• BMB Reports
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• 제52권3호
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• pp.196-201
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• 2019

The Alu element, the most abundant transposable element, is transcribed to Alu RNA. We hypothesized that the PIWI protein regulates the expression of Alu RNA in retinal pigment epithelial (RPE) cells, where accumulated Alu RNA leads to macular degeneration. Alu transcription was induced in RPE cells treated with $H_2O_2$. At an early stage of oxidative stress, PIWIL4 was translocated into the nucleus; however, subsequently it was sequestered into cytoplasmic stress granules, resulting in the accumulation of Alu RNA. An elevated amount of Alu RNA was positively correlated with the disruption of the epithelial features of RPE via induction of mesenchymal transition. Therefore, we suggest that oxidative stress causes Alu RNA accumulation via PIWIL4 sequestration into the cytoplasmic stress granules.

• BMB Reports
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• 제54권2호
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• pp.89-97
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• 2021

Post-transcriptional regulation is an indispensable cellular mechanism of gene expression control that dictates various cellular functions and cell fate decisions. Recently, various chemical RNA modifications, termed the "epitranscriptome," have been proposed to play crucial roles in the regulation of post-transcriptional gene expression. To date, more than 170 RNA modifications have been identified in almost all types of RNA. As with DNA modification-mediated control of gene expression, regulation of gene expression via RNA modification is also accomplished by three groups of proteins: writers, readers, and erasers. Several emerging studies have revealed that dysregulation in RNA modification is closely associated with tumorigenesis. Notably, the molecular outcomes of specific RNA modifications often have opposite cellular consequences. In this review, we highlight the current progress in the elucidation of the mechanisms of cancer development due to chemical modifications of various RNA species.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권6호
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• pp.2251-2256
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• 2015

To study effects of cellular FLICE (FADD-like IL-$1{\beta}$-converting enzyme)-inhibitory protein (c-FLIP) inhibition by RNA interference (RNAi) on sensitivity of U2OS cells to tumor necrosis factor (TNF)-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL)-induced apoptosis, plasmid pSUPER-c-FLIP-siRNA was constructed and then transfected into U2OS cells. A stable transfection cell clone U2OS/pSUPER-c-FLIP-siRNA was screened from the c-FLIP-siRNA transfected cells. RT-PCR and Western blotting were applied to measure the expression of c-FLIP at the levels of mRNA and protein. The results indicated that the expression of c-FLIP was significantly suppressed by the c-FLIP-siRNA in the cloned U2OS/pSUPER-c-FLIP-siRNA as compared with the control cells of U2OS/pSUPER. The cloned cell line of U2OS/pSUPER-c-FLIP-siRNA was further examined for TRAILinduced cell death and apoptosis in the presence of a pan-antagonist of inhibitor of apoptosis proteins (IAPs) AT406, with or without 4 hrs pretreatment with rocaglamide, an inhibitor of c-FLIP biosynthesis, for 24 hrs. Cell death effects and apoptosis were measured by the methods of MTT assay with 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide and flow cytometry, respectively. The results indicated that TRAIL-induced cell death in U2OS/pSUPER-c-FLIP-siRNA was increased compared with control cells U2OS/pSUPER in the presence or absence of AT406. Flow cytometry indicated that TRAIL-induced cell death effects proceeded through cell apoptosis pathway. However, in the presence of rocaglamide, cell death or apoptotic effects of TRAIL were similar and profound in both cell lines, suggesting that the mechanism of action for both c-FLIP-siRNA and rocaglamide was identical. We conclude that the inhibition of c-FLIP by either c-FLIP-siRNA or rocaglamide can enhance the sensitivity of U2OS to TRAIL-induced apopotosis, suggesting that inhibition of c-FLIP is a good target for anti-cancer therapy.

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.420-427
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• 2018

