• 대한기계학회논문집B
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• 제35권12호
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• pp.1309-1316
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• 2011

본 논문에서는 올리고-dT 자성입자와 측면방향 자기영동 기술을 기반으로 하는 초고속 RNA 추출칩을 소개한다. 센자성 와이어에 유도된 고구배자장에 의해 RNA가 결합된 올리고-dT 자성입자를 분리함으로써 용해된 혈액으로부터 고속으로 RNA를 추출하였다. 유속이 20 ml/h까지 자성입자를 80% 이상의 효율로 분리할 수 있었으며, 분리시간은 총 1분 이내였다. 추출된 시료로부터 단백질에 대한 RNA 흡광비율(absorbance ratio of RNA to protein: A260/A280)이 1.7 이상임을 확인하였고, 따라서 추출된 RNA가 매우 순수함을 보였다. 추출된 RNA를 사용하여 cDNA 합성과 PCR을 수행하였으며, 이로부터 개발된 초고속 RNA 추출칩이 적은 양의 시료만으로 간편하며 빠르고 정교한 RT-PCR을 수행하는데 실용적임을 확인하였다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제33권1호
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• pp.71-76
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• 2018

노로바이러스는 전 세계적으로 산발적인 발병 관련 비세균성 위장염의 주요 원인 물질이다. 노로바이러스 검출을 위해 역전사 실시간 PCR (RT qPCR)이 그 민감도와 특이성으로 인해 주요 수단으로 빠르게 자리 잡았다. 그러나 RT qPCR 분석을 위해서는 정확한 바이러스 RNA 추출방법이 필수적이다. TRIzol 시약은 생물학적 물질로부터 RNA의 추출에 이용되고 따라서 노로바이러스 RNA 추출에도 널리 사용된다. 이 연구에서는 인체 노로바이러스 유전체 그룹 I (GI) 및 유전자 그룹 II (GII)와 생쥐 노로바이러스(GV) 중에서 GII로부터의 TRIzol 을 이용한 바이러스 RNA의 추출률이 바이러스 시료 용액의 pH에 의존했다는 내용이 다루어졌다. 실시간 PCR의 Ct값으로 비교한 RNA 추출 수율은 산성 영역보다 알칼리성 pH에서 높았다. 이 연구 결과로 부터 TRIzol을 이용하여 GII RNA를 추출하여 노로바이러스를 정량적으로 분석할 때 pH조건이 대단히 중요하다는 것을 알 수 있었다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2011년도 춘계학술발표대회
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• pp.1260-1263
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• 2011

최근 차세대 시퀀싱 (Next Generation Sequencing, NGS) 기술이 발전하면서 DNA, RNA 등의 시퀀싱 데이터를 이용한 유전체 분석 방식에 관한 연구가 활발히 이루어지고 있다. 차세대 시퀀싱 데이터를 이용한 유전체 분석 방식은 마이크로어레이 혹은 EST/cDNA 데이터를 이용한 기존의 분석 방식에 비하여 비용이 적게 들고 정확한 결과를 얻을 수 있다는 장점이 있다. 그러나 이 들 DNA, RNA 시퀀싱 데이터는 각 시퀀스의 길이가 짧고 전체 용량은 매우 커서 이 들 데이터로부터 정확한 분석 결과를 추출하는 데에 많은 어려움이 있다. 본 연구에서는 클라우드 컴퓨팅 기술을 기반으로 하여 대용량의 RNA 시퀀싱 데이터를 고속으로 처리하는 병렬 SNP 추출 알고리즘을 제안한다. 전체 게놈 데이터 중 유전자 영역만을 high coverage로 시퀀싱하여 얻어지는 RNA 시퀀싱 데이터는 유전자 변이 추출을 목적으로 분석되며, SNP(Single Nucleotide Polymorphism)와 같은 유전자 변이는 질병의 원인 규명 및 치료법 개발에 직접 이용된다. 제안된 알고리즘은 동시에 실행되는 다수의 Map/Reduce 함수에 의해서 대규모 RNA 시퀀스를 병렬로 처리하며, 레퍼런스 시퀀스에 매핑된 각 염기의 출현 빈도와 품질점수를 이용하여 SNP를 추출한다. 또한 이 들 SNP 추출 결과에 대한 시각적 분석 도구를 제공하여 SNP 추출 과정 및 근거를 시각적으로 확인/검증할 수 있도록 지원한다.

