• 제목/요약/키워드: Shannon diversity index

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고도에 따른 한라산 구상나무와 주목의 외생균근균 다양성 비교 (Ectomycorrhizal Fungal Diversity on Abies korea and Taxus cuspidata at Two Altitudes in Mt. Halla)

  • 이지은;엄안흠
    • 한국균학회지
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    • 제47권3호
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    • pp.199-208
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    • 2019
  • 한라산 상부와 하부에 서식하는 구상나무와 주목의 뿌리에서 각각 외생균근균의 군집 구조를 분석하였다. 형태적 특징과 분자적 분석을 통해 구상나무에서는 하부에서 6속 8종, 상부에서 7속 10종의 외생균근균을 확인하였다. 주목에서는 하부에서 4속 8종, 상부에서 6속 10종의 외생균근균을 확인하였다. 외생균근균의 종 다양성 지수, 종 균등도, 종 수는 숙주식물과 관계없이 상부에서 높게 나타난 반면, 균투 수는 하부에서 높게 나타났다. 하부와 상부에서 구상나무와 주목 뿌리의 외생균근균 군집 간의 유사도를 분석한 결과, 고도에 관계없이 구상나무의 뿌리에서 발견된 외생균근균 군집 간의 유사도가 주목 뿌리의 외생균근균 군집 간 유사도나 구상나무 뿌리의 외생균근균 군집과 주목의 뿌리 외생균근균 군집 간의 유사도에 비해 더 높게 나타났다. 이는 구상나무가 주목과는 다른 특이한 외생균근균 군집 구조를 이루고 있으며, 기온 상승으로 멸종 위기에 처한 구상나무의 보전과 자생지 관리에 도움을 줄 수 있을 것으로 판단된다.

Effect of web-based personalized nutrition management on gut microbiota in Korean patients with irritable bowel syndrome aged between 20 and 30 years

  • Woori Na;Dayoung Oh;Seohyeon Hwang;Cheongmin Sohn
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제57권1호
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    • pp.75-87
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    • 2024
  • Purpose: Dietary habits are strongly related to the symptoms of people with irritable bowel syndrome (IBS). Therefore, personalized nutrition management can help reduce symptoms and improve the quality of life of people with IBS. This study assessed the effectiveness of a personalized web-based nutrition management based on the types of food that trigger IBS symptoms. Methods: Sixty Korean adults with IBS according to Rome IV criteria in their 20s and 30s were enrolled in this study. The data from the final 49 patients who completed a three-month personalized nutrition intervention were analyzed. The general information, anthropometry, dietary intake survey, and gut microbiota were examined pre and post-intervention. The gut microbiota analysis included the relative abundance and the Shannon index. The food intake was recorded for two days for personalized nutrition education, followed by three months of personalized nutrition intervention. Statistical analysis was performed using the Wilcoxon signed-rank test in SPSS 26.0, with the significance set to p < 0.05. Results: The relative abundance of the gut microbiota changed after personalized nutrition management, with a significant decrease in the presence of Veillonella (p = 0.048). Furthermore, when the gut microbiota was analyzed according to the type of food that triggers symptoms, the diversity was increased significantly in the high fermentable oligosaccharides, disaccharides, monosaccharides, and polyols (FODMAPs) type (p = 0.031) and FODMAPs-containing gluten-type personalized nutrition intervention types (p < 0.001). Conclusions: Gut microbial diversity and gut microbiota distribution changed after using web-based personalized nutrition management. Hence, personalized nutrition management that considers trigger foods may improve IBS symptoms.

닭우모 단백질 가수분해물을 처리한 토마토 근권토양 내 세균군집의 계통 해석 (Phylogenetic Analysis of Bacterial Populations in a Tomato Rhizosphere Soil Treated with Chicken Feather Protein Hydrolysate)

  • 김세종;한송이;황경숙
    • 미생물학회지
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    • 제49권4호
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    • pp.328-335
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    • 2013
  • 케라틴 단백질 분해 세균 Chryseobacterium sp. FBF-7(KACC 91463P)을 이용하여 대량생산한 닭우모 단백질 가수분해물(CPH)을 토마토에 처리한 결과, 토마토 줄기와 뿌리의 생장이 현저하게 증가되었다. 닭우모 가수분해물을 처리한 토마토 근권토양 내 세균군집 변동에 대한 계통학적 해석을 위하여 16S rRNA 유전자 서열을 기반으로 454 pyrosequencing을 수행하였다. 가수분해물을 처리하지 않은 토마토 근권토양(NCPH)의 16S rRNA 유전자 염기서열(3,281 reads)과 가수분해물을 처리한 토마토 근권토양(TCPH)의 16S rRNA 유전자 염기서열(2,167 reads)은 각각 6.33과 6.54의 다양성 지수를 나타내어 세균군집의 다양성에는 영향을 미치지 않는 것으로 확인되었다. 각 토마토 근권토양에는 총 19개의 문(phyla)의 세균이 존재하였고, 이중의 약 40%가 Proteobacteria이었다. Proteobacteria의 Bradyrhizobiaceae에 속하는 Bradyrhizobium, Agromonas, Nitrobacter 그리고 Afipia (BANA group)는 NCPH와 TCPH의 모든 근권토양에서 우점을 이루어 닭우모 가수분해믈 처리에 의해 토양 토착세균 군집에 영향을 미치지 않는 것으로 확인되었다.

