• 한국식품저장유통학회지
• /
• 제30권2호
• /
• pp.262-271
• /
• 2023

본 연구에서는 real-time PCR(SureTect^TM kit와 PowerChek^TM kit), LAMP(3M MDS), 선택 배지를 이용하여 즉석섭취식품에 존재하는 Salmonella spp.와 L. monocytogenes의 검출 능력을 비교 및 평가하고 식품 매트릭스가 real-time PCR의 결과에 미치는 영향을 조사하였다. 4가지 서로 다른 농도로 접종된 식품을 동일한 증균배지를 이용하여 증균 후 세 가지 방법으로 검출한 결과, real-time PCR, LAMP, 선택 배지에서 모두 양성으로 검출되어 인위적으로 접종된 식품에서의 검출 성능은 동등한 것으로 나타났다. 또한, 식품 매트릭스가 real-time PCR의 신속 검출에 미치는 영향을 조사한 결과, Salmonella spp.의 검출에서 샐러드가 다른 식품에 비해 Ct value가 유의적으로 높은 것으로 나타나, 섬유질이 풍부한 식품에 존재하는 Salmonella spp.의 검출을 위해서는 충분한 균질화와 균체의 탈리, 그리고 효율적인 DNA의 증폭이 필요함을 알 수 있었다. 반면, L. monocytogenes의 검출은 식품 매트릭스마다 상이하며 혼합적인 양상을 보였다. 현재의 식품공전 규정에서 식품에 존재하는 식중독균의 신속 검출을 위한 장비와 시약의 사용은 대부분 사용자의 선택에 의존하고 있다. 본 실험에서 real-time PCR로 사용된 SureTect^TM kit와 PowerChek^TM kit는 기존 real-time PCR kit의 대체재로서 사용이 가능할 것으로 판단되며, 또한, LAMP도 우수한 검출 성능을 보였기에 식품안전 관리 수단으로 활용될 가능성이 있음을 시사하고 있다.

• 한국군사과학기술학회지
• /
• 제22권4호
• /
• pp.575-580
• /
• 2019

In biological warfare, it is important to identify biological agents for proper treatment. We focused on developing a real-time RT-PCR kit that can detect multiple species of biological agents. AccuPower(R) Biothreat Real-Time RT-PCR Kit(v3.0) could detect Bacillus anthracis, Yersinia pestis, Vibrio cholerae, Francisella tularensis, Salmonella typhi, Rickettsia prowazekii, Variola virus, Hantaan virus, Yellow fever virus, Brucella spp., Shigella dysenteriae in a single reaction. The results showed that the kit was verified to be able to detect at least 0.005 ng of nucleotide and 10,000 CFU/ml of bacteria. Therefore, the kit is expected to be used as a rapid and sensitive detection kit for 11 species of biological agents within 2 hours.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제69권4호
• /
• pp.250-255
• /
• 2010

Background: The purpose of this study was to evaluate recently developed real-time polymerase chain reaction (PCR) assay kit to detect Mycobacterium tuberculosis (MTB) and nontuberculous mycobacteria (NTM) in respiratory specimens. Methods: We assessed the positive rate of the real-time PCR assay to detect MTB and NTM in 87 culture-positive specimens (37 sputum, 50 bronchial washing), which were performed real-time PCR by using $Real-Q_{TM}$ MTB&NTM Kit from January 2009 to June 2009, at Gyeongsang University Hospital. To compare the efficacy with the TB-PCR assay, we evaluated 63 culture-positive specimens (19 sputum, 44 bronchial washing) for MTB or NTM, which were performed TB-PCR by using ABSOLUTETM MTB II PCR Kit from March 2008 to August 2008. Results: Among 87 specimens tested using real-time PCR, MTB and NTM were cultured in 58 and 29, respectively. The positive rate of real-time PCR assay to detect MTB was 71% (22/31) and 92.6% (25/27) in AFB stain-negative and stain-positive specimens. For NTM, the positive rate of real-time PCR was 11.1% (2/18) and 72.7% (8/11) in AFB stain-negative and stain-positive specimens. Among 63 specimens performed using TB-PCR, MTB and NTM were cultured in 46 and 17, respectively. The positive rate of TB-PCR was 61.7% (21/34) and 100% (12/12) in AFB stain-negative and stain-positive specimens. TB-PCR was negative in all NTM-cultured 17 specimens. Conclusion: TB/NTM real-time PCR assay is useful to differentiate MTB and NTM in AFB stain-positive respiratory specimens and it is as effective in detecting MTB with TB-PCR.

