한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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pp.30-36
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2006
Tissue microarray (TMA) is an array-based technology allowing the examination of hundreds of tissue samples on a single slide. To handle, exchange, and disseminate TMA data, we need standard representations of the methods used, of the data generated, and of the clinical and histopathological information related to TMA data analysis. This study aims to create a comprehensive data model with flexibility that supports diverse experimental designs and with expressivity and extensibility that enables an adequate and comprehensive description of new clinical and histopathological data elements. We designed a Tissue Microarray Object Model (TMA-OM). Both the Array Information and the Experimental Procedure models are created by referring to Microarray Gene Expression Object Model, Minimum Information Specification For In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Experiments (MISFISHIE), and the TMA Data Exchange Specifications (TMA DES). The Clinical and Histopathological Information model is created by using CAP Cancer Protocols and National Cancer Institute Common Data Elements (NCI CDEs). MGED Ontology, UMLS and the terms extracted from CAP Cancer Protocols and NCI CDEs are used to create a controlled vocabulary for unambiguous annotation. We implemented a web-based application for TMA-OM, supporting data export in XML format conforming to the TMA DES or the DTD derived from TMA-OM. TMA-OM provides a comprehensive data model for storage, analysis and exchange of TMA data and facilitates model-level integration of other biological models.
본 연구의 목적은 Getty 재단의 Cultural Objects Name Authority(CONA)를 분석하여, 그 결과를 문헌정보학 분야의 주제전거 개념 모형인 Functional Requirements for Subject Authority Data(FRSAD)에 적용하는 방안을 제시하는 것이다. CONA는 AAT나 ULAN, TGN과 같은 기존의 어휘제어 도구와 연계성이 뛰어나고, LCSH와 같은 도서관 분야의 제어어휘 도구와도 연계할 수 있다. 그러나 CONA는 도서관보다는 박물관이나 미술관의 관점을 기반으로 개발되었으므로 우리 분야의 표준과 정확히 일치하지 않는다. CONA를 우리 분야에서 활용하거나 연계하고자 할 때는 이 점을 고려해야 할 것이다. 본 연구의 의의는 CONA의 관점을 통해 문화 객체에 대한 접근을 제공하는 방식을 검토하여, 유관 분야의 기술도구에 대한 이해를 증진시키고 이를 우리 분야에서 활용하는 방안을 검토하였다는 점에 있다.
시소러스는 분류체계의 분류명을 제어해 주고, 분류표의 색인 역할을 수행할 수 있다. 기록관리에 있어서 시소러스는 기능어를 제어하고, 검색의 접근점을 확장시켜 기능분류체계를 보완해 준다. 그런데 최근에는 정보환경의 변화와 시소러스 구축 및 활용 시스템의 발전으로 시소러스 구축에 관한 국제표준인 ISO 25964가 개정되었다. 또한 기록관리 전반에 대한 국제표준인 ISO 15489의 제1부도 2016년에 개정되었다. 또한 영국의 IPSV나 유럽의 EuroVoc, 뉴질랜드의 FONZ 등은 최근의 경향을 반영하여 효과적으로 시소러스를 구축하고 연계하고 있었다. 이에 본 연구에서는 체계적인 기록관리를 위한 시소러스 구축지침을 관련 표준과 사례 측면에서 살펴보고, 현재의 우리나라 기록관리 분야 시소러스 구축지침의 개선 방안을 제안하였다.
전자상거래의 글로벌한 움직임과 관련하여 여전히 EDI는 전자상거래의 핵심요소로서 중요성을 더해 가고 있지만, 전세계를 하나로 연결하는 인터넷의 등장과 비즈니스 환경의 변화로 말미암아 그 역할과 구현방법에 새로운 변화가 일어나고 있다. 따라서 본 연구는 전자상거래 구현의 중심적인 역할을 하고 있는 기존의 EDI와 현재의 인터넷을 기반으로 하는 EDI까지의 새로운 EBI조류에 대하여 살펴보았다.
