• 한국버섯학회지
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• 제12권3호
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• pp.226-231
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• 2014

본 연구는 큰느타리버섯의 고온적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위해 수행되었다. operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 대립 계통 7종과 고온성 계통 7 종을 대상으로 RAPD를 이용한 bulked segregant analysis를 실시하여 OP-A06 primer로부터 대립 계통에는 나타나지 않고 고온성 계통에만 나타나는 특이적인 RAPD 밴드를 얻었다. OP-A06 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 385 bp 부근에서 고온성 계통에 특이적인 DNA 밴드가 관찰되었으며 이 DNA 밴드의 염기서열 말단을 근거로 SCAR 마커로 사용할 specific primer인 OP-A06-1-F와 OP-A06-1-R를 디자인하였다. SCAR 마커 OP-A06-1-F/-1-R primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서도 385 bp 부근에서 대립 계통과 구별되는 DNA 밴드가 고온성 계통에서 확인되었으며 random primer인 OP-A06 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA 밴드임을 확인할 수 있었다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제39권3호
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• pp.196-204
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• 2012

본 실험은 오일팜나무에서 somatic embryo mass(SEM)를 유도한 후 이로부터 식물체 분화를 통한 클론묘 대량증식 시스템을 확립하고, 기내 배양에 의하여 야기된 체세포변이의 확인 방법을 확립하기 위하여 수행되었다. 오일팜 조직배양묘의 정단 부분을 $NaH_2PO_4{\cdot}2H_2O$와 카제인이 첨가된 1/2MS 수정 배지에 배양하여 체세포배성 캘러스를 유도하였다. 유도된 체세포배성 캘러스는 몇 번의 계대배양을 통하여 SEM으로 발달하였다. SEM 조직은 단단하며, 강하게 붙어있어서 개개의 체세포배를 따로 분리하는 것이 매우 어려웠다. SEM 조직을 $NH_4NO_3$, 카제인, L-ascorbic acid가 첨가된 MS 수정 배지에 배양하였을 때 신초가 성공적으로 분화하였다. 기내 오일팜나무를 야외로 순화하여 완전한 오일팜나무 클론묘를 획득할 수 있었다. 기내 배양묘 중 건강하고 생장이 양호한 신초를 무작위로 95 개체를 선발하여 RAPD 분석을 실시하였다. 총 19개의 random primer를 사용하여 95 개체에 대한 RAPD를 수행한 결과, 대부분의 primer에서는 동일한 밴드 형태를 보여 어떠한 변이도 감지할 수 없었다. 그러나, MspI으로 절단된 genomic DNA를 BNR36 primer로 PCR을 수행하였을 때, 개체 간 차이를 보이는 밴드 형태를 나타내어 체세포변이를 감지할 수 있었다. 95 개체 중 #22, #28, #35, #77 의 4 개체에서 약 1kb 부근의 밴드 하나가 없었으며, 그 중 #28, #35, #77의 밴드 강도는 정상 밴드보다 월등히 강한 것을 확인하였다. NCBI 분석 결과, 이 변이 밴드는 오일팜나무의 엽록체 게놈과 관련이 있는 것으로 확인되었다. 본 연구 결과로부터 오일팜나무의 클론묘 대량증식 시스템을 확립할 수 있었고, RAPD 분석을 통하여 기내 상태에 있는 조직배양묘의 체세포 변이 여부를 판별할 수 있는 방법 확립할 수 있었다.

• 한국약용작물학회지
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• 제9권3호
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• pp.225-231
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• 2001

RAPD분석을 통하여 홍화 수집종들의 유전적 다양성 및 유연관계를 밝히고, 품종군을 분류하여 품종육성의 기초자료로 이용코자 시험한 결과를 요약하면 다음과 같다. RAPD 분석에 적용한 30개의 10mer primer 중 20개의 적정 primer를 선발하였고, 증폭된 PCR산물은 ${3.0{\sim}0.2Kb}$에서 재현성 있는 밴드를 보였으며, 각 primer에 의해 증폭된 밴드의 수는 ${2{\sim}11}$개로 다양하였으며 평균 5.6개이었다. PCR 반응에 사용된 20개의 selected primer에서 111개의 밴드가 관찰되었으며, 다형성을 보이는 밴드 수는 84개(75.7%)이었고, RAPD-PCR에 의해 얻어진 dendrogram에서 유연계수 0.14를 기준으로 11개의 군으로 분류되었고, VII군은 7종(23%), VIII군은 8종(27%)이 속하는 큰 군이었으며, 7군은 대부분이 국내종(85%)이었다.

