• 한국약용작물학회지
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• 제18권3호
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• pp.173-179
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• 2010

This study describes an efficient approach to the development of DNA markers for use in distinguishing the Scrophularia species that have been used as useful medicinal crops. In order to distinguish Scrophularia species, DNA sequences of rpl-5 region in mitochondrial DNA of Scrophularia species were analysed for detecting sequence variations, and the PCR-RFLP method was applied for developing practicable DNA marker patterns. Several DNA variations were detected by the sequence comparison of rpl-5 region among Scrophularia species. Genetic relationship analysis of Scrophularia species was carried out based on these DNA variations. DNA variations of rpl-5 region were revealed that it was significantly efficient in genetic relationship analysis of Scrophularia species. In addition, Scrophularia species tested in this study were completely discriminated by four polymorphic genotypes by PCR-RFLP combined with Tsp509 I (^AATT) restriction enzyme. Our results suggested that DNA sequence variations of rpl-5 region were sufficiently useful for genetic relationship analysis of Scrophularia species. Polymorphic genotypes by PCR-RFLP using the Tsp509 I enzyme will be useful for discrimination of Scrophularia species as a practicable DNA markers.

• 한국어병학회지
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• 제37권1호
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• pp.147-153
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• 2024

The World Organization for Animal Health (WOAH) recommends two protocols (ITS and COI) for conventional PCR of G. salaris diagnosis. However, ITS PCR protocol may yield false-positive results, leading to unnecessary countermeasures. It's difficult to distinguish between G. salaris and false-positive by similar amplicon size of PCR, since the amplicon size of ITS PCR in G. salaris and false-positive was 1,300 and 1,187 bp, respectively. The nucleotide sequences of ITS false-positive in rainbow trout is 99.7% identical to previously reported host genome sequences of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and 95.3 to 89.1% identical to those of other salmonid fish species. To reduce false-positive PCR band, PCR was performed by the different annealing temperature, but PCR bands were still detected. In RFLP analysis by HaeIII, the PCR product of G. salaris was digested into four bands of 512, 399, 234 and 154 bp, while the false-positive was digested into seven bands of 297, 263, 242, 144, 93, 80 and 68 bp. In the RFLP patterns digested by HindIII, G. salaris showed two bands of 659 and 640 bp, while false-positive had one fragment of 1,187 bp without any digestion. Therefore, the RFLP method of ITS PCR with HaeIII and HindIII can be used for differentiation between G. salaris and false-positive. These results might provide important information on the improvement of PCR diagnostic method of G. salaris.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권11호
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• pp.1281-1287
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• 2009

The distribution pattern of the phylum Acidobacteria, a previously uncultured bacterial group, was investigated by molecular ecological analyses of global soil samples collected from pristine ecosystems across five continents. Acidobacterial 16S rDNAs were observed in almost all soil samples, and members of acidobacterial primer group A were detected in all samples that harbored the phylum Acidobacteria. Other primer groups, Y, G, and O, showed limited distribution patterns. We further divided the primer groups into acidobacterial subdivisions (class-level). Subdivisional distribution patterns were determined by comparing the observed T-RFs with theoretical T-RFs predicted by in silico digestion of acidobacterial 16S rDNAs. Consistent with the PCR results obtained with subgroup-specific primers, T-RFLP analyses showed that acidobacterial subdivision 1 belonging to primer group A was present in the majority of the soil samples. This study revealed that the phylum Acidobacteria could be globally distributed. At the subdivisional level, acidobacterial subdivision 1 might be the most widely distributed group in this phylum, indicating that members of subdivision 1 might be adapted to various soil environments, and members belonging to other subdivisions might be restricted to certain geographic regions or habitats.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권2호
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• pp.133-137
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• 2010

목 적: Beckwith-Wiedemann 증후군(BWS)은 11p15 부위의 메칠화 양상의 이상으로 인한 overgrowth malformation symdrome이다. 11p15 부위에는 두 가지 imprinting center, 즉BWSIC1 (IGF2, H19)와 BWSIC2 (LIT1,KvDMR)가 존재한다. 본 연구에서는 methylation-specific (MS) PCR RFLP 방법을 이용한 BWS의 유전적 진단을 보고하고자 한다. 대상 및 방법: 임상 소견을 바탕으로 12명의 BWS 환자가 포함되었다. 환자의 말초혈액으로부터 염색체 핵형을 조사하였다. 분리한 DNA에 bisulfite를 처리한 후, LIT1, H19, IGF2 DMR부위는 각각의 MS primer를 이용하여 증폭하였다. 적절한 제한효소를 이용하여 절단 여부를 PAGE로 확인함으로써 각각의 DMR 부위에 대한 메칠화 이상 여부를 확인하였다. 결 과: 12명의 환자는 모두 정상 핵형을 보였다. MS-PCR RFLP 상 총 7명(53.8%)의 환자가 이상 소견을 보였으며, 모두 BWSIC2 (LIT1)에 비정상적 메칠화를 보였고 모두 부계 유래의 비메칠화된 allele만이 발견되었다. 결 론: 본 연구를통해MS-PCR RFLP 검사로BWS 환자의 약 50-60% 정도에서 유전적 진단이 가능함을 알 수 있었으며, 이는 BWSIC2 부위의 메칠화 이상을 발견하는데 손쉽게 이용될 수 있을 것으로 판단된다. 그러나, BWSIC1 부위의 메칠화 이상은 발견이 어려우며, 이 부위의 이상을 발견하기 위해서는 메칠화를 정량적으로 분석할 수 있는 방법이 필요하다.

