• 제목/요약/키워드: RNA preparation

검색결과 87건 처리시간 0.029초

An Oligonucleotide Microarray Bait for Isolation of Target Gene Fragments

  • Shi, Rong;Ma, Wen-li;Liu, Cui-Hua;Song, Yan-Bin;Mao, Xiang-Ming;Zheng, Wen-Ling
    • BMB Reports
    • /
    • 제37권2호
    • /
    • pp.148-152
    • /
    • 2004
  • A new molecular-baiting method was studied by retrieving targeted gene fragments from an oligonucleotide microarray bait after hybridization. To make the microarray bait, 70-mer oligonucleotides that were designed to specifically represent the SSA1 gene of Saccharomyces cerevisiae were printed on the slide. Samples of the Saccharomyces cerevisiae mRNA were extracted and labeled by the RD-PCR (Restriction Display PCR) method using the Cy5-labelled universal primer, then applied for hybridization. The sample fragments that hybridized to the microarray were stripped, and the eluted cDNAs were retrieved and cloned into the pMD 18-T vector for transformation, plasmid preparation, and sequencing. BLAST searching of the GenBank database identified the retrieved fragments as being identical to the SSA1 gene (from 2057-2541bp). A new method is being established that can retrieve the sample fragments using an oligo-microarray-bait.

Hematopoietic effect of deer antler extract fermented by Bacillus subtilis on murine marrow cells

  • Park, Yooheon;Choi, Hyeon-Son;Lee, Hyun-Sun;Suh, Hyung Joo
    • Nutrition Research and Practice
    • /
    • 제9권5호
    • /
    • pp.451-458
    • /
    • 2015
  • BACKGROUND/OBJECTIVES: We examined the chemical composition and the effect of fermented deer antler on hematopoietic factors in bone marrow cells. MATERIALS/METHODS: For the preparation of fermented deer antler extract (FAB), fermentation was carried out using Bacillus subtilis at $30^{\circ}C$ for 7 days. The hematopoietic effect of FAB was investigated hematopoietic factors in marrow cells. RESULTS: The contents of total sugar, sulfated glycosaminoglycans, and uronic acid and the dry weight gradually increased with fermentation time. The sialic acid content (from 0.14 mg/mL to 0.54 mg/mL) was the highest on the 4th day of fermentation after which it decreased. The proliferating activity of bone marrow cells increased with fermentation times. The levels of various hematopoietic growth factors were determined to verify the beneficial effect of deer antler extract fermented by B. subtilis on hematopoiesis. FAB increased the number of stem cell factors and granulocyte colony-stimulating factor in bone marrow cells. In addition, FAB augmented the burst-forming unit erythroid and total colonies in splenocyte-conditioned medium compared with non-fermented antler extract (NFA). However, FAB did not affect the mRNA levels of erythropoietin, an important factor for erythropoiesis. CONCLUSIONS: FAB, like NFA, did not directly affect hematopoiesis, but contributed to hematopoiesis by stimulating the production of hematopoietic factors.

미니돼지 정소에서 20α-HSD의 발현 및 특성화 (Expression and Localization of 20α-Hydroxysteroid Dehydrogenase in Immature Pig Testis)

  • 김정수;성훈기;밤바략차 뭉흐자야;심보웅;허창기;강명화;민관식
    • 생명과학회지
    • /
    • 제27권7호
    • /
    • pp.739-745
    • /
    • 2017
  • 모든 포유동물에 있어서 임신유지와 준비를 위해서는 프로게스테론 호르몬은 필수적이다. $20{\alpha}$-hydroxysteroid dehydrogenase ($20{\alpha}$-HSD)는 프로게스테론을 생물학적으로 불활성인 $20{\alpha}$-hydroxyprogesterone ($20{\alpha}$-OHP)로 대사시키는 중요한 효소이며, 임신말기와 분만개시에 중요한 역할을 하는 효소이다. 본 연구에서는 메디카이네틱스 미니돼지의 정소에서 $20{\alpha}$-HSD의 발현에 대하여 분석하였다. 미니돼지 정소는 출생후 6, 9, 12, 18 및 21일에 채취하였다. RT-PCR에 의한 mRNA 분석결과 분만 후 6일의 정소에서도 검출되었으며, 21일의 정소에서 가장 높은 발현을 하는 것으로 검출되었다. 그러나, 분만 후의 태반에서는 검출되지 않았다. 웨스턴블릇에 의한 단백질 분석결과는 미니돼지 정소에서 특이적으로 37-kDa의 밴드가 검출되었다. 그러나 분만 후 6일의 정소에서는 단백질이 검출되지 않았다. 면역조직화학적 분석에 의하면 정소에서 $20{\alpha}$-HSD는 Sertoli 세포와 Leydig 세포에서 특이적으로 발현하였다. 따라서 이러한 연구결과는 분만 후 돼지 정소에서 $20{\alpha}$-HSD 단백질의 발현에 대한 연구로서는 처음으로 밝혔으며, 향후 돼지 정소에서의 $20{\alpha}$-HSD의 기능적인 역할에 대한 연구가 더욱 더 진행되어야 할 것으로 사료된다.

