• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권5호
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• pp.696-703
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• 2015

A gamma-aminobutyric acid (GABA)-producing microorganism was isolated from jeot-gal (anchovy), a Korean fermented seafood. The isolate, A156, produced GABA profusely when incubated in MRS broth with monosodium glutamate (3% (w/v)) at 37℃ for 48 h. A156 was identified as Lactobacillus sakei by 16S rRNA gene sequencing. The GABA conversion yield was 86% as determined by GABase enzyme assay. The gadB gene encoding glutamate decarboxylase (GAD) was cloned by PCR. gadC encoding a glutamate/GABA antiporter was located immediately upstream of gadB. The operon structure of gadCB was confirmed by RT-PCR. gadB was overexpressed in Escherichia coli BL21(DE3) and recombinant GAD was purified. The purified GAD was 54.4 kDa in size by SDS-PAGE. Maximum GAD activity was observed at pH 5.0 and 55℃ and the activity was dependent on pyridoxal 5'-phosphate. The K_m and V_max of GAD were 0.045 mM and 0.011 mM/min, respectively, when glutamate was used as the substrate.

• 미생물학회지
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• 제39권1호
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• pp.45-50
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• 2003

분자 생물학적 방법 인 DGGE를 이용하여 저온에서 김치가 발효되는 동안 관여하는 미생물의 다양성과 변화양상을 분석하였다. 김치를 저온 ($4^{\circ}C$)에서 발효시키는 60 일 동안 5 일 마다 시료를 채취하였으며, 채취한 김치 시료에서 genomic DNA를 추출하여 실험을 수행하였다. 김치 시료 genomic DNA로부터 16S rDNA의 V3영역을 증폭하여 DGGE를 수행한 결과에서 관찰된 amplicon들의 염기서열을 분석한 결과 저온에서 김치가 발효되는 동안 젖산균들이 주요 미생물 군집으로 나타났으며, 그 중에서도 Weissella koreensis가 발효 전 과정 동안, Lactobacillus sakei의 경우는 발효 10 일째부터, 그리고 Leuconostoc gelidurn은 발효30 일째부터 amplicon들의 농도가 진하게 나타나 이들이 저온에서 김치 발효 과정 동안의 우점종 균주들 임을 알 수 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제49권1호
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• pp.9-17
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• 2021

A γ-aminobutyric acid (GABA)-producing microorganism was isolated from galchi (hairtail fish, Trichiurus lepturus) jeotgal, a Korean salted and fermented seafood. The G144 isolate produced GABA excessively when incubated in MRS broth containing monosodium glutamate (MSG, 3%, w/v). G144 was identified as Lactobacillus brevis through 16S rRNA and recA gene sequencing. gadB and gadC encoding glutamate decarboxylase (GAD) and glutamate/GABA antiporter, respectively, were cloned and gadB was located downstream of gadC. The operon structure of gadCB was confirmed by reverse transcription (RT)-polymerase chain reaction. gadB was overexpressed in Escherichia coli and recombinant GAD was purified and its size was 54.4 kDa as evidenced by SDS-PAGE results. Maximum GAD activity was observed at pH 5.0 and 40℃ and the activity was dependent on pyridoxal 5'-phophate. The K_m and V_max of GAD were 8.6 mM and 0.01 mM/min, respectively.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권12호
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• pp.1515-1526
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• 2022

Eukaryotic chromatin is highly organized in the 3D nuclear space and dynamically regulated in response to environmental stimuli. This genomic organization is arranged in a hierarchical fashion to support various cellular functions, including transcriptional regulation of gene expression. Like other host cellular mechanisms, viral pathogens utilize and modulate host chromatin architecture and its regulatory machinery to control features of their life cycle, such as lytic versus latent status. Combined with previous research focusing on individual loci, recent global genomic studies employing conformational assays coupled with high-throughput sequencing technology have informed models for host and, in some cases, viral 3D chromosomal structure re-organization during infection and the contribution of these alterations to virus-mediated diseases. Here, we review recent discoveries and progress in host and viral chromatin structural dynamics during infection, focusing on a subset of DNA (human herpesviruses and HPV) as well as RNA (HIV, influenza virus and SARS-CoV-2) viruses. An understanding of how host and viral genomic structure affect gene expression in both contexts and ultimately viral pathogenesis can facilitate the development of novel therapeutic strategies.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제66권2호
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• pp.425-437
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• 2024

