• 제목/요약/키워드: RNA degradation

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한천분해 Agarivorans sp. HY-1의 분리와 한천분해효소의 특성 (The Isolation of Agarolytic Agarivorans sp. HY-1 and the Characterization of Its Agarase)

  • 이동근;조하연;김안드레;이상현
    • 생명과학회지
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    • 제32권4호
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    • pp.285-289
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    • 2022
  • 본 연구에서는 인천시 영흥도에서 채취한 해수시료에서 분리한 한천분해세균의 생육특성과 균주가 생산하는 agarase 특성을 분석하였다. 분리된 균주의 16S rRNA 유전자 염기서열은 Agarivorans 속 세균과 95% 유사하여, 분리된 균주를 Agarivorans sp. HY-1으로 명명하였다. Agarivorans sp. HY-1을 Marine broth 2216 배지에서 27℃, 250 rpm 조건으로 배양하니 생장은 1일차에, 효소활성은 2일차에 최대를 보였다. 조효소액은 균주 배양액에서 세포외로 분비되는 agarase로 준비하였다. Agarivorans sp. HY-1균주의 세포외 agarase는 40℃와 pH 7.0 (20 mM Tris- HCl)에서 최대의 활성을 보였다. 한천분해효소는 20, 30, 40, 50, 60 및 70℃에서 각 64, 91, 100, 97, 89 및 60%의 상대활성을 나타냈으며, pH 5, 6, 7 및 8에서는 79, 95, 100 및 55%의 활성을 나타냈다. 이 agarase는 20, 30, 40℃에서 2시간 열처리를 하였을 때 86% 이상의 잔존활성을 보였으며 50℃에서는 2시간 후 44% 이상의 잔존활성을 보였다. TLC 분석 결과, Agarivorans sp. HY-1는 α-agarase를 생산하는 것이 확인되었다. α-Agarase의 분해산물은 항암 활성 및 항산화 효과를 지니고 있으므로, Agarivorans sp. HY-1 균주와 agarase는 유용하게 이용할 수 있을 것으로 기대된다.

PMA로 자극된 HT-1080 세포에서 염주괴불주머니 추출물의 MAPK 경로를 통한 MMP-2, MMP-9 발현 억제 효과 (Production of PMA-induced MMP-2 and MMP-9 in the HT-1080 Fibrosarcoma Cell Line is Inhibited by Corydalis heterocarpa via the MAPK-related Pathway)

  • 유가현;카라데니즈 파티;오정환;공창숙
    • 생명과학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.51-55
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    • 2022
  • Matrix metalloproteinases (MMPs)는 세포의 기저막 분해에 관여하는 효소로 과발현된 MMPs는 암세포 침윤과 전이에 직접적인 영향을 주는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 항산화, 항염증, 항균활성 있는 것으로 보고되어 있는 염주괴불주머니 추출물을 이용하여 PMA로 유도된 인간 섬유육종세포 HT-1080 세포에서 MMP-2, MMP-9의 발현 조절에 미치는 영향을 확인하였다. 그 결과 염주괴불주머니 추출물은 TIMP-1 및 TIMP-2를 증가시키면서 MMP-2 및 MMP-9의 mRNA 및 단백질 발현 수준을 모두 감소시키는 것으로 나타났다. 또한 p38, JNK, ERK의 인산화를 억제하였으며, 이를 통해 염주괴불주머니 추출물은 MAPKs 신호 전달 경로 조절에 영향을 줌으로써 MMPs 발현을 감소시키는 것을 확인할 수 있었다. 따라서 이러한 연구의 결과는 염주괴불주머니를 이용한 암 전이 억제 소재 개발을 위한 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

Comparative analysis of liver transcriptome reveals adaptive responses to hypoxia environmental condition in Tibetan chicken

