• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권6호
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• pp.1280-1285
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• 2004

Retron is a prokaryotic genetic element, producing a short single-stranded DNA covalently linked to RNA (msDNA-RNA) by a reverse transcriptase (RT). In retron EC83, msDNA is further processed at between the 4th and the $5^{th}$ nucleotides, leaving a 79 nucleotide-long single-stranded DNA as a final product. To investigate this site-specific cleavage in msDNA synthesis, we purified the RT protein of retron EC83. Initially, RT ORF was cloned under the tac promoter, but the expression was very poor largely because of poor translation. In order to facilitate translation, the nucleotide sequence for the first nine amino acids was randomized with synonymous codons. This change of downstream sequence of translational initiation codon greatly affected the efficiency of translation. We could isolate clones which greatly increased RT production, and their sequences were compared to those of the low producers. The overproduced protein was purified and was shown to have RT activity.

• BMB Reports
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• 제35권2호
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• pp.248-250
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• 2002

Discrimination between the amplification of mRNA and contaminating genomic DNA is a common problem when performing a reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR). Even after treatment of the samples with DNAse, it is possible that negative controls (samples in which no reverse transcriptase was added) will give positive results. This indicates that there was amplification of DNA, which was not generated during the reverse transcriptase step. The possibility exists that Taq DNA polymerase acts as a reverse transcriptase, generating cDNA from RNA during the PCR step. In order to test this hypothesis, we incubated samples with a DNAse-free RNAse after the cDNA synthesis. Comparison of the results that were obtained from these samples (incubated with or without DNAse-free RNAse) confirms that the reverse transcriptase activity of Taq DNA polymerase I is a possible source of false positive results when performing RT-PCR from intronless genes. Moreover, we describe here a simple and rapid method to overcome the false positive results that originate by this activity of Taq polymerase.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제38권1호
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• pp.25-33
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• 1991

The immune staus is known to be decreased in malignant disease and radiation therapy (RT), used as a therapeutic tool, further decrease this-attenuated immune status. We measured the number of peripheral lymphocytes, its subsets and lymphoblast transformation for PPD, PHA, monoclonal antibodies including anti-CD3 and anti-CD2 before and after RT in 19 patients with squamous cell lung cancer to search the fine mechanism behind the RT-induced attenuation of lymphoblast transformtion for mitogens and antigen. The results were as follows; 1) The number of lymphocytes and its subsets decreased significantly after RT, but the percentages of lymhocyte subsets did not change aftr RT except interleukin-2 receptor positive T lymphocytes. 2) The function of lymphoctes, measured by lymphoblast tranformation for PHA and PPD, decrased after RT and the compositions of PBMC used for lymphoblast transformtion were not different before and after RT. 3) The mitosis of lymphocytes to anti-CD2 or anti-CD3 decreased significantly after RT. And IL-2 plus anti-CD3 increased the mitosis than that of anti-CD3 only after RT, but before RT there was no difference. In conclusion, we suggested the fine mechanism behind the RT-induced attenuation of immune response might be the dysfunction of lymphocytes in terms of impaired synthesis of IL-2 rather than the decrease of circulating lymphocyte numbers.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제34권5호
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• pp.430-441
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• 2009

본 연구는 사람 치수세포 및 치주인대세포의 차이를 알아보고자 배양한 각각의 세포를 CDNA microarray assay를 통하여 유전자의 발현정도의 차이를 비교하였다. 그 결과를 바탕으로 각각의 세포에서 2배 이상의 유전자 발현의 차이를 보이는 유전자중 특징적인 3가지 유전자를 선택하여 RT-PCR로 검증한 결과 다음과 같은 결론을 얻었다; 1. Microarray assay 결과, 치주인대 세포에 비해 치수 세포에서 2배 이상 발현한 유전자 수는 총 51개가 나타났다. 2. RT-PCR의 결과, 치주인대세포에 비해 치수 세포에서 ITGA4, TGF-${\beta}2$ 등이 높게 나타났다. 3. Microarray assay결과, 치수 세포에서 비해 치주인대 세포에서 2배 이상 발현한 유전자 수는 총 19개가 나타났다. 4. RT-PCR의 결과, 치수 세포에 비해 치주인대세포에서 LUM, WISP1, MMP1 등이 높게 나타났다. 본 연구 결과로 치수세포에는 상아질 형성에 관여하는 특징적인 유전자가 치주인대세포에 비해 높게 발현되었으며, 치주인대세포에는 교원질 합성에 관여하는 특징적인 유전자가 치수세포에 비해 높게 발현되어, 치수세포와 치주인데 세포는 유전자 발현의 차이가 나타남을 알 수 있었다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제34권2호
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• pp.345-356
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• 2004

The triclosan was shown to have anti-microbial and anti-inflammatory effect with inhibition of inflammatory mediators such as prostaglandin $E_2(PGE_2)$. The purpose of this study was to elucidate whether and how $PGE_2$ could be inhibited by triclosan in human gingival fibroblast. Human gingival fibroblast-1 cells (ATCC CRL2014) were pre-treated for 1 hour with triclosan (0.001 ${\mu}/ml{\sim}10$ ${\mu}/ml$) and then stimulated with $TNF-{\alpha}$ (1.0 ng/ml). $PGE_2$ synthesis was evaluated by ELISA and gene expression of COX-1 and COX-2 was evaluated by RT-PCR after $TNF-{\alpha}$, triclosan, and NS-398 (COX-2 inhibitor, 5, ${\mu}M$) and/ or cycloheximide (protein synthesis inhibitor, 2 ${\mu}g/ml$). Triclosan was cytotoxic to human gingival fibroblasts in the concentration higher than 1.0 ${\mu}g/ml$ for longer than 24 hours in tissue culture. The $PGE_2$ synthesis was inhibited by triclosan in dose-dependent manner. Greater COX-2 mRNA suppression was observed with triclosan (0.1 ${\mu}g/ml$) than with $TNF-{\alpha}$ alone, without change in COX-1 gene expression. Inhibitory effects of triclosan on $PGE_2$ synthesis disappeared in presence of cycloheximide. This study suggests that triclosan inhibit prostaglandin $E_2$ at the level of COX-2 gene regulation and require de novo protein synthesis.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제3권4호
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• pp.44-48
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• 1998

