• 제목/요약/키워드: Soil DNA

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멜론 분홍빛썩음병과 포도 흰얼룩병의 원인균인 Trichothecium Roseum에 대한 Bacillus Subtilis HK2의 항균활성 (Antifungal Activity of Bacillus Subtilis HK2 against Trichothecium Roseum Causing Pink Rot of Melon and White Stain Symptom on Grape)

  • 오소영;이은영;남기웅;윤덕훈
    • 한국자원식물학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.39-45
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    • 2016
  • 2012년부터 2013년에 걸쳐 식물체 근권과 비근권 토양을 수집하였다. 수집한 토양을 희석평판법을 이용하여 총 782개의 세균을 분리하였고, 분리한 세균을 실험실내에서 Trichothecium roseum과의 대치배양을 통해 균사생장억제율이 80% 내외로 우수한 길항력을 나타내는 균주를 선발하였다. I-plate에서 HK2균주와 T. roseum두 균을 격리하여 밀폐배양 시 모두 균사생장억제 효과는 없기 때문에 휘발 물질은 아닌 것으로 판단되었다. NB배지에 길항균주와 T. roseum을 액체배양 한 결과 88% 이상 균사생장억제 효과를 보였다. HK2균주를 동정하기 위해 16S rDNA 염기서열분석과 API 50 CHB Kit (BioMerieux, France)를 이용하여 생화학적 특성을 분석한 결과 Bacillus subtilis로 동정되었다. HK2 균주가 생산한 항진균물질을 butanol로 추출한 후 flash column chromatography를 이용하여 항진균물질을 정제한 결과 methanol 80%의 조건에서 잘 분리되었으며 향후 분리 순화를 통한 화학구조분석이 필요하다.

DGGE를 이용한 PCE 및 TCE의 혐기적 탈염소화 군집의 미생물 군집분석 (Analysis of Microbial Community during the Anaerobic Dechlorination of PCE/TCE by DGGE)

  • 김병혁;조대현;성열붕;안치용;윤병대;고성철;오희목;김희식
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제38권4호
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    • pp.448-454
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    • 2010
  • 광양, 하남, 여천지역의 토양, 하천 및 해양 퇴적물 등을 이용하여, 난분해성 염소화합물인 PCE (perchloroethylene) 및 TCE(trichloroethylene)의 혐기성 탈염소화에 관련하는 미생물을 탐색하고 이들의 탈염소화 효율을 조사하였다. 혐기성 상호대사에 의한 탈염소화 효율을 조사하기위해 전자 공여체로 아세테이트를 사용하여 혐기성 회분식 실험을 실시 하였으며, 미생물 군집을 분석하기 위해, 분자생물학적인 기법인 16S rDNA의 DGGE 기법을 이용하였다. 그 결과, 4주간 집적배양을 통해 광양, 하남, 여천시료는 PCE와 TCE를 PCE 75% 이상, TCE 81% 이상 탈염소화하는 것으로 나타내며, 여천시료가 우수한 PCE/TCE탈염소화율을 보이고 있다(PCE 87.37%, TCE 84.46%). 또한, 전자 수용체에 따른 탈염소화 배양액의 미생물 다양성은 DGGE로 분석하였으며, 우점하는 미생물은 Clostridium sp., Desulfotomaculum sp.와 unculutured bacteria로 나타났다.

국내 미기록 곤충기생성 응애, Pyemotes moseri Yu et Liang (Acarina: Pyemotidae)의 생식 및 기생 능력 (Reproduction and Parasitization Capacity of an Insect Parasitic Mite, Pyemotes moseri Yu et Liang (Acarina: Pyemotidae) New to Korea)

  • 김세진;이종호;양창열;강택준;조명래;홍기정
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제54권4호
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    • pp.393-400
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    • 2015
  • 국내 미기록종 Pyemotes moseri Yu et Liang (Acarina: Pyemotidae)는 곤충기생성 응애로 매실 씨앗 속 유충에서 처음 발견되었다. 발견당시 응애가 기생하고 있었던 기주의 미토콘드리아 유전자를 증폭하여 염기서열을 분석한 결과 복숭아씨살이좀벌의 유충으로 밝혀졌다. 본 연구는 실험실 조건하에서 P. moseri의 번식과 기생 능력을 조사하였다. 복숭아씨살이좀벌의 유충을 기주로 이용하여 P. moseri의 교미한 암컷 성충을 사육하면서 주기적으로 관찰하여 새로 태어나는 자손의 수와 성별을 조사한 후 제거하였다. 기생 능력 조사는 원예용 상토가 깔린 스테인레스 바트에 대량 사육한 응애가 들어 있는 튜브와 복숭아씨살이좀벌 유충이 가해한 매실 씨앗을 함께 담은 후 지퍼백에 넣어 인큐베이터에 보관하였다. 복숭아씨살이좀벌 유충 또는 번데기에 응애의 기생 여부를 확인하고자 한달 후 매실 씨앗을 조사하였으며 본 실험은 5반복씩 3회 실시하였다. 교미한 암컷이 기생하기 시작한 이후부터 생식이 끝날 때까지의 기간은 평균 24.4일(n=8)이었으며 교미한 암컷 한 마리당 평균 104.0마리(n=8)의 암컷을 낳았디. 복숭아씨살이좀벌의 유충 또는 번데기가 들어 있는 매실 씨앗은 바트당 평균 7개 이상이었고 이중 단 2개의 씨앗에서만 기생에 성공한 응애를 관찰하였다.