  • Yongqing Cao;Tao Zeng;Wei Han;Xueying Ma;Tiantian Gu;Li Chen;Yong Tian;Wenwu Xu;Jianmei Yin;Guohui Li;Lizhi Lu;Shuangbao Gun
    • Animal Bioscience
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    • 제37권1호
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    • pp.28-38
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    • 2024
  • Objective: Tibetan chickens, which have unique adaptations to extreme high-altitude environments, exhibit phenotypic and physiological characteristics that are distinct from those of lowland chickens. However, the mechanisms underlying hypoxic adaptation in the liver of chickens remain unknown. Methods: RNA-sequencing (RNA-Seq) technology was used to assess the differentially expressed genes (DEGs) involved in hypoxia adaptation in highland chickens (native Tibetan chicken [HT]) and lowland chickens (Langshan chicken [LS], Beijing You chicken [BJ], Qingyuan Partridge chicken [QY], and Chahua chicken [CH]). Results: A total of 352 co-DEGs were specifically screened between HT and four native lowland chicken breeds. Gene ontology and Kyoto encyclopedia of genes and genomes enrichment analyses indicated that these co-DEGs were widely involved in lipid metabolism processes, such as the peroxisome proliferator-activated receptors (PPAR) signaling pathway, fatty acid degradation, fatty acid metabolism and fatty acid biosynthesis. To further determine the relationship from the 352 co-DEGs, protein-protein interaction network was carried out and identified eight genes (ACSL1, CPT1A, ACOX1, PPARC1A, SCD, ACSBG2, ACACA, and FASN) as the potential regulating genes that are responsible for the altitude difference between the HT and other four lowland chicken breeds. Conclusion: This study provides novel insights into the molecular mechanisms regulating hypoxia adaptation via lipid metabolism in Tibetan chickens and other highland animals.

으름덩굴 에탄올 추출물의 항노화 효과 (Anti-aging Effect of Akebia quinata Decaisne Ethanol Extract)

  • 김유진;권순현;송지현;이소미;김용민
    • 대한화장품학회지
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    • 제50권1호
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    • pp.67-75
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    • 2024
  • 피부는 자외선, 감염 등과 같은 외부 요인에 의해 피부 노화가 진행된다. 이러한 요인들에 의해 피부의 섬유아세포는 단백질 분해효소인 matrix metalloproteinases (MMPs)를 분비한다. MMPs는 세포외기질에 위치하는 콜라겐의 분해를 유도하여 노화에 직접적인 영향을 미친다. 으름덩굴(Akebia quinata Decaisne) 줄기는 항산화, 항염증 효과가 있는 것으로 보고되었다. 하지만 으름덩굴 줄기 에탄올 추출물(AQSEE)의 항노화 효과에 대해서는 알려지지 않았다. 따라서 인간 섬유아세포에서 TNF-α로 유도된 MMP-1 억제 효과를 연구하였다. MTT asaay를 통해 AQSEE의 세포 생존율을 확인한 결과 400 ㎍/mL까지 독성을 나타내지 않았다. RT-qPCR과 ELISA를 통해 MMP-1 mRNA와 단백질 분비를 억제하는지 확인한 결과 100, 200, 400 ㎍/mL 농도에서 유의하게 감소하였다. 또한, western blotting을 통해 MAPKs 신호전달경로와 전사인자의 인산화가 감소하는지 확인하였다. 그 결과 p38, c-Jun, p65의 인산화가 모든 농도에서 유의하게 감소하였다. AQSEE의 radical 소거능을 확인하기 위해 DPPH, ABTS assay를 진행한 결과 모든 농도에서 유의하게 감소하였다. 본 연구 결과를 통해 MMP-1 억제 효과와 radical 소거능을 확인하였으며, 이는 항노화 물질로 사용될 수 있음을 시사한다.

기계적 자극과 interleukin-$1{\beta}$가 치주인대 섬유아세포의 collagenase와 TIMP-1의 발현에 미치는 영향 (Effects of mechanical stress and interleukin-$1{\beta}$ on collagenase and TIMP-1 expression in human periodontal ligament fibroblasts)

