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ESTs (Expressed Sequence Tags)를 통한 넙치(Paralichthys olivaceus) 정소의 유전자 발현 패턴 분석 (Expressed Sequence Tags of Expression Profiles of Olive Flounder (Paralichthys olivaceus) Testis)

  • 이정호;김종현;노재구;김현철;김영옥;김우진;김규원;김경길
    • 한국어류학회지
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    • 제19권4호
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    • pp.257-265
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    • 2007
  • 본 연구에서는 넙치(Paralichthys olivaceus) 정소에 대한 cDNA library를 제작하여 총 248개의 EST (Expressed sequence tag)를 분석을 하였다. 넙치 정소의 유전자 발현 패턴을 조사하기 위하여 염기서열의 유사성 분석을 한 결과 248개의 EST 중 156개의 EST는 이미 밝혀진 유전자와 유사성이 있는 것으로 나타났으며, 92개의 EST는 새로운 유전자로 밝혀졌다. 유전자의 기능이 밝혀진 250개의 EST 중 6개(3.8%)의 EST는 이미 알려진 넙치 EST와 상동성이 있는 유전자로 확인되었고, 100개(64.1%)의 EST는 다른 생물에서 알려진 유전자와 상동성이 있는 것으로 나타났다. 그러나 50개(32.1%)의 EST는 전혀 기능이 알려지지 않은 새로운 유전자로 밝혀졌다. 이상의 결과에서 넙치 정소에서 발현되는 유전자는 다른 조직에 비해 일부 유전자의 상대적인 발현정도가 많지 않고, 대부분의 유전자가 골고루 발현함으로써 다양한 유전자의 발현패턴이 확인되었다. 따라서 넙치 정소에 대한 cDNA library는 특이하고 새로운 발현 유전자의 탐색에 좋은 재료로 사용될 것으로 추측된다.

해체적 작품공간의 구조 분석을 위한 다이내믹 시미트리와 모듈 개념의 적용 및 그 해석 (Interpretation Applied Dynamic Symmetry and Module for the Structure Analysis in Art-Work Space)

  • 신연호
    • 디자인학연구
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    • 제13권3호
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    • pp.221-234
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    • 2000
  • 본 연구는 1970년대 이후 포스트 모더니즘 예술가들의 작품공간에서 나타나고 있는 해체적 방식의 공간개념 고찰을 목적으로 하고 있다. 이에 따라 예술가들의 세계관 변화에 따른 20세기 후기 시대 포스트모더니즘 시각예술 작품에 나타난 복잡계(complex System)의 특성들을 20세기 전기 시대 모더니즘 시각예술 작품에 나타난 단순계(simple System)의 특성들과 비교하여, 그 특성들이 작품형식의 특징을 이루어 주는 구성체계와 어떤 상관관계를 맺으며 조형적 체계화의 변수를 갖게 되는가에 대한 탐구이다. 따라서 그 구성체계들과 변수에 대한 이론적 접근방법으로서는 예술작업에서 기본적 형태 구성 방법으로 사용되는 질서체계의 의미 즉, 모듈(module) 개념을 르 꼬르뷔제(Le Corbusier)의 이론을 통하여 살펴보고, 예술작업에서의 형태구조를 랭거(Suzanne langer)의 형태론 연구에서 정의된 '생명체의 법칙(the law of living form) 즉, '유기체의 원리(the principles of organization)'로 볼 수 있을 때, 인체나 자연 생태계의 성장구조에서 나타나는 유기체적 구조라고 보며, 모듈의 법칙을 지배하는 원리를 햄비지(Jay Hambidge)가 주장하는 다이내믹 시미트리(dynamic symmetry)로서 작품 공간을 산술분석 하였다. 이로써 20세기 전기 시대와 후기 시대의 시각예술 작품에서 나타난 양식의 특성들을 제시작품을 통하여 그 내용면과 형식면에서 차이를 비교 분석할 수 있었으며 이를 통해 20세기 후기 포스트 모더니즘 시각예술 작품에서 나타나는 복잡계의 특성들이 새로운 조형적 체제화의 변수에 작용하는 원리를 다음과 같이 다음과 같이 제안할 수 있게 되었다. 첫째, 작품공간에서의 모듈은 다이내믹 시미트리로부터 만들어지고 이루어져야 한다. 둘째, 모듈은 다이내믹 시미트리의 필요충분 조건인 만족스럽고(acceptable), 효율적이며(effcient), 융통적이고(flexible), 적응력이 뛰어난(adaptable) 인간적 요구사항을 충족시켜야 한다. 셋째, 다이내믹 시미트리는 역(逆, reciprocity)의 원리와 보상(補賞, complement)의 원리를 제 1의 구성원리로 하며 공간에서 서로에 대한 역과 공통성(common property)을 갖고 자기유사를 지닐 때 연속체(continuum)를 손상하지 않고 전체공간을 유기체적으로 분절한다.