당뇨와 의인성 쿠싱 증후군 환자에서 폐와 피부에 병발한 콕시디오이데스 진균증 (A Case of Disseminated Coccidioidomycosis Involving Lung and Skin in Patient with Diabetes Mellitus and Iatrogenic Cushings Syndrome)

  • 한승용;김철홍;손광표;김진경;변현우;김영순;정인경;우흥정;현인규;정기석;이일성
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제58권4호
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    • pp.399-403
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    • 2005
  • 우리나라는 콕시디오이데스 진균증의 유행지역이 아니기 때문에 유행지역에 대한 해외여행자나 이민거주자가 아니면 임상적으로 의심하기가 쉽지 않다. 저자들은 해외여행력과 이민거주자가 아닌 내국인으로 당뇨와 의인성 쿠싱 증후군을 오랫동안 간과해 왔던 상태에서 일광화상 후 생긴 피부상처 치료도중 우연히 파종성 콕시디오이데스 진균증을 진단하게 되었기에 문헌고찰과 함께 보고하는 바이다.

Bisphenol A 분해균주 Acinetobacter calcoaceticus BP-2의 분리 및 bisphenol A 분해 특성 (Isolation of Acinetobacter calcoaceticus BP-2 Capable of Degradation of Bisphenol A)

  • 권기석;김동걸;이중복;신기선;금은주;손호용
    • 생명과학회지
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    • 제16권7호
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    • pp.1158-1163
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    • 2006
  • BPA는 에폭시 수지 및 플라스틱 생산의 단량체로서 사용되어 왔으며, 접착제, 페인트, 광학렌즈, 건축자재, 전자제품 소재 등 다양한 제품을 생산하는 데 사용되고 있다. 그러나 BPA의 급성세포독성 및 내분비교란활성이 보고되면서 BPA의 분해에 대한 연구가 집중되고 있다. 본 연구에서는 BPA의 광분해 및 화학적 분해의 문제점을 극복하고, 실제적 BPA의 생물학적 분해를 목표로 BPA분해균을 플라스틱 공장의 토양으로부터 분리하였다. 분리균주 중 가장 활성이 우수한 BP-2는 5mM의 BPA처리에서 성장할 수 있었으며, pH 7, $30^{\circ}C$의 최적 배양조건에서 $53.3{\mu}g\;ml^{-1}\;day^{-1}$의 분해속도를 나타내었다. 균주 동정결과 BP-2는 Acinetobacter calcoaceticus로 확인되었으며, 3.5g-건조중량$1^{-1}$의 고농도 휴식 세포 반응 결과 $89.7{\mu}g\;ml^{-1}\;h^{-1}$의 BPA분해속도를 나타내었다. 이러한 결과는 고농도 세포농도를 유지하는 경우, BP-2균주가 실제적 BPA분해를 위한 생물촉매로 사용될 수 있음을 제시하고 있다.

미생물제제시용 고추경작지로부터 식물생장홀몬과 항진균물질을 동시에 생산하는 식물생장촉진근권세균의 선발 및 동정 (Selection and Identification of Phytohormones and Antifungal Substances Simultaneously Producing Plant Growth Promoting Rhizobacteria from Microbial Agent Treated Red-pepper Fields)

