• 제목/요약/키워드: Single strand

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비결핵항산성균의 rpoB DNA 염기서열과 SSCP pattern 분석에 따른 Mycobacterium avium complex (MAC) 임상분리균주의 동정 (Identification of Mycobacterium avium complex (MAC) Clinical Strains to a Species Level by Sequencing and PCR-SSCP Analysis of rpoB DNA)

  • 김범준;이승현;이근화;박정규;최명식;김익상;최성배;황응수;차창룡;김상재;배길한;국윤호
    • 대한미생물학회지
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    • 제34권5호
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    • pp.491-500
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    • 1999
  • A recent study showed that comparative sequence analysis of rpoB DNAs could reveal natural relationships in genus Mycobacterium [J Clin Microbial. 37 (6). 1999]. rpoB DNAs showed interspecies variation and intraspecies conservation. Based on these data, we developed polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) protocols which enable species differentiation in genus Mycobacterium. When this assay was applied to 24 clinical isolates identified as M. avium complex (MAC) by biochemical test, these were successfully differentiated into M. avium and M. intracellulare. These results were concordant with those obtained by 16s rDNA analysis. It is the first report that PCR-SSCP analysis of rpoB DNA could be used for species differentiation of MAC strains.

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Complete Mitochondrial Genome of Haplorchis taichui and Comparative Analysis with Other Trematodes

  • Lee, Dongmin;Choe, Seongjun;Park, Hansol;Jeon, Hyeong-Kyu;Chai, Jong-Yil;Sohn, Woon-Mok;Yong, Tai-Soon;Min, Duk-Young;Rim, Han-Jong;Eom, Keeseon S.
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제51권6호
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    • pp.719-726
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    • 2013
  • Mitochondrial genomes have been extensively studied for phylogenetic purposes and to investigate intra- and interspecific genetic variations. In recent years, numerous groups have undertaken sequencing of platyhelminth mitochondrial genomes. Haplorchis taichui (family Heterophyidae) is a trematode that infects humans and animals mainly in Asia, including the Mekong River basin. We sequenced and determined the organization of the complete mitochondrial genome of H. taichui. The mitochondrial genome is 15,130 bp long, containing 12 protein-coding genes, 2 ribosomal RNAs (rRNAs, a small and a large subunit), and 22 transfer RNAs (tRNAs). Like other trematodes, it does not encode the atp8 gene. All genes are transcribed from the same strand. The ATG initiation codon is used for 9 protein-coding genes, and GTG for the remaining 3 (nad1, nad4, and nad5). The mitochondrial genome of H. taichui has a single long non-coding region between trnE and trnG. H. taichui has evolved as being more closely related to Opisthorchiidae than other trematode groups with maximal support in the phylogenetic analysis. Our results could provide a resource for the comparative mitochondrial genome analysis of trematodes, and may yield genetic markers for molecular epidemiological investigations into intestinal flukes.

RNA-Seq data를 이용한 사과 과육색 판별 SNP 분자표지 개발 (Development of SNP markers for the identification of apple flesh color based on RNA-Seq data)

  • 김세희;박서준;조강희;이한찬;이정우;최인명
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제44권4호
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    • pp.372-378
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    • 2017
  • 과육색이 다르게 발현되는 사과(Malus domestica L.) 품종의 유전자 발현을 비교하기 위해 2개의 cDNA library를 제작하였다. 붉은 색 과육 품종인 'Redfield'와 백색 과육 품종인 'Granny Smith'의 유전자 발현 차이를 보기 위해 차세대 염기서열 분석(NGS) 기술을 사용하였고 두 품종으로부터 얻은 EST의 염기서열을 결정하고 기존에 보고된 유전자와의 상동성을 분석하였다. HRM 기술은 붉은 색 과육 품종 사과와 백색 과육 품종 사과의 짧은 PCR 증폭산물에서 한 개의 서로 다른 염기서열을 구분하여 분리해낼 수 있다. 'Redfield'와 'Granny Smith'의 EST database로부터 103쌍의 단일염기다형성(SNP) 분자표지를 선발하였고, 붉은 색 과육 품종 10개와 백색 과육 품종 11개를 구분할 수 있는 SNP 분자표지를 HRM 방법으로 분석하였다. 본 연구에서는 사과 EST database를 기반으로 HRM 분석 방법을 이용하여 사과 품종의 적육계와 백육계를 구분할 수 있는 효율적인 SNP 분자표지를 개발하였다. 이러한 SNP 분자표지는 사과육종에 유용하게 사용할 수 있으며 사과 품종의 다양한 색 변화에 관한 분자 기작 연구에 좋은 참고자료가 될 수 있을 것이다.