신규 미백제 : Selina-4(14), 7(11)-dien-8-one (New Whitening Agent : Selina-4(14), 7(11)-dien-8-one)

  • 김청택;장윤희;이상화;강상진;조완구
    • 대한화장품학회지
    • /
    • 제31권1호
    • /
    • pp.17-23
    • /
    • 2005
  • 본 연구자들은 백출의 메탄올 추출물로부터 분리, 정제한 selina-4(14), 7(11)-dien-8-one (Selina)이 B16 멜라노마 세포에 대하여 매우 강력한 미백효과가 있음을 밝혀내었다. 본 연구에서는 Selina의 non-tumorigenic melanocyte cell line인 Melan-a 세포에 대한 작용 메카니즘에 대한 보고를 하고자 한다. 덧붙여 Selina를 함유하고 있는 제품의 임상효과도 연구하였다. Selina는 $10 {\mu}g/mL$의 농도에서 세포독성을 보이지 않으면서 Melan-a 세포의 멜라닌 합성을 $50\%$ 저해하였다. 또한 $10 {\mu}g/mL$의 Selina의 처리에 의하여 타이로시네이즈의 활성이 $60\%$ 감소시키지만 타이로시네이즈에 대한 직접적인 저해활성은 없는 것으로 밝혀졌다. 이러한 Selina의 작용 기작을 밝히기 위하여 연구자들은 타이로시네이즈, TRP-1, TRP-2의 3가지 유전자의 mRNA 수준과 단백질의 발현량을 RT-PCR과 western blotting을 이용하여 연구하였다. 그 결과 $10 {\mu}g/mL$의 Selina 처리에 의하여 타이로시네이즈의 mRNA와 단백질 양은 현저히 감소하였지만 TRP-1과 TRP-2의 mRNA 및 단백질 양에는 변화가 없었다. 이러한 결과는 Selina가 그 미백효과를 주로 타이로시네이즈의 발현조절에 의하여 나타낸다는 것을 알 수 있다. $0.2\%$의 Selina를 함유하는 화장품 제형을 이용, 7주간 20명의 피시험자를 대상으로 한 임상시험에서도 어떠한 부작용도 없이 통계적으로 유의한(p<0.05) 수준의 미백효과를 볼 수 있었다. 이상의 결과를 종합해 볼 때 Selina는 깨끗하고 밝은 피부를 위한 유용하면서도 안전한 신규 미백 원료임을 알 수 있다.