설악산 눈잣나무 천연집단의 침엽특성과 유전변이 (Needle Characteristics and Genetic Variation of Pinus pumila Natural Population in Mt. Seorak)

  • 송정호;임효인;장경환
    • 한국자원식물학회지
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    • 제25권5호
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    • pp.517-522
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    • 2012
  • 설악산 눈잣나무 천연집단은 국내 유일하게 분포하는 남방한계 분포지 수종으로 유전자원보존을 위하여 침엽의 형태적 해부학적 특성과 I-SSR 표지자를 이용한 유전변이를 조사하였다. 8가지 침엽특성에 대한 ANOVA 분석결과 모든 특성에서 개체 간에 통계적인 유의성이 인정되었다. 조사된 66개체의 평균특성은 침엽길이 53.59 mm, 침엽폭 0.78 mm, 침엽지수 68.98 및 침엽두께 0.65 mm, 최대기 공열수 4.56개, 최소기공열수 3.80개, 전체기공열수 8.36개 및 수지구수 1.71개로 각각 나타났다. 특히, 수지구는 모두 바깥쪽에 위치하는 외위 형태의 1~3개 범위로 수지구 2개 유형이 69.47%을 나타낸 반면 1개 유형은 30.45%를 나타냈다. 선발된 9개 I-SSR Primer에서 총 78개의 증폭산물을 얻었으며, 다형적 유전자좌의 비율은 61.5%, 유효대립유전자의 수 1.698개, 이형접합도의 기대치 0.388 및 Shannon의 다양성지수 0.567로 각각 나타났다.

시설 포도 유기농 재배지에서 녹비 생육 중 녹비 종류가 토양 미생물상에 미치는 영향 (Influence of Growing Green Manures on Soil Microbial Activity and Diversity under Organically Managed Grape-greenhouse)

  • 박기춘;서영진;김찬용;김종수;이영근;서지애
    • 한국환경농학회지
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    • 제27권3호
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    • pp.260-266
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    • 2008
  • 시설 유기농 포도 재배지에서 공중 질소 고정과 잡초 억제를 목적으로 도입할 수 있는 월동 녹비가 녹비 생육 초기인 봄에 토양 미생물 활성과 다양성에 미치는 효과를 검토하기 위하여 헤어리 베치,자운영,레드 클로버를 녹비로 파종한 후 효소 활성과 토양 미생물 군락의 기질 이용성 및 인지질 지방산 차이에 의한 토양 미생물 다양성을 조사하였다. 탈수소효소 활성과 FDA 수화도에 의한 미생물 활성으로 측정한 토양 미생물 활성은 처리간에 차이가 없었다. Biolog Ecoplate의 평균 색도 변화는 레드 클로버가 대조구에 비하여 높았다. Biolog EcoPlate에 의한 토양 미생물 군락의 기질 이용성은 자운영 처리구가 헤어리 베치구 및 레드 클로버 처리구와 뚜렷이 구분되었다. 그리고 미생물 군락의 기능적 다양성 지수는 헤어리 베치구가 대조구 보다 유의성 있게 높았다. 인지질 지방산 구성에 의한 미생물 군락의 차이를 주요인 분석으로 분석한 결과 자운영이 대조구와 현저히 구분되었고 녹비 처리구 간에는 차이가 없었다.

