• 제목/요약/키워드: Simpson Index

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Estimation of Gini-Simpson index for SNP data

  • Kang, Joonsung
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제28권6호
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    • pp.1557-1564
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    • 2017
  • We take genomic sequences of high-dimensional low sample size (HDLSS) without ordering of response categories into account. When constructing an appropriate test statistics in this model, the classical multivariate analysis of variance (MANOVA) approach might not be useful owing to very large number of parameters and very small sample size. For these reasons, we present a pseudo marginal model based upon the Gini-Simpson index estimated via Bayesian approach. In view of small sample size, we consider the permutation distribution by every possible n! (equally likely) permutation of the joined sample observations across G groups of (sizes $n_1,{\ldots}n_G$). We simulate data and apply false discovery rate (FDR) and positive false discovery rate (pFDR) with associated proposed test statistics to the data. And we also analyze real SARS data and compute FDR and pFDR. FDR and pFDR procedure along with the associated test statistics for each gene control the FDR and pFDR respectively at any level ${\alpha}$ for the set of p-values by using the exact conditional permutation theory.

한국(韓國) 야생(野生) 잔디의 재배기술확립(栽培技術確立)을 위한 연구(硏究) - 제(第) 1 보(報) 주요잡초(主要雜草) 조사(調査) 및 방제법(方除法) 구명(究明) (Establishment of Management Practices in Korean Turfgrass (Zoysia japonica Steud.) - 1. Survey of Major Weed Species Occurring in Korean Turfgrass and Their Control Methods)

  • 김길웅;김달웅
    • 한국잡초학회지
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    • 제1권1호
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    • pp.78-83
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    • 1981
  • 한국(韓國)의 야생(野生)잔디가 재식(栽植)되에 있는 잔디밭을 대상(對象)으로 문제잡초구명(問題雜草究明) 및 잡초방제방법구명시험(雜草防除方法究明試驗)에서 얻어진 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. l. 본(本) 조사지역(調査地域)에서 발생(發生)된 잡초종류(雜草種類)는 40여종(餘種)이었고 발생빈도(發生頻度) 및 발생량(發生量) 면(面)에서 크로바, 바랭이, 방동산이, 망초, 꽃다지 등이 문제(問題)의 잡초(雜草)로 구명(究明)되었다. 2. 경산(慶山) 칸트리클럽 주변(周邊)의 조사지점(調査地點)에서는 크로바, 바랭이, 꽃다지, 방동산이, 망초 등이 공존(共存)하는 군락형(群落型)으로 Simpson's Index가 0.306이었고 경북대(慶北大) 캠펴스내(內)의 조사지점(調査地點)에서는 Simpson's Index가 0.776으로 주로 크로바가 우점(優占)하는 군락형(群落型)을 보였다. 전체(全體)의 건물중(乾物重) 증가양상(增加樣相)에는 두 지역간(地域間)에 시간적(時間的) 차이(差異)는 있으나 유사(類似)하였다. 3. 크로바와 광엽잡초(廣葉雜草)가 우점(優占)하는 지역(地域)에 MCPP 3.4kg (a.i.)/ha를 2회(回) 처리(處理)는 경미한 약해(藥害)가 있기는 하나 84.1%의 높은 방제효과(方劑효果)를 나타냈으며 MCPP 2.2~2.8kg (a. i.)/ha 처리(處理)도 약해(藥害)는 전혀 없으며 높은 방제효과(方劑效果)를 나타냈다. 4. 2,4-D 성분량(成分量)으로 2.0kg/ha 처리(處理)는 MCPP 3.4kg (a.i.)/ha 에 준(準)한 방제효과(方劑效果)를 나타내지는 못하였으나 높은 방제율(防除率)을 보였으며 약해(藥害)를 고려(考慮)할 때 2,4-D 1.0kg (a.i.)/ha 정도면 광엽잡초방제(廣棄雜草防除)에 유효(有效)할 것이다.