• 한국식품과학회지
• /
• 제48권4호
• /
• pp.335-340
• /
• 2016

본 연구에서는 다양한 식품으로부터 식중독 세균의 DNA를 추출하는 효율을 비교 하였다. 사용된 DNA 추출 방법은 TaKaRa Kit를 이용하는 방법, PrepMan reagent를 이용하는 방법, boiling method, PEG를 이용한 alkaline method가 사용되었다. 비용절감이나 시간절약 면에서 boiling method나 PrepMan method도 고려할 수 있지만, column kit를 이용하는 TaKaRa kit가 효율적이라고 판단되었다. 또한 정성 시험법에서 적은 양의 균을 검출하기 위해 증균배양을 거치게 되는데 이때 사용되는 증균배지의 성분이 DNA 추출 후에도 잔류하여 saline과 비교하였을 때 DNA 추출효율이 낮은 결과를 나타내었다. 따라서 증균배지의 성분을 제거한 뒤 DNA를 추출하는 것이 PCR의 효율을 높일 수 있을 것으로 예상된다. 정량 시험법에서는 증균과정을 거치지 않아 균을 검출할 때 DNA의 추출 효율이 중요하기 때문에 DNA 추출 효율을 높이기 위한 가장 좋은 버퍼를 선정하고자 하였다. 그 결과 E. coli O157:H7에서는 saline이, S. aureus에서는 증류수를 버퍼로 사용했을 때 DNA 추출 효율이 가장 높은 것으로 나타났다.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제51권3호
• /
• pp.309-315
• /
• 2019

자궁경부암은 전 세계적으로 네번째를 차지하는 여성암이다. 자궁경부암의 대부분 원인은 인유두종 바이러스의 감염이다. 인유두종 바이러스를 검출하기 위해 다양한 분자진단학적 방법들이 고안되었다. 분자진단학적 방법 중의 real-time PCR은 목표 DNA 또는 RNA의 정량과 민감도 향상을 목표로 도입되었다. 특히, real-time PCR 과정은 수행 전에 RNA 추출 및 상보적인 DNA 합성 과정이 필요하다. 따라서 본 연구에서는 민감하고 적합한 상보적인 DNA 합성 키트를 알아보기 위해서 상보적인 DNA 합성에 이용되는 두 개의 상용화된 키트를 평가하였다. 자궁경부암 세포주에서 두개의 상보적인 DNA 합성 키트의 $R^2$과 효율성을 비교한 결과 차이가 없었다. 그러나 Invitrogen 키트보다 Takara 키트가 $10^2$ 및 $10^3$ SiHa 세포주에서 P<0.001를 나타내었고 $10^1$ 및 $10^2$ HeLa 세포주에서도 P<0.001를 나타내었다. 이를 통해 Takara 키트가 Invitrogen키트보다 민감도가 높음을 알 수 있었다. 또한 40개의 탈락세포검체의 8, 4, 2, 1 mL을 이용하여 상보적인 DNA 합성 키트를 비교한 결과 Invitrogen 키트보다 Takara 키트가 8, 4, 1 mL에서 P<0.01 및 0.5 mL에서 P<0.05을 나타내어 임상 검체를 이용하였을 때에도 Takara 키트가 Invitrogen 키트보다 민감도가 높음을 알 수 있었다. 본 연구는 적합한 상보적인 DNA 합성 키트를 확인하기 위해 수행되었으며, 상보적인 DNA 합성 키트가 real-time PCR 결과 다양성에 영향을 미친다는 것을 시사하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제20권10호
• /
• pp.1450-1456
• /
• 2010

Accurate and rapid diagnosis of Pandemic Influenza A/H1N1 2009 virus (H1N1 2009) infection is important for the prevention and control of influenza epidemics and the timely initiation of antiviral treatment. This study was conducted to evaluate the performance of several diagnostic tools for the detection of H1N1 2009. Flocked nasopharyngeal swabs were collected from 254 outpatients of suspected H1N1 2009 during October 2009. This study analyzed the performances of the RealTime Ready Inf A/H1N1 Detection Set (Roche), Influenza A (H1N1) Real-Time Detection Kit (Bionote), Seeplex Influenza A/B OneStep Typing Set [Seeplex Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR)], BinaxNow Influenza A & B Test Kit [Binax Rapid Antigen Test (RAT)], and SD BIOLINE Influenza Ag kit (SD RAT). Roche and Bionote real-time RT-PCR showed identical results for the H1N1 2009 hemagglutinin gene. Compared with real-time RT-PCR, the sensitivities and specificities were 83.7% and 100% for Seeplex RT-PCR, 64.5% and 94.7% for Binax RAT, and 69.5% and 100% for SD RAT. The sensitivities of Seeplex RT-PCR, Binax RAT, and SD RAT in patients aged over 21 years were 73.7%, 47.4%, and 57.9%, respectively. The sensitivities of Seeplex RT-PCR, Binax RAT, and SD RAT on the day of initial symptoms were mostly lower (68.8%, 56.3%, and 31.3%, respectively). In conclusion, multiplex RT-PCR and RAT for the detection of H1N1 2009 were significantly less sensitive than real-time RT-PCR. Moreover, a negative RAT may require more sensitive confirmatory assays, because it cannot be ruled out from influenza infection.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제21권1호
• /
• pp.100-108
• /
• 2011

A method for the rapid detection and quantification of Newcastle disease virus (NDV) produced in an animal cell culture-based production system was developed to enhance the speed of the NDV vaccine manufacturing process. A SYBR Green I-based real-time RT-PCR was designed with a conventional, inexpensive RT-PCR kit targeting the F gene of the NDV LaSota strain. The method developed in this study was validated for specificity, accuracy, precision, linearity, limit of detection (LOD), limit of quantification (LOQ), and robustness. The validation results satisfied the predetermined acceptance criteria. The validated method was used to quantify virus samples produced in an animal cell culture-based production system. The method was able to quantify the NDV samples from mid- or late-production phases, but not effective on samples from the early-production phase. For comparison with other quantifiable methods, immunoblotting, plaque assay, and tissue culture infectious dose 50 ($TCID_{50}$) assay were also performed with the NDV samples. The results demonstrated that the real-time RT-PCR method is suitable for the rapid quantification of virus particles produced in an animal cell-culture-based production system irrespective of viral infectivity.