국내 재배지의 산초(Zanthoxylum schinifolium)와 초피(Zanthoxylum piperitum)의 형태학적 특성과 유전적 다양성 (Morphological Characteristics and Genetic Diversity Analysis of Cultivated Sancho (Zanthoxylum schinifolium) and Chopi (Zanthoxylum piperitum) in Korea)

  • 류재혁;최해식;유재일;배창휴
    • 한국자원식물학회지
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    • 제29권5호
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    • pp.555-563
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    • 2016
  • 국내 농가에서 재배되고 있는 산초 및 초피유전자원의 형태학적 특성과 유전적 다양성을 분석하여 분자생물학적 분류와 유전자원평가에 활용하고자 하였다. 산초 수집계통간의 유전적 다형성은 증폭된 총 88개 밴드 중 85개의 다형성 밴드가 검출되어 96.5%였으며, 초피나무 수집계통은 총 58개 밴드 중 다형성 밴드는 35개로 60.3%의 다형성을 나타내었다. 산초나무 수집 계통의 UBC 861 프라이머 500 bp 영역과 UBC 862 프라이머 300 bp 영역에서 종 특이적인 밴드가 검출되었다. 신품종 육종의 기초자료로 활용하고자 유전적 유사도 지수를 산출한 결과, 총 32계통간의 유전적 유사도 지수는 최저 0.116에서 최고 0.816 사이로 산초나무의 종내 유전적 유사도 지수는 0.177∼0.780, 초피나무의 종내 유전적 유사도 지수는 0.250∼0.816 사이로 낮게 나타나 교배육종 소재로 활용이 기대된다. 군집분석 결과, 유전적 유사도 지수 0.302에서 산초나무와 초피나무 수집 계통이 분리되어 산초나무 2개 그룹과 초피나무 1개 그룹으로 유집되었다. 반면 유집된 그룹과 형태학적 특성과 연관성은 없었다. 본 연구 결과를 바탕으로 ISSR 마커로 산초와 초피의 종간 구분 마커 개발이 기대되며, 유전적 유사도를 바탕으로 교배육종 소재 선발의 가능성이 평가되었다.

샛강의 생태공학적 복원공법 적용에 따른 생태환경 개선 효과 (Assesment of Ecological Condition Improvement by Eco-Technological Restoration in a Small Stream)

  • 권태호;이정호
    • 한국환경생태학회지
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    • 제21권5호
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    • pp.442-448
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    • 2007
  • 본 연구는 샛강 기슭 훼손부의 물리적, 생태적 안정화를 도모하고자 돌망태틀놓기공법 및 버드나무울짱얽기공법을 시공한 구간에서 생태환경 개선 효과를 검증하기 위하여 수행되었다. 샛강의 생태적 건강도 평가를 위해 규조군집의 종풍부도, 종다양도지수, 수질오염도지수, 오염 민감종의 구성비, Achnanthes minutissima의 구성비, 우점도지수의 6개 메트릭을 활용하였다. 구간 상류의 유입부(ST. 1)와 구간 내 지점(ST. 2) 및 하류 유출부(ST. 3)를 대상으로 6개 메트릭의 변화값을 종합하면 평균 33.9%의 높은 생태환경 개선 효과를 확인할 수 있었다. 이 결과는 본 조사에서 적용된 샛강의 생태공학적 안정화기술이 하천의 생태학적 건강도를 보존하는 데 있어 효과적임을 시사해주는 것으로 평가할 수 있었다.

Cometabolism degradation of lignin in sequencing batch biofilm reactors

  • Kuang, Faguo;Li, Yancheng;He, Lei;Xia, Yongqiu;Li, Shubai;Zhou, Jian
    • Environmental Engineering Research
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    • 제23권3호
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    • pp.294-300
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    • 2018
  • Cometabolism technology was employed to degrade lignin wastewater in Sequencing Batch Biofilm Reactor. Cometabolic system (with glucose and lignin in inflow) and the control group (only lignin in inflow) were established to do a comparative study. In contrast with the control group, the average removal rates of lignin increased by 14.7% and total oarganic carbon increased by 32% in the cometabolic system with glucose as growth substrate, under the condition of 5 mg/L DO, $0.2kgCOD/(m^3{\cdot}d)$ lignin and glucose $1.0kgCOD/(m^3{\cdot}d)$. Functional groups of lignin are degraded effectively in cometabolic system proved by fourier transform infrared spectroscopy and Gas Chromatography-Mass Spectrometer, and the degradation products were amides (mainly including acetamide, N-ethylacetamide and N, N-diethylacetamide), alcohols (mainly including glycerol and ethylene glycol) and acids. Meanwhile, results of Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis showed great differences in microbial population richness between cometabolic system and the control group. The Margalef's richness index and Shannon-Wiener's diversity index of microorganism in cometabolic system were 3.075 and 2.61, respectively. The results showed that extra addition of glucose, with a concentration of 943 mg/L, was beneficial to lignin biodegradation in cometabolic system.

