• 제목/요약/키워드: Sequence pattern analysis

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미각센서를 이용한 중국산 감초와 우즈베키스탄산 광과감초의 감별 (Discrimination of Chinese Glycyrrhiza uralensis and Uzbek Glycyrrhiza glabra Using Taste Sensor)

  • 최고야;김영화;채성욱;이혜원;고병섭;이미영
    • 대한본초학회지
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    • 제26권1호
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    • pp.35-39
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    • 2011
  • Objectives : Genetic analysis and taste pattern were performed to identify species between Glycyrrhiza uralensis and G. glabra which are officially listed in Korean Pharmacopoeia IX as origin of Gamcho(g$\={a}$nc$\v{a}$o, licorice root, Glycyrrhizae Radix et Rhizoma). Methods : Genetic analysis showed that identification between two species was done by comparing base sequence of ITS(intergenic transcribed spacer) and trnH-psbA regions from eleven Gamchoes sold in market. There was different taste pattern using by taste sensor in Glycyrrhiza uralensis and G. glabra. Results : Genetic analysis showed that six Gamchoes from China were identified as Glycyrrhiza uralensis and five Gamchoes from Uzbekistan were G. glabra. From the results of taste pattern, sourness and astringency of Glycyrrhiza uralensis from China were significantly higher than G. glabra from Uzbekistan, and aftertaste of astringency, aftertaste of umami, and saltiness of Glycyrrhiza uralensis were signicantly low as compared to G. glabra. There is no significant difference between two species in terms of bitterness, aftertaste of bitterness, and umami. Conclusions : Taken together, Glycyrrhiza uralensis from China and G. glabra from Uzbekistan were identified by taste sensor, and this technic could be applied to establishment of taste pattern marker for identification of different species located in various regions.

Sequence Alignment 기법을 활용한 화물 통행의 Trip Chain 분석 (An Analysis of Trip Chain of Freight Travel using Sequence Alignment Methods)

  • 조창현
    • 한국경제지리학회지
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    • 제14권4호
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    • pp.540-552
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    • 2011
  • 화물차량의 통행패턴은 여객통행에 비해 연구 성과의 누적이 상대적으로 적은 분야이다. 그럼에도 불구하고 도시 내 통행에서 화물차가 차지하는 중요성에 대한 인식이 증가하고 있으며, 자가용 화물 차주들의 능동적 사업 비율이 증가하고 있어 이 분야에 대한 더 많은 연구의 필요성이 대두된다. 본 연구는, 여객통행에서의 활동기반 수요추정 이론의 발달에 부합하는 화물통행에서의 의사결정 원리에 대한 연구의 기초로서, 화물차량 통행실태 조사의 자료를 분석하여 화물차량 톤급별 평균 통행 특성, 운행효율성, 도착지-도착지유형-적재품목 통행연쇄의 특성을 확인하였다. 분석 결과 이들 화물차량 통행 특성들은 톤급별로 분명한 차이가 있음을 확인하였으며, 그 자체 화물차의 톤급별 특징을 잘 보여주었다. 연구 결과는 화물차량 통행 관련 교통정책 수단 개발에 긍정적 기여를 할 수 있을 것으로 기대된다.

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Escherichia coli에서의 Streptomyces coelicolor A3(2)의 acetyl xylan esterase 발현 양상 (Expression Pattern of Acetyl Xylan Esterase of Streptomyces coelicolor A3(2) in Escherichia coli)

  • 이인숙;윤석원;정상운;오충훈;김재헌
    • 미생물학회지
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    • 제39권2호
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    • pp.83-88
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    • 2003
  • streptomyces coelicolor A3(2)의 acetyl xylan esterase 유전자를 Escherichia coli께 클로닝하여 그 발현양상을 조사하였다. 이를 위하여 유전자 전체 DNA를 PCR증폭을 통하여 제조하였다. PCR산물의 염기서열을 분석한 결과 1,008개의 nucleotide로 구성된 하나의 open reading frame이 존재함을 확인하였고, 이것은 335개의 아미노산으로 이루어진 약 38 kDa의 단백질을 생성할 것으로 예측할 수 있었다. 이 유전자의 염기 서열은 streptomyces lividans의 acetyl xylan esterase와 98%의 상동성을 가졌다. 그런데 Escherichia coli (pLacl)에서 IPTG유도에 의해 두가지의 acetyl xylan esterase가 발현되었으며 각각의 분자량은 38 kDa과 34 kDa이었다. 이중에서 38 kDa의 단백질은 N-말단의 signal peptide를 포함한 전체 단백질이고,34 kDa의 단백질은 41번과 42번의 두 알라닌 잔기사이의 펩티드 결합이 끊어져 생산된 것으로 추정되었다.

