• 정보처리학회논문지D
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• 제16D권5호
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• pp.643-650
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• 2009

생명정보 대량 획득기술의 하나인 마이크로어레이(microarray)는 DNA와 각종 유전자 연구에 사용되는 도구로 확립되면서, 생명정보학(Bioinformatics)분야의 발전에 크게 기여하였다. 그러나 마이크로어레이는 생명정보학분야의 핵심기술 중 하나로 발전하였음에도 불구하고 실험으로 생성되는 데이터는 형태가 다양하고 매우 복잡한 형태를 갖기 때문에 데이터의 공유나 저장에서 많은 어려움을 겪고 있다. 본 논문에서는 마이크로어레이 데이터의 관리를 원활하게 하기위한 XML 기반의 표준 포맷인 MAGE-ML스키마에서 구조적으로 유사한 엘리먼트가 반복적으로 나타나는 특징과 대다수의 엘리먼트들이 특정 엘리먼트의 자식으로만 온다는 구조적 특징을 이용하여, MAGE-ML의 스키마를 단순화 하고 저장구조를 효율적으로 설계하는 방법을 제안한다. 이 방법에서 인라인 기법(Inlining Technique)을 이용한 스키마의 단순화와 새롭게 제시하는 엘리먼트의 구조적 형태를 기준으로 분류하는 기법을 이용한다. 이를 통하여 데이터베이스 스키마는 간략화 되며 테이블조인의 횟수가 줄어들고 성능은 향상된다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제11권4호
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• pp.181-188
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• 2006

본 논문에서는 번역지원 시스템을 위한 유사예문 검객 알고리즘을 제안한다. 유사예문 검색이란 질의문에 대하여 구조적, 의미적으로 유사한 예문을 찾는 것으로 번역지원 시스템의 핵심 요소이다. 제안하는 알고리즘은 생물정보학 분야에서 두 단백질의 아미노산열의 유사성을 판별하기 위한 Needleman-Wunsch 알고리즘에 기반하고 있다. 표면정보만 이용하는 Needleman-Wunsch 알고리즘을 그대로 문장 비교에 적용하였을 경우 단어 굴절요소에 민감하여 의미적으로 유사한 문장을 발견하지 못할 가능성이 높다. 따라서 표면 정보 외에 단어의 표제어 정보를 추가적으로 이용한다. 또한 문장 구조의 유사성 정도를 반영하기 위해 품사 정보를 이용한다. 즉, 본 논문에서는 단어의 표면 정보. 표제어 정보, 품사 정보를 융합한 문장 비교 척도를 제안한다. 그리고 이 척도를 이용하여 유사 문장을 검색하고, 유사성에 기여하는 부분쌍을 파악하여 결과로 제시한다. 제안하는 알고리즘은 전기통신 분야의 데이터에 대해 매우 우수한 성능을 보였다.

• KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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• 제10권1호
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• pp.257-271
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• 2016

The Structural SIMilarity (SSIM) index is one of the most widely-used methods for perceptual image quality assessment (IQA). It is based on the principle that the human visual system (HVS) is sensitive to the overall structure of an image. However, it has been reported that indices predicted by SSIM tend to be biased depending on the type of distortion, which increases the deviation from the main regression curve. Consequently, SSIM can result in serious performance degradation. In this study, we investigate the aforementioned phenomenon from a new perspective and review a constant that plays a big role within the SSIM metric but has been overlooked thus far. Through an experimental study on the influence of this constant in evaluating images with SSIM, we are able to propose a new solution that resolves this issue. In the proposed IQA method, we first design a system to classify different types of distortion, and then match an optimal constant to each type. In addition, we supplement the proposed method by adding color perception-based structural information. For a comprehensive assessment, we compare the proposed method with 15 existing IQA methods. The experimental results show that the proposed method is more consistent with the HVS than the other methods.

• Ocean and Polar Research
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• 제33권2호
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• pp.159-169
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• 2011

Antifreeze proteins (AFPs) have ice binding affinity, depress freezing temperature and inhibit ice recystallization which protect cellular membranes in polar organisms. Recent structural studies of antifreeze proteins have significantly expanded our understanding of the structure-function relationship and ice crystal growth inhibition. Although AFPs (Type I-IV AFP from fish, insect AFP and Plant AFP) have completely different fold and no sequence homology, they share a common feature of their surface area for ice binding property. The conserved ice-binding sites are relatively flat and hydrophobic. For example, Type I AFP has an amphipathic, single ${\alpha}$-helix and has regularly spaced Thr-Ala residues which make direct interaction with oxygen atoms of ice crystals. Unlike Type I AFP, Type II and III AFP are compact globular proteins that contain a flat ice-binding patch on the surface. Type II and Type III AFP show a remarkable structural similarity with the sugar binding lectin protein and C-terminal domain of sialic acid synthase, respectively. Type IV is assumed to form a four-helix bundle which has sequence similarity with apolipoprotein. The results of our modeling suggest an ice-binding induced structural change of Type IV AFP. Insect AFP has ${\beta}$-helical structure with a regular array of Thr-X-Thr motif. Threonine residues of each Thr-X-Thr motif fit well into the ice crystal lattice and provide a good surface-surface complementarity. This review focuses on the structural characteristics and details of the ice-binding mechanism of antifreeze proteins.