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다양성 지수를 활용한 학술지 편집위원과 저자의 국적 다양성 분석 - 문헌정보학 분야 국제학술지를 중심으로 - (An Analysis of Nationality Diversity by Journal Editors and Authors Using Diversity Index: Focusing on International Journals of Library and Information Science)

  • 조재인
    • 한국문헌정보학회지
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    • 제58권2호
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    • pp.81-100
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    • 2024
  • 본 연구는 JCR에 등재된 문헌정보학 분야 국제학술지를 중심으로 학술지 편집위원과 저자의 국적 다양성을 분석하고 Simpson 다양성 지수(Simpson's Diversity Index)를 통해 계량화하였다. 더불어 편집위원 국적 다양성이 저자의 국적 다양성을 유도할 수 있는지 확인하고, 학술지의 특성에 따라 다양성 지수에 차이가 나타나는지 검증하였다. 분석 결과, 첫 번째, LIS 국제 학술지의 편집위원 국적 다양성 지수는 0.64로 0.76인 저자 국적 다양성에 미치지 못하는 것으로 나타났으며, 편집위원과 저자의 국적 다양성은 높은 상관계수를 보이는 것으로 확인되었다(r = 0.79). 두 번째, IS(Information Science) 분야 저널은 편집위원과 저자 기여국에서 모두 0.8 전후의 높은 다양성이 나타났으나 LS(Library Science) 분야는 상대적으로 저조하며 특히 편집위원 다양성에서 0.48의 낮은 지수가 나타났다. 세 번째, 미국은 저자와 편집위원 모두 가장 높은 점유율을 나타내고 있으며, 특히 LS 분야 편집위원에서 53.39%의 압도적 점유를 보이는 것으로 확인되었다. 반면 한국을 포함한 아시아 국가는 저자에 비해 편집위원으로서 기여하는 비율이 미국과 유럽 국가에 비해 낮은 것으로 나타났다.

통계자료를 이용한 농촌 지역의 사회적 다양성 분석 - 경상남도를 대상으로 - (Social Diversity Analysis of Rural Areas with Statistical Data - A Case Study of Gyeongsangnam Province -)

  • 이지민
    • 농촌계획
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    • 제28권3호
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    • pp.73-82
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    • 2022
  • Recently, social conflicts have intensified, and a diverse society is to the fore as a solution to social problems. In rural areas, the transition to a diverse society progressed due to population outflow, changes in the agricultural labor force, and an increase in multicultural families. In this study, regional social diversity in Gyeongsangnam province was measured using the neighborhood diversity index and the Simpson index. In addition, the relationship with the regional economy at the county level and township level was analyzed. As a result, it was found that the Gun regions have higher social diversity than the Si regions. and the city area showed a larger index value for residential segregation.

Ecological Attributes of Species Composition by Topographical Positions in the Natural Deciduous Forest

  • Kim, Ji-Hong;Lee, Hye-Seon;Hwang, Gwang-Mo
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제27권1호
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    • pp.17-22
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    • 2011
  • Based upon the vegetation data of woody plants by plot sampling method in the natural deciduous forest of Mt. Jeombong, the study was carried out to examine importance value, rank abundance curve, and species abundance curve, and comparatively evaluate seven different species diversity indices for Shannon-Wiener index, Simpson index, McIntosh index, Log series, Margalef index, Berger-Parker index, and species richness, according to topographic positions. The minimal area which meant only few more species were increased was 3.48 ha in total. The dominant species of valley were Carpinus cordata, Acer pseudo-sieboldianum, Quercus mongolica, Acer mono, and Abies holophylla, and the dominant species of mid-slope were Quercus mongolica, Acer pseudo-sieboldianum, Carpinus cordata, Tilia amurensis, and Fraxinus rhynchophylla. Moreover, the dominant species of ridge were Quercus mongolica, Acer pseudo-sieboldianum, Tilia amurensis, Fraxinus rhynchophylla, and Acer mono. According to rank abundance curve and species abundance curve, species evenness was also low. All of Log series, species richness, Margalef, and Shannon-Wiener index discriminated that valley had the highest diversity, and ridge had the lowest diversity; but, Simpson index, McIntosh index, and Berger-Parker index represented that mid-slope had the highest diversity, and ridge had the lowest diversity. Uniquely, in Berger-Parker index, mid-slope was the higher value than total.