DNA 염기손상 치유유전자의 변이와 두경부암 발생 위험성 (THE EFFECT OF GENETIC VARIATION IN THE DNA BASE REPAIR GENES ON THE RISK OF HEAD AND NECK CANCER)

  • 오정환;윤병욱;최병준
    • Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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    • 제34권5호
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    • pp.509-517
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    • 2008
  • DNA 손상 치유 유전자 연구를 기초로 한 임상적 접근이 새로운 치료방법으로 떠오르고 있다. 많은 연구들이 중요한 DNA 수복유전자의 다형성을 찾아내어 각각의 단백질의 활동성에 대한 영향을 알아내고 특정한 치료법을 찾아내고 임상적 적용을 시도하고 결과를 평가하였다. 그 결과 암 치료에서 정상 세포와 암세포에서 DNA 수복 유전자의 발현 분석은 화학요법이나 방사선 치료에서 개인맞춤형 치료법을 가능하게 하고 있다. 예를 들어, NER이 결핍된 종양은 cisplatin 치료에 민감성을 나타내고, MMR 결핍세포는 알킬화 화학요법 약제에 높은 내성을 나타낸다. 선천성 비폴립성 결장암과 같은 MMR 결손종양 또한 알킬화 화학요법 약제에 의한 치료에 내성을 가진다. 신경교종(glioma)에서 MGMT 유전자 프로모터가 흔히 메틸화되는데 이것은 유전자 발현이 억제되고 알킬화 화학요법제에 대한 반응성을 증가시킨다. 향후 구강악안면외과 영역에서도 구강암의 발생의 위험성을 증가시킬 수 있는 더 많은 DNA 수복 유전자의 다형성을 발굴하고 임상적으로 개인맞춤형 치료법을 개발하고 적용할 수 있는 많은 연구가 필요할 것으로 사료된다.

Deinococcus radiodurans RecA 단백질의 외가닥 DNA-의존성 ATPase 활성 분석 (Characterization of Single Stranded DNA-Dependent ATPase Activities of Deinococcus radiodurans RecA Protein)

  • 김종일
    • 미생물학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.250-255
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    • 2007
  • Deinococcus radiodurans recA는 이 미생물의 방사선 저항성을 나타내는 표현형에 필수적이며 재조합성 DNA 수선 과정에 관여한다. 이 과정에서 RecA 단백질은DNA와 결합하여 반응의 활성 종인 RecA nucleoprotein 필라멘트를 형성한다. DNA-의존성 ATPase 활성과 함께, RecA 단배질의 외가닥 DNA 혹은 이중가닥 DNA와의 상호작용은 RecA 단백질이 관여하는 반응의 중심과정으로 이에 관한 분석을 시도하였다. D. radiodurans RecA 단배질은 DNA에 결합한 DNA-단백질 복합체만이 ATPase 활성을 나타내므로, ATP (혹은 dATP) 가수분해를 측정함으로써 RecA와 외가닥 DNA와의 상호작용 정도를 분석하였다. D. radiodurans RecA 단백질은 외가닥 DNA의 염기 구성의 이질성에 영향을 받았으며, homopolymer인 poly(dT)와의 상호작용에서 가장 높은 가수분해 활성을 보였다. Homopolymer인 합성 DNA-의존성 ATP 및 dATP의 가수분해는 pH 6.0과 9.0의 범위에서 다소 일정한속도로 일어났으며 최적 pH는 7.0과 7.5 사이였다. 외가닥 DNA-의존성 ATPase 활성은 염의 존재에 영향을 받아 KCl이 존재하면 다소 억제되나, K-glutamate가 존재하면 오히려 촉진되었다. RecA 단백질과 외가닥 DNA의 상호작용을 ATP 가수분해로 분석하였을 때 2 mM 이상의 magnesium 이온이 DNA 결합반응에 필요하였으며, 비교적 넓은 범위의 pH에서 외가닥 DNA와의 결합반응이 일어나며, 이러한 결합반응은 당량적인 비(1:3, RecA protein: DNA nucleotide)로 일어났다.

