• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제37권1호
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• pp.59-62
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• 1999

Characterization of YS-27, an axenic Entamoeba strain. was performed by three different laboratory methods. Zymodeme analysis using starch gel electrophoresis and PCR with species-specific primers showed that YS-27 is a pathogenic Entamoeba which belongs to the group II zymodeme. Pathogenicity of YS-27 was further confirmed by observing the formation of liver abscess in Mongolian gerbils. These results showed that YS-27 is E. hisolytica.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제33권4호
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• pp.280-288
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• 2018

본 연구는 국내에서 생산되거나 해외에서 수입되어 국내에서 유통되는 수산물 중에서 두족류를 문어류, 낙지류, 오징어류, 주꾸미류, 꼴뚜기류의 5개 그룹으로 구분하여 분석하였다. 두족류 5개 그룹을 판별을 하기 위해 미토콘드리아에 존재하는 유전자를 분석하였고, 그 중에서 COI (mitochondrial cytochrome C oxidase subunit I), 16s rRNA (16s ribosomal RNA), 12s rRNA (12s ribosomal RNA) 내에서 상당히 유사한 DNA 서열 부분과 일부 서열 변화 부분이 확인되었다. 명확하게 두족류 5개 그룹 판별을 하기 위해 COI, 16s rRNA, 12s rRNA 유전자의 일부 서열 변화 부분에서 그룹 특이적 프라이머 세트를 디자인하였다. 국내 외에서 확보한 두족류 시료(참문어, 낙지, 살오징어, 아메리카 대왕오징어, 갑오징어, 주꾸미, 모래주꾸미, 하이야주꾸미, 참꼴뚜기, 창꼴뚜기, 한치꼴뚜기)의 genomic DNA을 추출하여 각 그룹의 특이적 프라이머를 이용하여 SYBR 기반의 real-time PCR 시스템에 의해 분석되었고, threshold cycle (Ct) value와 같은 real-time PCR 결과 분석에 의해 두족류 내 그룹 판별이 가능하였다(Table 3).

• 한국산림과학회지
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• 제105권4호
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• pp.422-428
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• 2016

은행나무는 이식성이 좋고 열악한 환경에서도 잘 자라기 때문에 도심 가로수나 조경수로 매우 적합한 수종이다. 은행나무는 암수딴그루 식물로 수나무와 암나무의 생식기관(수꽃과 암꽃)의 비교를 통하여 성을 식별할 수 있으나, 꽃이 달리기까지 약 20년 이상이 필요하다. 가로수용 은행나무는 주로 꽃이 생성되기 이전에 식재되기 때문에 암나무와 수나무 구분 없이 가로수로 식재되어왔다. 가로수로 식재된 암나무에서 열리는 은행나무 열매는 악취를 발산하고 거리 오염을 야기하고 있다. 따라서 본 연구에서는 유시에 수나무를 선별하기 위하여 기존에 보고된 수나무 특이 RAPD 변이체의 염기서열을 기반으로 수나무에서만 675 bp의 PCR 산물을 증폭하는 SCAR 마커(SCAR-GBM)를 개발하였다. SCAR-GBM 마커의 우성 마커 특성에 기인한 위음성(false-negative)문제를 해결하고 식별 효율을 향상시키기 위하여 SCAR-GBM 마커와 mtDNA의 atp1 영역을 증폭하는 범용 프라이머를 동시에 적용하는 multiplex PCR을 이용하였다. 그 결과 암나무와 수나무에서 공히 atp1 영역에 해당하는 1,039 bp의 PCR 산물이 증폭되었으며, 수나무에서만 특이적으로 SCAR-GBM 마커가 증폭되었다. 전국 8개 지역에서 채취된 암나무와 수나무 각 80개체에 대한 분석을 통하여 SCAR-GBM 마커와 multiplex PCR 방법의 재현성이 확인되었다.

• 식물병연구
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• 제23권3호
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• pp.241-248
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• 2017

강원도 고랭지배추 포장에서 검출된 사탕무씨스트선충(H. schachtii)과 콩씨스트선충(H. glycines)을 구별할 수 있는 신속진단법을 개발하고자 하였다. 이를 위해 mtDNA COI 유전자 영역의 계통분석으로 동정된 사탕무씨스트선충 GC147, GC408, PM001 개체군과 콩씨스트선충 YS224, DA142, BC115 개체군을 대상으로 PCR-RFLP와 본 연구에서 개발한 특이 프라이머 세트를 이용한 PCR을 수행하였다. 사탕무씨스트선충과 콩씨스트선충 각각 3개 개체군의 mtDNA COI 영역 PCR 증폭산물에 8종류의 제한효소를 처리하여 DNA 절편길이다형성을 확인하였으며, 2종류의 제한효소 RsaI과 HinfI을 처리하면 DNA 밴드 양상의 차이로 사탕무씨스트선충과 콩씨스트선충 두 종을 구별할 수 있었다. 또한, 본 연구에서 개발한 프라이머 세트(JBS1, JBG1과 JB3R)는 사탕무씨스트선충 mtDNA COI 영역의 277과 339 bp, 콩씨스트선충의 339 bp의 특정 DNA 단편을 증폭시켰으며, 뿌리혹선충 3종과 뿌리썩이선충 2종의 식물기생선충은 증폭시키지 않았다. 따라서, 본 연구에서 개발한 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하면 사탕무씨스트선충과 콩씨스트선충을 구별할 수 있었다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제10권1호
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• pp.19-32
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• 2006

