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Molecular Cloning and Characterization of a Novel Exo-β-1,3-Galactanase from Penicillium oxalicum sp. 68

  • Zhou, Tong;Hu, Yanbo;Yan, Xuecui;Cui, Jing;Wang, Yibing;Luo, Feng;Yuan, Ye;Yu, Zhenxiang;Zhou, Yifa
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제32권8호
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    • pp.1064-1071
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    • 2022
  • Arabinogalactans have diverse biological properties and can be used as pharmaceutical agents. Most arabinogalactans are composed of β-(1→3)-galactan, so it is particularly important to identify β-1,3-galactanases that can selectively degrade them. In this study, a novel exo-β-1,3-galactanase, named PoGal3, was screened from Penicillium oxalicum sp. 68, and hetero-expressed in P. pastoris GS115 as a soluble protein. PoGal3 belongs to glycoside hydrolase family 43 (GH43) and has a 1,356-bp gene length that encodes 451 amino acids residues. To study the enzymatic properties and substrate selectivity of PoGal3, β-1,3-galactan (AG-P-I) from larch wood arabinogalactan (LWAG) was prepared and characterized by HPLC and NMR. Using AG-P-I as substrate, purified PoGal3 exhibited an optimal pH of 5.0 and temperature of 40℃. We also discovered that Zn2+ had the strongest promoting effect on enzyme activity, increasing it by 28.6%. Substrate specificity suggests that PoGal3 functions as an exo-β-1,3-galactanase, with its greatest catalytic activity observed on AG-P-I. Hydrolytic products of AG-P-I are mainly composed of galactose and β-1,6-galactobiose. In addition, PoGal3 can catalyze hydrolysis of LWAG to produce galacto-oligomers. PoGal3 is the first enzyme identified as an exo-β-1,3-galactanase that can be used in building glycan blocks of crucial glycoconjugates to assess their biological functions.

5종류의 인간유래 시알산전이효소 유전자들의 게놈구조 분석 (Genomic Structure Analyses of Five Kinds of Human Sialyltransferase Gene)

  • 강남영;김상완;김철호;이영춘
    • 생명과학회지
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    • 제14권6호
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    • pp.1009-1017
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    • 2004
  • 인간유래 시알산전이효소 유전자들의 특이적 발현과 그들의 mRNA isoform의 생성에 대한 조절기구를 이해하기 위하여 5종류의 human 시알산전이효소 유전자(hST3Cal II, hST8Sia II, hST8Sia III, hSTS8Sia IV, hST8Sia V)들의 게놈구조를 분석하였다. hST3Gal II 유전자는 17 kb이상의 게놈상에 46 bp에서 1017 bp의 길이를 가진 exon이 6개로 이루어져 있고, hST8Sia III유전자는 10 kb이상의 게놈상에 125bp에서 2023bp의 길이를 가진 exon이 4개로 이루어져 있어 다른 human 시알산전이효소 유전자들보다 짧고 단순한 구조를 가지고 있었다. 반면에 다른 3종류의 유전자(hST8Sia II, hST8Sia IV, hST8Sia V)들은 70 kb이상의 게놈상에 5개이상의 exon으로 이루어져 있으며, 5종류 모두 exon-intron boundary는 GT-AG rule을 나타내고 있었다. 특히 모든 시알산전이효소에 고도로 보존되어 있는 sialylmotif L은 hST8Sia III유전자에서는 하나의 exon에 존재하는 반면에, 다른 시알산전이효소 유전자에서는 분리된 exon에 존재하여 exon의 구조적 다양성을 나타내고 있다. 또한, 본 연구에서는 5'-RACE와 cap site hunting법에 의해 hST3Gal II 유전자의 전사개시점을 결정하였다.

젓갈류로부터 혈전용해 균주의 분리 및 동정 (Screening and Identification of the Fibrinolytic Bacterial Strain from Jeot-Gal, Salt-fermented Fish)

  • 장영렬;김원국;권익부;이현용
    • 한국식품과학회지
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    • 제30권3호
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    • pp.655-659
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    • 1998
  • 우리나라 각지에서 젓갈류를 수집하여 혈전용해능을 나타내는 균주들을 분리하였다. 분리된 균주들의 활성을 측정한 결과 2.04 plasmin unit의 가장 우수한 혈전용해활성을 나타내는 균주를 선별하여 동정하였다. 균주의 형태학적, 배양학적 및 생화학적 성질을 조사한 결과 Bacillus pumilus로 나타났으나, 균체의 지방산조성을 분석하여 동정한 결과 Bacillus atropheus로 나타났다. 최종적 결론을 얻기 위해, 16S rRNA partial sequence(V3 region)를 결정하여 분석한 결과 Bacillus subtilis의 16S rRNA partial sequence와 동일한 것으로 나타나, Bacillus subtilis KJ-48로 명명하였다.

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Mycoplasma Pneumoniae 감염 후 IgM 항-갈락토세레브로시드 항체를 동반한 길랭-바레 증후군 (Guillain-Barre Syndrome With IgM Anti-Galactocerebroside Antibody After Mycoplasma Pneumoniae Infection)

  • 허소영;김종국;문지수;유봉구
    • Annals of Clinical Neurophysiology
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    • 제13권1호
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    • pp.54-57
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    • 2011
  • The Guillain-Barre Sydrome (GBS) is post-infectious autoimmune disease and it could be caused by auto-antibodies produced after infections. Mycoplasma pneumoniae is one of rare cause of GBS and known to be associated with antibody to galactocerebroside (GalC) which is a major neutral glycolipid constituent of myelin. We report a case of GBS with immunoglobulin M GalC antibody after M. pneumoniae infection.