• Animal cells and systems
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• 제5권4호
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• pp.333-339
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• 2001

Common carp (Cyprinus carpio) and its aquaculture breed Israeli carp samples were obtained from two separate aquaculture facilities under the similar raising conditions during two years in the Kunsan National University, Korea. Genomic DNA was isolated from the common carp and Israeli carp for identification of genetic characteristics and genomic polymorphisms by polymerase chain reaction amplification of DNA using arbitrary primers. The arbitrary primer No.21 (ACTTCGCCAC) yielded the highest number of fragments with the average of 15.0 among the primers used in Israeli carp. A tota1 of 294 polymorphic products in common carp and 336 in Israeli carp were observed by random primers. The average number of polymorphic products generated by random RAPD primer No. 2 (GTAGAC-CCGT) showed 8.0 in Israeli carp. On average, each random RAPD primer produced 5.4 amplified polymorphic products in common carp and 6.2 in Israeli carp. An average genetic similarity (BS value) was 0.44$\pm$0.05 within the common carp and 0.32$\pm$0.04 within the Israeli carp. The degree of similarity frequency (BS) between two carps was 0.67 as generated by the primer No. 19 (GACGGATCAG). The average level of bandsharing was 0.57$\pm$0.03 between the two carps. Accordingly, the two carp populations were genetically a little distant. The electrophoretic analysis of PCR-RAPD products showed middle levels of variation between the two carp populations. This result implies that the genetic diversity among intra-population may be higher when compared with that between the two carps. The RAPD polymorphism generated by these random primers might be used as a genetic marker for populations or lines identification in important aquacultural carp.

• 화훼연구
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• 제18권3호
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• pp.201-206
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• 2010

심비디움속 유전자원 48품종에 대하여 RAPD와 URP를 이용하여 유전적 유연관계를 분석하였다. RAPD분석에는 10mer에 해당하는 random primer (Operon사) 80개를, URP는 20 mer에 해당하는 12종의 상용 primer를 이용하였다. 48 품종의 심비디움에는 34종의 동양 심비디움, 7종의 동서양란 교잡종, 7종의 서양 심비디움이 포함되어 있다. 선별된 41개의 random primer와 6개의 URP primer로부터 각각 407, 56개의 다형성 밴드를 획득하여 총 463개의 마커를 이용하였다. 이들 마커의 크기 범위는 0.4 kb 에서 1.5 kb 에 해당하였다. 유전적 유사도를 바탕으로 UPGMA clustering 프로그램을 이용하여 dendrogram을 작성하였는데 유전자원 48품종은 유사도 0.638 수준에서 총 4그룹으로 구분되었다.

• 농업과학연구
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• 제26권2호
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• pp.33-38
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• 1999

재래산양의 유전자원 보존과 유전적 개량을 위하여 재래산양과 수입산양의 genomic DNA의 유전적 다형을 분석하기 위하여 수행되었으며 재래산양과 수입산양의 유전적 판별 분석은 RAPD 기법을 이용하였으며 공시품종은 재래산양 30두, 재래산양 교잡종 10두, 수입산양 10두를 이용하였다. 재래 산양육과 수입 산양육의 판별을 위한 시료는 재래 산양육 10두와 수입 산양육 10두를 이용하였다. 이들로부터 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 재래산양, 수입산양 및 재래산양 교잡종으로부터 추출된 genomic DNA는 전기영동에 의해 약 23kb 크기의 DNA을 얻을 수 있었으며 UV spectrophotometer를 이용하여 흡광도 A 260과 A 280의 비율로 측정한 결과, 그 비율이 1.75~2.10의 범위로 순도는 비교적 양호한 결과를 얻었다. 2. 순수 재래산양의 유전자원의 보존을 위한 재래산양의 유전자 감식여부를 탐색하기 위하여 약 110 여종의 random primer를 이용한 RAPD 기법에 의하여 재래산양, 수입산양 및 교잡종의 다형성을 분석한 결과 random primer OPO-19(5'-CAA ACG TCG G-3')를 이용하였을 때 재래산양에서만 396bp에서 band가 나타났으며 수입산양과 교잡종에서는 band가 나타나지 않았다. 3. 또한, 재래 산양육과 수입 산양육의 유전적인 차이를 구명하기 위하니 RAPD 기법에 의한 genomic DNA의 다형성 분석에 있어서도 random primer OPO-19(5'-CAA ACG TCG G-3')를 사용하였을 때 396bp에서 재래 산양육에서는 band가 나타났지만, 수입 산양육에서는 band가 나타나지 않았다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권3호
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• pp.423-430
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• 2006

A total of 367 isolates of Phytophthora infestans was collected from the leaf samples of late blight disease from five provinces in Korea over the three growing seasons of 2002-2004. Of the 367 isolates, 337 isolates were of the A1 mating type, and 30 isolates were of A2 mating type, showing that the majority was A1 mating type. Profiles of Gpi and Pep defined four allozyme genotypes among the total of 367 isolates. All four allozyme genotypes could be distinguished on the basis of Gpi profiles alone, whereas all isolates were homozygous at the Pep locus (100/100). The mitochondrial DNA haplotype of all isolates were the IIa haplotype. Amplification of the genomic DNAs extracted from eight isolates of each mating type by polymerase chain reaction with the selected primer (OPC-5 primer) produced a total of 20 DNA bands, of which 11 bands were polymorphic. According to the RAPD analysis using the OPC-5 primer, 106 isolates including two standard isolates were separated into 8 groups at the similarity level of 92.5%. The RAPD groups were not correlated with the allozyme genotypes and the isolated locations. All of the eight RAPD groups were identified in Gangwon-do, suggesting that Gangwon-do is the center of origin of the P. infestans in Korea. A 600-bp DNA band generated with the OPC-5 primer was specific to A1 mating type isolates, but not detected with A2 mating type, showing that the specific PCR primer can distinguish different mating types in P. infestans.