DNA사슬 내에서 다양한 길이의 팰린드롬쌍 검색 연구 (Identifying Variable-Length Palindromic Pairs in DNA Sequences)

  • 김형래;정경희;전도홍
    • 정보처리학회논문지B
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    • 제14B권6호
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    • pp.461-472
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    • 2007
  • 게놈 프로젝트 연구는 DNA사슬 내에서 생물학적 의미(예, molecule의 진화역사 또는 그 기능)를 추출하기위한 사슬분석 쪽으로 강조가 되어가고 있다. 특히, DNA사슬 내에서 상보적 또는 반복되는 패턴은 생물학적 의미를 가지고 있다. 문제는 상보적 단어가 만들어내는 흥미 있는 패턴과 단어 구성을 찾아 내는 것이다. 본 논문은 다양한 길이의 팰린드롬 쌍을 검색하는 알고리즘에 관한 연구이다. 다양한 길이의 팰린드롬 쌍 내에는 빈 공백을 또한 허용한다. 알고리즘은 팰린드롬 알고리즘이라고 명명하며 O(N)의 계산 시간을 가진다. 하나의 팰린드롬 쌍은 머리핀 형태로 구성되어 있다. 검출된 여러 팰린드롬 쌍을 활용하여 n-쌍 팰린드롬 형태를 구성하였다. 더욱이 발견된 가장 긴 팰린드롬 쌍을 DNA 사슬 원형 구조에 점으로 표현하여 가시성을 제고하였다. 본 알고리즘은 여러 게놈 상에서 실시되었으며 E.coli K12의 결과를 나타내었다. 실험결과 DNA 안에는 랜덤한 경우에는 확률상 매우 발생하기 힘든 긴 팰린드롬 패턴들이 존재 한다는 것을 발견할 수 있었다.

Attention 기법을 적용한 LSTM-s2s 모델 기반 댐유입량 예측 연구 (Prediction of dam inflow based on LSTM-s2s model using luong attention)

  • 이종혁;최수연;김연주
    • 한국수자원학회논문집
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    • 제55권7호
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    • pp.495-504
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    • 2022
  • 최근 인공지능의 발전으로 시계열 자료 분석에 효과적인 Long Short-Term Memory (LSTM) 모델이 댐유입량 예측의 정확도를 높이는 데 활용되고 있다. 본 연구에서는 그 중 LSTM의 성능을 더욱 향상할 수 있는 Sequence-to-Sequence (s2s) 구조에 Attention 기법을 LSTM 모델에 첨가하여 소양강댐 유역의 유입량을 예측하였다. 분석 데이터는 2013년부터 2020년까지의 유입량 시자료와 종관기상관측기온 및 강수량 자료를 학습, 검증, 평가로 나누어 훈련한 후, 모델의 성능 평가를 진행하였다. 분석 결과, LSTM-s2s 모델보다 attention까지 첨가한 모델이 일반적으로 더 좋은 성능을 보였으며, attention 첨가 모델이 첨두값도 더 잘 예측하는 모습을 보였다. 그리고 두 모델 모두 첨두값 발생 동안 유량 패턴을 잘 반영하였지만 세밀한 시간 단위 변화량에는 어려움이 있었다. 이를 통해 시간 단위 예측의 어려움에도 불구하고, LSTM-s2s에 attention까지 첨가한 모델이 기존 LSTM-s2s의 예측 성능을 향상할 수 있음을 알 수 있었다.

A Chymotrypsin Gene Homologue from the Mulberry Longicorn Beetle, Apriona germari: cDNA Sequence Characterization and mRNA Expression Pattern

  • Gui Zong Zheng;Lee Kwang Sik;Yoon Hyung Joo;Kim Iksoo;Sohn Hung Dae;Jin Byung Rae
    • International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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    • 제11권2호
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    • pp.113-117
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    • 2005
  • A chymotrpsin gene homologue was cloned from the mulberry longicorn beetle, Apriona germari. The A. germari chymotrypsin cDNA contains an ORF of 950 nucleotides capable of encoding a 283 amino acid polypeptide with a predicted molecular mass of 29151 Da and pI of 9.38. The A. germari chymotrypsin has conserved six cysteine residues and active triad formed by His, Asp and Ser. The deduced amino acid sequence of the A. germari chymotrypsin cDNA was closest in structure to the Anthonomus grandis chymotrypsin. Northern blot analysis revealed that A. germari chymotrypsin showed the midgut-specific expression.