계절별(季節別), 재배작물(栽培作物) 및 경작지별(耕作地別) 잡초식생변화(雜草植生變化) (Change in Weed Flora with Season and Cultivated Crop and Land)

  • 양환승;전재철;황인택
    • 한국잡초학회지
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    • 제4권1호
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    • pp.4-10
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    • 1984
  • 전북지역(全北地域)의 밭 잡초식생변화(雜草植生變化)를, 재배작물별(栽培作物別) 및 경지형태별(耕地形態別) 조사(調査)하였다. 1. 전북지역(全北地域) 밭에 발생하는 잡초(雜草)는 18과(科) 44종(種)으로, 일년초(一年草) 22종(種), 월년초(越年草) 11종(種) 및 다년초(多年草) 9종(種)으로 구성(構成)되어 있었다. 발생빈도별(發生頻度別)로 보면, 바랭이가 67.2%로 가장 높았으며, 다음으로 쇠비름, 명아주, 망초의 순위(順位)였다. 3. 조사지역(調査地域)의 약(約) 60%에 해당(該當)되는 지역(地域)의 잡초식생(雜草植生)이 Simpson 지수(指數) 0.20에서 0.50사이를 나타내었다. 4. 밭에서의 Simpson 지수(指數)는 계절적(季節的)으로 변화(變化)되어, 6월(月)8일(日)의 0.65가 11월(月)10일(日)에 0.15로 감소(減少)되어 잡초식생(雜草植生)이 다양화(多樣化)되고 있음을 나타내었다. 5. 경지형태별(耕地形態別)로 보면 답이작전(沓裏作田)에서는 독새풀과 여뀌, 숙전(熟田)에서는 바랭이와 쇠비름이 우점종(優占種)이었고 야산개간지(野山開墾地)에서는 쑥을 비롯한 다양(多樣)한 초종(草種)들이 고루 발생(發生)하고 있었다. 6. 콩을 비롯한 5개 작물포(作物圃)의 Simpson 지수(指數)는 평균(平均) 0.4로써 작물(作物)의 종류(種類)에 관계없이 쇠비름과 바랭이가 우점종(優占種)이었고, 여뀌, 명아주, 쇠비름, 망초 등이 차우점종(次優占種)으로 나타났다.

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정보계측기법을 이용한 생태조사자료의 종다양도 분석 (Species Diversity Analysis of Ecosystem Survey Data Using Total Information)

  • 정남수;이정재;박승기;김웅
    • 농촌계획
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    • 제13권2호
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    • pp.1-5
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    • 2007
  • Shannon and Simpson indexes are used for species diversity analysis of ecosystem. In species diversity analysis of ecosystem, not only frequency of each species but also survey size have to be considered. In this study, total information composed with knowledge and ignorance was suggested as a species diversity analysis method for ecosystem survey. To apply developed method, flora in the Sangachun river valley was sampled with 19 sites and 198 species. In applying results, Shannon index shows more reasonable results than Simpson index by the variance of sample size but has difficulties of determining the relation of surveying species number and sample site number. Suggested total information can overcome this difficulty by the relation of knowledge and ignorance.

시설재배지(施設栽培地)(P.E. 하우스, P.E. 턴넬, P.E. 멀칭)에서의 잡초발생특성(雜草發生特性) (Characterization of Weed Occurrence in Protected Culture(P.E. house, P.E. tunnel, P.E. mulching))

  • 우인식;변종영
    • 한국잡초학회지
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    • 제8권3호
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    • pp.317-323
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    • 1988
  • 본(本) 연구(硏究)는 시설재배(施設栽培)에서 잡초방제(雜草防除)의 기초자료(基礎資料)를 얻고자 대전시(大田市) 유성지역(儒城地域)에서 1985년(年) 2월(月)부터 6월(月)까지 15일(日) 간격(間隔)으로 여러 시설재배조건(施設栽培條件)에서 잡초수(雜草數), 건물중(乾物重), 발생잡초(發生雜草)의 종생태적(種生態的) 및 사회적(社會的) 특성분석(特性分析)과 우점도(優占度)를 조사(調査)하였다. 1. 시설재배(施設栽培)에서 노지(露地)의 경우, 명아주, 여뀌, 쇠비름, 바랭이가 우점(優占)하였으며, PE 하우스는 냉이, 명아주, 바랭이, 쇠비름이 우점(優占)하였고 발생잡초(發生雜草) 본수(本數)는 무멀칭에 비해 멀칭과 턴넬내 멀칭에서는 많이 발생(發生)했으며 건물중(乾物重)은 이와는 반대로 무멀칭에서 무거웠다. 노지(露地)에서는 여름 광엽잡초(廣葉雜草)와 여름 화본과잡초(禾本科雜草)가 많이 발생(發生)했으나 PE 하우스내에서는 무멀칭에서 월동광엽잡초(越冬廣葉雜草)가 우점(優占)했으며 멀칭에서는 초기(初期)에 월동화본과잡초(越冬禾本科雜草)와 월동광엽잡초(越冬廣葉雜草)가 많이 발생(發生)했으나 후기(後期)에는 여름 화본과잡초(禾本科雜草)와 여름 광엽잡초(廣葉雜草)가 많이 발생(發生)하였다. 2. 시설내(施設內)에서 PE 하우스는 시설(施設)을 하므로 Simpson 지수(指數)가 높아 몇 초종(草種)이 우점(優占)하고 있는 군락(群落)을 이루었고 종다양도(種多樣度), 최대종다양도(最大種多樣度)가 안정도(安定度)에 비해 낮았고 또한 무피복보다 멀칭, 턴넬내 멀칭에서 높았으며 노지(露地)는 종다양도(種多樣度), 최대종다양도(最大種多樣度)가 멀칭, 턴넬을 하므로써 높아졌고 Simpson지수(指數)는 무멀칭에서 높고 오히려 시설(施設)을 하므로 낮아졌으며, PE 하우스, 노지(露地) 공(共)히 종간경쟁(種間競爭)이 종내경쟁(種內競爭)보다 높았던 것으로 생각된다.