Manganese and Iron Interaction: a Mechanism of Manganese-Induced Parkinsonism

  • Zheng, Wei
    • 한국환경성돌연변이발암원학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국환경성돌연변이발암원학회 2003년도 추계학술대회
    • /
    • pp.34-63
    • /
    • 2003
  • Occupational and environmental exposure to manganese continue to represent a realistic public health problem in both developed and developing countries. Increased utility of MMT as a replacement for lead in gasoline creates a new source of environmental exposure to manganese. It is, therefore, imperative that further attention be directed at molecular neurotoxicology of manganese. A Need for a more complete understanding of manganese functions both in health and disease, and for a better defined role of manganese in iron metabolism is well substantiated. The in-depth studies in this area should provide novel information on the potential public health risk associated with manganese exposure. It will also explore novel mechanism(s) of manganese-induced neurotoxicity from the angle of Mn-Fe interaction at both systemic and cellular levels. More importantly, the result of these studies will offer clues to the etiology of IPD and its associated abnormal iron and energy metabolism. To achieve these goals, however, a number of outstanding questions remain to be resolved. First, one must understand what species of manganese in the biological matrices plays critical role in the induction of neurotoxicity, Mn(II) or Mn(III)? In our own studies with aconitase, Cpx-I, and Cpx-II, manganese was added to the buffers as the divalent salt, i.e., $MnCl_2$. While it is quite reasonable to suggest that the effect on aconitase and/or Cpx-I activites was associated with the divalent species of manganese, the experimental design does not preclude the possibility that a manganese species of higher oxidation state, such as Mn(III), is required for the induction of these effects. The ionic radius of Mn(III) is 65 ppm, which is similar to the ionic size to Fe(III) (65 ppm at the high spin state) in aconitase (Nieboer and Fletcher, 1996; Sneed et al., 1953). Thus it is plausible that the higher oxidation state of manganese optimally fits into the geometric space of aconitase, serving as the active species in this enzymatic reaction. In the current literature, most of the studies on manganese toxicity have used Mn(II) as $MnCl_2$ rather than Mn(III). The obvious advantage of Mn(II) is its good water solubility, which allows effortless preparation in either in vivo or in vitro investigation, whereas almost all of the Mn(III) salt products on the comparison between two valent manganese species nearly infeasible. Thus a more intimate collaboration with physiochemists to develop a better way to study Mn(III) species in biological matrices is pressingly needed. Second, In spite of the special affinity of manganese for mitochondria and its similar chemical properties to iron, there is a sound reason to postulate that manganese may act as an iron surrogate in certain iron-requiring enzymes. It is, therefore, imperative to design the physiochemical studies to determine whether manganese can indeed exchange with iron in proteins, and to understand how manganese interacts with tertiary structure of proteins. The studies on binding properties (such as affinity constant, dissociation parameter, etc.) of manganese and iron to key enzymes associated with iron and energy regulation would add additional information to our knowledge of Mn-Fe neurotoxicity. Third, manganese exposure, either in vivo or in vitro, promotes cellular overload of iron. It is still unclear, however, how exactly manganese interacts with cellular iron regulatory processes and what is the mechanism underlying this cellular iron overload. As discussed above, the binding of IRP-I to TfR mRNA leads to the expression of TfR, thereby increasing cellular iron uptake. The sequence encoding TfR mRNA, in particular IRE fragments, has been well-documented in literature. It is therefore possible to use molecular technique to elaborate whether manganese cytotoxicity influences the mRNA expression of iron regulatory proteins and how manganese exposure alters the binding activity of IPRs to TfR mRNA. Finally, the current manganese investigation has largely focused on the issues ranging from disposition/toxicity study to the characterization of clinical symptoms. Much less has been done regarding the risk assessment of environmenta/occupational exposure. One of the unsolved, pressing puzzles is the lack of reliable biomarker(s) for manganese-induced neurologic lesions in long-term, low-level exposure situation. Lack of such a diagnostic means renders it impossible to assess the human health risk and long-term social impact associated with potentially elevated manganese in environment. The biochemical interaction between manganese and iron, particularly the ensuing subtle changes of certain relevant proteins, provides the opportunity to identify and develop such a specific biomarker for manganese-induced neuronal damage. By learning the molecular mechanism of cytotoxicity, one will be able to find a better way for prediction and treatment of manganese-initiated neurodegenerative diseases.