본 는문에서는 RT콤포넌트를 이용한 맵핑 방법으로 HDL로 기술된 연산자들을 RT콤포넌트에 맞도록 CDFG를 구성한 후 그래프를 최소화하고 cost와 bound를 계산하여 적합한 라이브러리를 선정하여 맵핑할 수 있는 콤포넌트 합성 알고리즘(Component Synthesis Algorithm)을 제안하였다.

• 융합신호처리학회 학술대회논문집
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• 한국신호처리시스템학회 2001년도 하계 학술대회 논문집(KISPS SUMMER CONFERENCE 2001
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• pp.73-76
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• 2001

High-level synthesis(HLS)는 주어진 동작(behavior)과 면적(area), 성능(performance), 전력 소비량, 패키징, 테스팅등의 주어진 제한을 만족하게 구현된 구조적 디자인을 생성한다. 즉 high-level synthesis란 디지털 시스템의 알고리즘 단계 서술로부터 레지스터 전달구조의 구현에 이르는 과정을 의미한다. 이러한 high-level synthesis의 과정은 컴파일, 분할(partitioning), 스케줄링(scheduling)등의 단계를 거쳐 디지털 시스템을 설계할 수 있다. 본 논문에서는 high-level synthesis의 단계 중 스케줄링 과정에서 제한조건이 실리콘 면적으로 주어지는 경우에 최적의 functional unit의 수를 찾아내어 최소의 control step에 효과적으로 스케줄링 가능한 알고리즘을 제안하였다.

• 식물병연구
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• 제23권2호
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• pp.193-201
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• 2017

국내의 토마토에서 발생하는 주요 바이러스는 Tomato chlorosis virus (ToCV), Tomato spotted wilt virus (TSWV), Cucumber mosaic virus (CMV), Pepper mottle virus (PepMoV), Tomato mosaic virus (ToMV)이다. 이들 바이러스를 진단하기 위해 프라이머 세트와 반응액을 포함하는 역전사중합반응(RT-PCR)법의 조건을 조사하였다. 공시한 바이러스에 특이적인 염기서열로부터 모두 46개 프라이머 세트를 설계하고, 이를 이용해 주형을 넣지 않은 RT-PCR에서 비특이 반응을 조사하였다. 이들 가운데 16개 조합을 건전한 토마토 RNA에 적용한 결과 프라이머 세트와 RT-PCR 반응액 간의 친화성이 비특이 반응 감소에 영향을 주었다. cDNA 합성과 관련된 인자와 RT-PCR 반응액 사이의 조합을 근거로 ToCV 진단을 위한 두 종류의 반응액을 선발하였다. ToCV 진단 시 수립된 조건을 나머지 바이러스 진단에 적용했을 때, 특이성이 높은 프라이머 세트 C029 (ToCV), C072 (TSWV), C070 (CMV), C048 (PepMoV), C065 (ToMV)를 선발할 수 있었다. 이들 프라이머 세트는 공시한 바이러스를 특이적으로 진단하는 데 유용할 것으로 판단된다.

• 대한전자공학회논문지SD
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• 제41권5호
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• pp.107-114
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• 2004

본 논문에서는 CDMA 및 TDMA 기술을 기반으로 하는 무선 원격계측 시스템용 모뎀에 적합한 최적 하드웨어 구조 및 VLSI 설계에 대해서 제시한다. 무선 원격계측 시스템은 계측이 필요한 다수의 지점에 소형 무선계측기(RT: Remote Terminal)를 설치하고, 설치된 무선계측기로부터 계측데이터를 무선으로 수집하기 위해 제안된 시스템이다. 무선 원격계측 시스템은 계측데이터를 전송하기 위한 다수의 RT와 RT로부터 데이터를 수집하는 1개의 CU(Central Unit)로 구성된다. 본 논문에서는 이러한 RT와 CU용 모뎀에 적합한 최적 하드웨어 구조를 제안하였고, 제안된 구조를 Verilog HDL로 설계 및 검증하였다. Verilog HDL로 설계된 모뎀은 Synopsys/sup TM/툴을 이용하여 게이트 수준으로 합성되었고, 합성결과 RT 및 CU용 모뎀은 0.6㎛ 공정에서 각각 약 27K 게이트와 222K 게이트의 하드웨어 복잡도를 가졌다. 제안된 모뎀은 Altera/sup TM/ FPGA로 구현 및 검증되었다.

• 전자공학회논문지A
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• 제31A권5호
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• pp.149-157
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• 1994

This paper Presents an algorithm for synthesis of sequential statements described at RT level VHDL. The proposed algorithm transforms sequential statements in VHDL into data-flow description consisting of concurrent statements by local and global dependency analysis and output dependency elimination. Transformation into concurrent statements makes it possible to reduce the cost of the synthesized hardwares, thus to get optimal synthesis results that will befit the designer 's intention. This algorithm has been implemented on VSYN and experimental results show that more compact gate-level hardwares are generated compared with Power View system from ViewLogic and Design Analyzer from Synopsys.