• 화훼연구
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• 제19권4호
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• pp.225-230
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• 2011

본 연구는 춘란 품종간의 유전적 유연관계를 밝혀 교배육종에 기초자료로 활용하기 위하여 수행하였다. 춘란 수집종 20 품종에 대하여 형태적 특징 19가지를 조사하여 유연관계를 분석하였다. 20개 수집품종들은 크게 2군으로 분류되었으며, I군에는 7개의 수집 품종이 속하였고, II군에는 13개의 수집 품종이 속하였다. I군에는 잎에 무늬가 없는 품종들로 구성되어졌으며, II군에는 무늬가 있는 품종들로 구성되어졌다. 10 종의 10 mer primer를 이용하여 RAPD 분석을 통해 유전적 유연관계를 분석하였다. RAPD결과 총 89개의 band를 얻었으며 그 중 monomorphic band는 3개, polymorphic band 86개였다. 수집품종간의 전체적인 유사도는 0.521~0.862의 범위로 나타났다. 유전적 유연관계 또한 2군으로 분류되었으며, X군에는 16개의 수집품종이 속하였고, Y군에는 4개의 수집품종이 속하였다. 외형적특징을 이용한 분류와 RAPD를 이용하여 유전적 유연관계를 분류한 결과는 정확히 일치하지 않았지만 유전적 유연관계를 통하여 분류된 Y군의 품종들은 모두 외형적 특징을 이용한 분류의 II군에 포함되었다. 본 연구의 RAPD에 의한 유연관계분석에서 유사도가 낮은 품종간에 교배조합을 구성한다면 보다 높은 효율의 결과를 얻을 것으로 기대된다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제6권1호
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• pp.13-19
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• 2003

Genomic DNA from the muscle of marsh clam (Corbicula leana) from Gochang, Muan and a Chinese site was extracted to identify genetic differences and similarity by randomly amplified polymorphic DNAs-polymerase chain reaction (RAPD- PCR). Out of 20 primers, seven primers produced amplified fragments which were consistently polymorphic. A total of 1,246 amplified products were produced of which 530 were polymorphic $(42.5\%)$. The number of polymorphic bands produced per primer varied from 40 to 122 with an average of 75.7 in marsh clam from Gochang. 3.28 of the 23.0 polymorphic bands per lane were found to be polymorphic. Also, about $4.34\%$ of total polymorphic bands were specific to marsh clam from Gochang. The major common bands of 0.28 kb generated by primer OPB-15 (GGAGGGTGTT) were present in every individuals, which were polymorphic. This common bands in every individuals should be diagnostic of specific strains, species and/or their relatedness. Primer OPB-19 (ACCCCCGAAG) produced the highest number of 12 specific bands. The intra-population variation was revealed in the band patterns identified by this primer. The random primer OPB-12 (CCTTGACGCA) yielded the amplified fragments which were consistently polymorphic between the marsh clams from Gochang and from Muan. This primer produced a total of 77 polymorphic bands: 31 bands from Gochang, 14 from Muan and 32 from the Chinese populations. An average of polymorphic bands were 1.8 from Gochang and 2.5 from the Chinese populations. This value obtained from the Chinese population was higher than those from the two domestic populations. Generally, the RAPD polymorphism generated by these primers may be useful as a genetic marker for strain or population identification of marsh clam.

• 한국약용작물학회지
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• 제13권2호
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• pp.121-125
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• 2005

An analysis of RAPD-PCR (random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction) was performed with three Angelica species (A. gigas Nakai, A. sinensis (Olive.) Diels and A. acutiloba Kitag) in an effort to distinguish between members of these three species. Two arbitrary primers (OPC02, OPD11) out of80 primers tested, produced 17 species-specific fragments among the three species. Eight fragments were specific for A. sinensis, four fragments specific for A. gigas, five specific for A. acutiloba. When primers OPC02 and OPD11 were used in the polymerase chain reaction, RAPD-PCR fragments that were specific for each of the three species were generated simultaneously. Primer OPC02 produced eight species-specific fragments: four were specific for A. sinensis, one for A. gigas, and three for A. acutiloba. Primer OPD11 produced nine speciesspecific fragments: four for A. sinensis, three for A. gigas, and two for A. acutiloba. The RAPD-PCR markers that were generated with these two primers should rapidly identify members of the three Angelica species. The consistency of the identifications made with these species-specific RAPD-PCR markers was demonstrated by the observation that each respective marker was generated from three accessions of each species, all with different origins. We also performed the RAPD-PCR analysis with the dried Angelica root samples that randomly collected from marketed and from the OPC02 primer, obtained a A. gigasspecific band and the band were cloned and sequenced.