온라인 증권거래 서비스의 고객만족 요인에 대한 실증적 연구

  • 최돈황;홍재범;양정식
    • 한국정보시스템학회:학술대회논문집
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    • 한국정보시스템학회 2005년도 춘계학술대회 발표 논문집
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    • pp.161-175
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    • 2005
  • 본 연구에서는 온라인 증권거래 서비스 품질과 고객만족 나아가 고객행동을 분석한 연구이다. 이를 위해 설문조사를 실시하였으며 조사원이 직접 증권사 객장을 방문하여 운라인 증권거래경험이 있는 고객을 대상으로 설문조사를 실시하였다. 이를 위해 40개 증권사, 420여개설문이 회수되었다. 분석결과, 첫째, 온라인 증권거래를 이용하는 고객층을 분석하면, 여성보다는 남성이 온라인 증권거래를 활발히 이용하고 있으며 연령별로는 40대, 50대, 30대 순으로 나타났으며 직업은 대부분 근로생활자가 많이 활용하고 있는 것으로 나타났으며 전체 50%이상이 매일 접속하고 거래하는 것으로 나타났으며 운영 규모는 1천만원이하가 다수로 나타났다. 둘째, 온라인 증권거래 서비스 품질요인으로 지각된 신뢰성, 지각된 편의성, 지각된 유형성, 지각된 응답성 순으로 고객만족에 영향을 미치는 것으로 나타났다. 지각된 신뢰성은 약속된 서비스를 정확하게 수행하는 능력에 대한 지각으로 나타내며, 지각된 편의성은 온라인증권거래를 이용하기에 얼마나 용이한 지에 대한 지각을 나타낸다. 지각된 유형성은 물적 시설, 장비, 사람, 의사소통 도구의 외형과 같은 부분에 대한 지각을 나타내는 것이다 지각된 응답성은고객을 돕고 즉각적인 서비스를 제공하려는 의지에 대한 지각을 나타낸다. 마지막으로 고객만족은 재이용이나 구전의도에 긍정적인 효과를 미치는 것으로 나타났다. 이러한 결과는 고객지향적인 온라인 증권거래 서비스 시스템 구축 및 운영이 이용확대에 중요한 요인임을 제시한다. 본 연구는 온라인 증권거래에 대한 고객만족의 탐색적인 연구로써 보다 심도 있는 연구를 위한 기초를 제공하였다는 점과 온라인 증권거래 성과측정요소로써 고객만족에 영향을 미치는 요인을 제시했다는 점에서 의미를 지닌다.에 의해 유도된 single-strand 절단을 억제하였다. 이상과 같이 간세포 일차배양에서 양파추출물은 t-BHP에 의해 유발된 간독성, 간세포 생존율 감소, 지질과산화를 농도 의존적으로 억제시켰고 또한 t-BHP에 의해 억제된 GSH-Px, GSH-Rd 및 catalase의 활성을 증가시켰다. 이와 같이 양파추출물의 간보호 및 항산화 효과는 항산화 효소, 특히 catalase의 활성 증가와 hydroxyl radical에 의해 유도된 산화억제 및 이에 따른 지질과산화 억제에 기인하는 것으로 사료된다.chno-economic paradigm)의 시각에서 제시하는 한국경제의 성장 ${\cdot}$ 고용 ${\cdot}$ 분배를 위한 정책방향은 다음과 같은 동태적발전과정으로 요약할 수 있다 : 기초과학연구능력 확충 ${\rightarrow}$ 소화 ${\cdot}$ 흡수 ${\cdot}$ 개량 ${\rightarrow}$ 토착화 능력의 배양 ${\rightarrow}$ 자체기술개발, 선진기술 도입, 산업간 및 산업내 기술확산, 국제기술협력 ${\rightarrow}$ 기술혁신의 촉진 ${\rightarrow}$ 총요소생산성과 기업경쟁력(자원 및 역량, 프로세스 경쟁력, 품질경쟁력, 시장경쟁력, 고객성과, 시장성과, 재무성과)의 제고 ${\rightarrow}$ 가격경쟁력(임금, 금리, 물류비용, 환율 등)과 비(非)가격경쟁력(디자인, 에프터서비스, 품질, 운송 등)의 제고 ${\rightarrow}$ 국가경쟁력의 제고 ${