효모균 타이로실-tRNA 합성효소(Sc YRS)와 엠버 멈춤코돈을 인식하는 대장균 시작tRNA 변이체(fMam $tRNA_{CUA}$)쌍은 대장균에서 단백질 생합성시 원하는 특정 위치에 비천연아미노산을 도입하는데 활용된다. Sc YRS/fMam $tRNA_{CUA}$쌍의 엠버써프레션 활성을 높이기 위해 fMam $tRNA_{CUA}$의 첫번째 안티코돈 염기를 인식하는 Sc YRS의 320번, 321번 아미노산 잔기를 암호화하는 염기서열을 무작위로 돌연변이시킨 라이브러리를 제작하였다. 엠버써프레션에 의한 클로람페니콜 저항성을 이용해 라이브러리를 탐색하여 활성이 향상된 2개의 돌연변이주를 선별하였다. 이들의 클로람페니콜 저항성 성장의 $IC_{50}$값은 야생형 YRS보다 1.7~2.3배 높았으며, in vivo 엠버써프레션 활성을 비교한 결과 3~6.5배의 활성 증가가 나타났다. 높은 활성을 보인 mYRS-3 (P320A/D321A) 단백질의 fMam $tRNA_{CUA}$에 대한 in vitro aminoacylation kinetics 분석은 야생형보다 약 7배 높은 효소활성을 보였으며, 이는 주로 기질인 fMam $tRNA_{CUA}$에 대한 결합 친화도가 증가하여 나타났다. 이런 접근법을 이용하여 다양한 종류의 비천연 아미노산 도입에 활용되는 aminoacyl-tRNA 합성효소의 엠버써프레션 활성을 높임으로써 엠버 멈춤코돈을 이용한 비천연 아미노산 도입 효율성을 높일 수 있을 것이다.

• 한국어병학회지
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• 제6권2호
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• pp.93-101
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• 1993

효모의 RNAI유전자는 RNA processing에 관여 하는지 혹은 RNA transport에 관여 하는지 아직까지 유전자의 기능이 정확히 알려져 있지 않은 실정이다. 효모의 RNAI 유전자의 기능을 파악하기 위한 방법으로 본 연구에서는 rna1-1 mutant gene을 cloning하여 이에 대한 DNA sequence를 조사함으로써 RNAI 유전자와 rna1-1 유전자의 차이점을 이해하고자 하였다. rna1-1 marker를 갖는 yeast strain(R49)로 부터 genomic DNA를 추출하여 이를 BglII로 절단하여 genomic southern blotting을 행한 결과 wild type의 경우와 동일하게 3.4 kb에서 hybridization되는 signal을 얻었으며, RNAl 및 rna1-1이 yeast genome내에 single site로 존재함을 보여 주는 결과를 얻었다. mutant strain으로 부터 얻은 3.4 kb의 BglI fragment를 pUC19의 BamHI site에 subcloning하여 transformant들을 얻었고, wild type RNAl 유전자를 probe로 하여 rna1-1 mutant 유전자를 cloning할 수 있었다. pUC19에 cloning된 RNA1유전자 및 rna1-1유전자로부터 다양한 Ba131유도체를 얻어 이들에 대한 염기 서열을 비교한 결과 transcription initation site에서부터 down stream쪽으로 17 아미노산위치에 TCC가 TTC로 대치되어 있었으며 그 결과 serine이 phenylalanine으로 변환되는 결과를 얻었다. Wild type RNAI gene의 5'-region에는 3군데의 TATA-like sequence가 true TATA box인지 확인하기 위하여 Bal3I deletion에 의해 -103nt까지 deletion된 유도체를 얻었으며 ${\Delta}RNAI$, rna1-1, 81-2-6 clone이 rna1-1 allele와 complementation한지 확인하였으나 ${\Delta}RNAI$은 TS-complementation을 하지 못하였다. 따라서 현재까지 TATA-box라고 알려진 부분은 promoter로 작용하지 못함을 확인하였다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제45권2호
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• pp.87-94
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• 2007

In this study, we describe Korean isolates of Trichomonas vaginalis infected with double-stranded (ds) RNA virus (TVV). One T. vaginalis isolate infected with TVV IH-2 evidenced weak pathogenicity in the mouse assay coupled with the persistent presence of a dsRNA, thereby indicating a hypovirulence effect of dsRNA in T. vaginalis. Cloning and sequence analysis results revealed that the genomic dsRNA of TVV IH-2 was 4,647 bp in length and evidenced a sequence identity of 80% with the previously-described TVV 1-1 and 1-5, but only a 42% identity with TVV 2-1 and 3 isolates. It harbored 2 overlapping open reading frames of the putative capsid protein and dsRNA-dependent RNA polymerase (RdRp). As previously observed in the TVV isolates 1-1 and 1-5, a conserved ribosomal slip-page heptamer (CCUUUUU) and its surrounding sequence context within the consensus 14-nt overlap implied the gene expression of a capsid protein-RdRp fusion protein, occurring as the result of a potential ribosomal frameshift event. The phylogenetic analysis of RdRp showed that the Korean TVV If-2 isolate formed a compact group with TVV 1-1 and 1-5 isolates, which was divergent from TVV 2-1, 3 and other viral isolates classified as members of the Giardiavirus genus.

