Ziganshina, Elvira E.;Belostotskiy, Dmitry E.;Shushlyaev, Roman V.;Miluykov, Vasili A.;Vankov, Petr Y.;Ziganshin, Ayrat M.
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.24
no.11
/
pp.1464-1472
/
2014
The microbial community structures of two continuous stirred tank reactors digesting turkey manure with pine wood shavings as well as chicken and swine manure were investigated. The reactor fed with chicken/swine wastes displayed the highest organic acids concentration (up to 15.2 g/l) and ammonia concentration (up to 3.7 g/l ammonium nitrogen) and generated a higher biogas yield (up to $366ml/g_{VS}$) compared with the reactor supplied with turkey wastes (1.5-1.8 g/l of organic acids and 1.6-1.7 g/l of ammonium levels; biogas yield was up to $195ml/g_{VS}$). The microbial community diversity was assessed using both sequencing and profiling terminal restriction fragment length polymorphisms of 16S rRNA genes. Additionally, methanogens were analyzed using methyl coenzyme M reductase alpha subunit (mcrA) genes. The bacterial community was dominated by members of unclassified Clostridiales with the prevalence of specific clostridial phylotypes in each reactor, indicating the effect of the substrate type on the community structure. Of the methanogenic archaea, methanogens of the genus Methanosarcina were found in high proportions in both reactors with specific methanosarcinas in each reactor, whereas the strict hydrogenotrophic methanogens of Methanoculleus sp. were found at significant levels only in the reactor fed with chicken/swine manure (based on the analyses of 16S rRNA gene). This suggests that among methanogenic archaea, Methanosarcina species which have different metabolic capabilities, including aceticlastic and hydrogenotrophic methanogenesis, were mainly involved in anaerobic digestion of turkey wastes.
Objective: To explore the molecular mechanisms of fatty liver hemorrhagic syndrome (FLHS) in laying hens, an experiment was conducted to reveal the differences in histopathological observation and gene expression between FLHS group and normal group. Methods: We compared the histopathological difference using hematoxylin and eosin staining and proceeded with RNA sequencing of adipose tissue to search differentially expressed genes and enriched biological processes and pathways. Then we validated the mRNA expression levels by real-time polymerase chain reaction and quantified protein levels in the circulation by enzyme-linked immunosorbent assay. Results: We identified 100 differentially expressed transcripts corresponding to 66 genes (DEGs) were identified between FLHS-affected group and normal group. Seven DEGs were significantly enriched in the immune response process and lipid metabolic process, including phospholipase A2 group V, WAP kunitz and netrin domain containing 2, delta 4-desaturase sphingolipid 2, perilipin 3, interleukin-6 (IL-6), ciliary neurotrophic factor (CNTF), and suppressor of cytokine signaling 3 (SOCS3). And these genes could be the targets of immune response and be involved in metabolic homeostasis during the process of FLHS in laying hens. Based on functional categories of the DEGs, we further proposed a model to explain the etiology and pathogenesis of FLHS. IL-6 and SOCS3 mediate inflammatory responses and the satiety hormone of leptin, induce dysfunction of Jak-STAT signaling pathway, leading to insulin resistance and lipid metabolic disorders. Conversely, CNTF may reduce tissue destruction during inflammatory attacks and confer protection from inflammation-induced insulin resistance in FLHS chickens. Conclusion: These findings highlight the therapeutic implications of targeting the JAK-STAT pathway. Inhibition of IL6 and SOCS3 and facilitation of CNTF could serve as a favorable strategy to enhance insulin action and improve glucose homoeostasis, which are of importance for treating obesity-related disorders for chickens.
Gossypol, a natural phenolic aldehyde present in cotton plants, was originally used as a means of contraception, but is currently being studied for its anti-proliferative and anti-metastatic effects on various cancers. However, the intracellular mechanism of action regarding the effects of gossypol on pancreatic cancer cells remains unclear. Here, we investigated the anti-cancer effects of gossypol on human pancreatic cancer cells (BxPC-3 and MIA PaCa-2). Cell counting kit-8 assays, annexin V/propidium iodide staining assays, and transmission electron microscopy showed that gossypol induced apoptotic cell death and apoptotic body formation in both cell lines. RNA sequencing analysis also showed that gossypol increased the mRNA levels of CCAAT/enhancer-binding protein homologous protein (CHOP) and activating transcription factor 3 (ATF3) in pancreatic cancer cell lines. In addition, gossypol facilitated the cleavage of caspase-3 via protein kinase RNA-like ER kinase (PERK), CHOP, and Bax/Bcl-2 upregulation in both cells, whereas the upregulation of ATF was limited to BxPC-3 cells. Finally, a three-dimensional culture experiment confirmed the successful suppression of cancer cell spheroids via gossypol treatment. Taken together, our data suggest that gossypol may trigger apoptosis in pancreatic cancer cells via the PERK-CHOP signaling pathway. These findings propose a promising therapeutic approach to pancreatic cancer treatment using gossypol.