Cutaneous Microflora from Geographically Isolated Groups of Bradysia agrestis, an Insect Vector of Diverse Plant Pathogens

  • Park, Jong Myong;You, Young-Hyun;Park, Jong-Han;Kim, Hyeong-Hwan;Ghim, Sa-Youl;Back, Chang-Gi
    • Mycobiology
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    • 제45권3호
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    • pp.160-171
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    • 2017
  • Larvae of Bradysia agrestis, an insect vector that transports plant pathogens, were sampled from geographically isolated regions in Korea to identify their cutaneous fungal and bacterial flora. Sampled areas were chosen within the distribution range of B. agrestis; each site was more than 91 km apart to ensure geographical segregation. We isolated 76 microbial (fungi and bacteria) strains (site 1, 29; site 2, 29; site 3, 18 strains) that were identified on the basis of morphological differences. Species identification was molecularly confirmed by determination of universal fungal internal transcribed spacer and bacterial 16S rRNA gene sequences in comparison to sequences in the EzTaxon database and the NCBI GenBank database, and their phylogenetic relationships were determined. The fungal isolates belonged to 2 phyla, 5 classes, and 7 genera; bacterial species belonged to 23 genera and 32 species. Microbial diversity differed significantly among the geographical groups with respect to Margalef's richness (3.9, 3.6, and 4.5), Menhinick's index (2.65, 2.46, and 3.30), Simpson's index (0.06, 0.12, and 0.01), and Shannon's index (2.50, 2.17, and 2.58). Although the microbial genera distribution or diversity values clearly varied among geographical groups, common genera were identified in all groups, including the fungal genus Cladosporium, and the bacterial genera Bacillus and Rhodococcus. According to classic principles of co-evolutionary relationship, these genera might have a closer association with their host insect vector B. agrestis than other genera identified. Some cutaneous bacterial genera (e.g., Pseudomonas) displaying weak interdependency with insect vectors may be hazardous to agricultural environments via mechanical transmission via B. agrestis. This study provides comprehensive information regarding the cutaneous microflora of B. agrestis, which can help in the control of such pests for crop management.

농촌 및 자연지역의 경관 다양성 평가모형 개발 및 적용 (Development and Application of Landscape Diversity Evaluation Model on the Basis of Rural and Natural Area)

  • 나정화;이용은;조현주;구지나;권오성
    • 한국조경학회지
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    • 제41권6호
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    • pp.84-95
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    • 2013
  • 최근 경관훼손 문제에 대응하기 위해 사전 예방적 차원에서 우수한 경관지역을 선정하려는 노력이 이루어지고 있다. 특히 경관 다양성은 경관 구성요소를 평가하기 위한 핵심적인 방법으로 보존가치가 높은 지역의 경관 질을 평가하는데 중요한 기준이 될 수 있다. 따라서 본 연구는 경관을 구성하고 있는 다양한 요소들을 고려한 경관 다양성 평가모형을 설정해 보고, 이를 연구대상지에 적용해 봄으로써 평가모형을 검증하는데 가장 큰 목적을 두었다. 국내 외 문헌 및 연구 자료를 분석한 결과, 경관 다양성 평가모형을 구축하기 위한 지표로서 지형, 식생, 토지이용형태, 특이경관 등 총 4개의 항목이 도출되었다. 지형의 다양성은 지표면 기복정도와 지표면 형태의 다양성을 세부지표로 선정하였으며, 식생의 다양성에서는 식물군락과 층위구조의 다양성을 세부지표로 선정하였다. 각 평가지표의 다양성을 정량적으로 평가하기 위하여 Shannon의 다양성 지수(SHDI)를 응용하였으며, 작성된 각 지표별 유형분류도면에 귀속되는 출현유형과 면적을 Fragstats 4.0에 대입하여 결과값을 산출하였다. 마지막으로 세부지표별 결과값의 표준화 및 합산과정을 거쳐 최종 경관 다양성 지수값을 산출하였다. 이러한 본 연구의 결과는 경관 다양성 평가의 초기 연구 단계로서 방향제시 및 가능성을 모색해 보는데 의의가 있었다. 또한 추후 연구를 통하여 경관 구성요소를 평가하는 핵심 방법으로서, 우수한 경관의 질을 평가하는 중요한 기준으로 활용될 가능성이 있을 것으로 사료된다. 그러나 본 연구에서 제시한 경관 다양성 평가모형은 4가지 지표를 종합적으로 고려하였던바, 우세성을 가지는 세부지표에 대한 고려가 반드시 필요할 것으로 사료된다. 더불어 각 평가지표의 결과값을 표준화하는 과정에서 차후 평가지표별 최대값에 대한 축척된 자료가 보완되어야 할 것으로 사료되며, 다양한 면적과 유형의 사례지들을 분석하여 객관성을 높여 나갈 필요가 있을 것으로 판단된다.