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결핵균 katG 유전자내 463 Codon 돌연변이와 Isoniazid내성 관계 (The Relationship between Isoniazid Resistance and 463 CodonMutation of katG Gne in Mycobacterium Tuberculosis)

  • 박영길;심명섭;조상현;배길한;김상재
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제43권1호
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    • pp.8-13
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    • 1996
  • 연구배경: 결핵균 katG유전자내 463 codon의 돌연변이는 INH 내성과 관련이 있을 것으로 보고되고 있어서 INH 감수성 균주를 대상으로 katG 유전자내 463 codon의 돌연변이 발생빈도를 관찰하여 INH 내성과의 관련성을 밝히고자 하였다. 방법: INH 감수성 균주(MIC${\geq}\;0.2{\mu}g/ml$) 28주를 선정하여 DNA를 추출하여 katG 유전자내 463 codon을 포함하는 지역을 PCR로 증폭 합성하였다. PCR산물을 제한효소인 Msp I으로 처리하여 절단 여부를 관찰하였고 그리고 SSCP로 표준균주와 차이를 관찰하였다. 결과: INH 감수성 균주 28주 중에서 7주(25%)만이 제한효소 Msp I에 의해 절단 되었다. 절단되지 않은 21주(75%)는 SSCP에서도 표준균주와 다른 양상을 나타내었다. 제한 효소로 절단되지 않은 균주의 katG 유전자를 염기서열 분석한 결과 463 codon Arg(CGG)이 Leu(CTG)으로 치환 되어있었다. 결론: INH내성에 영향을 줄 것으로 추정 되고있던 katG 유전자 463 codon 돌연변이는 INH 내성과 무관한 것으로 판명되었다.

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Prenatal diagnosis of the spinal muscular atrophy type I using genetic information from archival slides and paraffin-embedded tissues

  • Choi, Soo-Kyung;Cho, Eun-Hee;Kim, Jin-Woo;Park, So-Yeon;Kim, Young-Mi;Ryu, Hyun-Mee;Kang, Inn-Soo;Jun, Jung-Young;Chi, Je-G.
    • Journal of Genetic Medicine
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    • 제2권2호
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    • pp.53-57
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    • 1998
  • Spinal muscular atrophy (SMA) type I is a common severe autosomal recessive inherited neuromuscular disorder that has been mapped to chromosome 5q11.2-13.3. The survival motor neuron (SMN) gene, a candidate gene, is known to be deleted in 96% of patients with SMA type I. Presently, PCR and single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) analyses have been made possible for application to both archival slides and paraffin-embedded tissues. Archival materials represent valuable DNA resources for genetic diagnosis. We applied these methods for the identification of SMN gene of SMA type I in archival specimens for the prenatal diagnosis. In this study, we performed the prenatal diagnosis with chorionic villus sampling (CVS) cells on two women who had experienced neonatal death of SMA type I. DNA extraction was done from archival slide and tissue materials and PEP-PCR was performed using CVS cells. In order to identify common deletion region of SMN and neuronal apoptosis-inhibitory protein (NAIP) genes, cold PCR-SSCP and PCR-restriction site assay were carried out. Case 1 had deletions of the exons 7 and 8, and case 2 had exon 7 only on the telomeric SMN gene. Both cases were found to be normal on NAIP gene. These results were the same for both CVS and archival biopsied specimens. In both cases, the fetuses were, therefore, predicted to be at very high risk of being affected and the pregnancy were terminated. These data clearly demonstrate that archival slide and paraffin-embedded tissues can be a valuable source of DNA when the prenatal genetic diagnosis is needed in case any source for genetic analysis is not readily available due to previous death of the fetus or neonate.