• 한국자연치유학회지
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• 제8권2호
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• pp.71-77
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• 2019

목적: 특허 받은 황토 면 원단의 원적외선 방사율 및 면 원단을 20회까지 세탁을 하였을 때에 어떠한 미생물이 존재하는지를 조사하여 분리 동정하는 것이 목적이었다. 방법: 원적외선 방사능 측정기와 미생물을 영양배지에 배양하여 증식하는 단일 콜로니를 이용하여 16S rRNA법으로 동정하였다. 결과: 황토이불 면의 원적외선의 방사율은 40℃에서 5~20 ㎛에서 0.902(90.2%)이었고, 방사에너지는 3.63 × 10² w/m²로 높게 나타났다. 황토 이불 면 원단에서 2.0 × 10² cells/ml의 생균수가 존재하였고, 그리고 일반 면 원단에서는 생균이 발견되지 않았다. 단일 콜로니로 분리된 B-2 균주의 16S rRNA의 염기서열은 1,419 bases이었고, A-4균주의 염기서열은 1,284 bases이었다. 이 두 균주의 16S rRNA의 염기서열은 Bacillus 속 세균들과 높은 상동성을 보이었다. B-2 균주는 B. aryabhattai EF114313의 16S rRNA 염기서열과 99.0% 그리고 A-4균주는 B. bingmayongensis AKCS01000011의 16S rRNA 염기서열과 99.0%의 높은 상동성이 나타났다. 상기의 결과들을 활용하여 16S rRNA을 이용하여 유연관계를 조사하여 콜로니 균주 B-2를 B. aryabhattai BJ-2 균주로, A-4를 B. bingmayongensis BJ-4 균주로 최종 동정하였다. 결론: 황토 이불 면 원단에서 두 종류의 간균을 발견하였고, 이불 면 원단이 높은 량의 원적외선 및 원적외선 방사에너지가 발산하므로 유용하게 이용될 수 있다고 본다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제21권5호
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• pp.473-477
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• 1993

Both glycerol-phosphate acyltransferase (GPAT) and 7.2 kb mRNAs were present at the highest level in liver. Glycerol-phosphate acyltransferase and 7.2 kb mRNA levels increased dramatically when fasted mice were refed a high carbohydrate diet. In mature 3T3-L1 adipocytes, insulin increased both glycerol-phosphate acyltransferase and 7.2kb mRNA levels 2.6 to 3-fold while dibutyryl cAMP decreased mRNA levels by 50% and 80%, respectively. These results indicate positive regulation by insulin and negative regulation by dibutyryl cAMP of both glycerol-phosphate acyltransferase and 7.2 kb mRNA.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제27권1호
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• pp.59-64
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• 2006

Unlike other viral polymerases, HCV RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) has not been successfully inhibited by nucleoside analogues presumably due to its strong substrate specificity for RNA. Thus, in order to understand the RNA-specificity of HCV RdRp, the structural characteristics of the active site was investigated. The hereto unknown 2-OH binding pocket at the active site of RdRp provides invaluable implication for the development of novel anti-HCV nucleoside analogues.

• 한국식물병리학회지
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• 제12권3호
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• pp.285-290
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• 1996

3-hydroxy-3-methyglutaryl coenzyme A reductase (HMGR)는 phytoalexin을 포함하는 수 많은 isoprenoid화합물의 생합성을 조절하는 효소이다. 토마토의 경우 sesquiterpenoid phytoalexin류가 식물방어를 위한 반응산물로서 축적되는 것이 알려져 있다. Verticil-lium albo-atrum이나 Fusarium oxysporum으로부터 추출한 elicitor를 토마토의 배양세포에 처리하는 경우 처리량의 증가에 따른 2.7kb 크기의 HMGR mRNA의 상당한 유도증가가 토마토의 HMG2 DNA를 이용한 northern hybridization에 의해 관찰되었다. 토마토의 잎, 뿌리, 줄기 등에 기계적 상해를 가하는 경우에서도 HMGR mRNA는 2단계를 걸쳐 증가함이 관찰되었다. HMGR mRNA는 양 실험의 경우 모두 9시간에서 12시간 사이에서 최대발현됨이 관찰되었다.