Exercise plays an important role in regulating energy homeostasis, which affects the diversity of the intestinal microbial community in humans and animals. To the best of the authors' knowledge, few studies have reported the associations between horse gut microbiota along with their predicted metabolic activities and the athletic ability of Jeju horses and Thoroughbreds living in Korea. This study was conducted to investigate the association between the gut microbiota and athletic performance in horses. This study sequenced the V3 and V4 hypervariable regions of the partial 16S rRNA genes obtained from racehorse fecal samples and compared the fecal microbiota between high- and low-performance Jeju horses and Thoroughbreds. Forty-nine fecal samples were divided into four groups: high-performance Jeju horses (HJ, n = 13), low-performance Jeju horses (LJ, n = 17), high-performance Thoroughbreds (HT, n = 9), and low-performance Thoroughbreds (LT, n = 10). The high-performance horse groups had a higher diversity of the bacterial community than the low-performance horse groups. Two common functional metabolic activities of the hindgut microbiota (i.e., tryptophan and succinate syntheses) were observed between the low-performance horse groups, indicating dysbiosis of gut microbiota and fatigue from exercise. On the other hand, high-performance horse groups showed enriched production of polyamines, butyrate, and vitamin K. The racing performance may be associated with the composition of the intestinal microbiota of Jeju horses and Thoroughbreds in Korea.

• 한국식품과학회지
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• 제40권6호
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• pp.649-655
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• 2008

한방발효음료를 제조하기 위하여 한방감주의 젖산발효를 유도하였다. 이를 위해 각종 시료로부터 다양한 젖산균을 순수 분리하여 발효적성을 검토한 결과 최적균주로서 LAB19 균주를 선별하였다. LAB19 균주는 곶감으로부터 분리하였으며 생리 화학적 특성 및 16S rRNA 염기서열 분석을 통하여 Leuconostoc mesenteroides로 동정되었다. 한방감주에 종배양한 LAB19 균주를 2.5%(v/v) 접종하고 $25^{\circ}C$에서 60시간 발효시켰을 때, 한방감주는 141.3 g/L의 환원당과 5.33 g/L의 유기산, 그리고 1.19 g/L의 가용성 페놀을 함유하고 있었다. 당과 유기산 구성을 살펴보면 당의 약 90%는 맥아당이었으며, 유기산의 58%는 젖산이었다. 수용성 phenolics 성분 등에 기인하는 라디칼 소거 활성은 L-ascorbic acid의 92.4% 보다 낮은 76.6-75.7% 범위를 유지하고 있었다.

• 미생물학회지
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• 제50권4호
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• pp.308-312
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• 2014

연구에서는 차세대염기서열분석법(Next Generation Sequencing)을 이용하여 상업적으로 농가에 가장 많이 보급되어 있는 요크셔와 랜드레이스를 포함한 두 종의 장내미생물생태 분석을 실시하였다. 박테리아의 16S rRNA 유전자는 분변샘플로부터 추출한 DNA에서 V4 지역을 증폭할 수 있도록 디자인된 유니버설 프라이머 세트를 이용하여 증폭되었다. 두 종에 대한 장내미생물생태 비교분석은 성장단계에 따라 차이를 보이는 반면, 종에 따른 차이는 거의 없다는 것을 확인하였다. 하지만, 두 종간의 장내미생물생태 내에서 특정 미생물의 수가 차이가 있다는 것을 확인하였다. 요크셔는 특히 섬유질 소화를 통해 에너지 생산률을 높여준다고 보고된 바가 있는 Xylanibacter 속(Genus)의 미생물을 많이 포함하는 것으로 나타났다. 또한, 랜드레이스는 숙주 내에서 면역에 중요한 역할을 하는 것으로 알려진 Clostridium_IV 종을 상당히 많이 포함하는 것으로 나타났으며, 반면 요크셔는 기회감염미생물들을 많이 포함하는 것으로 나타났다. 본 연구는 요크셔와 랜드레이스를 포함한 두 종간의 장내미 생물생태 비교분석을 통해 그 차이점이 종에 의한 차이보다는 성장단계에 따라 큰 차이가 있다는 것을 확인하였다. 하지만 두 종 사이에서 성장에 영향을 미칠 가능성이 있는 몇 장내미생물의 수가 차이가 있다는 것을 확인하였다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제51권2호
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• pp.260-264
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• 2019

