• Journal of Information Processing Systems
• /
• 제8권3호
• /
• pp.459-470
• /
• 2012

Recently, high-throughput technologies such as the two-hybrid system, protein chip, Mass Spectrometry, and the phage display have furnished a lot of data on protein-protein interactions (PPIs), but the data has not been accurate so far and the quantity has also been limited. In this respect, computational techniques for the prediction and validation of PPIs have been developed. However, existing computational methods do not take into account the fact that a PPI is actually originated from the interactions of domains that each protein contains. So, in this work, the information on domain modules of individual proteins has been employed in order to find out the protein interaction relationship. The system developed here, WASPI (Web-based Assistant System for Protein-protein interaction Inference), has been implemented to provide many functional insights into the protein interactions and their domains. To achieve those objectives, several preprocessing steps have been taken. First, the domain module information of interacting proteins was extracted by taking advantage of the InterPro database, which includes protein families, domains, and functional sites. The InterProScan program was used in this preprocess. Second, the homology comparison with the GO (Gene Ontology) and COG (Clusters of Orthologous Groups) with an E-value of $10^{-5}$, $10^{-3}$ respectively, was employed to obtain the information on the function and annotation of each interacting protein of a secondary PPI database in the WASPI. The BLAST program was utilized for the homology comparison.

• Journal of the Optical Society of Korea
• /
• 제17권1호
• /
• pp.68-72
• /
• 2013

We developed an SD-OCT (Spectral Domain-Optical Coherence Tomography) system which uses a GPU (Graphics Processing Unit) for processing. The image size from the SD-OCT system is $1024{\times}512$ and the speed is 110 frame/sec in real-time. K-domain linearization, FFT (Fast Fourier Transform), and log scaling were included in the GPU processing. The signal processing speed was about 62 ms using a CPU (Central Processing Unit) and 1.6 ms using a GPU, which is 39 times faster. We performed an in-vivo retinal scan, and reconstructed a 3D visualization based on C-scan images. As a result, there were minimal motion artifacts and we confirmed that tomograms of blood vessels, the optic nerve, and the optic disk are clearly identified. According to the results of this study, this SD-OCT can be applied to real-time 3D display technology, particularly auxiliary instruments for eye operations in ophthalmology.

• 한국정보과학회논문지:정보통신
• /
• 제31권2호
• /
• pp.171-178
• /
• 2004

포트 스캐닝 탐지 시스템은 “False Positive”(실제 공격이 아닌데 공격이라고 탐지, 오탐지)와 “False Negative”(실제 공격인데 공격이 아니라고 탐지, 미탐지)가 낮아야 하는 등의 시스템 성능에 관한 요구사항과, 해당 탐지 시스템을 활용한 보안관리가 용이해야 하는 등의 사용자 친화적인 요구사항을 만족할 필요가 있다. 그러나 공개되어 있는 실시간 스캔 탐지 시스템은 False Positive가 높고 다양한 스캔 기법에 대한 탐지가 잘 이루어지지 않고 있다. 또한 실시간 스캔 탐지 시스템의 대부분이 명령어 기반으로 이루어져 있기 때문에 이률 활용하여 시스템 보안 관리를 수행하는데 많은 어려움이 있다. 따라서 본 논문에서는 새로운 필터 룰 집합의 적용에 의해 포트 스캐닝 기법 기반의 다양한 공격을 탐지 할 수 있고, 공격자의 행동 패턴으로부터 유도된 ABP-Rule의 적용에 의해 False Positive를 최소화할 수 있는 실시간 스캔 탐지 시스템(TkRTSD)을 제안한다. 또한 Tcl/Tk를 이용하여 GUI환경을 구축함으로써 사용자가 쉽게 보안관리를 할 수 있는 사용자 친화적인 탐지 시스템을 제안한다.

• 한국HCI학회논문지
• /
• 제8권1호
• /
• pp.19-28
• /
• 2013

문화 자연유산 분야에서 3차원 스캐닝 기술은 아직 기록과 보존, 모니터링의 도구로 활용 폭이 제한되어 있으며, 전문가들에 의해 직접 활용되지 못하고 있다. 스캔 데이터의 정밀한 기하 정보는 효과적인 가시화를 통해 전문가들의 과학적 해석을 가능하게 할 수 있다. 본 연구에서는 이를 위해 스캔 모델로부터 필요한 기하 특성을 가시화하는 렌더링 기법들을 분석하고, 스캔 데이터의 가시화 파이프라인과 렌더링 기법 및 이의 분류 체계를 제시하였다. 또한 사례연구로서, 공룡발자국 분야의 기존 연구 방법을 분석하여 문제점을 도출하고, 이에 따라 스캔 모델을 가시화하여 전문가를 대상으로 테스트를 수행하였으며 이를 통해 효과성을 확인하였다. 본 연구는 3차원 스캔 데이터를 이용하여 문화 및 자연유산을 효과적으로 해석할 수 있는 실용적 방안을 제시하였음에 의의가 있다.