  • 김명립;배창
    • 대한치과교정학회지
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    • 제28권1호
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    • pp.165-174
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    • 1998
  • 교정력이 치아에 가해지면 치주인대의 재생과 치조골의 개조가 일어난다. 치주인대 섬유아세포는 collagenase와 TIMP-1을 분비하여 치주조직의 교원질의 분해와 합성을 담당한다. 본 연구에서는 치주인대 섬유아세포예 기계적 자극과 interleukin-$1{\beta}$를 가해 collagenase와 TIMP-1의 발현을 RT-PCR과 면역조직화학 염색을 사용하여 알아보았다. 4명의 10대 남자 교정환자에게서 아무런 병소가 없는 제1소구치를 발치후 치주인대 섬유아세포를 배양하여 4-6세대의 세포를 사용하였다. 대조군, $Petriperm dish^{\circledR}$ 바닥의 표면적을 $5\%$ 증가시킨 기계적 자극을 가한 군, interleukin-$1{\beta}$를 1.0 ng/ml를 가한 군과 기계적 자극과 interleukin-$1{\beta}$를 같이 가한 군으로 나누어 4명의 환자에서 얻은 세포군을 각 군별로 2, 4, 8시간 후 RT-PCR을 시행하여 그 산물을 반정량하여 대조군에 대한 각 실험군의 상대적인 증감을 나타내었고, 24시간후 면역조직화학 염색을 시행하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 광학 현미경으로 세포의 형태를 관찰한 결과 대조군에서는 전형적인 별모양과 길쭉한 모양을 함께 보였으나 기계적 자극과 interleukin-$1{\beta}$를 각각 혹은 동시에 준 군들에서는 별모양의 세포가 사라지고 모양이 더욱 길어졌다. 2. collagenase는 대조군에 비해 기계적 자극과 interleukin-$1{\beta}$를 각각 혹은 동시에 준 군들에서 증가하였고, 실험 8시간 후에서는 interleukin-$1{\beta}$를 준 군, 기계적 자극과 interleukin-$1{\beta}$를 동시에 준 군에서 뚜렷한 증가를 보였다. 3. TIMP-1은 세포 자극 2, 4시간 후에는 대조군에 비해 기계적 자극과 interleukin-$1{\beta}$를 각각 혹은 동시에 준 군들에서 감소하였지만, 실험 8시간 후에서는 증가를 보였다. 4. 면역조직화학 염색을 통해 collagenase와 TIMP-1이 대조군에 비해 기계적 자극과 interleukin-$1{\beta}$를 각각 혹은 동시에 준 군들에서 더욱 강한 염색상을 나타내었다. 본 실험의 결과 섬유아세포는 외부 자극이 가해지면 collagenase와 TIMP-1의 발현 조절을 통해 치주인대 재생과 치조골의 개조에 영향을 미쳐 항상성을 유지하려고 함을 알 수 있었다.

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결핵균을 탐석한 말초혈액단핵구 배양상층액에 의해 유도되는 폐상피세포주에서의 NF-${\kappa}B$ 의존성 IL-8 분비기전 (NF-${\kappa}B$ Dependent IL-8 Secretion from Lung Epithelial Cells Induced by Peripheral Blood Monocytes Phagocytosing Mycobacterium Tuberculosis)

  • 박재석;지영구;최은경;김건열;이계영
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제51권4호
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    • pp.315-324
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    • 2001
  • 연구배경 : IL-8은 강력한 화학주성인자로서 결핵감염 부위로 염증세포들을 동원함으로서 결핵균에 대한 숙주의 방어기전에 있어서 중요한 역할을 한다. IL-8의 유전자의 발현에 있어서 NF-${\kappa}B$가 중요한 역할을 한다. 저자들은 결핵 감염시 폐상피세포가 NF-${\kappa}B$ 의존성으로 IL-8을 분비하는지 알아보고자 하였다. 방 법 : 말초혈액단핵구에 결핵균을 감염시키고 24시간 배양 후 배양상층액(CoMTB)을 얻었다. 결핵균, CoMTB로 자극한 A549 세포주의 IL-8 분비 정도를 ELISA 방법으로 측정하였다. CoMTB로 자극한 A549 세포주의 IL-8 mRNA 의 발현 정도를 RT-PCR로, $I{\kappa}B{\alpha}$의 분해를 western blot 분석으로, NF-${\kappa}B$의 핵이동과 DNA 결합은 electrophoretic mobility shift assay(EMSA)를 이용하여, 그리고 NF-${\kappa}B$ 의존성 IL-8 유전자의 전사활성은 luciferase reporter gene assay를 이용하여 측정하였다. 결 과 : A549 세포주를 CoMTB로 24시간 자극하여 얻은 배양액의 IL-8 농도는 $46.8{\pm}4.8\;ng/ml$로 분비하여 결핵균으로 직접 자극하였을 때의 $6.8{\pm}2.9\;ng/ml$보다 높았다. CoMTB로 A549 세포주를 자극하였을 때 IL-8 mRNA의 발현이 증가하였고, $I{\kappa}B{\alpha}$의 분해가 일어났으며, NF-${\kappa}B$의 핵이동과 DNA 결합이 일어났으며, NF-${\kappa}B$ 의존성 IL-8 유전자의 전사활성이 증가하였다. 결 론 : 결핵병변에서 폐상피세포는 결핵균을 탐식한 단핵식 세포와의 상호작용에 의해 NF-${\kappa}B$ 의존성으로 IL-8을 분비한다.

