• 식물병연구
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• 제17권2호
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• pp.211-215
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• 2011

모자이크증상을 나타내는 열무로부터 Cucumber mosaic virus의 한 계통을 분리하고 특성을 조사하였다. Vigna unguiculata, Chenopodium amaranticolor and Gomphrena globosa에서 분리 바이러스의 기주반응과 dsRNA 분석, RT-PCR 검정, PCR-RFLP, 혈청학적 분석을 통하여 CMV의 한 계통임을 확인하였다. 이 CMV 계통을 다양한 지표식물에 접종하였을 때, Nicotiana benthamiana와 N. glutinosa, N. tabacum, 고추, 오이 그리고 멜론에서는 전형적인 강한 모자이크 병징이 나타났으나, 열무, 배추, 적갓은 매우 약한 병징을 나타내는 특징을 보였다. 새롭게 분리된 CMV 계통은 가지과, 박과 및 배추과 등 광범위한 작물에 감염성을 나타내었으며, 배추과에서의 감염성 차이를 근거로 Gn-CMV로 명명하였다. Double-stranded (ds) RNA를 분리한 분석에서 Gn-CMV는 기 보고된 CMV 계통과 마찬가지로 3.3, 3.0, 그리고 2.2 kb의 독립된 게놈으로 구성되어 있었으며, SDS-PAGE와 Western blotting 분석으로 통하여 28 kDa의 외피단백질을 확인할 수 있었다. RT-PCR로 얻어진 증폭산물을 Cac8I, ClaI and MspI을 이용한 PCR-RFLP를 통하여 CMV subgroup I 임을 확인할 수 있었다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제7권2호
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• pp.59-66
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• 2007

목적: 위암 세포주 및 조직에서 다중 표지자 mRNA 발현을 정량적 RT-PCR 검사를 통해 확인함으로써 이들 표지자를 이용하여 위암의 복강내 미세전이 진단이 가능한가를 평가하고자 본 연구를 시행하였다. 대상 및 방법: 12개의 인체 위암 세포주와 10개의 위암 조직을 대상으로 Carcinoembryonic antigen (CEA), Cytokeratin 20 (CK20), Dopa decarboxylase (DDC), L-3-phosphoserine phosphatase (L3PP)의 네 가지 mRNA를 이용한 정량적 RT-PCR 다중 표지자 분석을 시행하였다. 결과: 12개의 인체 위암 세포주 중 CEA는 4개(33%), CK-20는 1개(8%), DDC는 6개(50%), L3PP는 12개 세포주 모두(100%)에서 과발현되었다. 10개의 위암 조직 중 CEA는 9개, CK20은 3개, DDC는 9개, L3PP는 10개 조직 모두에서 과발현되었다. L3PP는 모든 위암 세포주와 조직에서 과발현을 나타내었으나 과발현 정도는 비교적 낮게 측정된 반면, CEA와 DDC는 일부 위암 세포주 및 조직에서만 과발현을 나타내었지만 파발현 시 충분한 발현도를 나타내었다. 결론: 위암 환자에서 하나 이상의 암 특이적 유전자를 이용한 다중 표지자 분석은 단일 표지자 분석이 가지는 단점을 보완할 수 있을 것으로 예상되며, CEA, DDC, 및 L3PP의 세 가지 mRNA가 후보 유전자로 사용될 수 있을 것으로 생각한다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제18권2호
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• pp.85-92
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• 2002

A new isolate of Cucumber mosaic virus (CMV), identified as Li-CMV was isolated from a diseased Korean native lily (Lithium tsingtauense Gilg). Biological and serological properties of Li-CMV were characterized, and reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) analysis, restriction enzyme profiling of RT-PCR products, and nucleotide sequence analysis of RNA3 of the virus were performed in this study. Remarkable differences in symptoms between Li-CMV and ordinary CMV strains were found in tobacco plants and Datura stramonium. Li-CMV-infected tobacco plants (cv. Xanthi-nc and cv. Samsun) induced chlorotic ringspots on uninoculated upper leaves, and the symptom expression was delayed or faint whereas, ordinary CMV strains induced green mosaic symptoms on the plant. Systemic infections were observed on Nicotiana benthamiana with severe mosaic symptom. Restriction mapping analysis of RT-PCR products using MspI showed that Li-CMV belonged to CMV subgroup I. A full-length CDNA copy of RNA3 for the virus was amplified by RT-PCR, cloned, and its complete nucleotide sequence was determined. The RNA3 of Li-CMV was 2, 232 nucleotides long, and consisted of two open reading frames of 843 and 657 bases encoding 3a protein (movement protein) and coat protein, respectively. Results of this study indicate that Li-CMV is a novel strain and belongs to subgroup I of CMV in the genus Cucumovirus.