• 전기학회논문지
• /
• 제61권4호
• /
• pp.639-642
• /
• 2012

Optical coherence tomography(OCT) can provide real-time and non-invasive subsurface imaging with ultra-high resolution of micrometer scale. However, conventional OCT systems generally have a limited imaging depth range within a depth of only 1-2 mm. To overcome the limitation, we have proposed an active surface tracking algorithm used in common-path Fourier-domain OCT system in order to extend the imaging depth range. The surface tracking algorithm based on the threshold and Savitzky-Golay filter of A-scan data was applied to real-time tracking. The algorithm has controlled a moving stage according to the sample's surface variance in real time. An OCT image obtained by the algorithm clearly show an extended imaging depth range. Consequently, the proposed algorithm demonstrated the potential for improving the conventional OCT systems with limitary depth range.

• Ocean and Polar Research
• /
• 제44권4호
• /
• pp.355-364
• /
• 2022

When the 60-ton-class patrol boat '72' of the Korea Coast Guard (KCG) was on duty and she accidentally collided with another patrol boat ('207', 200-ton-class) and sank. A month-long search found a small amount of lost items, but neither the crew nor the ship was found. For the first time in 39 years since the accident, the Korea Institute of Ocean Science and Technology (KIOST) searched the boat 72 using the latest integrated geophysical techniques. A number of sonar images presumed to be of a sunken ship was acquired using a combined system of side scan sonar and marine magnetometer, operated at an altitude of approximately 30 m from the seabed. At the same time, a strong magnetic anomaly (100 nT) was detected in one place, indicating the presence of an iron ship. A video survey using a remotely operated underwater vehicle (ROV) confirmed the presence of a shielding part of a personal firearm at the stern of the sunken vessel. Based on these comprehensive data, the sunken vessel discovered in this exploration was assumed to be '72'. This result is meaningful in terms of future ocean exploration and underwater archaeology, as the integrated system of various geophysical methods is an efficient means of identifying objects present in the water.

• JSTS:Journal of Semiconductor Technology and Science
• /
• 제13권1호
• /
• pp.71-78
• /
• 2013

In highly reliable and durable systems, failures due to aging might result in catastrophes. Aging monitoring techniques to prevent catastrophes by predicting such a failure are required. Aging can be monitored by performing a delay test at faster clocks than functional clock in field and checking the current delay state from the test clock frequencies at which the delay test is passed or failed. In this paper, we focus on test clock control scheme for a system-on-chip (SoC) with multiple clock domains. We describe limitations of existing at-speed test clock control methods and present an on-chip faster-than-at-speed test clock control scheme for intra/inter-clock domain test. Experimental results show our simulation results and area analysis. With a simple control scheme, with low area overhead, and without any modification of scan architecture, the proposed method enables faster-than-at-speed test of SoCs with multiple clock domains.

• Journal of electromagnetic engineering and science
• /
• 제11권4호
• /
• pp.304-310
• /
• 2011

The application of time-domain methods in emission measurement instruments allows for a reduction in scan time by several orders of magnitude and for new evaluation methods to be realized such as the real-time spectrogram to characterize transient emissions. In this paper two novel systems for time-domain EMI measurements above 1 GHz are presented. The first system combines ultra-fast analog-to-digital-conversion and real-time digital signal processing on a field-programmable-gate-array (FPGA) with ultra-broadband multi-stage down-conversion to enable measurements in the range from 10 Hz to 26 GHz with high sensitivity and full-compliance with the requirements of CISPR 16-1-1. The required IF bandwidths were added to allow for measurements according to MIL-461F and DO-160F. The second system realizes a system of time-interleaved analog-to-digital converters (ADCs) and has an upper bandwidth limit of 4 GHz. With the implementation of an automatic mismatch calibration, the system fulfills CISPR 16-1-1 dynamic range requirements. Measurements of the radiated emissions of electronic consumer devices and household appliances like the non-stationary emissions of a microwave oven are presented. A measurement of a personal computer's conducted emissions on a power supply line according to DO-160F is given.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• 제43권2호
• /
• pp.204-212
• /
• 2016