• 농업생명과학연구
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• 제44권5호
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• pp.75-79
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• 2010

사과는 전 세계적으로 대표적 과수의 하나로서 우량 사과의 생산을 위하여 신속하고 경제적이며 정확한 사과바이러스 진단이 요구되고 있다. RT-PCR은 사과바이러스 진단을 위한 중요한 기술로서 우선 시료조직의 분쇄 및 균질화를 통한 양질의 RNA 추출이 필수적이다. 그러나 분쇄작업은 다량의 시료의 경우 많은 시간과 노동이 요구된다. 본 연구에서는 조직 분쇄과정이 없이 단순 가열에 의한 RNA 추출을 시도하였으며 줄기조직이 잎조직보다 약간 더 적합함을 보여주었다. 그러나 RT-PCR에 의한 사과바이러스 진단에서는 모두 동일한 결과를 나타냈다. 이로써 사과 조직에 대한 단순가열로써 매우 간편하게 양질의 RNA추출이 가능함을 제시하였다.

• Annals of Clinical Microbiology
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• 제19권1호
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• pp.20-23
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• 2016

RNA 기반 연구에서 고품질의 RNA 추출은 상당히 중요하다. Mycobacterium tuberculosis는 세포벽에 mycolic acid가 풍부하여 두껍고 왁스와 같은 성질을 띈다. 이로 인해 용균이 쉽지 않아 RNA 추출이 어렵다. TRIzol 시약과 silica bead를 이용한 균 파쇄를 통하여 높은 수율의 RNA가 추출이 가능하였다.

• 식물병연구
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• 제26권3호
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• pp.170-178
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• 2020

바이러스의 정확한 진단법 확립은 바이러스의 피해 및 확산을 예방하는데 매우 중요하게 작용한다. 대부분의 딸기 바이러스는 조직내에 낮은 역가로 분포하여 진단이 어렵고, 특히 딸기 조직은 다당류 및 페놀화합물의 함유가 많아 RNA 추출이 어려운 것으로 알려져 있다. 딸기 우량묘 생산에 필요한 바이러스 검정기술을 확립하기 위해 본 연구에서는 딸기 잎에서 바이러스 진단을 위해 가장 최적의 RNA 추출방법 정립을 위해 다양한 상용 키트와 시약을 이용하여 RNA 추출효율 비교하였다. 바이러스 진단을 통한 RNA 추출효율을 분석하기 위해 SMoV 감염주인 미홍 딸기 품종을 이용하여 다양한 단계에서 잎조직으로부터 RNA를 추출하고 바이러스 진단을 수행하였다. 식물 RNA 추출 방법 가운데 상업용으로 판매되는 RNeasy plant mini kit (Qiagen)를 이용하는 경우 본 연구에서 살펴본 one-step 또는 two-step RT-PCR 방법과 무관하게 SMoV의 검출이 잘 되었다. 또한, 딸기 우량묘의 바이러스 검정에 대한 신뢰있는 진단방법을 구축하기 위해 주요 딸기 바이러스인 strawberry mild yellow edge virus (SMYEV), strawberry mottle virus (SMoV), strawberry latent ringspot virus (SLRSV), strawberry crinkle virus (SCV), strawberry pallidosis associated virus (SPaV), strawberry vein banding virus (SVBV) 및 strawberry necrotic shock virus (SNSV) 7종에 대한 유전자 합성을 통해 진단클론을 제작하였다. 각 클론의 합성유전자를 기반으로 7종의 딸기바이러스 프라이머 세트를 설계하고 편리한 진단법 수행을 위해 동일한 PCR 조건을 설정하였다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제42권7호
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• pp.1008-1014
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• 2013

본 연구에서는 동충하초, 자소엽, 단삼, 전칠, 명월초 물 추출물이 당대사 관련 효소인 GCK(glucokinase), PDH(pyruvate dehydrogenase) 및 ACC(acetyl CoA carboxylase) mRNA 발현 정도에 미치는 영향을 검토하였다. GCK mRNA 발현은 동충하초 물 추출물을 250 ppm로 처리했을때 181%로 가장 높게 증가되었다. PDH mRNA 발현은 100 ppm에서 명월초(215%)> 단삼(193%)> 전칠(125%)> 동충하초(111%)의 순으로 증가되었으며, 250 및 500 ppm에서는 각각 명월초(251%)와 동충하초(210%) 물 추출물에서 높게 나타났다. ACC mRNA 발현은 자소엽, 단삼, 전칠의 경우 대조구보다 낮거나 유사한 수준을 나타내었지만, 동충하초 물 추출물은 대조구와 비교하여 100 ppm에서 141%, 250 ppm에서 284%로 크게 증가되었다. 명월초 물 추출물은 187~199% 범위에서 ACC mRNA 발현을 크게 증가시켰다. 결과적으로 동충하초와 명월초 물 추출물이 다른 소재들에 비해 간의 GCK, PDH, ACC mRNA 발현을 증가시킴으로써 혈당강하 작용을 나타낼 것으로 판단하였다.