• 미생물학회지
• /
• 제41권3호
• /
• pp.168-176
• /
• 2005

갯벌 퇴적물에 존재하는 병원성 해양미생물인 Vibrio vulnificus를 신속하고 정확하게 검출하기 위해 PCR, Southern hybridization 방법과 real-time PCR을 수행하여 검출 민감도를 비교하였다. 갯벌 퇴적물로부터 bead beater를 이용한 물리적 방법으로 DNA 조추출액을 얻고 상용화된 키트 (Geneclean turbo Kit)를 이용하여 부식물질(humic substances)을 제거하였다. 병원성에 관련된 3 종의 유전자(hemolysin, vvhA; phosphomannomutase, pmm; metalloprotease, vvpE)를 대상으로 설계한 프라이머 셋을 동시에 사용하는 multiplex PCR 방법과 Southern hybridization과 병행한 방법(PCR/Southern hybridization)을 수행하였다. Real-time PCR은 hemolysin 유전자(vvhA)에 특이한 프라이머와 TaqMan 탐침을 사용하였다. 전처리하지 않은 갯벌 퇴적물의 경우, PCR/Sourthern hybridization과 real-time PCR 방법의 검출 민감도는 퇴적물 1 g 당 약 $10^2$ 개의 세포 수준이었다. 농후처리액(APW; alkaline peptone water)으로 $35^{\circ}C$에서 $2{\~}3$시간, 8시간 중균 배양할 경우 갯벌 퇴적물 1 g 당 $2{\~}10$개 세포가 존재할 때 PCR/Southern hybridization 방법과 real-time PCR 방법으로 각각 검출할 수 있었다. 전처리 과정을 포함하여 real-time PCR은 $6{\~}7$시간, PCR/Sourthern hybridization은 약 36시간이 소요되었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제71권4호
• /
• pp.249-253
• /
• 2011

Background: Mycobacterial infection is a problem throughout the world along with the increase of immunocompromised patients. For this reason, there have been many methods for faster and more accurate diagnosis. In this study, we evaluated several laboratory methods for mycobacterial infection. Methods: From January to December 2009, 635 specimens were cultured with mycobacteria growth indicator tube (MGIT) and Ogawa media. Polymerase chain reaction (PCR) was performed with the AdvanSure tuberculosis (TB)/non-tuberculosis mycobacterium (NTM) real-time PCR Kit (LG Life Sciences, Seoul, Korea). The 69 samples showing positive culture results were identified with the AdvanSure Mycobacteria Genotyping Chip Kit (LG Life Science, Seoul, Korea). Results: Sixty-nine (10.9%) out of 635 samples showed positive results for mycobacterial culture. Among the 635 samples, 64 were positive in MGIT, but only 42 were positive in Ogawa media. Of the 635 samples, 607 (95.6%) showed the same results between MGIT and Ogawa and the results of 579 (95.4%) were also consistent with the TB/NTM real-time PCR results. However, in the case of NTM, only one (1/24, 4.2%) was positive in PCR. In the Mycobacteria genotyping chip analysis, the most frequently identified NTM species in descending order were M. avium, M. intracellulare, M. chelonae and M. abscessus. Conclusion: Culturing with a combination of MGIT and Ogawa is recommended to increase the recovery rate of mycobacteria. Although PCR missed a reasonable number of NTM, it is faster and usually gives results that concur with those from the culture. The appropriate combination of diagnostic methods with clinical correlation are necessary.

• 한국환경농학회지
• /
• 제30권4호
• /
• pp.367-376
• /
• 2011

논 토양의 미생물 생태 다양성을 조사하기 위한 효과적인 방법으로 qRT-PCR을 적용하고자 본 연구를 수행하였다. 논 토양 미생물의 gDNA를 분리하기 위하여 Mo Bio kit를 사용한 효과적이고 안정적인 gDNA 분리 방법을 확립하였다. 논 토양 미생물 다양성을 qRT-PCR로 검출하기 위하여 bacteria를 세분한 ${\alpha}$-Proteobacteria, ${\beta}$-Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes 다섯 가지 문과 전체 bacteria, 전체 fungi를 구분할 수 있는 특이 primer set을 선정하여 다양한 조건의 시험을 통하여 최종 조건을 확립하였으며 재현성 실험을 통하여 방법의 유의성을 검증하였다.