Lee, Jin Sook;Kim, Man Jin;Kim, Soo Yeon;Lim, Byung Chan;Kim, Ki Joong;Choi, Murim;Seong, Moon-Woo;Chae, Jong-Hee
Journal of Genetic Medicine
/
v.16
no.2
/
pp.55-61
/
2019
Purpose: Genetic defects in the nuclear-encoded mitochondrial aminoacyl-tRNA synthetases were first identified as causes of various disorders in 2007. Variants in IARS2, which encodes a mitochondrial isoleucyl-tRNA synthetase, were first reported in 2014. These variants are associated with diverse phenotypes ranging from CAGSSS (CAtaracts, Growth hormone deficiency, Sensory neuropathy, Sensorineural hearing loss, and Skeletal dysplasia) and Leigh syndrome to isolated nonsyndromic cataracts. Here, we describe the phenotypic and genetic spectrum of Korean patients with IARS2-related disorders. Materials and Methods: Using whole-exome sequencing followed by Sanger sequencing, we identified five patients with IARS2 mutations. Their medical records and brain magnetic resonance images were reviewed retrospectively. Results: All five patients presented with developmental delay or regression before 18 months of age. Three patients had bilateral cataracts, but none had hearing loss or sensory neuropathy. No evidence of skeletal dysplasia was noted, but two had short stature. One patient had cardiomyopathy and another exhibited renal tubulopathy and hypoparathyroidism. Their brain imaging findings were consistent with Leigh syndrome. Interestingly, we found the recurrent mutations p.R817H and p.V105Dfs*7 in IARS2. Conclusion: To our knowledge, this is the first report of Korean patients with IARS2-related disorders. Our findings broaden the phenotypic and genotypic spectrum of IARS2-related disorders in Korea and will help to increase clinical awareness of IARS2-related neurodegenerative diseases.
Alagozlu, Hakan;Ozdemir, Ozturk;Koksal, Binnur;Yilmaz, Abdulkerim;Coskun, Mahmut
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
/
v.14
no.9
/
pp.5489-5494
/
2013
In the current study we aimed to show the common YMDD motif mutations in viral polymerase gene in chronic hepatitis B patients during lamivudine and adefovir therapy. Forty-one serum samples obtained from chronic hepatitis B patients (24 male, 17 female; age range: 34-68 years) were included in the study. HBV-DNA was extracted from the peripheral blood of the patients using an extraction kit (Invisorb, Instant Spin DNA/RNA Virus Mini Kit, Germany). A line probe assay and direct sequencing analyses (INNO-LIPA HBV DR v2; INNOGENETICS N.V, Ghent, Belgium) were applied to determine target mutations of the viral polymerase gene in positive HBV-DNA samples. A total of 41 mutations located in 21 different codons were detected in the current results. In 17 (41.5%) patients various point mutations were detected leading to lamivudin, adefovir and/or combined drug resistance. Wild polymerase gene profiles were detected in 24 (58.5%) HBV positive patients of the current cohort. Eight of the 17 samples (19.5%) having rtM204V/I/A missense transition and/or transversion point mutations and resistance to lamivudin. Six of the the mutated samples (14.6%) having rtL180M missense transversion mutation and resistance to combined adefovir and lamivudin. Three of the mutated samples (7.5%) having rtG215H by the double base substituation and resistance to adefovir. Three of the mutated samples (7.5%) having codon rtL181W due to the missense transversion point mutations and showed resistance to combined adefovir and lamivudin. Unreported novel point mutations were detected in the different codons of polymerase gene region in the current HBV positive cohort fromTurkish population. The current results provide evidence that rtL180M and rtM204V/I/A mutations of HBV-DNA may be associated with a poor antiviral response and HBV chronicity during conventional therapy in Turkish patients.
Il Sheob Shin;Jaean Chun;Sehee Kim;Kanghee Cho;Kyungho Won;Haewon Jung;Keumsun Kim
Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
/
2022.09a
/
pp.36-36
/
2022
The molecular understanding of resistance and susceptibility of host plants to scab, a most threatful disease to pome fruit production worldwide, is very limited. Comparing resistant line '93-3-98' to susceptible one 'Sweet Skin' at seven time points of 0, 0.5, 1, 2, 3, 4, 8 days post inoculation, RNA-sequencing data derived from infected and mock-inoculated young leaves were analyzed to evaluate the tolerant response and to mine candidate genes of pear to the scab pathogen Venturia nashicola. Analysis of the mapped reads showed that the infection of V. nashicola led to significant differential expression of 17,827 transcripts with more than 3-fold change in the seven pairs of libraries, of which 9,672 (54%) are up- and 8,155(46%) are down-regulated. These included mainly receptor (NB-ARC domains-containing, CC-NBS-LRR, TIR-NBS-LRR, seven transmembrane MLO family protein) and transcription factor (ethylene responsive element binding, WRKY DNA-binding protein) related gene. An arsenal of defense response of highly resistant pear accessions derived from European pear was probably supposed no sooner had V. nashicola infected its host than host genes related to disease suppression like Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport protein, WRKY family transcription factor, lectin protein kinase, cystein-rich RLK, calcium-dependent phospholipid-binding copine protein were greatly boosted and eradicated cascade reaction induced by pathogen within 24 hours. To identify transcripts specifically expressed in response to V. nashicola, RT-PCRs were conducted and compare to the expression patterns of seven cultivars with a range of highly resistant to highly susceptible symptom. A DEG belonging to the PR protein family genes that were higher expressed in response to V. nashicola suggesting extraordinary role in the resistance response were led to the identification. This study provides the first transcriptional profile by RNA-seq of the host plant during scab disease and insights into the response of tolerant pear plants to V. nashicola.