BIBFRAME은 기존의 MARC 구조를 대체할 수 있는 새로운 서지 표준으로 인식되고 있으나, 기술항목의 방대함으로 인해 도서관계 현장에서 실제적으로 적용하는데 있어서는 여러 가지 한계를 보이고 있다. 이에 본 연구에서는 도서관 현장에서의 BIBFRAME의 적용성을 향상시키기 위한 방안으로 BIBFRAME의 기술 수준 구분을 제안하였다. BIBFRAME의 기술 수준은 ISBD 2011 통합판의 서지영역을 기준으로 핵심, 표준, 상세 수준의 3단계로 구분하였으며, RDF/RDFS 구문을 적용하여 구분한 기술 수준을 의미적으로 구현하였다. BIBFRAME의 3단계 기술 수준은 Class Granularity 및 Class Element로 정의하였으며, Property Relation을 정의하여 각각의 기술 수준으로 구분된 Class와 BIBFRAME 기술항목을 연계할 수 있는 구문적 환경을 구현하였다. 이를 통해 BIBFRAME을 이용한 서지데이터의 생성과 공유에 있어서의 적용성을 향상시킬 수 있을 것으로 기대된다.
본 논문에서는 대어휘 음성인식에서 널리 사용되고 있는 N-gram 언어모델을 중규모 어휘의 음성인식에서도 사용할 수 있는 의사(疑似) N-gram 언어모델을 제안한다. 제안방법은 ARPA 표준형식 N-gram 언어모델의 구조를 가지면서 각 단어의 확률을 임의로 부여하는 비교적 간단한 방법으로 1-gram은 모든 단어의 출현확률을 1로 설정하고, 2-gram은 허용할 수 있는 단어시작기호 와 WORD 및 WORD와 단어종료기호 의 접속확률만을 1로 설정하며, 3-gram은 단어 시작기호 와 WORD, 단어종료기호 만의 접속을 허용하며 접속확률을 1로 설정한다. 제안방법의 유효성을 확인하기 위해 사전실험으로서 국어공학센터(KLE) 단어음성에 대해 오프라인으로 평가한 견과, 남성 3인의 452 단어에 대해 평균 97.7%의 단어인식률을 구하였다. 또한 사전실험결과를 바탕으로 1,500단어의 중규모 어휘의 증권명을 대상으로 온라인 인식실험을 수행한 결과, 남성 20명이 발성한 20단어에 대해 평균 92.5%의 단어인식률을 얻어 제안방법의 유효성을 확인하였다.
Han, Seung-A;Yang, Eu Jeen;Kong, Younghwa;Joo, Chan-Uhng;Kim, Sun Jun
Clinical and Experimental Pediatrics
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제60권7호
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pp.227-231
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2017
Purpose: This study aimed to verify the safety of low-dose topiramate on language development in pediatric patients with migraine. Methods: Thirty newly diagnosed pediatric patients with migraine who needed topiramate were enrolled and assessed twice with standard language tests, including the Test of Language Problem Solving Abilities (TOPs), Receptive and Expressive Vocabulary Test, Urimal Test of Articulation and Phonology, and computerized speech laboratory analysis. Data were collected before treatment, and topiramate as monotherapy was sustained for at least 3 months. The mean follow-up period was $4.3{\pm}2.7months$. The mean topiramate dosage was 0.9 mg/kg/day. Results: The patient's mean age was $144.1{\pm}42.3months$ (male-to-female ratio, 9:21). The values of all the language parameters of the TOPs were not changed significantly after the topiramate treatment as follows: Determine cause, from $15.0{\pm}4.4$ to $15.4{\pm}4.8$ (P>0.05); making inference, from $17.6{\pm}5.6$ to $17.5{\pm}6.6$ (P>0.05); predicting, from $11.5{\pm}4.5$ to $12.3{\pm}4.0$ (P>0.05); and total TOPs score, from $44.1{\pm}13.4$ to $45.3{\pm}13.6$ (P>0.05). The total mean length of utterance in words during the test decreased from $44.1{\pm}13.4$ to $45.3{\pm}13.6$ (P<0.05). The Receptive and Expressive Vocabulary Test results decreased from $97.7{\pm}22.1$ to $96.3{\pm}19.9months$, and from $81.8{\pm}23.4$ to $82.3{\pm}25.4months$, respectively (P>0.05). In the articulation and phonology validation in both groups, speech pitch and energy were not significant, and all the vowel test results showed no other significant values. Conclusion: No significant difference was found in the language-speaking ability between the patients; however, the number of vocabularies used decreased. Therefore, topiramate should be used cautiously for children with migraine.