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시퀀스 데이터베이스에서 타임 워핑을 지원하는 효과적인 인덱스 기반 서브시퀀스 매칭 (An Index-Based Approach for Subsequence Matching Under Time Warping in Sequence Databases)

  • 박상현;김상욱;조준서;이헌길
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제9D권2호
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    • pp.173-184
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    • 2002
  • 본 논문에서는 대용량 시퀀스 데이터베이스에 타임 워핑을 지원하는 인덱스 기반 서브시퀀스 매칭에 관하여 논의한다. 타임 워핑은 시퀀스의 길이가 서로 다른 경우에도 유사한 패턴을 갖는 시퀀스들을 찾을 수 있도록 해준다. 최근의 연구에서 타임 워핑을 지원하는 효과적인 전체 매칭 기법을 제안된바 있다. 이 기법은 데이터 시퀀스들로부터 타임 워핑에 영향을 받지 않는 특징 벡터들의 집합을 대상으로 인덱스를 구성한다. 또한, 특징 공간상에서의 필터링을 위하여 삼각형 부등식을 만족하는 타임 워핑 거리의 하한 함수를 사용한다. 본 연구에서는 이 기존의 연구에 슬라이딩 윈도우를 기반으로 하는 접두어-질의 방법을 결합하는 새로운 기법을 제안한다. 인덱싱을 위하여 각 슬라이딩 윈도우와 대응되는 서브 시퀀스로부터 특징 벡터를 추출하고, 이 특징 벡터를 인덱싱 애트리뷰트로 사용하는 다차원 인덱스를 구성한다. 질의 처리를 위하여, 조건을 만족하는 질의 접두어들에 대한 특징 벡터들을 이용하여 다수의 인덱스 검색을 수행한다. 제안된 기법은 대용량의 데이터베이스에서도 효과적인 서브시퀀스 매칭을 지원한다. 본 연구에서는 제안된 기법이 착오 기각을 유발시키지 않음을 증명한다. 제안된 기법의 우수성을 규명하기 위하여 다양한 실험을 수행한다. 실험 결과에 따르면, 제안된 기법은 실제 S&P 500 주식 데이터와 대용량의 생성 데이터 모두에 대하여 큰 성능 개선 효과를 보이는 것으로 나타났다.

확률 및 통계적 개념에 근거한 한국인 표준 뇌 지도 작성 및 기능 영상 분석을 위한 가시화 방법에 관한 연구 (Developing a Korean Standard Brain Atlas on the basis of Statistical and Probabilistic Approach and Visualization tool for Functional image analysis)

  • 구방본;이종민;김준식;이재성;김인영;김재진;이동수;권준수;김선일
    • 대한핵의학회지
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    • 제37권3호
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    • pp.162-170
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    • 2003
  • 이 논문에서는 한국인의 뇌 기능 영상 연구에서의 정확한 분석을 위한 한국인 뇌 확률 지도를 제작하였고 이를 실제 기능 영상 연구에 적용할 수 있도록 하는 뇌 위치 정보 추출 프로그램에 대하여 소개하였다. 한국인의 표준 뇌 확률 지도를 작성하기 위하여 정신과적 병력이 없는 정상인 76개의 뇌 영상을 서울대학교 신경정신과와 핵의학과로부터 수집하였으며, 이를 바탕으로 표준 뇌 영상을 결정하였다. 결정된 표준 뇌 영상은 숙련된 전문의로부터 89개의 해부학적 영역으로 분할하는 작업이 이루어졌다. 표준 뇌 영상에서 분할된 정보들은 자동 분할 알고리즘에서의 기준으로 사용되어 나머지 75개의 뇌 영상들에 대해서도 해부학적 정보들을 가지도록 하였다. 76개의 뇌 영상들에 생성된 각각의 89개의 해부학적 정보들은 동일 위치에서의 확률정보로서 변환되어 뇌 확률 지도를 생성하였다. 제작된 한국인의 뇌 확률지도는 한국인의 뇌에 대한 편차 정보와 해부학적인 정보를 가지며 이는 한국인의 기능 영상 연구에 있어서 보다 정확한 결과를 제시할 수 있다.

노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 cDNA library 제작 및 EST 분석 (Construction of a Full-length cDNA Library from Korean Stewartia (Stewartia koreana Nakai) and Characterization of EST Dataset)