• Journal of Nutrition and Health
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• 제46권2호
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• pp.119-125
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• 2013

본 연구에서는 산수유, 목단피, 산약, 숙지황, 지골피, 야생배의 한약재 물 추출물이 당대사 관련 효소인 GCK, PDH, ACC mRNA 발현정도에 미치는 영향을 측정하였다. HepG2 세포에 대한 세포독성을 측정한 결과, GCK, PDH, ACC mRNA 발현량을 측정하기 위한 물 추출물의 농도 범위는 세포 생존율에 영향을 주지 않는 100, 250, 500 ppm로 결정하였다. GCK mRNA 발현은 100 ppm에서 숙지황 물 추출물이 165%로 가장 높게 나타났고, 250 ppm에서는 숙지황과 지골피 물 추출물이 각각 180%, 154%로 높았으며, 500 ppm에서는 산수유(195%), 목단피 (157%), 야생배 (139%), 산약 (122%), 지골피 (117%), 숙지황 (113%)의 순으로 GCK mRNA 발현이 증가되었다. PDH mRNA 발현량은 250 ppm 농도에서 지골피, 숙지황 물추출물에서 각각 141%, 118% 증가되었고, 500 ppm에서는 지골피, 숙지황 물 추출물에서 각각 191%, 124% 증가되었다. ACC mRNA 발현량은 500 ppm에서 지골피 (188%), 숙지황 (126%)로 가장 높게 나타났다. 결과적으로 GCK, PDH, ACC mRNA 발현량을 증가시킬 수 있는 소재로 산수유, 숙지황, 지골피 등을 꼽을 수 있겠으며 이들 소재들은 식후 혈당상승을 억제할 수 있는 항당뇨 천연소재로 이용될 수 있음을 제시하였다.

• 대한화장품학회지
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• 제23권2호
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• pp.23-32
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• 1997

피부 내에서의 멜라닌 색소의 생성은 태양광에 존재하는 유해한 자외선으로부터 생체를 보호하는 중요한 방어 수단으로 여겨지고 있다. 타이로시네이즈라는 효소가 이러한 멜라닌의 합성 과정에 있어서 매우 중요한 역할을 수행한다. 이러한 이유로 피부의 색소생성을 조절하는 많은 연구의 대부분이 타이로시네이즈의 효소적 조절에 초점이 맞추어져 왔다. 본 연구자들은 전통 한약재인 반하의 물 추출물이 비록 타이로시제이즈에 대한 저해 작용은 없으나 배양된 B-16 마우스 흑색종 세포의 멜라닌 생성을 억제한다는 것을 발견하였다. 본 연구자들은 또한 반하 추출물이 배양된 세포의 타이로시네이즈 효소 활성을 낮춘다는 사실도 발견하였다. 이러한 반하 추출물의 작용 기작을 밝혀내기 위하여 반하 추출물이 B-16 마우스 흑색종 세포의 타이로시네이즈 mRNA양에 미치는 영향에 대하여 reverse transscription-polymerase chain reaction 기법을 이용, 연구를 수행 하였다. 연구 결과 반하 추출물은 타이로시네이즈 mRNA의 양을 용량 의존적인 경향으로 감소시킴이 밝혀졌다. 즉, 반하 추출물을 2$\mu\textrm{g}$/$m\ell$ 및 5$\mu\textrm{g}$/$m\ell$ 처리시 각각 20%와 44%의 mRNA 양의 감소가 관찰 되었다. 이러한 결과는 반하 추출물이 타이로시네이즈 mRNA의 전사 조절을 통하여 그 미백효과를 발휘한다는 것을 의미한다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제1권1호
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• pp.25-28
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• 1976

몇 가지 유기용매를 사용하여 인삼 추출액을 분별 분리하여 몇 개의 분칠들을 얻어서 이들이 RNA중합효소의 활동성에 미치는 영향을 조사하였다. 백삼과 홍삼에서 모두 RNA 중합효소의 활동성에 양성적인 효과를 가진 분획들을 얻었다. 백삼의 경우 RNA 중합효소에 양성적인 효과를 미치는 성분들은 전체 메탄을 추출액 분획, 초산에틸 추 출모액 및 이 모액의 수용성 분획들에서 확인되었고 흥삼의 경우에는 전체 메탄을 추출액 분획과 에테르 분획들에서 확인되었다. 이 사실은 중합효소에 양성적인 효과를 나타내는 성분들이 무극성 및 극성 부분들로 이루어져 있으며, 그들이 홍삼의 가공과 정에서 두 부분으로 분해되었을 것이라는 것을 암시의 준다.