환경스트레스 중의 하나인 저온에 대한 생육기의 포도나무의 반응을 분석하고자 -$2^{\circ}C$에서 4일 동안 저온처리 한두 품종('Campbell Early'와 'Muscat Baily A')의 포도나무잎을 이용하여 전사체를 분석하였고 특이발현유전자(differentially expressed genes, DEGs)를 검색하였다. 영하의 저온에 반응한 'Campbell Early'의 DEG를 기능별로 분석한 결과 생물대사에서 17,424개, 세포구성에서 28,954개, 분자기능에서는 6,972개의 유전자와 관련이 있었다. 발현이 유도되는 유전자로는 dehydrin xero 1, K-box region and MADS-box transcription factor family protein과 MYB domain protein 36이 있으며, 억제되는 유전자로는 light-harvesting chlorophyll B-binding protein 3, FASCICLIN-like arabinoogalactan 9와 pectin methylesterase 61 등이 있었다. 'Muscat Baily A'의 DEG는 생물대사에서 1,157개, 세포구성에서 1,350개, 분자기능에서는 431개의 유전자와 관련이 있었다. 발현이 유도되는 유전자로는 NB-ARC domain-containing disease resistance protein, fatty acid hydrozylase syperfamily와 isopentenyltransferase 3이 있으며, 억제되는 유전자로는 binding, IAP-like protein 1과 pentatricopeptide repeat superfamily protein 등이 있었다. Real-time PCR을 이용하여 영하의 저온에서 특이적으로 발현하는 유전자들을 검정하였으며, InterPro Scan을 통해 단백질 도메인을 분석한 결과 두 품종 모두에서 ubiquitin-protein ligase가 가장 많았다. 영하의 저온에 노출된 신초의 전사체 정보를 바탕으로 포도나무에서 저온 내성을 발현하는 기작을 연하는 데에 분자수준의 정보를 제공하고, 내한성 포도를 육종하는데 이용될 수 있을 것이다.

• 한국토양비료학회지
• /
• 제42권2호
• /
• pp.110-116
• /
• 2009

토양의 용적수분 함량을 현장에서 측정할 수 있어 토양 내 물 이동이나 관개관리에 효과적으로 이용할 수 있는 6종의 토양수분 센서에 대한 검정을 실시했다. TDR형태의 센서가 2종으로 토양단면측정용인 TRIME과 탐침형태인 Mini-TRASE이었으며, 4종은 FDR 형태의 센서로 토양단면 측정용인 EasyAG, EnviroSCAN, PR-1과 탐침형태의 WET-1 센서였다. 코어로 측정한 용적수분함량과 비교한 결과 TRIME은 1차 선형식의 관계에서 코어측정값과 약 2.4%의 오차를 나타냈고, Mini-TRASE는 코어 용적 수분함량과 약 1.4%의 오차를 나타냈으며, 이 오차는 실험에 사용했던 7종의 센서들 중에서 가장 작은 값이었다. EasyAG는 SF로 분석했을 때는 코어측정값과 약 2.6%의 오차를 나타냈고, 센서로 측정한 토양 수분 함량을 코어수분함량과 직접적으로 비교했을 때도 역시 약 2.6%의 오차를 나타냈다. EnviroSCAN은 SF로 분석했을 때는 코어측정값과 약 2.8%의 오차를 나타냈고, 센서로 측정한 토양수분 함량을 코어수분 함량과 직접적으로 비교했을 때는 2.6%의 오차를 나타냈다. WET-1은 센서로 측정한 값과 코어로 실측한 값 사이에 약 2.0%의 오차가 있음을 보여주고 있으며, 이것은 검정에 사용했던 FDR 센서들 중에서는 가장 작은 값이었다. PR-1은 측정시 access 튜브 내에서 방향을 조금씩 바꿀 때마다 측정값이 달리 나오는 경우가 많아 수분함량 측정횟수가 많지 않았으나 실측값과 약 4.7%의 오차를 보였다. 결론적으로 센서의 정확성을 검정하기 위해 사용된 6종의 센서 중 PR-1은 현장 측정에 문제가 있을 것으로 여겨진다.