• 생명과학회지
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• 제28권5호
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• pp.555-562
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• 2018

Swine influenza virus (SIV)는 돼지 개체군에서 가장 흔한 질병을 일으키는 바이러스 중 하나이며 그 subtype은 hemagglutinin (HA)와 neuraminidase (NA)에 의해 결정됩니다. 최근 SIV subtype 진단 방법이 개발되고 있으나 SIV의 리보뉴클레오타이드 서열의 많은 변이로 인해 PCR 보다는 항원-항체 반응을 이용하는 방법이 주로 사용되고 있다. 본 연구에서는 SIV 하위 유형의 신속한 결정을 위하여 2008년 이후 국내에서 발생한 SIV의 다중염기서열 정렬을 통하여 10개의 subtype 진단 프라이머 세트를 개발하고 이를 이용한 one-step RT-PCR 반응을 최적화하였다. 또한 감염력이 높고 독성이 있는 인플루엔자 H1N1 (pH1N1)의 아형에서 확인된 독특한 M 유전자서열을 검출함으로써 pandemic SIV를 조기에 결정하도록 특이적 프라이머를 설계하였다. 2008년부터 2014년까지 한국에서 발생한 9종의 SIV RNA를 활용하여 SIV의 아형 및 pandemic 가능성을 결정하기 위해 시험 분석한 결과 모든 진단 프라이머 세트는 SIV 아형을 정확하게 결정하였으며 pandemic SIV를 검출할 수 있는 것으로 확인되었다. 결과적으로 이들 프라이머 세트를 이용한 최적화된 one-step RT-PCR 분석이 SIV 아형의 신속한 진단에 유용하다는 것이 확인하였다. 이러한 결과는 SIV 하위 유형 및 pandemic SIV가 확산되기 전에 조기 발견을 위한 키트로 개발될 수 있음을 시사한다.

• BMB Reports
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• 제40권2호
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• pp.226-231
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• 2007

Housekeeping genes are widely used as internal controls in a variety of study types, including real time RT-PCR, microarrays, Northern analysis and RNase protection assays. However, even commonly used housekeeping genes may vary in stability depending on the cell type or disease being studied. Thus, it is necessary to identify additional housekeeping-type genes that show sample-independent stability. Here, we used statistical analysis to examine a large human microarray database, seeking genes that were stably expressed in various tissues, disease states and cell lines. We further selected genes that were expressed at different levels, because reference and target genes should be present in similar copy numbers to achieve reliable quantitative results. Real time RT-PCR amplification of three newly identified reference genes, CGI-119, CTBP1 and GOLGAl, alongside three well-known housekeeping genes, B2M, GAPD, and TUBB, confirmed that the newly identified genes were more stably expressed in individual samples with similar ranges. These results collectively suggest that statistical analysis of microarray data can be used to identify new candidate housekeeping genes showing consistent expression across tissues and diseases. Our analysis identified three novel candidate housekeeping genes (CGI-119, GOLGA1, and CTBP1) that could prove useful for normalization across a variety of RNA-based techniques.

• The Plant Pathology Journal
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• 제26권1호
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• pp.25-31
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• 2010

Papaya ringspot virus (PRSV) causes the most widespread and devastating disease in papaya. Isolates of PRSV originating from different geographical regions in south India were collected and maintained on natural host papaya. The entire coat protein (CP) gene of Papaya ringspot virus-P biotype (PRSV-P) was amplified by RTPCR. The amplicon was inserted into pGEM-T vector, sequenced and sub cloned into a bacterial expression vector pRSET-A using a directional cloning strategy. The PRSV coat protein was over-expressed as a fusion protein in Escherichia coli. SDS-PAGE gel revealed that CP expressed as a ~40 kDa protein. The recombinant coat protein (rCP) fused with 6x His-tag was purified from E.coli using Ni-NTA resin. The antigenicity of the fusion protein was determined by western blot analysis using antibodies raised against purified PRSV. The purified rCP was used as an antigen to produce high titer PRSV specific polyclonal antiserum. The resulting antiserum was used to develop an immunocapture reverse transcription-polymerase chain reaction (IC-RT-PCR) assay and compared its sensitivity levels with ELISA based assays for detection of PRSV isolates. IC-RT-PCR was shown to be the most sensitive test followed by dot-blot immunobinding assay (DBIA) and plate trapped ELISA.