본고는 링크드 데이터 및 LRM을 반영하여 2019년 RDA가 개정됨에 따라 RDA의 다양한 활용을 위해 RDA 응용 프로파일 작성시 고려사항을 연구하였다. 연구방법으로 문헌연구와 사례연구를 이용하였으며, 연구 결과로 RDA 응용 프로파일 구축시 다음의 고려사항을 제안하고자 한다. 첫째, 응용 프로파일의 내용으로 기존 연구자들이 제시한 항목인 요소명, 요소 ID, 요소 URI, 기술 방식, 출처, 출처값, 요소의 최소 및 최대 기술 횟수, 주기사항 이외에 추가사항으로 반대 요소, 상위 요소, 하위 요소, 도메인, 범주, 레이블의 여러 이름, MARC 매핑, BIBFRAME 매핑, RDA 기술 사례를 제안하였다. 둘째, RDA의 모든 요소별 규칙에는 4가지 기술 방식과 여러 조건과 선택사항이 제시되고 있는데 이를 보다 구조화시켜 응용 프로파일에 적용하기 위해 RDA 규칙 분석을 바탕으로 규칙을 플로우차트로 표현하는 방법과 이를 다시 응용 프로파일로 표현하는 방안을 제시하였다. 셋째, RDA와 BIBFRAME은 내용 표준과 입력 포맷으로서 상호 연계되고, RDA를 내용규칙 사용하는 BIBFRAME 입력기를 작성하기 위해서는 RDA 규칙과 이에 해당하는 BIBFRAME의 상호 연계가 필수이므로 RDA 응용 프로파일의 내용으로 RDA와 BIBFRAME의 매핑 정보를 추가할 것을 제안하였다. 본 연구를 통해 RDA 응용 프로파일 구축 방안을 모색할 수 있을 것이며, RDA 내용규칙을 바탕으로 한 BIBFRAME의 프로파일 작성에도 기여할 수 있을 것이다.
Objective: Various controlled vocabulary such as thesaurus and classification make us to reuse and share effectively by defining different concept and linking terms each other. The UMLS(Unified Medical Language System) is one of the most universal medical terminology systems. It is needed various methods to share and reuse information of traditional Korean medicine. We will research on method that adopt SUI of the UMLS(that is de facto standard in medical terminology system) in traditional Korean medical terminology. Method: We described major problems and applying process when we tried to add traditional Korean medicine in the part of meridian into the UMLS metathesaurus. Comparing western medical terms and traditional Korean medical terms for applying UMLS metathesaurus, there is not only many consistency, but also differences. Result: We confirmed what is the differences and consistency between western medical terms and traditional Korean medical terms. And then reviewed methods that apply the CUI, LUI, SUI in traditional Korean medical terms. Traditional Korean medical terms are not discriminated by singular or plural string. In addition, traditional Korean medical terms have vary string by initial law: the law of initial sound of a syllable. Character is described with Korean, traditional Chinese, modern Chinese, etc. According to meaning, language, initial law, SUI has a distinct value respectively. Conclusion: There are many differences to apply the UMLS between western medical terms and traditional Korean medical terms. For the better implementation to traditional Korean medicine into the UMLS, further research is needed in standardization and classification of traditional Korean medical terms, medical information system, etc. We hope this study helps the implementation UMLS, EHR, knowledge based system in Oriental medicine in the future.
본 연구에서는 국립중앙도서관 링크드 데이터를 대상으로 인물 정보가 표현되고 연계되는 방식을 분석하고, 이를 확장하기 위한 방안을 제안하였다. 분석 결과, 저자로서의 인물 정보는 링크드 데이터에서도 인물을 표현하는 어휘와 연계되어 기술되고 있는 반면에, 주제로 표현된 인물은 개념으로만 취급되고 있었다. 또한 링크드 데이터 구축과정에서 기존의 전거 정보를 변환한 것 외에는 별도의 부가 정보를 추가했는지를 확인할 수 없었다. 이에 본 연구에서는 저자로서의 인물 정보뿐 아니라 주제로서의 인물 정보도 서지 정보에 포함시키고, 저자로서의 인물정보와 주제로서의 인물 정보를 연계할 때 링크드 데이터의 품질을 제고할 수 있다고 판단하였다. 그리고 이와 더불어 인물과 관련된 부가 링크 정보를 함께 구축하고 이를 활용하여 서지데이터 검색의 접근점을 확장하는 방안도 함께 제안하였다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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