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RAW 264.7 세포에서 왕지네 추출물의 항염 활성 (Anti-inflammatory activities of Scolopendra subspinipes mutilans in RAW 264.7 cells)

  • 박재현;이선령
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제51권4호
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    • pp.323-329
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    • 2018
  • 만성 염증은 현대사회에서 다양한 질병을 유발하는 주요 원인으로 작용하기 때문에 항염증 활성을 가진 소재의 연구는 염증 관련 질병의 예방과 치료에 있어서 중요하다. 본 연구에서는 LPS에 의해 염증을 유도한 RAW 264.7 세포에서 제주왕지네 (Scolopendra subspinipes mutilans) 에탄올 추출물의 염증 조절 기전을 확인하여 항염증 소재로서의 가능성을 조사하였다. LPS에 의해 증가된 NO 생성과 iNOS 발현은 왕지네 추출물에 의해 감소되었고 pro-inflammatory cytokine으로 알려진 $IL-1{\beta}$, IL-6의 발현에서도 유사한 결과를 보였다. 왕지네 추출물은 LPS에 의해 유도된 $NF-{\kappa}B$의 핵으로의 전이와 $I{\kappa}B$의 분해를 동시에 억제하였고 $NF-{\kappa}B$ inhibitor의 처리는 NO 생성과 iNOS 발현을 더욱 억제하였다. 이상의 결과는 왕지네 추출물이 $NF-{\kappa}B$ 활성 조절을 통해 염증 반응의 지표로 사용되는 NO 생성 및 pro-inflammatory cytokine의 발현을 효과적으로 억제하여 항염 활성을 가진 소재로서의 가능성을 보여주는 것으로 염증에 의해 유발되는 다양한 질병을 효율적으로 제어하는 소재를 개발하는데 있어서 주요한 정보를 제공할 것으로 생각된다.

CCNG2 Suppressor Biological Effects on Thyroid Cancer Cell through Promotion of CDK2 Degradation

  • Li, Wei-Juan;Liu, Ge-Ling;Yu, Fang;Xiang, Xiu-Xiu;Lu, Yi-Fang;Xiao, Hong-Zhen;Shi, Yan-Ping
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권10호
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    • pp.6165-6171
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    • 2013
  • This study aimed to analyze the expression and clinical significance of cyclin G2 (CCNG2) in thyroid carcinoma and the biological effects of CCNG2 overexpression in a cell line. Immunohistochemistry and Western blotting were used to analyze CCNG2 protein expression in 63 cases of thyroid cancer and normal tissues to allow the relationship with clinical factors to be assessed. CCNG2 lentiviral and empty vectors were transfected into the thyroid cancer K1 cell line. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and Western blotting were applied to detect the mRNA and protein levels of CCNG2. MTT assay and cell cycle were also conducted to assess the influence of up-regulated expression of CCNG2 on K1 cell biology. The level of CCNG2 protein expression was found to be significantly lower in thyroid cancer tissue than normal tissues (P<0.05). Western blot: The relative amount of CCNG2 protein in thyroid cancer tissue was respectively found to be significantly lower than in normal tissues (P<0.05), correlating with lymph node metastasis, clinic stage and histological grade (P<0.05), but not gender, age or tumor size (P>0.05). Loss of CCNG2 expression correlated significantly with poor overall survival time on Kaplan-Meier analysis (P<0.05). The results for biological functions showed that K1 cell transfected CCNG2 had a lower survival fraction, a greater percentage in the G0/G1 phases, and lower cyclin-dependent kinase 2 (CDK2) protein expression compared with K1 cells non-transfected with CCNG2 (P<0.05). CCNG2 expression decreased in thyroid cancer and correlated significantly lymph node metastasis, clinic stage, histological grade and poor overall survival, suggesting that CCNG2 may play important roles as a negative regulator in thyroid cancer K1 cells by promoting degradation of CDK2.