  • 정병권;임종희;안창환;김요환;김상달
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.190-196
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    • 2012
  • 식물생장 촉진 홀몬 auxin을 생산하는 균주를 선발하기 위해 경북 경산시 소재 고추경작지 근권토양으로 부터 739종의 일반호기성 균주와 urease 생산 균주 80종 및 광합성 균주 303종과 같이 총 1000여종 이상의 균주를 분리하였다. 이 균주들을 대상으로 Salkowski test를 실시한 결과, auxin을 생산하는 158종의 일반호기성 균주와 70종의 urease 생산 균주 및 228종의 광합성 균주를 선발할 수 있었으며, Holbrook test를 통해 또 다른 식물생장 촉진 호르몬인 gibberellin도 대부분의 균주에서 생산되는 것을 확인할 수 있었다. 선발된 균주 중 항진균 물질인 ${\beta}$-Glucanase와 siderophore를 생산하고 다양한 병원성 진균에 대해 길항 범위를 가지는 6가지 균주 BCB14, BCB17, C10, HA46, HA143, HJ5를 toothpicking 및 대치배양을 통해 최종 선발할 수 있었으며, 분류학적으로 동정한 결과 6종 모두 B. subtilis BCB14, B. methylotrophicus BCB17, B. methylotrophicus C10, B. sonorensis HA46, B. subtilis HA143, B. safensis HJ5로 확인되었다.

Biological Control of Crown Gall

  • Kerr, Allen;Biggs, John;Ophel, Kathy
    • 한국식물병리학회:학술대회논문집
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    • 한국식물병리학회 1994년도 Proceedings of International Symposium on BIOLOGICAL CONTROL OF PLANT DISEASES Korean Society of Plant Pathology
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    • pp.11-26
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    • 1994
  • Crown gall of stonefruit and nut trees is one of the very few plant diseases subject to efficient biological control. The disease is caused by the soil-inhabiting bacteria Agrobacterium tumefaciens and Agrobacterium rhizogenes and the original control organism was a non-pathogenic isolate of A. rhizogenes strain K84. Control is achieved by dipping planting material in a cell suspension of strain K84 which specifically inhibits pathogenic strains containing a nopaline Ti plasmid. Because the agrocin 84-encoding plasmid (pAgK84) is conjugative, it can be transmitted from the control strain to pathogenic strains which, as a result, become immune to agrocin 84 and cannot be controlled. To prevent this happening, the transfer genes on pAgK84 were located and then largely eliminated by recombinant DNA technology. The resulting construct, strain K1026, is transfer deficient but controls crown gall just as effectively as does strain K84. Field data from Spain confirm that pAgK84 can transfer to pathogenic recipients from strain K84 but not from strain K1026. The latter has been registered in Australia as a pesticide and is the first genetically engineered organism in the world to be released fro commercial use. It is recommended as a replacement for strain K84 to prevent a breakdown in the effectiveness of biological control of crown gall. Several reports indicate that both strains K84 and K1026 sometimes control crown gall pathogens that are resistant to agrocin 84. A possible reason for this is that both strains produce a second antibiotic called 434 which inhibits growth of nearly all isolates of A. rhizogenes, both pathogens and non-pathogens. Crown gall of grapevine is caused by another species, Agrobacterium vitis. It is resistant to agrocin 84 and cannot be controlled by strains K84 or K1026. It is different from other crown gall pathogens in several characteristics, including the fact that, although a rhizosphere coloniser, its also lives systemically in the vascular tissue of grapevine. Pathogen free propagating material can be obtained from tissue culture or, less surely, by heat therapy of dormant cuttings. A number of laboratories are searching for a biocontrol strain that will prevent, or at least delay, reinfection. A non-pathogenic A. vitis strain F/25 from South Africa looks very promising in this regard.

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Acanthamoeba in Southeast Asia - Overview and Challenges

  • Bunsuwansakul, Chooseel;Mahboob, Tooba;Hounkong, Kruawan;Laohaprapanon, Sawanya;Chitapornpan, Sukhuma;Jawjit, Siriuma;Yasiri, Atipat;Barusrux, Sahapat;Bunluepuech, Kingkan;Sawangjaroen, Nongyao;Salibay, Cristina C.;Kaewjai, Chalermpon;Pereira, Maria de Lourdes;Nissapatorn, Veeranoot
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제57권4호
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    • pp.341-357
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    • 2019
  • Acanthamoeba, one of free-living amoebae (FLA), remains a high risk of direct contact with this protozoan parasite which is ubiquitous in nature and man-made environment. This pathogenic FLA can cause sight-threatening amoebic keratitis (AK) and fatal granulomatous amoebic encephalitis (GAE) though these cases may not commonly be reported in our clinical settings. Acanthamoeba has been detected from different environmental sources namely; soil, water, hotspring, swimming pool, air-conditioner, or contact lens storage cases. The identification of Acanthamoeba is based on morphological appearance and molecular techniques using PCR and DNA sequencing for clinico-epidemiological purposes. Recent treatments have long been ineffective against Acanthamoeba cyst, novel anti-Acanthamoeba agents have therefore been extensively investigated. There are efforts to utilize synthetic chemicals, lead compounds from medicinal plant extracts, and animal products to combat Acanthamoeba infection. Applied nanotechnology, an advanced technology, has shown to enhance the anti-Acanthamoeba activity in the encapsulated nanoparticles leading to new therapeutic options. This review attempts to provide an overview of the available data and studies on the occurrence of pathogenic Acanthamoeba among the Association of Southeast Asian Nations (ASEAN) members with the aim of identifying some potential contributing factors such as distribution, demographic profile of the patients, possible source of the parasite, mode of transmission and treatment. Further, this review attempts to provide future direction for prevention and control of the Acanthamoeba infection.