참게(Eriocheir sinensis)와 꽃게(Portunus trituberculatus)의 2종으로부터 genomic DNA를 분리 추출하였다. 선택된 7개의 OPA-05, OPA-13, OPA-16, OPB-06, OPB-15, OPB-17 and OPD-10의 RAPD primer를 이용하여 identical, polymorphic 그리고 specific fragment를 얻어냈다. 본 연구에서 부안산 참게 집단에서는 505개의 fragment가 나타났고, 꽃게 집단에서는 513개의 fragment가 확인되었다. 참게 집단에서는 165개의 identical fragment가 나타났으며, 이는 primer당 평균적으로 23.6개의 fragment로 확인되었다. 또한 꽃게 집단에서는 66개로서 평균해서 primer당 9.4개의 identical fragment가 나타났다. 참게 집단과 꽃게 집단의 polymorphic fragment는 각각 50개와 14개로 나타났고, 참게 집단과 꽃게 집단의 경우 OPB-17에서 identical fragment가 300 bp의 크기에서 확인되었다. 각각을 비교해 보았을 때 유전적 차이는 참게 집단에서보다 꽃게 집단에서 더 높은 수치를 나타내었고, 2종 사이에서 $0.726{\pm}0.004$의 수치를 나타내었다. 7개의 primer를 사용하여 얻어진 dendrogram은 cluster 1(FRESHWATER 01), cluster 2(FRESHWATER 02, 03, 04, 05 및 06), cluster 3(FRESHWATER 07, 08, 09, 10 및 11) 및 cluster 4(SWIMMING 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 and 22)와 같이 4개의 유전적 클러스터로 나뉘어졌다. 꽃게 집단에서 18번째 개체(SWIMMING no. 18)와 17번째 개체 (SWIMMING no. 17) 사이가 가장 가까운 유전적 관계(genetic distance 0.096)를 나타내었다. 궁극적으로 볼 때 참게 집단의 2번째(FRESHWATER no. 02)와 참게 집단의 3번째(FRESHWATER no. 03) 개체 사이가 가장 먼 유전적 거리 (genetic distance=0.770)를 나타내었다. 위에서 언급했던 것처럼 RAPD-PCR 방법은 참게 및 꽃게 2종의 종 판별을 하기 위한 진단적 표지 (diagnostic marker)로 이용할 수 있는 잠재력을 가지고 있는 것으로 확인되었다.

• 대한본초학회지
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• 제26권3호
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• pp.15-21
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• 2011

Objectives : The application of polymerase chain reaction (PCR) for the discrimination of the herbal medicine Leonuri Herba (Leonurus japonicus) was evaluated by the comparison of the DNA sequence with Lamiaceae herbal medicine. Method : Genetic analysis showed that phylogenetic tree and comparing sequences through the DNA analysis of rbcL (ribulose-1, 5-bisphosphatecarboxylase) region and trnL-F (tRNA-Leu, trnL-trnF intergeni cspacer, and tRNA-Phe) region of chloroplast DNA from six Lamiaceae sold in market. And we developed IMCF and IMCR primers in order to distinction Leonuri Herba in six Lamiaceae using rbcL and trnL-F sequences. Results : Genetic analysis showed that six Lamiaceae showed individual group on phylogenetic tree. PCR amplification product of Leonuri Herba and another five Lamiaceae were developed for amplification of a 281 bp sequence and the specific PCR amplification of a 460 bp sequence that was exclusive to Leonuri Herba was designed using IMCF and IMCR primers. Conclusion : PCR analysis based on the chloroplast DNA sequences allows the discrimination of Leonuri Herba-based medicine.

