• 한국자기공명학회논문지
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• 제22권1호
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• pp.18-25
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• 2018

Replication protein A (RPA) is an essential single-stranded DNA binding protein in DNA processing. It is known that N terminal domain of RPA70 (RPA70N) recruits various protein partners including damage-response proteins such as p53, ATRIP, Rad9, and MRE11. Although the common binding residues of RPA70N were revealed, dynamic properties of the protein are not studied yet. In this study, we measured $^{15}N$ relaxation parameters ($T_1,\;T_2$ and heteronuclear NOE) of human RPA70N and analyzed them using model-free analysis. Our data showed that the two loops near the binding site experience fast time scale motion while the binding site does not. It suggests that the protein binding surface of RPA70N is mostly rigid for minimizing entropy cost of binding and the loops can experience conformational changes.

• 한국컴퓨터정보학회:학술대회논문집
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• 한국컴퓨터정보학회 2014년도 제50차 하계학술대회논문집 22권2호
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• pp.327-328
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• 2014

클라우드 컴퓨팅 환경에서는 시스템의 성능 및 비용적인 측면에서 정보 공유의 용이성, 장소의 제약성 최소화, 저장 공간의 효율적 사용을 위해 분산 파일시스템을 이용하고 있다. 하지만 현재 HDFS의 복제 정책은 모든 데이터에 3개의 복제복을 유지하도록 하고 있다. 하지만 이러한 정책은 데이터의 중요도, 이용빈도수를 반영하지 못한 정책으로 상이한 서비스 품질 및 신뢰성 수준을 반영하지 못한다. 본 논문에서는 Hidden Markov Model을 이용하여 데이터의 이용 빈도수에 따라 복사본의 개수를 조절하는 알고리즘을 제안한다.

• KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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• 제10권10호
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• pp.4681-4702
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• 2016

Recently, Massive energy consumption in Cloud Storage System has attracted great attention both in industry and research community. However, most of the solutions utilize single method to reduce the energy consumption only in one aspect. This paper proposed an energy effective gear-shifting mechanism (E2GSM) in Cloud Storage System to save energy consumption from multi-aspects. E2GSM is established on data classification mechanism and data replication management strategy. Data is classified according to its properties and then be placed into the corresponding zones through the data classification mechanism. Data replication management strategies determine the minimum replica number through a mathematical model and make decision on replica placement. Based on the above data classification mechanism and replica management strategies, the energy effective gear-shifting mechanism (E2GSM) can automatically gear-shifting among the nodes. Mathematical analytical model certificates our proposed E2GSM is energy effective. Simulation experiments based on Gridsim show that the proposed gear-shifting mechanism is cost effective. Compared to the other energy-saved mechanism, our E2GSM can save energy consumption substantially at the slight expense of performance loss while meeting the QoS of user.

• 한국정보처리학회논문지
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• 제6권11S호
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• pp.3340-3349
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• 1999

Supporting object group on distributed object system give merits such as load balancing, fault tolerance and high availability. In this paper, we describe a CORBA ORB that has been designed to support object group based on active replication. The ORB supports the operational model in which it uses the IIOP for communication between client and server and total ordered multicast protocol for consistency control among group members. And through extension of ORB, it provides functions required for support of object group. Since it provides transparency of object replication, the ORB is interoperable with the existing CORBA products. It make possible for existing server application to be easily extended to application supporting object group as adding interface functions which should be used for building applications is minimized. A prototype is implemented, and performance of the replicated object group is tested and compared with a single object invocation.

• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제7권2호
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• pp.121-131
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• 2001

CORBA 응용에서는 서버 객체가 수행되는 노드 및 네트웍에 오류가 발생할 경우 전체 서비스가 중단되는 결과를 초래한다. 이 같은 문제를 해결하는 방법 중 하나는 동일한 서버 객체들을 여러 노드에 중복 수행시키는 것이다. 여러 노드에 중복되어 동일한 업무를 수행하는 객체들을 객체그룹이라 한다. 본 논문은 서버 객체의 고장감내를 지원하기 위하여 능동복제 방식의 객체그룹을 지원하는 고장감내 CORBA 모델을 제안하고 구현한 결과를 기술한다. 본 논문에서 제안하는 모델은 클라이언트와 서버 사이에 IIOP를 사용하기 때문에 기존의 CORBA 제품들과 상호 운용될 수 있을 분 아니라 추가되는 응용 프로그래밍 인터페이스를 최소화하는 장점을 제공한다. 또 응용의 특성에 따라 상태일치 과정을 피할 수 있게 하는 IDL구문을 제공함으로써 불필요한 성능저하를 방지할 수 있게 한다. 현재 능동 복제만을 지원하고 있지만 능동 복제를 지원하는 구조를 변경하지 않고 수동 복제 방식도 쉽게 지원할 수 있다.

• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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• 제3권11호
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• pp.471-478
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• 2014

데이터베이스 복제(Replication)는 분산 데이터베이스 환경에서 신뢰성, 가용성, 과부하 방지 등을 위하여 이용되며, 마스터/슬레이브(Master/Slave), 멀티마스터(Multi-Master)와 같이 두 가지 모델이 존재한다. 멀티마스터 데이터베이스는 다중 데이터베이스에 삽입 및 갱신을 위한 동기화에 따른 복잡도 증가와 비용 증가와 같은 문제를 지닌다. 이러한 이유로 데이터의 삽입과 수정이 빈번히 일어나는 환경에는 마스터/슬레이브 모델을 이용한 데이터베이스 복제가 적합하다. 하지만 마스터/슬레이브 데이터베이스 역시 시스템에서 각 트랜잭션이 마스터로 접속해야 할지, 슬레이브로 접속해야 할지를 선택하기 위한 기준이 명확히 존재하지 않는 문제를 지닌다. 따라서 이 연구에서는 마스터/슬레이브 데이터베이스 모델에서 AOP(Aspect Oriented Programming) 기반의 데이터베이스 트랜잭션 라우팅 알고리즘을 제안한다. 이를 위하여 AOP에 기반하여 애플리케이션을 횡단 관심사로 분리하고 각 관심사들을 모듈화 하여 트랜잭션을 마스터 데이터베이스 및 슬레이브 데이터베이스로 라우팅한다. 이 논문은 시나리오 기반의 기능 통합 테스트를 통하여 제안 알고리즘의 안정성(Stability) 및 성능이 우수함을 평가한다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제10권7호
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• pp.1229-1236
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• 2006

오늘날 원격강의와 고객서비스를 위한 응용시스템은 그룹 중심의 멀티캐스트 서비스에 대한 지원이 필수적이다. 이를 위해서 인터넷은 IP 멀티캐스트를 표준 프로토콜로 수용하고 있다 IP 멀티캐스트는 네트워크 복제 모델를 사용함으로서 호스트와 네트워크의 리소스를 효율적으로사용하는 반면 멸티캐스트 서비스를 지원하도록 인터넷의 구조를 확장해야 하고 공개된 IP주소를 그룹식별자로서 사용하기 때문에 보안에 취약하다. 이의 해결을 위해서 본 논문에서는 응용계층에서 트리거를 사용한 멀티캐스트 모델을 제안한다. 트리거 기반 멀티캐스트 모텔은 송신과 수신기능의 분리를 통해서 인터넷 서비스의 확장성과 보안성 그리고 서비스 품질을 보장하고 응용시스템의 신뢰성을 높여줄 수 있을 것으로 기대된다.

• 산업경영시스템학회지
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• 제24권64호
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• pp.1-20
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• 2001

In distributed databases, file replication and workload allocation are important design issues. This paper solves these two issues simultaneously, The primary objective is to minimize the system response time that consists of local processing and communication overhead on a local area network. Workload (query transactions) is assigned among any sites in proportion to the remaining file request service rate of the each server The problem is presented in the form of a nonlinear integer programming model. The problem is proved to be NP-complete and thus an efficient heuristic is developed by employing its special structure. To illustrate its effectiveness, it is shown that the proposed heuristic is based on the heuristic of a non-redundant allocation that was provided to be effective. The model and heuristics are likely to provide more effective distributed database designs.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제33권10호
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• pp.746-758
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• 2006

광역 환경에서 존재하는 수많은 서버객체들은 이름이나 속성에 의해, 다양한 중복된 성질을 갖는다. 이러한 같은 성질을 갖는 서버객체들인 중복객체들에게 서비스를 요청할 때, 기존의 네이밍이나 트레이딩 서비스는 중복된 서버객체들의 바인딩 서비스가 불가능하다. 따라서 우리는 광역 컴퓨팅 환경에서 중복객체의 선정 및 동적 바인딩 서비스를 위한 통합모델을 제시하였다. 본 모델은 중복된 객체들의 일치관리 기능뿐만 아니라 시스템들간의 부하 균형화를 유지하기 위해서 최소부하를 갖는 시스템상의 객체를 선정하는 동적 바인딩 서비스 기능을 제공한다. 이러한 목적에서 우리는 광역 컴퓨팅 환경에서 중복특성을 가진 서버객체들의 바인딩을 지원하기 위한 서비스 방안과 모델을 구축해 왔다. 본 논문에서는 구축된 모델에 대해 실험환경을 보이고, 연합 모델에서 클라이언트와 서버와의 바인딩 과정을 성능 평가하였고, 부하균형이 우리의 모델에 적용될 수 있는지 확인하기 위하여 주어진 조건을 이용하여 우리의 모델을 검증하였다. 또한 우리는 광역환경을 위한 도메인들간의 연합을 고려한 모델의 수행결과도 분석하였다. 이들 수행 결과를 통해 기존 네트워크의 물리적인 트리 구조상에서 검색 비용이 적음을 보였다.

• Molecules and Cells
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• 제38권9호
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• pp.789-795
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• 2015

A chromosome territory is composed of chromosomal subdomains. The internal structure of chromosomal subdomains provides a structural framework for many genomic activities such as replication and DNA repair, and thus is key to determining the basis of their mechanisms. However, the internal structure and regulating proteins of a chromosomal subdomain remains elusive. Previously, we showed that the chromosome territory expanded after BAF53 knockdown. Because the integrity of chromosomal subdomains is a deciding factor of the volume of a chromosome territory, we examined here the effect of BAF53 knockdown on chromosomal subdomains. We found that BAF53 knockdown led to the disintegration of histone H2B-GFP-visualized chromosomal subdomains and BrdU-labeled replication foci. In addition, the size of DNA loops measured by the maximum fluorescent halo technique increased and became irregular after BAF53 knockdown, indicating DNA loops were released from the residual nuclear structure. These data can be accounted for by the model that BAF53 is prerequisite for maintaining the structural integrity of chromosomal subdomains.