• Journal of Animal Science and Technology
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• 제48권5호
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• pp.637-650
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• 2006

한국의 예산과 당진에서 각각 채취된 붕어 (Carassius auratus)와 떡붕어 (Carassius cuvieri)로부터 genomic DNA를 분리 추출하여 반복해서 PCR로 증폭시켰다. 선택된 7개의 RAPD primer를 이용하여 primer 당 total loci, shared loci by each species, polymorphic 및 specific loci를 얻어냈다. 2종의 붕어로부터 primer와 2지역간에 banding patterns의 복잡성이 두드러지게 나타났다. DNA fragment의 분자적 크기는 150bp에서부터 1,600bp까지 커다란 차이를 나타내었다. 본 연구에서 CCY 붕어 종에서는 458개의 loci가 나타났고, CCD 떡붕어 종에서는 358개의 loci가 확인되었다. 또한 CCY 붕어 종에서는 84개의 polymorphic loci (18.3%)가 확인되었고, CCD떡붕어 종에서는 48개의 polymorphic loci (13.4%)가 확인되었다. CCY 붕어 종에서는 154개의 shared loci가 나타났으며, 이는 primer당 평균적으로 22개의 loci로 확인되었다. 또한 CCD떡붕어 종에서는 187개의 shared loci가 확인되었고, 평균해서 primer 당 26.7개의 loci가 나타났다. CCY붕어 종과 CCD 떡붕어 종의 polymorphic loci는 각각 84개와 48개로 확인되었다. 모든 붕어와 떡붕어 시료의 평균적인 BS value를 기초로 해서 CCY 붕어 종의 similarity matrix를 조사해 본 결과 0.434로부터 0.868까지 나타났고, CCD 떡붕어 종의 값은 0.449로부터 0.924까지 확인되었다. CCY 붕어 종내의 평균적인 BS value는 0.641±0.013이고, CCD 떡붕어 종내의 BS value의 평균값은 0.684±0.013을 나타내었다. 결과적으로 CCD 떡붕어 종내의 개체의 BS value 평균값이 CCY 붕어 종내의 평균값보다 높게 나타났다. 2 붕어와 떡붕어간의 평균적인 BS value은 0.484±0.007 (0.307～0.682)를 나타내었다. 7개의 primer를 사용하여 얻어진 dendrogram은 cluster 1 (AURATUS no. 01～AURATUS no. 11), cluster 2 (CUVIERI no. 12～CUVIERI no. 21) 및cluster 3 (CUVIERI no. 22)와 같이 3개의 유전적 클러스터로 나뉘어졌다. CCY 붕어 종내의 8번째 개체 (AURATUS no. 08)와 9번째 개체 (AURATUS no. 09) 사이가 가장 가까운 유전적 관계 (0.064)를 나타내었다. 또한 CCY붕어 종의 11번째(AURATUS no. 11)와 CCD떡붕어 종의 17번째 (CUVIERI no. 17) 사이가 가장 먼 유전적 거리 (0.477)를 나타내었다. 결과적으로 볼 때 한국 및 대서양산 lobster (0.612), 갈치 (0.708), 동자개(0.714)에 비해서 상대적으로 낮은 유전적 거리를 나타내었다.

• 한국육종학회지
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• 제42권5호
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• pp.488-494
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• 2010