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.155-162
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• 2009

계통적으로 근연하며 지리적 분포가 유사한 두 종의 Spirastrella 속의 해양 해면, S. panis와 S. abata의 배양 가능한 공생세균 군집구조를 16S rDNA-RFLP 방법에 의해 분석하였다. 공생세균의 배양은 해면추출물 3%를 포함하는 MA 배지를 사용하였다. 증폭된 16S rDNA의 RFLP (restriction fragment length polymorphism) 분석을 위한 제한효소로 HaeIII와 MspI을 이용하였으며, 그 결과 24개의 RFLP type을 구별할 수 있었다. 각 패턴별로 1~5개의 분리균주를 선별하여 부분 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 98.4% 이상의 유사도를 나타내었으며 2종의 Spirastrella 해면으로부터 분리된 세균들은 모두 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria 4개의 강(class)에 포함되었다. Alphaproteobacteria는 S. abata에서 39.3%, S. panis에서 47.6%가 관찰되어 두 해면에서 우점하는 세균 군집이었다. Gammaproteobacteria의 경우 S. abata에서 38.5%로 관찰된 반면 S. panis에서 1.6%의 아주 적은 비율로 관찰되었다. 또한 Bacillus (phylum Firmicutes) 종은 S. abata에서 9.7%를 나타낸 반면, S. panis에서는 44.3%의 분포를 나타내었다. Planococcus maritimus (8.1%, phylum Firmicutes)와 Psychrobacter nivimaris (28.9%, phylum Gammaproteobacteria)는 S. abata에서만 관찰되어 이들은 S. abata에 특이적인 세균 종임을 알 수 있었다. 같은 장소에 서식하는 계통적으로 근연한 두 종의 해면에서 공생세균의 군집 구조는 차이가 큰 것으로 나타났다.

• 생명과학회지
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• 제31권1호
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• pp.66-72
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• 2021

국내 유통되고 있는 새우젓은 다양한 작은 새우의 집합체로, 최근 어획량 감소로 인해 국내산 새우젓의 경우 수입산에 비해 두배 이상 높은 가격에 거래되고 있으며, 이에 중국 및 베트남 등으로부터 수입된 새우젓이 국내산으로 둔갑되어 판매되는 사례가 빈번하게 발생되고 있다. 본 연구에서는 새우젓 Acetes japonicus, A. chinensis (Korea, China), A. indicus (I, II), Palaemon gravieri 6종류에 대하여 PCR-RFLP 마커를 개발하였다. 새우젓에서 에탄올로 염을 제거한 후 gDNA를 추출하였고, 새우젓 COI 유전자의 특이 프라이머를 제작, PCR을 진행하여 519 bp의 증폭시켰다. 증폭된 PCR산물의 염기서열분석을 토대로 Acc I, Hinf I 두 가지의 제한효소를 마커로 선정하였고, 전기영동을 통해 결과를 확인하였다. Acc I을 처리한 결과, A. japonicus, A. chinensis (Korea), A. indicus (II)는 272, 247 bp로, P. gravieri는 271, 202, 46 bp, A. chinensis (China), A. indicus (I)는 519 bp로 band를 형성하는 것을 확인할 수 있었다. 또한 Hinf I을 처리한 결과로는 A. chinensis (Korea, China), P. gravieri는 519 bp로 잘리지 않은 것을 확인한 반면, A. japonicus와 A. indicus (I)는 2 band, A. indicus (II)는 3 band를 형성하는 것을 확인할 수 있었다. 따라서 위의 결과는 국내산과 수입산이 혼합되어있는 새우젓에 있어 보다 신속한 종판별을 할 수 있음을 시사한다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제36권1호
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• pp.96-104
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• 1997