Streptomyces scopuliridis KR-001의 분리 동정 및 잡초 방제효과 (Identification of Streptomyces scopuliridis KR-001 and Its Herbicidal Characteristics)

  • 이보영;김재덕;김영숙;고영관;연규환;김창진;구석진;최정섭
    • Weed & Turfgrass Science
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    • 제2권1호
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    • pp.38-46
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    • 2013
  • 토양 방선균 유래의 천연 제초활성 후보소재를 발굴하고, 이 후보소재의 온실 및 포장 실증 평가를 통해 보다 친환경적이고 효율적인 잡초 관리를 위한 잡초방제제로의 실용화 가능성을 검토하고자 본 연구를 수행하였다. 3,000여 종의 토양 방선균으로부터 강력하고 독특한 제초활성을 발현하는 후보 방선균 2종을 선발하였으며, 선발된 후보 방선균의 16S rDNA 서열을 분석한 결과 S. scopuliridis RB72와 가장 유사도가 높아 선발 균주를 S. scopuliridis KR-001이라 명명하였다. 후보 방선균의 최적 배양조건을 확립하였고, 온실 및 포장조건에서 주요 문제잡초와 난방제 잡초, 환경 위해 잡초 가시박 방제효과를 평가를 통해 친환경적인 천연물 제초제로서의 개발 가능성을 확인하였다. 한편, 후보 방선균 S. scopuliridis KR-001 배양액은 작물에 대한 선택성은 없었기 때문에 비선택성 경엽처리제로의 개발 가능성을 고려한 처리 농도 및 시기 등에 대한 진전단계 연구를 진행할 필요성이 제기되었다. 향후 배양액 수준에서 제형 연구를 통해 약효증진기술과 대량생산성 기술 개발을 통해 실용화 가능성을 검토하는 한편, 배양액 내의 살초성분에 대한 화학구조 구명을 통해 방선균 유래의 천연 제초제를 개발 할 수 있는 선도물질 발굴을 위한 추가 연구가 필요한 것으로 판단하였다.

고추역병 유발병원균 Phytophthora capsici에 대한 Bacillus sp. AM-651의 항진균활성 (Antifungal Activity of Bacillus sp. AM-651 Against Phytophthora capsici)

  • 이중복;신정학;장종옥;신기선;최충식;김건우;조민섭;전춘표;김윤회;권기석
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제36권3호
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    • pp.227-232
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    • 2008
  • 고추 역병이 발병된 토양 시료에서 길항미생물을 선발 및 개량하여 다시 현장에 적용했을 때 방제능 및 적응력이 높은 생물 방제균을 선발하고자 총 300여점의 경북 북부지역의 토양시료로부터 길항능이 우수한 균주를 분리하였으며, 이들을 대상으로 고추 역병균에 대한 항진균력이 가장 우수한 균주 AM-651을 최종 선발하였다. 분리균주 AM-651은 생리생화학적 특성과 16S rDNA sequencing의 방법을 이용하여 동정한 결과 Bacillus sp.로 동정되었다. 항진균성 활성물질의 생산을 위한 배지의 최적조건은 Davis minimal media를 변형하여 배양하였을 경우 pH 7, 온도 $30^{\circ}C$ 조건에서 고추 역병균에 대한 항진균 활성이 높았으며, 탄소원으로는 0.5% glucose, 질소원으로는 0.1% $(NH_4)_2SO_4$, 무기염으로는 0.7% $K_2HPO_4$를 첨가하였을 때 가장 높은 활성을 보였다 선발된 Bacillus sp. AM-651 균주를 시간대별로 배양 후 항진균력을 측정 해 본 결과 48시간 배양액에서 고추 역병균에 대한 억제율이 가장 높았다. 또한, Bacillus sp. AM-651의 배양액은 pH와 온도의 변화에서 안정된 활성을 보였다. Bacillus sp. AM-651은 고추 역병 외에도 B. sorokiniana, B. cinerea, R. solani 등에 대하여 항진균 활성이 높았고, 다른 식물성 병원균에 대해서도 비교적 항진균 활성이 높게 나타났다. 열처리한 Bacillus sp. AM-651 배양상등액은 처리전과 비슷한 항진균 활성을 가지므로 열에 안정한 물질인 것으로 추측되었다.