The use of culture systems for the study of oligodendrocyte development and injury: The erbB2 gene is required for the development of terminally differentiated spinal cord oligodendrocytes

  • Park, Song-Kyu;Kim, Hwan-Mook;Vartanian, Timothy
    • 한국환경성돌연변이발암원학회:학술대회논문집
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    • 한국환경성돌연변이발암원학회 2002년도 Current Trends in Toxicological Sciences
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    • pp.14-23
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    • 2002
  • Development of oligodendrocytes and the generation of myelin internodes within the spinal cord depends on regional signals derived from the notochord and axonally derived signals. Neuregulin (NRG)-1, localized in the floor plate as well as in motor and sensory neurons, is necessary for normal oligodendrocyte development. Oligodendrocytes respond to NRGs by activating members of the erbB receptor tyrosine kinase family. Here, we show that erbB2 is not necessary for the early stages of oligodendrocyte precursor development, but is essential for proligodendroblasts to differentiate into galactosylcerebroside-positive (GalC+) oligodendrocytes. In the presence of erbB2, oligodendrocyte development is normal. In the absence of erbB2 (erbB2-/-), however, oligodendrocyte development is halted at the proligodendroblast stage with a >10-fold reduction in the number of GalC+ oligodendrocytes. ErbB2 appears to function in the transition of proligodendroblast to oligodendrocyte by transducing a terminal differentiation signal, since there is no evidence of increased oligodendrocyte death in the absence of erbB2. Furthermore, known survival signals for oligodendrocytes increase oligodendrocyte numbers in the presence of erbB2, but fail to do so in the absence of erbB2. Of the erbB2-/- oligodendrocytes that do differentiate, all fail to ensheath neurites. These data suggest that erbB2 is required for the terminal differentiation of oligodendrocytes and for development of myelin.

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2차원 양자 역학적 해석에 의한 고속 통신용 $Al_{x}Gal{-x}As/Ga_{x}In1$_{-x}$As/GaAs HEMT 소자의 전자 농도 및 전위분포 계산 (Calculation of Electron concentration and Electrostatic potential profile for $Al_{x}Gal{-x}As/Ga_{x}In1$_{-x}$As/GaAs HEMT device by 2-Dimensional Quantum Mechanical analysis))

  • 송영진;황호정
    • 전자공학회논문지A
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    • 제30A권3호
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    • pp.76-87
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    • 1993
  • We present a self-consistent, 2-dimensional solution of the Poisson and Sch rodinger equation based on the finite difference method with a nonuniform mesh size for a AlGaAs/GaInAs/GaAs HEMT devide. During the interative self-consistent calculation, however, we calculate Schrodinger equation only a some region of device, not a fully region in order to save the moemory and the speed-up of computation, and then use the approximated data for the other region using by a interpolation method with a given values. Also we adopt the proper matrix transformation method that allows preservation of the symmetric, form of the discretized Schrodinger equation, even with the use of a nonumiform mesh size, therefor, can reduce the computation time. We calculate the wavefunction, eigenstates and the electron concentration uat channel layer nder the thermal equilibrium and the biased conditions, respectively. Also,these parameters are used to solve 2-dimensional tdistribution of potential in he entire region of device. It is proved that the method is very efficient in finding eigenstages extending over relatively large spatial area without loss of accuracy. So, it can be used rather easily in any sarbitrary modulation doped utucture.

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일본 노토 반도 북쪽 연안의 복합 항공 중력탐사 (An integrated airborne gravity survey of an offshore area near the northern Noto Peninsula, Japan)

  • Komazawa, Masao;Okuma, Shigeo;Segawa, Jiro
    • 지구물리와물리탐사
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    • 제13권1호
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    • pp.88-95
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    • 2010
  • 천부와 광역적인 지체 구조를 해석하기 위하여 일본 혼슈섬 중부에 위치한 노토 반도 연안을 따라 2008년 10월 헬리콥터를 이용한 항공 중력 탐사를 수행하였다. 항공탐사 측선은 총 700 km 정도이며, 세 개의 교차측선을 포함하여 2 km 간격으로 연안에서 20 km 이내에서 수행되었다. 항공탐사를 통해 해석된 부게 이상은 육상탐사와 선상탐사의 결과와 잘 부합하고 있으며, 해안으로 갈수록 중력값이 감소하는 패턴 및 선행연구 결과로 알려진 와지마만의 특성을 잘 보여주고 있어 타당성 있는 항공 탐사 결과임을 확인할 수 있었다. 이번 연구에서 제안하는 항공중력 시스템은 공간적으로 2km 정도의 해상도를 제공해 주고 있다. 항공탐사 결과를 기준변의 자료로 보정해 주기 위하여 항공, 선상, 육상 탐사 결과를 모두 이용하였으며, 이를 위하여 입체각을 이용한 수치 적분을 반복적으로 수행하였다. 최종적으로는 해발 300 m 높이의 중력 이상값으로 계산하였다. 그러나, 선상중력자료와의 자연스러운 자료 통합을 수행하기 위해서는 2-5 mGal 정도의 추가 보정이 필요하였으며, 이를 고려하면, 이번 항공 중력 측정 자료는 2-g mGal 의 오차 범위를 갖는 것으로 판단된다.