Ha, Gwangsu;Kim, JinWon;Shin, Su-Jin;Jeong, Su-Ji;Yang, Hee-Jong;Jeong, Do-Youn
Journal of Life Science
/
v.31
no.10
/
pp.922-928
/
2021
To profile the microbial compositions of Korean traditional fermented paste made from whole soybeans, Doenjang and Cheonggukjang, and compare their taxonomic differences, we analyzed the V3-V4 region of 16S rRNA of naturally fermented foods by using next generation sequencing. α-Diversity results showed that values indicating bacterial community abundances (OTUs) and richness (ACE, Chao1) were statistically significant (p=0.0001) in Doenjang and Cheonggukjang. Firmicutes was the most common phylum in both groups, representing 97.02% and 99.67% in the Doenjang and Cheonggukjang groups, respectively. Bacillus was the most dominant genus, accounting for 71.70% and 59.87% in both groups. Linear discriminant (LDA) effect size (LEfSe) analysis was performed to reveal the significant ranking of abundant taxa in different fermented foods. A size-effect threshold of 2.0 on the logarithmic LDA score was used for discriminative functional biomarkers. On the species level, Bacillus subtilis, Tetragenococcus halophilus, and Clostridium arbusti were significantly more abundant in Doenjang than in Cheonggukjang, whereas Bacillus thermoamylovorans, Enterococcus faecium, and Lactobacillus sakei were significantly more abundant in Cheonggukjang than in Doenjang. Permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA) showed that the statistical difference in microbial clusters between the two groups was significant at the confidence level of p=0.001. This research could be used as basic research to identify the correlation between the biochemical characteristics of Korean fermented foods and the distribution of microbial communities.
Agar-hydrolyzing bacteria were isolated from the coastal sea water of Jeju Island. One isolate, designated as S4, was selected for further study. The S4 cells were Gram-negative and rod-shaped with smooth beige surfaces and single polar flagellum. Cells were grown at $15-42^{\circ}C$, 0.5-5% (w/v) NaCl, between pH 6.0 and 9.0, and in media containing 0.5-5% (w/v) NaCl. The G+C content was 49.93 mol%. The major fatty acids (>15%) were $C_{18:1}{\omega}7c$, $C_{16:0}$ and Summed feature 3 (comprising $C_{16:1}{\omega}7c/iso-C_{15:0}$ 2-OH). Based on 16S rRNA sequencing and biochemical and chemotaxonomic characteristics, the strain was designated as Vibrio sp. S4. In liquid culture supplemented with 0.1% agar the cell density and agarase activity reached a maximum level in 72 h, while agarase activity in the culture without agar was negligible, implying agarose expression is induced by agar. The optimum pH and temperature for the extracellular crude agarase of S4 were 7.0 and $45^{\circ}C$, respectively. However, it also exhibited 98.6% and 87.6% at $40^{\circ}C$ and $50^{\circ}C$, respectively, of the maximum activity seen at $45^{\circ}C$. The crude agarase hydrolyzed agarose into (neo)agarotetraose and (neo)agarohexaose.
For several days, there was a series of mortalities of chub mackerel (Scomber japonicus) that were reared for public exhibition in a private aquarium in Seoul, Korea. As part of the diagnosis of the dead fish, a bacterial isolate from the kidney was cultured, identified, and confirmed to be Vibrio (V.) harveyi using Vitek System 2 and 16S rRNA gene sequencing. Phylogenetic analysis was also performed by the neighbor-joining method. As a result, the V. harveyi isolated from chub mackerels of a private aquarium in Korea, called as SNUVh-LW1, was clustered in the same group with V. harveyi ATCC33843.
Fermented skate is a traditional Korean food popular in Southwestern area of Korea. It has a characteristic flavor and alkaline pH. In this study we tried to determine the microbial flora in fermented skate using two different approaches. In culture-independent method, we amplified V2 region of 16S rRNA gene by PCR and cloned them into pUC18 plasmid to construct 16S rDNA fragment library. BLAST searches for the sequences obtained from this library revealed that uncultured bacterium clone 054E11.b was the most dominant flora in this fermented fish. In culture-dependent method, we diluted suspension of skate and spreaded on MRS, PCA, and MacConkey plates. We identified colonies grown on those plates by using PCR amplification of V2 region of 16S rRNA and DNA sequencing. BLAST searches of those DNA sequences resulted in totally different species with the observations from the 16S rDNA library analysis. Discrepancies of results obtained from both approaches suggest that the agar plates used in culture-dependent method may be different from the real condition of fermented skate. Therefore, results from culture-independent approach using 16S rDNA fragment library analysis may reflect real microbial flora in fermented skate.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.