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Clinical Features and Treatment Outcome of Chordoid Meningiomas in a Single Institute

  • Jee, Tae Keun;Jo, Kyung-Il;Seol, Ho Jun;Kong, Doo-Sik;Lee, Jung-Il;Shin, Hyung Jin
    • Journal of Korean Neurosurgical Society
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    • 제56권3호
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    • pp.194-199
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    • 2014
  • Objective : Meningioma is the second most common primary central nervous system neoplasm. In contrast, chordoid meningioma is rare; due to the paucity of cases, little is known about its clinical features or treatment outcomes. The objectives of this study were to describe the clinical characteristics and outcomes for patients with chordoid meningioma. Methods : In total, 16 patients, with newly diagnosed chordoid meningioma who underwent surgical excision between 1999 and 2012 were included. We retrospectively evaluated the medical records, radiological findings, and pathological findings. The median follow-up period was 56.5 (range, 3-170) months. The MIB-1 labeling index ranged from 1 to 26.60% (median, 5.04). Results : Simpson grade I, II, and III resections were performed in four, nine, and three patients, respectively. The overall recurrence rate was 37.5%. Overall progression-free survival (PFS) after resection was 94.7 months (95% CI=62.9-126.6). Of the 4 patients with Simpson grade I resection, recurrence occurred in one patient. Among the Simpson grade II and III resection groups, eight patients underwent adjuvant radiation therapy and they showed significantly longer PFS (121 months, 95% CI=82.1-159.9) than the patients who underwent surgery alone (40.5 months, 95% CI=9.6-71.3) by the log-rank test (p<0.05). Conclusion : Chordoid meningiomas are difficult to manage and have a high rate of recurrence. Complete resection of the tumor is a key determinant of better outcomes. Adjuvant radiation therapy is recommended, eparticulary when Simpson grade I resection was not achieved.

경북지역 복숭아과원에 분포하는 식물기생성 선충의 조사 (Survey on Plant-Parasitic Nematodes in Peach Orchards in Gyeongbuk Province)

  • 권태영;김동근;최충돈;윤재탁
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.81-84
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    • 2004
  • 복숭아의 주요 식물기생성선충 종류를 밝히기 위하여 2000년부터 2002년까지 3년간 경북지역의 124개 복숭아 과원 토양으로부터 선충을 분리하고 선충의 종류, 밀도, 빈도(Frequency), 우점도(Simpson's index), 다양성지수(Shannon and Wiener index), 중요도(Prominence value)를 분석하였다. 식물기생성 선충은 총 124지점 중 97지점에서 발견되었으며 우점도는 0.717-0.881, 다양성지수는 0.221-0.286로 복숭아는 다양한 종류의 식물기생성선충에 의하여 피해를 받기보다는 몇몇 우점하고 있는 식물기생성선충에 의하여 피해를 받고 있었다 복숭아과원에서 중요한 식물기생성선충은 Tylenchorhynchus nudus, Criconemoides informis, Paratylenchus elachistus, Pratylenchus vulnus, Helicotylenchus digonichus 순이었고, 그 외 Aphelenchus sp., Tylenchus sp., Heterodera sp., Scutellonema sp. 등이 검출은 되었으나 중요종은 아니었다. 이번 조사에서 특히 국내 복숭아과원 토양에는 Paratylenchus elachistus가 널리 분포하고 있었으며, 반면 외국에서 심각한 문제가 되고 있는 뿌리혹선충류는 발견되지 많았다.