• Biomolecules & Therapeutics
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• 제10권2호
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• pp.78-84
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• 2002

Taurine (2-ethaneaminosulfonic acid, $^+{NH}_3{CH_2}{CH_2}{SO_3^{-}}$) is endogenous amino acid with functions as modulator of osmoregulation, antioxidation, detoxification, transmembrane calcium transport, and a free radical scavenger in mammalian tissues. Taurine transporter(TAUT) contains 12 transmembrane helices, which are typical of the $Na^+$- and $Cl^-$-dependent transporter gene family, and has been cloned recently from several species and tissues. To analyze the expression of TAUT mRNA, one step RT-PCR was performed from human and mouse cultured cell lines and from various mouse tissues. The primers were designed to encode highly conserved amino acid sequences at the second transmembrane domain and at the fourth and fifth intracellular domains. RT-PCR analysis showed both of the human intestine HT-29 and mouse macrophage RAW264.7 cell lines expressed mRNA of TAUT. To define the expression patterns of the TAUT mRNA in the murine organs, RT-PCR was performed to detect cDNA representing TAUT mRNA from seven different mouse tissues. The TAUT was detected in all of the mouse tissues analyzed such as heart, lung, thymus, kidney, liver, spleen and brain. A large amount of transcript was fecund from heart, liver, spleen, kidney, and brain, while lung contained a very small amount of transcript.

• The Plant Pathology Journal
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• 제21권4호
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• pp.343-348
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• 2005

The partial nucleotide sequences of the genomic dsRNA mycoviruses infecting Pleurotus ostreatus (isolates ASI2596, ASI2597, and Bupyungbokhoe) and Agaricus blazei Murrill were determined and compared with those of the other dsRNA mycoviruses. Partial nucleotide sequences of the purified dsRNA from ASI2596 and ASI2597 revealed RNA-dependent RNA polymerase sequences that are closely related to Oyster mushroom isometric virus 2, while nucleotide sequences and the deduced amino acid sequence from dsRNA mycovirus infecting Agaricus blazei did not show any significant homology to the other dsRNA mycoviruses. Specific primers were designed for RT-PCR detection of these dsRNA viruses and were found to specifically detect each dsRNA virus. Northern blot analysis confirmed the homogeneity of RT-PCR products to each purified dsRNA. Altogether, our results suggest that these virus-specific primer sets can be employed for the specific detection of each dsRNA mycovirus in infected mushrooms.

• 생명과학회지
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• 제17권7호통권87호
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• pp.996-1001
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• 2007

본 연구에서는 NSAID계 약물인 sulindac, sulindac sulfone, 그리고 sulindac sulfide 처리에 의한 암세포 생존율에 미치는 영향을 확인하기 위하여, 인간 대장암 세포주인 HCTl16에 각각 10 ${\mu}M$의 NSAID들을 처리하였다. 처리한약물 중 sulindac sulfide에 의한 암세포 생존율이 가장 높게 감소하는 것으로 MTS assay 결과 확인되었다. 또한 sulindac sulfide의 처리 농도가 증가됨에 따라 세포 생존율이 감소하는 것으로 확인되었다. Sulindac sulfide의 처리에 따른 이러한 암 세포 사멸의 분자생물학적 기전을 이해하기 위하여, oligo DNA microarray 실험을 수행하였다. 그 결과, 10 ${\mu}M$의 sulindac sulfide의 처리에 의해 2배 이상 발현이 증가되는 유전자가 23개 확인되었고, 반대로 2배 이상 발현이 감소되는 유전자가 33개 확인되었다. 증가되는 유전자중 3개(NAG-1, DDIT3, PCK2)를 선택하여, RT-PCR과 real-time PCR을 수행하였다. 그 결과 두 실험 모두 DNA microarray 실험결과와 동일하게 발현이 증가되었다. 이 중 sulindac, sulindac sulfone, sulindac sulfide에 의 한 NAG-1 유전자의 발현변화를 RT-PCR과 real-time PCR 방법으로 확인한 결과, sulindac sulfide에 의한 암 억제유전자인 NAG-1의 발현이 가장 많이 발현되었다. 이러한 연구결과는 세포생존율 결과와 비교하였을 때, NAG-1의 높은 발현과 암 세포 생존율의 감소가 관련이 있음을 간접적으로 시사한다. 따라서 이들 연구결과는 sulindac sulfide에 의한 화학적 암 예방법의 분자생물학적 기전을 이해하는데 도움을 줄 것으로 생각한다.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• 제16권4호
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• pp.197-204
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• 2001

Endocrine disruption in crucian carp (Carassius auratus) living in the branch of Han River were examined. Vitellogenin level in plasma was measured using ELISA system and aromatase mRNA level in brain was observed using RT-PCR technique. In all female fish, vitellogenin levels were in the range of 20∼40 $\mu\textrm{g}$/ml and aromatase mRNA expression could be detected on the agarose gel after RT-PCR. However, in case of males, vitellogenin level was elevated in only one fish, while vitellogenin was hardly detected in others. Aromatase was expressed in all males although the levels were relatively lower than the level in female fish. Testis-ova and any other histological changes of reproductive organ were not shown in both sexes.