  • PDF

Dermatophytosis of the Four-toed Hedgehog Caused by Trichophyton erinacei

  • Yoon, Ji-Seon;Lee, Jong-Hyun;Yu, Do-Hyeon;Li, Ying-Hua;Lee, Mi-Jin;Iwasaki, T.;Park, Jin-Ho
    • 한국임상수의학회지
    • /
    • 제25권3호
    • /
    • pp.207-210
    • /
    • 2008
  • Trichophyton erinacei is a dermatophyte pathogen that infects both humans and hedgehogs. A two-month old female four-toed hedgehog presented to the Chonbuk Animal Medical Center with pruritus, excoriation and crust on her face for ten days. The owner of the hedgehog also exhibited the clinical signs of scaly erythema with fine vesicles on her neck. A presumptive diagnosis of dermatophytosis was made based on the results of an acetate tape preparation in which hyphae and chains of arthroconidia were observed. The crusts from the lesions were then cultured on Sabouraud Dextrose Agar for identification. After 10 days of incubation, downy colored colonies that had a central umbo with a white granular surface and a yellow pigment ring in the reverse were observed. Microscopic analysis revealed the presence of numerous teardrop shaped microconidia singly attached to the sides of the hyphae. In addition, 2-6 roomed macroconidia that were somewhat irregular in shape and size were present, and abundant intermediate sized spores were observed between the micro and macro conidia. To confirm that the culture was T. erinacei, the internal transcribed spacer region of the 5.8S phase of the ribosomal RNA gene (ITS1-5.8S-ITS2 rDNA) was amplified by PCR and then sequenced. A 679-base pair fragment of DNA was then compared with sequences in GenBank and found to be 99% homologous with sequences of T. erinacei (Z97997 and Z97996. The clinical signs were resolved after four weeks of treatment with oral and topical ketoconazole and chlorhexidine. To the best of our knowledge, this represents the first case of T. erinacei isolated from a four-toed hedgehog in Korea.

벼검은줄오갈병바이러스 외피단백질 유전자 단백질 발현과 항혈청 제작 (In Vitro Expression and Antibody Preparation of Rice black-streaked dwarf virus Coat Protein Gene)

  • 이봉춘;조상윤;배주영;김상민;신동범;김선림
    • 식물병연구
    • /
    • 제22권1호
    • /
    • pp.32-37
    • /
    • 2016
  • 본 연구에서는 RBSDV의 외피단백질 P10을 코드하는 S10을 E. coli에서 발현시켰다. RBSDV-miryang isolate (GenBank JX994211)로부터 추출한 게놈 dsRNA을 주형으로 S10의 특이적인 primer를 사용하여 P10의 N-말단영역(1-834 nt, 1-278 aa)을 RT-PCR에 의해 증폭하였다. 증폭된 RBSDV S10-N (1-834 nt)을 발현 벡터 pET32a(+)에 클로닝하여 E. coli BL21(DE3)에서 발현시킨 후 Ni-NTA affinity column으로 발현된 단백질을 정제하였다. 정제된 단백질을 면역 동물에 주사하여 항혈청을 제작하였다. 제작된 항혈청은 Western blot 및 ELISA 분석으로 RBSDV와의 특이성을 확인하였다. 본 연구에서 RBSDV 한국 isolate의 항혈청이 제작되었으며 금후 혈청학적 연구의 좋은 재료로 활용될 수 있을 것으로 기대한다.

고핵산 함유 Saccharomyces cerevisiae 균주를 이용한 정미성 효모 추출물의 제조 (Preparation of Flavor-enhancing Yeast Extract Using a Saccharomyces cerevisiae Strain with High RNA Content)

  • 김재식;김진욱;심원;김정완;박관화;백운화
    • 한국식품과학회지
    • /
    • 제31권2호
    • /
    • pp.475-481
    • /
    • 1999
  • 핵산 함량이 높은 변이주 Saccharomyces cerevisiae B24를 산업적으로 활용하기 위해 배양 후 자기소화 혹은 효소 분해법으로 효모 추출물을 제조하였다. 배양액의 균체 농도를 10% (w/w)로 하고 pH 5.0, $50^{\circ}C$에서 서서히 교반하면서 48시간 자기소화시켰을 때 세포 내용물이 효모 추출물로 이전되는 수율은 65% 정도였으나 리보핵산은 정미력이 없는 다른 성분으로 분해되어 정미성 핵산성분인 5'-IMP나 5'-GMP가 거의 검출되지 않았다. 반면 $90^{\circ}C$ 이상의 온도로 B24 배양액 1 L를 열처리하여 핵산 분해 효소를 불활성화시키고 세포벽을 변성시킨 다음 ${\beta}-1,3-glucanase$, phosphodiesterase, adenylic deaminase, protease 등을 순차적으로 작용시켜 정미성 5'-IMP와 5'-GMP가 총 3.2% 함유된 효모 추출물(고형분 함량 70%) 84 g을 얻을 수 있었고 이 때 추출물 수득율은 고형분 기준으로 85% 이었다. 반면 모균주인 S. cerevisiae ATCC 7754를 효소적으로 분해할 때 정미성 5'-IMP와 5'-GMP가 총 2.2% 함유된 효모 추출물(고형분 함량 70%)을 77 g밖에 얻지 못하였다.