DNA 다형성을 이용한 누에 유전자 해석기술을 개발하기 위하여 광식성 누에 계통 J111과 비광식성계통 $C_3$의 DNA를 분리하여 유전자 은행을 제작하였다. 누에 유전자 은행은 genomic DNA를 EcoRI로 절단한후 pUC18에 ligation 시켜 DH5$\alpha$ E. coli에 형질전환 시켰다. 형질전환 후 얻어진 colony는 15개 누에 품종의 genomic DNA에 hybridization하였을 때 누에의 품종에 관계없이 highly repetitive, moderately repetitive 및 single 혹은 low copy number 로 구분되었다. RFLP마커에 적합한 single 및 low-copy number band만을 형성하는 colony probe을 신속하게 선발하고자 colony또는 genomic DNA로 hybridization하였다. Single 및 low-copy number의 특성을 가진 219개의 clone을 선발하여 Hind III등 8종의 제한효소별로 처리한 genomic DNA를 이용하여 다형성을 검정하여 J111과 $C_3$ 계통간 다형성을 보인 46개의 clone을 선발하였다. 선발된 clone의 일부를 J111과 $C_3$를 교배하여 얻은 $F_2$의 blot에 hybridization 결과 RFLP clone들이 양친검정에 이용가능하여 누에 RFLP 연관 지도 작성의 기반을 조성하게 되었다.

• 한국작물학회지
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• 제45권2호
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• pp.123-127
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• 2000

The objective of this study was to develop a linkage map of soybean under the genetic background of Korean soybean. A set of 89 F/sub 5/ lines was developed from a cross between 'Pureunkong', which was released for soy-bean sprout, and 'Jinpumkong 2', which had no beany taste in seed due to lack of lipoxygenase 1, 2, and 3. A linkage map was constructed for this population with a set of 113 genetic markers including 7 restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers, 79 randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers, 24 simple sequence repeat(SSR) markers, and 3 morphological markers. The map defined approximately 807.4 cM of the soybean genome comprising 25 linkage groups with 98 polymorphic markers. Fifteen markers remained unlinked. Seventeen linkage groups identified here could be assigned to the respective 13 linkage groups in the USDA soybean genetic map. RFLP and SSR markers segregated at only single genetic loci. Fourteen of the 25 linkage groups contained at least one SSR marker locus. Map positions of most of the SSR loci and their linkages with RFLP markers were consistent with previous reports of the USDA soybean linkage groups. For RAPD, banding patterns of 13 decamer primers showed independent segregations at two or more marker loci for each primer. Only the segregation at op Y07 locus was expressed with codominant manner among all RAPD loci. As the soybean genetic map in our study is more updated, molecular approaches of agronomically important genes would be useful to improve Korean soybean improvement.

• Applied Biological Chemistry
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• 제36권3호
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• pp.139-145
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• 1993

등전점 전기영동법에 의한 동위효소 분석과 제한효소 단편 다형화현상(RFLP) 분석기법을 이용하여 보리 품종 19종의 품종형을 구분하고 근연관계를 검토하였다. 보리 19품종은 동위효소 형태특성 에 따라 esterase는 7가지형으로, phosphoglucose isomerase는 3가지형으로, peroxidase는 4가지형으로, alcohol dehydrogenase는 2가지 형으로 각각 분류되었으며, 그 핵 DNA를 제한효소 EcoRV로 절단하여 DNA probe pMSU 71로 RFLP를 분석한 결과 2가지 품종형으로 구분되었다. 이 4가지 동위효소의 형태특성 및 핵 DNA의 RFLP 특성을 종합하면 보리 19품종을 13가지 품종형으로 구분할 수 있었다. 이렇게 구분된 13가지 품종형들은 Nei's F-statistics의 계산식으로 그 근연관계를 분석하였더니 $97.4{\sim}66.5%$ 범위의 근연관계를 보였다.

• 한국균학회지
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• 제25권4호통권83호
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• pp.362-368
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• 1997

재조합 DNA probe를 이용하여 국내 Fusarium oxysporum 분화형간의 분류 가능성을 탐색하고 그들의 유전적 변이를 분석하였다. F. oxysporum f. sp. lycopersici, cucumerinum, fragariae, garlic, sesami 등 5종의 분화형을 공시하여 RFLP 분석을 실시하였다. Repetitive copy clone인 세종의 재조합 클론 pFC46, pFC52, pFC57을 이용하여 HindIII로 처리한 F. oxysporum의 genomic DNA에 대해 southern hybridization한 결과 나타난 밴드의 양상은 분화형에 따라 차이가 명확히 밝혀져 이들을 이용한 분류가 가능하였다. 또한 RFLP 분석 결과 f. sp. sesami는 다른 분화형에 비해 다소 변이가 심했으나 다른 분화형들은 변이가 거의 없어 f. sp. sesami를 제외한 f. sp. lycopersici 등 4종의 Fusarium oxysporum 분화형의 균주들은 채집 지역에 관계없이 대체로 유전적으로 안정되어 있는 것으로 판단되었다. Hybridization밴드의 양상에 기초하여 유전적 유연관계를 집괴 분석한 결과 각 분화형별로 유사도가 매우 높게 별도의 유사군을 형성하였다.