• 대한의생명과학회지
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• 제5권2호
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• pp.209-212
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• 1999

라임병의 원인균인 Borrelia burgdorferi에 대하여 각 균종의 표준균주와 진드기에서 추출한 DNA를 template로 PCR을 실시한 후 그 증폭산물을 Alu I으로 처리한 restriction fragment length polymorphism (RFLP) 방법으로 각 균종의 연관성을 조사하고자 하였다. 표준균주로 RFLP를 실시한 결과 B. burgdorferi sensu stricto와 B. garinii의 RFLP 형태 (50 bp, 70 bp, 150 bp)가 유사하였으며 B. afzelii에서는 다른 RFLP 형태 (50 bp,110 bp,150 bp)를 관찰하였다. 그 중 B. afzelii KK-1과 B. garinii HPI은 새로운 RFLP형태를 보여 B. afzelii자 B. garinii는 각각 2 type의 subgroup으로 분류할 수 있었다. 진드기 DNA에서는B. afzelii를 포함한 각 균종에 대하여 모두 유사한 RFLP형태를 보였는데, 진드기 DNA에서 확인된 B. afzelii는 KK-1과 같은 군에 속하는 것으로 사료되었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제34권1호
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• pp.15-20
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• 1996

이 실아메바(Entamoeba histoIytica)와 동형 아메바(Entamoebc dispar. 동형아메바)의 포낭은 형태학적으로 구분이 안되어 종 감별에 관하여 논란이 있어 왔다. 최근에 이 둘이 별종이며 특히 이질아메바는 병원성이고 동형아메바는 비병윈성입이 확인퇴어 그 감별이 중요한 의미를 갖게 피었나 이 연구에서는 우리 나라의 아메바 분리체를 중합효소 반응과 제한효소 반응을 이용하여 두 종으로 감별하였다. 1994-1995년에 대변을 통강의 방법으로 검색하여 포낭이나 영양형이 발견된 검체를 로빈슨 배지에서 배양하고 배양된 영양형에서 DNA를 분리하였다. PI 유전자 염기서열 중에서 시발페(primer)를 만득어 중합효소 반응으로 482 bp 크기의 산물을 얹고 이를 제한효소(Tuq I, Xmn I, Acc I)로 처리하였다. 또한 Xmn I과 Acc I 제한 효소의 특이 염기서열온 고함하는 시발체를 제작하여 따로 중합효소 반응을 시행하였다. 그 결과 13개 분리체 중에서 S9, S12, YS-6, YS-27의 482 bp 산물은 Taq I과 Xmn I 의하여 그 외의 분리체 산물은 Acc I에 의하여 절단되었다. 이 결과는 특이 염기서열 시발체의 중합효소 반응에서 얻은 산물과 일치하였다, 이 결과에 의하여 분리체 S9, S12, YS-6는 대장염 창자에서. YS-27은 간농양 환자에서 분리한 병원성의 이질아메바(E. histolytica)이고 분리체 S1, S3, S11, S15, S16, S17, S20, YS-17, YS-44는 부증상의 포낭배출자에서 얻은 비병원성의 동형아메바(E. nispur)로 구별할 수 있었다. S1은 설사 환자에서 얻은 분리체 이지탄 동형아메바임을 확인하였고 따라서 이 환자의 설사는 다른 원인에 의한 것으로 판단 된다. 이로써 비병원성인 동형아메바가 우리 나라에서도 병원성 이질아메바보다 더 흔하게 존재한다는 것을 처음으로 기록하며 E. dispar의 우리 말 이름을 동형아메바로 제안한다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제32권2호
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• pp.269-280
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• 2002

The purpose of this study is to develop species-specific DNA probes and polymerase chain reaction (PCR) primers for detection and identification of Prevotella nigrescens (P. nigrescens) 9336. This study procedure includes (1) whole-genomic DNA extraction of P. nigrescens 9336 (2) construction of the genomic DNA library, (3) screening of strain-specific DNA probe by reverse Dot Hybridization method, (4) confirmation of strain-specific DNA probe by Southern blot analysis, (5) determination of nucleotide sequences of strain-specific DNA probe. Thirty-five restriction fragments of P. nigrescens 9336 genomic DNA digested with the Hind III were obtained. Reverse dot hybridization and Southern blot analysis data showed that three of them, Pn10, Pn23, and Pn35, could be P. nigrescens 9336-specific DNA probes. These data indicated that these DNA probes could be useful in detection and identification of the P. nigrescens 9336.

• 대한수의학회지
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• 제35권3호
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• pp.531-536
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• 1995

Salmonella species are the most prevalent etiologic agents of food-borne acute gastroenteritis. Direct isolation of bacteria from the contaminated food, stool and animal tissues has been used for the diagnosis of salmonellosis routinely. However, isolation of bacteria is time consuming work and not so highly sensitive. In recent years, improved methods of polymerization chain reaction(PCR) and probe hybridization technique have led to the developement of diagnostic assays which employ to detect various human and animal pathogenic bacteria. In this study, we have performed the polymerization chain reaction to detect Salmonella pullorum from tissues and stool samples of chickens with two specific primers, ST5 and ST8C. The target DNA fragment of PhoE gene was successfully amplified from liver, spleen, pancreas, heart, lung, ovary, oviduct and feces samples. The amplified DNA fragments were hybridized with Salmonella typhymurium TA3000 PhoE probe by Southern hybridization. The PCR to amplify the PhoE gene was highly rapid and sensitive method to detect Salmonella pullorum from tissues and stool samples.