• 대한의용생체공학회:의공학회지
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• 제34권2호
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• pp.47-54
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• 2013

Electrical stimulation is delivered to auditory nerve (AN) through the electrodes in cochlear implant system. Neurogram is a spectrogram that includes information of neural response to electrical stimulation. We hypothesized that the similarity between a neurogram and an input-sound spectrogram could show how well a cochlear implant system works. In this study, we evaluated electrical stimulus configuration of CIS strategy using the computational model. The computational model includes stochastic property and anatomical features of cat auditory nerve fiber. To evaluate similarity between a neurogram and an input-sound spectrogram, we calculated Structural Similarity Index (SSIM). The results show that the dynamic range and the stimulation rate per channel influenced SSIM. Finally, we suggested the optimal configuration within the given stimulus CIS. We expect that the results and the evaluating procedure could be employed to improve the performance of a cochlear implant system.

• 한국해양공학회지
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• 제30권4호
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• pp.287-293
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• 2016

This paper presents an effective damage detection method for offshore jackets using natural frequency change ratios. Two parameters, cosine similarity and magnitude index, are considered to estimate the location and severity of the damage in the structure. A numerical jacket structure model is considered to verify the performance of the proposed method. As observed through analysis, the damages in the structure are detected accurately.

• Journal of Advanced Research in Ocean Engineering
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• 제4권4호
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• pp.174-184
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• 2018

We herein propose a new design procedure of a flexible container ship model where the vertical bending and torsional vibration modes are similar to its prototype. To achieve similarity in torsional vibration mode shapes, the height of the shear center of the model must be located below the bottom hull, similar to an actual container ship with large opening decks. Therefore, we designed a ship model by imparting appropriate stiffness to the hull, using urethane foam without a backbone. We built a container ship model according to this design strategy and validated its dynamic elastic properties using a decay test. We measured wave-induced structural vibrations and present the results of tank experiments in regular and freak waves.

• 한국콘텐츠학회논문지
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• 제22권8호
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• pp.33-43
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• 2022

지식 그래프 및 단백질 상호 작용과 같은 실제 데이터에서 개체들과 개체들의 관계 및 구조를 나타내기 위해 레이블 그래프를 사용한다. IT의 급속한 발전과 데이터의 폭발적인 증가로 사용자에게 관심 있는 정보를 제공하기 위한 서브 그래프 매칭 기술이 필요하다. 본 논문은 레이블의 의미적 유사성과 그래프 구조 차이를 고려한 근사 Top-k 서브 그래프 매칭 기법을 제안한다. 제안하는 기법은 레이블 의미적 유사도를 고려하기 위하여 FastText을 활용한 학습 모델을 이용한다. 레이블 간 의미적 유사도를 미리 계산한 LSG(Label Similarity Graph)를 통해 처리 속도의 효율을 높인다. LSG를 통해 레이블이 정확하게 일치해야 확장이 가능한 기존 연구의 한계를 해결한다. 2-hop까지 탐색을 수행함으로써 질의 그래프에 대한 구조적 유사성을 지원한다. 매칭된 서브 그래프는 유사도 값 기반으로 Top-k 결과를 제공한다. 제안하는 기법의 우수성을 보이기 위하여 다양한 성능평가를 수행한다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제19권7호
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• pp.1599-1607
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• 2015

최근 들어, 인터넷에서 자주 사용되는 XML 문서들에 대한 접근, 질의와 관리를 위한 효율적인 기법들이 연구 되어 왔다. 이 논문에서, 우리는 XML 문서를 효율적으로 군집화하기 위해 부모-자식 행렬 기법을 제안한다. 부모-자식 행렬은 XML 문서의 내용과 구조의 특징들을 분석한다. 부모-자식 행렬의 각 셀은 XML 트리 노드의 값이거나, 트리에서 부모-자식 관계가 존재할 때의 자식 노드의 값이 된다. 따라서 두 XML 문서의 유사도는 대응하는 부모-자식 행렬들의 유사도로 측정된다. 실험을 통해 우리가 제안하는 기법이 좋은 결과를 냄을 보였다.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제18권1호
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• pp.73-86
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• 2001

강원도 가리산 일대 천연활엽수림을 대상으로 산림의 구조적 변화에 영향을 미칠 것으로 고려되는 지형적 위치와 사면방위에 따라 군집을 분류하고, 표본구 조사법에 의하여 군집 구조적 속성을 분석, 비교한 결과는 다음과 같다. 1. 계곡지역을 제외한 산복과 능선지역의 상층임관에서는 신갈나무의 세력이 가장 높게 나타났으나, 계곡지역에서 가장 높은 상대우점도를 보이는 가래나무, 능선지역에서만 높은 세력을 보이는 소나무 등에 의해 지형적 위치별 산림군집간 수종구성의 차이가 큰 것으로 파악되었다. 모든 사면방위 산림군집에서는 신갈나무가 가장 높은 상대우점도를 보이고 있으며, 공통적인 우점종들이 많이 나타나고 있어 지형적 위치별 산림군집들에 비해 수종구성의 변이가 크지 않은 것으로 파악되었다. 2. 상층임관에서는 산복지역의 종다양도가 1.96으로 가장 높았으나, 중층과 하층임관에서는 계곡지역의 종다양도가 각각 2.66, 2.77로 가장 높게 나타났다. 능선지역은 낮은 종풍부성과 균재성에 의해 모든 수관층에서 종다양도가 낮은 것으로 파악되었다. 사면방위에 따라서는 북동지역이 모든 수관층에서 가장 높은 것으로 파악되었으며, 군집간 종다양도의 변이 역시 지형적 위치별 산림군집이 사면방위 군집에 비해 큰 것으로 나타났다 3. 지형적 위치별 산림군집간 유사도는 산복과 능선지역이 가장 높게, 계독과 능선지역이 가장 낮게 산출되었으나, 전반적으로 유사도 수치가 낮아 산림군집간에는 구조적 차이가 큰 것으로 파악되었다. 반면에, 사면방위별 산림군집들은 전체 산림지역과의 유사도 뿐만 아니라 상호간의 군집간 유사도가 높은 것으로 파악되었다.