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Genetic Variants of NBS1 Predict Clinical Outcome of Platinum-based Chemotherapy in Advanced Non-small Cell Lung Cancer in Chinese

  • Xu, Jia-Li;Hu, Ling-Min;Huang, Ming-De;Zhao, Wan;Yin, Yong-Mei;Hu, Zhi-Bin;Ma, Hong-Xia;Shen, Hong-Bing;Shu, Yong-Qian
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제13권3호
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    • pp.851-856
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    • 2012
  • Objective: NBS1 plays a key role in the repair of DNA double-strand break (DSB). We conducted this study to investigate the effect of two critical polymorphisms (rs1805794 and rs13312840) in NBS1 on treatment response and prognosis of advanced non-small cell lung cancer (NSCLC) patients with platinum-based chemotherapy. Methods: Using TaqMan methods, we genotyped the two polymorphisms in 147 NSCLC patients. Odds ratios (ORs) and their 95% confidential intervals (CIs) were calculated as a measure of difference in the response rate of platinum-based chemotherapy using logistic regression analysis. The Kaplan-Meier and log-rank tests were used to assess the differences in progression-free survival (PFS) and overall survival (OS). Cox proportional hazards model was applied to assess the hazard ratios (HRs) for PFS and OS. Results: Neither of the two polymorphisms was significantly associated with treatment response of platinum-based chemotherapy. However, patients carrying the rs1805794 CC variant genotype had a significantly improved PFS compared to those with GG genotype (16.0 vs. 8.0 months, P = 0.040). Multivariable cox regression analysis further showed that rs1805974 was a significantly favorable prognostic factor for PFS [CC/CG vs. GG: Adjusted HR = 0.62, 95% CI: 0.39-0.99; CC vs. CG/GG: Adjusted HR = 0.56, 95% CI: 0.32-0.97). Similarly, rs13312840 with a small sample size also showed a significant association with PFS (CC vs. CT/TT: Adjusted HR = 25.62, 95% CI: 1.53-428.39). Conclusions: Our findings suggest that NBS1 polymorphisms may be genetic biomarkers for NSCLC prognosis especially PFS with platinum-based chemotherapy in the Chinese population.

The Effects of Stress Related Genes on Carcass Traits and Meat Quality in Pigs

  • Jin, H.J.;Park, B.Y.;Park, J.C.;Hwang, I.H.;Lee, S.S.;Yeon, S.H.;Kim, C.D.;Cho, C.Y.;Kim, Y.K.;Min, K.S.;Feng, S.T.;Li, Z.D.;Park, C.K.;Kim, C.I.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제19권2호
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    • pp.280-285
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    • 2006
  • The current study was conducted to investigate the relationship between stress related gene and meat quality in pigs. A total number of 212 three-way cross bred (Landrace-$Yorkshire{\times}Duroc$) and 38 Duroc were sampled from the Korean pig industry to determine genotype frequency of porcine stress syndrome (PSS) and heat shock protein 70 kDa (HSP70) genes and their relationship with carcass traits and longissimus meat quality. Screen of HSP70 was performed by the single strand conformation polymorphism (SSCP) technique. Based on the analysis of restriction fragment length polymorphism (RFLP) in ryanodine receptor 1 (RYR1) gene, genetic disorder of PSS was related to a mutation at $18,168^{th}$ (C to T) of exon 17. There was no significant difference in ultimate meat pH and backfat thickness between HSP70 K1-AA type and -BB type in pure Duroc breed. In Landrace-$Yorkshire{\times}Duroc$ (L-$Y{\times}D$) cross bred pig, our results indicated that HSP70 derivate type in Duroc had a limited effect on backfat thickness, but L-$Y{\times}D$ type had a noticeable linkage with HSP70 K1-AA and K3-AB. This tendency was also observed in hot carcass weight where HSP70 K1-AA and K3-AB resulted in heavier weight with 86.3 kg compared to HSP70 K1-AB and K3-BB of 74.3 kg. Results imply that stress related HSP70 genotype has a potential association with backfat thickness and carcass weight.