Isolation and characterization of a novel gossypol-degrading bacteria Bacillus subtilis strain Rumen Bacillus Subtilis

  • Zhang, Yunhua;Zhang, Zhengyou;Dai, Li;Liu, Ying;Cheng, Maoji;Chen, Lijuan
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제31권1호
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    • pp.63-70
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    • 2018
  • Objective: The aim of the study was to isolate gossypol-degrading bacteria and to assess its potential for gossypol degradation. Methods: Rumen liquid was collected from fistulated cows grazing the experimental pasture. Approximately 1 mL of the rumen liquid was spread onto basal medium plates containing 2 g/L gossypol as the only source of carbon and was then cultured at $39^{\circ}C$ to isolate gossypol-degrading bacteria. The isolated colonies were cultured for 6 h and then their size and shape observed by microscope and scanning electron microscope. The 16S rRNA gene of isolated colonies was sequenced and aligned using National Center for Biotechnology Information-Basic Local Alignment Search Tool. The various fermentation conditions, initial pH, incubation temperature, inoculum level and fermentationperiod were analyzed in cottonseed meal (CSM). The crude protein (CP), total gossypol (TG), and free gossypol (FG) were determined in CSM after fermentation with isolated strain at $39^{\circ}C$ for 72 h. Results: Screening results showed that a single bacterial isolate, named Rumen Bacillus Subtilis (RBS), could use gossypol as a carbon source. The bacterium was identified by 16S rDNA sequencing as being 98% homologous to the sequence of Bacillus subtilis strain GH38. The optimum fermentation conditions were found to be 72 h, $39^{\circ}C$, pH 6.5, moisture 50%, inoculum level $10^7cell/g$. In the optimum fermentation conditions, the FG and TG content in fermented CSM decreased 78.86% and 49% relative to the control. The content of CP and the essential amino acids of the fermented CSM increased respectively, compared with the control. Conclusion: The isolation of a gossypol-degrading bacterium from the cow rumen is of great importance for gossypol biodegradation and may be a valuable potential source for gossypol-degradation of CSM.

Overexpressed Derlin-1 Inhibits ER Expansion in the Endothelial Cells Derived from Human Hepatic Cavernous Hemangioma

  • Hu, Dong;Ran, Yu-Liang;Zhong, Xing;Hu, Hai;Yu, Long;Lou, Jin-Ning;Sun, Li-Xing;Yang, Zhi-Hua
    • BMB Reports
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    • 제39권6호
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    • pp.677-685
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    • 2006
  • Proteins that are unfolded or misfolded in the endoplasmic reticulum (ER) must be targeted for refolding or degradation to maintain the homeostasis of the ER. Derlin-1 was reportedly implicated in the retro-translocation of misfolded proteins from the ER to the cytosol for degradation. In this report, we showed that Derlin-1 was down-regulated in the endothelial cells derived from human hepatic cavernous hemangioma (CHEC) compared with other tested cells. Electron microscopy analysis showed that ER was aberrantly enlarged in CHEC cells, but not in other tested cells. When overexpressed, Derlin-1 induced the dilated ER to return normal size. This ER dynamic was associated with the activation of unfolded protein response (UPR). In CHEC cells where Derlin-1 was down-regulated, increased expression of the immunoglobulin heavy chain-binding protein (Bip) and UPR-specific splicing of X-box DNA-binding protein 1 (XBP1) mRNA were detected, as compared with that in other tested cells, indicating that UPR was activated. After Derlin-1 overexpression, the extent of UPR activation diminished, as evidenced by decreased expression of Bip, reduced amount of the spliced form of XBP1 ($XBP1_S$), and elevated expression of the unspliced form of XBP1 ($XBP1_U$). Taken together, these findings provide another example of a single protein being able to affect ER dynamic in mammalian cells, and an insight into the possible molecular mechanism(s).