle fraction as well as in the cytosol. The ctt1Δ mutant contained no catalase activity, indicating that both cytosolic and organellar catalases are the products of a single ctt1+ gene. Western bolt analysis revealed two catalase bands, both of which disappeared in the ctt1Δ mutant. The major, fastermigrating band existed in the cytosol whereas the monor, slower-migrating band appeared to be located in organelles, most likely in peroxisomes. These results suggest that the ctt1+ gene product targeted to the peroxisome is a modified form of the one in the cytosol.
In this paper, a novel approach, ELM-PCA, is introduced for the first time to predict protein subcellular localization. Firstly, Protein Samples are represented by the pseudo amino acid composition (PseAAC). Secondly, the principal component analysis (PCA) is employed to extract essential features. Finally, the Elman Recurrent Neural Network (RNN) is used as a classifier to identify the protein sequences. The results demonstrate that the proposed approach is effective and practical.
Subcellular distribution of arginase activity was measured in leaves of Canavalia lineata. Both mitochondrial and cytosolic fraction were found to contain the arginase activity. It was noticible that cytosolic fraction contained a substantial amount of arginase activity. Different mobility of arginase from these two fractions was showed on DEAE-Sephacel chromatography and polyacrylamide gel electrophoresis. Also different pI value was showed 6.3 in cytosolic and 6.7, 7.1 in mitochondiral fraction on IEF gel electrophoresis. However, canavaine-dependent-activity (CDA) of arginase in these two fractions were not different. These results indicate that heterogenity of arginase occurs in leaves of C. lineata.
Since protein subcellular location and biological function are highly correlated, the prediction of protein subcellular localization can provide information about the function of a protein. In order to enhance the prediction performance, external information other than amino acids sequence information is actively exploited in many researches. This paper compares the prediction capabilities resided in amino acid sequence similarity, protein profile, gene ontology, motif, and textual information. In the experiments using PLOC dataset which has proteins less than 80% sequence similarity, sequence similarity information and gene ontology are effective information, achieving a classification accuracy of 94.8%. In the experiments using BaCelLo IDS dataset with low sequence similarity less than 30%, using gene ontology gives the best prediction accuracies, 93.2% for animals and 86.6% for fungi.
0.5 mg of natural ginsenoside mixture and 0.8 $\mu$Ci of synthesized 14C-ginsenosides were administered orally to a rat and killed at one hour after the ginsenoside administration and the liver was fractionated into nuclear fraction, mitrochondria microsomes and cytosol fraction. Radioactivity distribu lion in subcellular fractions of the liver showed that 32o1c of total radioactivity absorbed in the liver was in cytosol fraction but a significant portion of the radioactivity was also found in mitochondria (26.6%) and microsomal fraction (18.l%). 5.8% of the total radioactivity was recovered from the nuclear fraction as well. This suggested that ginsenosides might be distributed into all subcellular fractions. Activities of mitochondrial aldehyde dehydrogenase, lactate dehydrogenase and malate dehydrogenase of the liver of rat at two hours after the ginsenoside administraion were found appreciably stimulated, suggesting that the ginsenoside concentration in the liver might be around 10-5%, since optimum concentrations for most enzyme catalyzed reactions in vitro were known to be 10-6% 10-4%. A significant portion of the radioactivity recovered from subcellular fractions of the liver was found in protein fractions, suggesting that proteins might interact with ginsenosides. Examination of protein-ginsenoside interation by gel filtration, equilibrium dialysis and amonium sulfate precipitation technique suggesting that proteins and ginsenosides do not bound covalently but weakl\ulcorner combined. When purified ginsenoside Rbl and Rgl were incubated with rat liver cytosolic enzymes for 20 min, the above ginsenosides were hydrolyzed quickly, suggesting that ginsenosides might be rapidly hydrolyzed and metabolized in the liver. It was also observed in vitro that the ginsenosides such as Rbl and Rgl were easily hydrolyzed by rat liver cytosol preparation suggesting that absorbed ginsenosides might be quickly hydrolyzed and metabolized in the liver.
Eukaryotic cells consist of a complex network of thousands of proteins present in different organelles where organelle-specific cellular processes occur. Identification of the subcellular localization of a protein is important for understanding its potential biochemical functions. In the post-genomic era, localization of unknown proteins is achieved using multiple tools including a fluorescent-tagged protein approach. Several fluorescent-tagged protein organelle markers have been introduced into dicot plants, but its use is still limited in monocot plants. Here, we generated a set of multicolored organelle markers (fluorescent-tagged proteins) based on well-established targeting sequences. We used a series of pGWBs binary vectors to ameliorate localization and co-localization experiments using monocot plants. We constructed different fluorescent-tagged markers to visualize rice cell organelles, i.e., nucleus, plastids, mitochondria, peroxisomes, golgi body, endoplasmic reticulum, plasma membrane, and tonoplast, with four different fluorescent proteins (FPs) (G3GFP, mRFP, YFP, and CFP). Visualization of FP-tagged markers in their respective compartments has been reported for dicot and monocot plants. The comparative localization of the nucleus marker with a nucleus localizing sequence, and the similar, characteristic morphology of mCherry-tagged Arabidopsis organelle markers and our generated organelle markers in onion cells, provide further evidence for the correct subcellular localization of the Oryza sativa (rice) organelle marker. The set of eight different rice organelle markers with four different FPs provides a valuable resource for determining the subcellular localization of newly identified proteins, conducting co-localization assays, and generating stable transgenic localization in monocot plants.
Subcellular localization of protein kinase often plays an important role in determining its activity and specificity. Protein kinase C (PKC), a family of multi-gene protein kinases has long been known to be translocated to the particular cellular compartments in response to DAG or its analog phorbol esters. We used C-terminal green fluorescent protein (GFP) fusion proteins of PKC isoforms to visualize the subcellular distribution of individual PKC isoforms. Intracellular localization of PKC-GFP proteins was monitored by fluorescence microscopy after transient transfection of PKC-GFP expression vectors in the HeLa cells. In unstimulated HeLa cells, all PKC isoforms were found to be distributed throughout the cytoplasm with a few exceptions. PKC$\theta$ was mostly localized to the Golgi, and PKC$\gamma$, PKC$\delta$ and PKC$\eta$ showed cytoplasmic distribution with Golgi localization. DAG analog TPA induced translocation of PKC-GFP to the plasma membrane. PKC$\alpha$, PKC$\eta$ and PKC$\theta$ were also localized to the Golgi in response to TPA. Only PKC$\delta$ was found to be associated with the nuclear membrane after transient TPA treatment. These results suggest that specific PKC isoforms are translocated to different intracellular sites and exhibit distinct biological effects.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.