아동의 사회적 상호작용에 대한 이해 (Children's Understanding of Social Interaction)

  • 김신옥;이은해
    • 아동학회지
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    • 제19권2호
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    • pp.133-146
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    • 1998
  • This study was designed to assess the developmental sequence of children's understanding of social interaction and to test the effects of support conditions and behavioral domains on the understanding of social interaction. The subjects were one hundred 4- to 8-year-old children. The method was a doll play situation, composed of three different support conditions. Scalogram analysis was used to test the developmental sequence, and ANOVA and paired t-test were used to test the significance of differences in stages. The results of this study evidenced a sequential pattern in the 4- to 8-year-old children's understanding of social interaction. There were also significant differences between stages in the understanding of social interaction according to support conditions and behavioral domains. Higher levels of support produced higher stages of understanding and the understanding of positive social interactions were higher than those of negative social interactions at ages 4 and 5.

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실시간 고장 예방을 위한 이벤트 기반 결함원인분석 시스템 (An Event-Driven Failure Analysis System for Real-Time Prognosis)

  • 이양지;김덕영;황민순;정영수
    • 한국CDE학회논문집
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    • 제18권4호
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    • pp.250-257
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    • 2013
  • This paper introduces a failure analysis procedure that underpins real-time fault prognosis. In the previous study, we developed a systematic eventization procedure which makes it possible to reduce the original data size into a manageable one in the form of event logs and eventually to extract failure patterns efficiently from the reduced data. Failure patterns are then extracted in the form of event sequences by sequence-mining algorithms, (e.g. FP-Tree algorithm). Extracted patterns are stored in a failure pattern library, and eventually, we use the stored failure pattern information to predict potential failures. The two practical case studies (marine diesel engine and SIRIUS-II car engine) provide empirical support for the performance of the proposed failure analysis procedure. This procedure can be easily extended for wide application fields of failure analysis such as vehicle and machine diagnostics. Furthermore, it can be applied to human health monitoring & prognosis, so that human body signals could be efficiently analyzed.

올림픽대로의 경관향상을 위한 가로공간 구성요소의 물리량과 심리량 분석에 관한 연구 (Studios on the Physical and Psychological Analysis in Street Spaces for Improving the Streetscape of Olympic Daero)

  • 김광래;진희성
    • 한국조경학회지
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    • 제16권2호
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    • pp.23-41
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    • 1988
  • Environmental design pattern of the nine Small Urban Spaces at C.B.D. in City of Seoul are surveyed and analyzed for user's satisfaction and behavior under the environmental design evaluation by using Chrisopher Alexander's Pattern Language. Small Urban Spaces as a part of streetscape are formed by physical factors as well as visual environment and interacting user's behavior. Therefore, user's satisfacuion and behavior at the nine Urban Small Spaces were investigated under the further search for some possibilities of a pplication of those Pattern Languages. A pattern language has a structure of a network. It is used in sequence, going through the patterns, moving always from large patterns to smaller, always from the ones which create comes simply from the obsernation that most of the wonderful places of the city were not made by architects but by the people. It defines the limited number of arrangements of spaces that make sense in any given culture. And it actually gives us the power to generate these coherent arrangement of space. As a results, 'Plazl', 'Seats' and 'Accessibility' related design patterns are highly evaluated by Pattern Frequency, Pattern Interaction and their Composition ranks, thus reconfirm Whyte's Praise of urban Small Spaces in our inner city design environments. According to the multiple regression analysis of user's evaluation, the environmental functins related to the satisfaction were 'Plaza', 'Accessibility' and 'Paving'. According to the free response, user's prefer such visually pleasing environmental design object as 'Waterscape' and 'Setting'. In addition to, the basic needs in Urban Small Spaces are amenity facilities as bench, drinking water and shade for rest.

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Molecular Characterization and Expression Analysis of Ribosomal Protein S6 Gene in the Cashmere Goat (Capra hircus)

  • Bao, Wenlei;Hao, Xiyan;Zheng, Xu;Liang, Yan;Chen, Yuhao;Wang, Yanfeng;Wang, Zhigang
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제26권11호
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    • pp.1644-1650
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    • 2013
  • Ribosomal protein (rp) S6 is the substrate of ribosomal protein S6K (S6 kinase) and is involved in protein synthesis by mTOR/S6K/S6 signaling pathway. Some S6 cDNA have been cloned in mammals in recent years but has not been identified in the goat. To facilitate such studies, we cloned the cDNA encoding Cashmere goat (Capra hircus) S6 (GenBank accession GU131122) and then detected mRNA expression in seven tissues by real time PCR and protein expression in testis tissue by immunohistochemisty. Sequence analysis indicated that the obtained goat S6 was a 808 bp product, including a 3' untranslated region of 58 bp and an open reading frame of 750 bp which predicted a protein of 249 amino acids. The predicted amino acid sequence was highly homologous to cattle, human, mouse and rat S6. Expression analysis indicated S6 mRNA was expressed extensively in detected tissues and S6 protein was expressed in testis tissue.