  • PDF

쌀단백질 효소분해물을 이용한 효모추출물의 제조 (Preparation of Yeast Extract Using an Enzyme Hydrolysate of Rice Protein)

  • 이형진;정하열
    • 산업식품공학
    • /
    • 제15권3호
    • /
    • pp.243-249
    • /
    • 2011
  • 쌀단백질을 효소분해하여 제조한 배양액으로 천연조미소재로 사용할 효모추출물을 제조하기 위한 최적 공정조건을 조사하였다. 쌀단백질(5%, w/w)을 단백분해효소 인 $Delvolase^{(R)}$로 효소분해한 상등분획에 3%(w/w) 수준으로 포도당을 첨가한 배지 조건이 가장 적절하였으며 이 조건에서 2.3 g/L의 효모를 회수하였다. 회수한 효모에는 RNA가 188.1 mg/g수준으로 함유되어 있었으며 GMP 및 IMP는 각각 $650.33{\pm}48{\mu}g/g$, $69{\pm}21{\mu}g/g$ 함유되어 있었다. 이와 같은 효모추출물에 효모배양액의 제조 후 남은 쌀단백질 잔사의 효소분해물(Rrh)을 혼합하면 감칠맛이 상승하였는데 미각센서 분석기로 측정한 결과 효모추출물의 감칠맛이 4.88에서 Rrh의 첨가 후에는 9.25로 증가하였으며 관능검사에서도 감칠맛의 증가를 확인할 수 있었다. 이와 같이 효모추출물에 쌀단백질 잔사의 효소분해물이 추가되면 효소분해 과정 중 생성된 다양한 맛 성분으로 인해 감칠맛 이 상승되어 전체적인 기호도가 높아지므로 천연조미소재 로서의 활용이 가능함을 알 수 있었다.

칼슘과 마그네슘이 조절된 해양심층수가 신장세포에서 항산화에 미치는 영향 (Effects of calcium and magnesium-balanced deep sea water on antioxidation in kidney cells)

  • 조소민;남자인;박건희;김병구;정귀화;허병석;김지연
    • Journal of Applied Biological Chemistry
    • /
    • 제64권2호
    • /
    • pp.165-170
    • /
    • 2021
  • 본 연구에서는 미네랄이 함유된 해양심층수(DSW)가 신장 기능에 미치는 항산화 효과를 세포 모델을 사용하여 확인하였다. DSW 샘플은 최적의 칼슘/마그네슘 비율을 결정하기 위한 목적으로, 각기 다른 칼슘 및 마그네슘 비율을 가진 4가지 샘플-미량 미네랄(TM), 고 마그네슘(HM), 고 마그네슘 저염(HMLS) 및 고 마그네슘 고 칼슘(HMHC)-로 준비되었다. 신장 세포주 HEK293를 2시간 동안 NaCl로 처리하여 ROS를 유도한 후, 마그네슘과 칼슘 등의 미네랄이 서로 다른 비율로 용해된 물로 처리하여 ROS 농도와 항산화 효소 활성 및 단백질을 측정하였다. 물 샘플 중 HMLS는 ROS에 대한 세포에 가장 많은 보호효과를 나타냈다. 세포 내 글루타티온 함량은 HMLS 그룹과 HMHC 그룹에서 가장 높았다. 반면, TM과 HMHC는 항산화 유전자의 mRNA 발현에서 대조군과 유사한 경향을 보였다. 이러한 결과는 DSW가 과도한 나트륨 섭취로 인한 신장의 산화 스트레스를 예방하는 데 도움이 될 수 있음을 시사한다. 또한 ROS 농도와 항산화 마커 측정 결과를 종합하여 볼 때 HMLS와 HMHC가 신장 세포 모델에서 우수한 항산화 효과를 가진 DSW 샘플이라고 판단할 수 있다.