  • 임수빈;김준기;최영인;최선희;권혜진;송호경;임용표
    • 원예과학기술지
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    • 제29권2호
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    • pp.116-122
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    • 2011
  • 본 연구에서는 지리산에서 자생하는 한국 특산종인 노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 EST library를 제작하고 서열을 분석하였다. 노각나무의 유엽을 재료로 cDNA library 만들었고 1,392개의 cDNA에 대한 부분 서열 분석을 진행하였다. EST와 unigene 서열의 분석은 컴퓨터를 기반으로한 filtering과 수작업 그리고 NCBI의 BLAST 분석을 통해 수행하였다. 벡터 서열과 100bp 이하의 서열을 제거한 후 1,301개의 EST를 분석하였다. 전체 150개의 contig와 743개의 singleton을 분리하여 총 893개의 unigene을 분리해냈으며 서열 분석을 통해 95개의 microsatellite를 확인하였다. NCBI 데이터베이스의 BLASTX로 상동성을 검색한 결과 EST의 65%는 기능을 알고 있는 유전자와 11.6%의 EST는 아직까지 기능이 보고되지 않은 유전자와 높은 상동성을 보였다. 남아 있는 23.2%의 EST는 기존에 데이터베이스에 보고된 유전자와 상동성을 보이지 않는 유전자로 밝혀졌다. 다양한 데이터베이스를 기반으로 한 유사성 기반 기능 분석은 노각나무의 EST가 포도나무와 포플러와 높은 유사성을 보인 것을 확인하였다. 기능에 따른 분류에 있어 molecular function은 nucleotide binding, biological process는 transport, cellular component는 plastid가 가장 높은 비율로 나왔다. 본 연구를 통해 얻어진 EST 자료는 노각나무의 새로운 유전자원에 대한 연구의 기본 자료로 유용하게 활용될 것이다.

배 '원황'(Pyrus pyrifolia) 유전체 해독에 기반한 SSR 마커 개발 및 유전자 지도 작성 (Construction of a Genetic Map using the SSR Markers Derived from "Wonwhang" of Pyrus pyrifolia)

  • 이지윤;서미숙;원소윤;임경아;신일섭;최동수;김정선
    • 한국육종학회지
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    • 제50권4호
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    • pp.434-441
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    • 2018
  • 본 연구에서는 배 '원황'(Pyrus pyrifolia)의 유전체 정보를 바탕으로, 유용 유전자 관련 SSR 마커를 선발하였고, 선발된 SSR과 SNP 마커를 이용하여 '원황' ${\times}$ 'Bartlett' $F_1$ 교배집단에 대한 유전자 지도를 작성하였다. '원황'의 scaffold에서 제작된 SSR 마커 유래 염기서열들과 NCBI nucleotide DB와 BLASTn 분석하여, 유용한 유전자들과 높은 상동성을 보이는 510개 SSR 마커를 선발하였다. 이들 마커를 사용하여 양친과 F1 집단 94개체의 대립 단편의 증폭 양상을 확인한 결과, 88개 마커들이 헤테로 집단에 맞는 분리비를 보였다. 선발된 88개의 SSR 마커는 GBS 분석을 통해 획득한 579개 SNP 마커와 함께 '원황'의 유전자지도를 작성하였다. 70개의SSR 마커들은 배 염색체 수와 같은 17개의 염색체에 잘 위치하였고, 모든 염색체에 한 개 이상의 마커로 위치하였다. 유전자지도의 총 유전거리는 3784.2cM이고 마커간 평균거리는 5.8cM이었다. 본 연구에서 개발된 SSR 분자마커 및 이를 기반으로 만들어진 유전자지도는 배의 육종 및 유전 연구에 유용한 정보를 제공할 것으로 기대한다.

Pharmacoacupuncture for the Treatment of Frozen Shoulder: protocol for a systematic review and meta-analysis

  • Ji-Ho Lee;Hyeon-Sun Park;Sang-Hyeon Park;Dong-Ho Keum;Seo-Hyun Park
    • 대한약침학회지
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    • 제27권1호
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    • pp.14-20
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    • 2024
  • Objectives: Frozen shoulder (FS) is one of the most challenging shoulder disorders for patients and clinicians. Its symptoms mainly include any combination of stiffness, nocturnal pain, and limitation of active and passive glenohumeral joint movement. Conventional treatment options for FS are physical therapy, nonsteroidal anti-inflammatory drugs, injection therapy, and arthroscopic capsular release, but adverse and limited effects continue to present problems. As a result, pharmacoacupuncture (PA) is getting attention as an alternative therapy for patients with FS. PA is a new form of acupuncture treatment in traditional Korean medicine (TKM) that is mainly used for musculoskeletal diseases. It has similarity and specificity compared to corticosteroid injection and hydrodilatation, making it a potential alternative injection therapy for FS. However, no systematic reviews investigating the utilization of PA for FS have been published. Therefore, this review aims to standardize the clinical use of PA for FS and validate its therapeutic effect. Methods: The protocol was registered in Prospero (CRD42023445708) on 18 July 2023. Until Aug. 31, 2023, seven electronic databases will be searched for randomized controlled trials of PA for FS. Authors will be contacted, and manual searches will also be performed. Two reviewers will independently screen and collect data from retrieved articles according to predefined criteria. The primary outcome will be pain intensity, and secondary outcomes will be effective rate, Constant-Murley Score, Shoulder Pain and Disability Index, range of motion, quality of life, and adverse events. Bias and quality of the included trials will be assessed using the Cochrane handbook's risk-of-bias tool for randomized trials. Meta analyses will be conducted using Review Manager V.5.3 software. GRADE will be used to evaluate the level of evidence for each outcome. Results: This systematic review and meta-analysis will be conducted following PRISMA statement. The results will be published in a peer-reviewed journal. Conclusion: This review will provide scientific evidence to support health insurance policy as well as the standardization of PA in clinical practice.