84세 여성이 항문까지 욕창이 번져 응급실에 내원하였다. 그녀는 근처의 요양기관에서 전원되었고, 입원시 소변 도뇨관을 달고 있었으며 열은 없었다. 그람염색에서 많은 수의 포도상구균과 >25의 호중구 (${\times}1000$배 렌즈)가 관찰되었다. 24시간 배양한 혈액한천배지에서 용혈이 없는 점액성의 집락이 관찰되었으며 배양 48시간에는 점액성이 더욱 확대되었다. India ink로 염색하여 협막의 모습을 관찰하였으며, 카타라제 양성, 라텍스법 혈액응고효소 음성, 시험관법 혈액응고효소 음성소견을 보였다. Vitek-2와 질량분석기인 Vitek MS V-3 IVD에서 S. aureus로 나타났으며, 16S rRNA 유전자 염기서열 분석 및 Multilocus sequencing typing (MLST)에서 S. aureus로 표준균주인 ATCC 29213과 99.9% 일치를 보였다. 본 증례는 용혈성이 없고, 점액성이 강하며, 라텍스법 혈액응고효소 음성, 시험관법 혈액응고효소 음성소견을 보이는 MRSA를 동정하여 이를 보고한다.

• 환경생물
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• 제32권4호
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• pp.382-388
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• 2014

최근 뱀장어 양식장에서 사육 중이던 동남아산 뱀장어에 몸통 근육의 요철현상을 나타내면서 폐사를 일으키는 질병이 발생하였다. 병어의 몸통 근육 내 환부는 흰색 또는 황색으로 변해있었다. 병리조직학적인 변화는 근조직내에 수많은 포자와 크고 작은 시스트들이 변형된 근육근섬유 내에 관찰되었다. 병어의 근육 환부를 취하여 PCR을 실시하여 H. anguillarum이 가지는 특정 유전자인 Small subunit ribosomal RNA (SSU-rRNA)를 증폭하였다. 좀 더 정확한 동정을 위해 PCR product를 Cloning 후 Sequencing하여 서열들을 분석한 결과 H. anguillarum의 Small subunit ribosomal RNA (Gene bank accession number: AB623036) 서열과 일치하게 나타남을 확인할 수 있었다. primer 18F과 1537R의 PCR product는 약 1366 bp 길이가 일치하였으며, V1과 1392R를 이용한 PCR product는 1200 bp가 일치하게 나타났다. 또한 H1과 H2의 PCR product의 경우는 800 bp 정도 일치하였으며 이의 서열은 나머지 2개의 product가 공통적으로 가지고 있는 서열이었다. 이를 토대로 본 연구에서는 동남아산 뱀장어에 감염된 포자충은 H. anguillarum임을 동정할 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제24권11호
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• pp.1464-1472
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• 2014

The microbial community structures of two continuous stirred tank reactors digesting turkey manure with pine wood shavings as well as chicken and swine manure were investigated. The reactor fed with chicken/swine wastes displayed the highest organic acids concentration (up to 15.2 g/l) and ammonia concentration (up to 3.7 g/l ammonium nitrogen) and generated a higher biogas yield (up to $366ml/g_{VS}$) compared with the reactor supplied with turkey wastes (1.5-1.8 g/l of organic acids and 1.6-1.7 g/l of ammonium levels; biogas yield was up to $195ml/g_{VS}$). The microbial community diversity was assessed using both sequencing and profiling terminal restriction fragment length polymorphisms of 16S rRNA genes. Additionally, methanogens were analyzed using methyl coenzyme M reductase alpha subunit (mcrA) genes. The bacterial community was dominated by members of unclassified Clostridiales with the prevalence of specific clostridial phylotypes in each reactor, indicating the effect of the substrate type on the community structure. Of the methanogenic archaea, methanogens of the genus Methanosarcina were found in high proportions in both reactors with specific methanosarcinas in each reactor, whereas the strict hydrogenotrophic methanogens of Methanoculleus sp. were found at significant levels only in the reactor fed with chicken/swine manure (based on the analyses of 16S rRNA gene). This suggests that among methanogenic archaea, Methanosarcina species which have different metabolic capabilities, including aceticlastic and hydrogenotrophic methanogenesis, were mainly involved in anaerobic digestion of turkey wastes.