Peptide identification in tandem mass spectrometry is usually done by searching the spectra against target databases consisting of reference protein sequences. To control false discovery rates for high-confidence peptide identification, spectra are also searched against decoy databases constructed by permuting reference protein sequences. In this case, a peptide of the same sequence could be included in both the target and the decoy databases or multiple entries of a same peptide could exist in the decoy database. These phenomena make the protein identification problem complicated. Thus, it is important to minimize the number of such redundant peptides for accurate protein identification. In this regard, we examined two popular methods for decoy database generation: 'pseudo-shuffling' and 'pseudo-reversing'. We experimented with target databases of varying sizes and investigated the effect of the maximum number of missed cleavage sites allowed in a peptide (MC), which is one of the parameters for target and decoy database generation. In our experiments, the level of redundancy in decoy databases was proportional to the target database size and the value of MC, due to the increase in the number of short peptides (7 to 10 AA). Moreover, 'pseudo-reversing' always generated decoy databases with lower levels of redundancy compared to 'pseudo-shuffling'.
Kim, Jong-Hun;Lee, Dae-Woo;Cho, Kyeum-Rae;Jo, Seon-Yeong;Kim, Jung-Ho;Han, Dong-In
Journal of Institute of Control, Robotics and Systems
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v.14
no.12
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pp.1205-1211
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2008
This paper describes methods to estimate 3-D position of target with respect to reference frame through monocular image from unmanned aerial vehicle (UAV). 3-D position of target is used as information for surveillance, recognition and attack. In this paper. 3-D position of target is estimated to make guidance and control law, which can follow target, user interested. It is necessary that position of target is measured in image to solve 3-D position of target. In this paper, kalman filter is used to track and output position of target in image. Estimation of target's 3-D position is possible using result of image tracking and information of UAV and camera. To estimate this, two algorithms are used. One is methode from arithmetic derivation of dynamics between UAV, carmer, and target. The other is LPV (Linear Parametric Varying). These methods have been run on simulation, and compared in this paper.
Journal of the Korean Data and Information Science Society
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v.27
no.2
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pp.565-575
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2016
In this paper, we develop the noninformative priors for the linear combinations of means in the exponential distributions. We develop the matching priors and the reference priors. The matching priors, the reference prior and Jeffreys' prior for the linear combinations of means are developed. It turns out that the reference prior and Jeffreys' prior are not a matching prior. We show that the proposed matching prior matches the target coverage probabilities much more accurately than the reference prior and Jeffreys' prior in a frequentist sense through simulation study, and an example based on real data is given.
Journal of the Korean Data and Information Science Society
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v.21
no.5
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pp.935-944
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2010
In this paper, we develop the noninformative priors for the reliability in a stress-strength model where a strength X and a stress Y have independent exponential distributions with different scale parameters and a common location parameter. We derive the reference priors and prove the propriety of joint posterior distribution under the general prior including the reference priors. Through the simulation study, we show that the proposed reference priors match the target coverage probabilities in a frequentist sense.
Communications for Statistical Applications and Methods
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v.18
no.2
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pp.189-199
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2011
In this paper, we develop the noninformative priors for the common intraclass correlation coefficient when independent samples drawn from multivariate normal populations. We derive the first and second order matching priors. We reveal that the second order matching prior dose not match alternative coverage probabilities up to the second order and is not a HPD matching prior. It turns out that among all of the reference priors, one-at-a-time reference prior satisfies a second order matching criterion. Our simulation study indicates that one-at-a-time reference prior performs better than the other reference priors in terms of matching the target coverage probabilities in a frequentist sense.
Purpose : The purpose of this research is to develop the optimized method and process in the reliability-growth target setting, especially for complex and repairable system (or products) such as vehicle and airplane, construction equipment. Method : A reliability-growth test plan specifies a scenario to achieve the planned reliability value (or reliability target). The major elements in test planning are reliability-growth starting time and reliability level at that time, reliability-growth rate and reliability-growth target. All of them except a reliability target can be referred to the previous development data and reference researches. The reliability target level is directly influencing to test period (or time) which is related to test and warranty cost together. There are a few researches about the reliability target setting method and but showing the limitations to consider the views of engineering, business and customer together. There is no research how to handle the target setting process in detail. Result : We develop the optimized method and systematic process in reliability target setting with considering such views. This research also establish the new concept as production capability which means company (or supplier) capability to product its products. Conclusion : In this research result, we apply the new method to a few projects and can set the reasonable test planning. The developing results is showing the good balance between the developing cost and warranty cost at market.
Recently, the development of computer achieves a system which is similar to the mechanics of human visual system. The 3-dimensional measurement using monocular vision system must be achieved a camera calibration. So far, the camera calibration technique required reference target in a scene. But, these methods are inefficient because they have many calculation procedures and difficulties in analysis. Therefore, this paper proposes a native method that without reference target in a scene. We use the grid type frame with different line widths. This method uses vanishing point concept that possess a rotation parameter of the camera and perspective ration that perspect each line widths into a image. We confirmed accuracy of calibration parameter estimation through experiment on the algorithm with a grid paper with different line widths.
We present one-color nonlinear wavepacket interferometry (WPI) signal calculations for a system of two electronic levels and one vibrational degree of freedom. We consider two cases, a displaced harmonic oscillator system, which can be treated analytically, and a model photodissociative system, whose WPI signal must be calculated by numerical wavepacket propagation. We show how signals obtained with different combinations of intrapulse-pair phase shifts can be combined to isolate the complex-valued overlap between a given onepulse target wavepacket and a variable three-pulse reference wavepacket. We demonstrate that with a range of inter- and intrapulse-pair delays the complex overlaps and variable reference states can be used to reconstruct the target wavepacket. We compare our results with previous methods for vibronic state reconstruction based on linear WPI and discuss further generalizations of our method.
This paper presents an efficient method of estimating the correlated color temperature of an input color image and of generating a converted color image that can approximate the new target color temperature. After extracting the potential reference white region for an uncalibrated color image and estimating its correlated color temperature, the color conversion method produces a new color image with a target color temperature. Speed improvement and memory reduction have been achieved by using a simple transfer method without involving the CIE XYZ conversion step.
Recently, the development of computer achieves a system which is similar to the mechanics of human visual system. The 3D measurement using monocular vision system must be achieved a camera calibration. So far, the camera calibration technique required reference target in a scene. But, these methods are inefficient because they have many calculation procedures and difficulties in analysis. Therefore, this paper proposes a native method that without reference target in a scene. We use the grid type frame with different line widths. This method uses vanishing point concept that possess a rotation parameter of the camera and perspective ration that perfect each line widths into a image. We confirmed accuracy of calibration parameter estimation through experiment on the algorithm with a grid paper with different line widths.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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