국내에서 수집된 인삼 자원 중에서 작물학적 특성이 우수하다고 조사된 54점(6~7년 근)을 대상으로 UPOV 조사 기준에 따라 주요 형태적인 특성들을 조사한 결과 경수는 1~4개 범위로 1개인 것이 42.6%이고, 2개인 것이 38.6%로 경수가 1~2개인 것이 전체 81.2%로 나타났으며, 경수가 5개인 것은 없었다. 장엽수는 3~6엽 범위로 5엽이 55.6%였고 4엽인 것은 25.9%였다. 경색은 자색계열이 전체 81.5%로 자색이 46.3%, 연자색이 25.9%를 차지하였다. 엽병색도 자색계열이 87%로 이 중 자색이 38.9%, 연자색은 29.6%를 차이 하였다. 잎의 주름 정도는 약간 있다가 20.4%였고, 46.3%가 강하다고 조사되었다. 잎의 거치정도는 없거나 약간 있다고 조사된 것이 51.9%였고, 29.6%가 강하다고 나타났다. 소엽모양은 넓은 타원형이 61.1%였으며, 타원형이 38.9%이였다. 풍기를 포함한 경북 지역 수집종 21점과 금산지역 수집종 29점 등을 포함한 54점의 수집종을 재료로 100개의 random primer를 이용 RAPD 분석 결과 OPA02 등 14개의 primer를 선발하였으며, 크게 금산지역과 풍기지역으로 group지워졌고, 풍기 수집종인 01-9, 01-35, 01-44는 금산지역으로 grouping되어진 반면, 금산지역 수집종 332001, 332002, 332003은 풍기 지역으로 grouping되었다. 금산지역 수집종은 65~86%로 변이가 심한 반면, 풍기지역 수집종은 73~95%사이로 금산지역 수집종의 혼계 정도가 더 심하였다. 특히 형태적 특성 면에서 두 지역간에 경수는 1~2개로 차이가 없었으나 장엽수, 경색, 엽병색, 소엽의 모양 등에서는 다소 차이를 보였다. 따라서 수집종의 유전 분석을 통해 선발된 OPA02, OPA07, OPC08, OPD11, OPD20 등 14개의 primer들은 앞으로 지역 재래종 특성 분류 등 인삼 유전자원의 특성 구분이나 품종개량에 유익하게 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제12권1호
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• pp.166-171
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• 2002

The genus Leuconostoc is generally recognized as a favorable microorganism associated with a good taste of Kimchi and Lactobacillus plantarum is responsible for the overripening and acidification of Kimchi. A rapid and reliable PCR-based method to monitor the change of these lactic acid bacterial populations during Kimchi fermentation was attempted. A Leuconostoc-specific primer set was chosen from the conserved sequences of 16S rRNA genes among Leuconostoc species. The Lb. plantarum-specific primer set was the internal segments of a Lb. plantarum-specific probe which was isolated after randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis and tested for identification. The specificity of this protocol was examined in DNA samples isolated from a single strain. In agarose gel, as little as 10 pg of template DNA could be used to visualize the PCR products, and quantitative determination was possible at the levels of 10 pg to 100 ng template DNA. For the semi-quantitative determination of microbial changes during Kimchi fermentation, total DNAs from the 2 h-cultured microflora of Kimchi were extracted for 16 days and equal amounts of DNA templates were used for PCR. The intensities of DNA bands obtained from PCR using Leuconostoc-specific and Lb. plantarum-specific primer sets marked a dramatic contrast at the 1 ng and 100 ng template DNA levels during Kimchi fermentation, respectively. As the fermentation proceeded, the intensity of the band for Leuconostoc species increased sharply until the 5th day and the levels was maintained until the 11 th day. The sharp increase for Lb. plantarum occurred after 11 days with the decrease of Leuconostoc species. The results of this study indicate that Leuconostoc species were the major microorganisms at the beginning of Kimchi fermentation and reach their highest population during the optimum ripening period of Kimchi.

• 한국양식학회지
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• 제19권2호
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• pp.67-76
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• 2006

Genomic DNA isolated from two Porphyra species, P. tenera and P. dentate from Wando located on the southern coast of Korean peninsula was amplified by PCR reaction. The amplified products were separated by agarose gel electrophoresis (AGE) with decamer primer and stained with ethidium bromide. The eight arbitrarily selected primers OPA-04, OPA-06, OPB-01, OPB-08, OPB-10, OPB-11, OPB-14 and OPC-10 generated the shared loci, polymorphic, and specific loci. The size of DNA bands varies from 100 bp to 2,200 bp. The complexity of the banding patterns varies dramatically between the primers and two Porphyra species. A total of 528 loci observed were identified in P. tenera and 443 in P. dentata: 22 polymorphic loci (4.2%) in P. tenera and 30 (6.8%) in P. dentata. 154 shared loci observed, the average 19.3 per primer, were identified in P. tenera and 143 loci, the aver-age 17.9 per primer, in P. dentata species. The number of specific loci in P. tenera and P. dentata was 73 and 77, respectively. The average bandsharing value was $0.623{\pm}0.008$ with P. tenera and $0.560{\pm}0.009$ within P. dentata. The average bandsharing value between two Porphyra species was $0.408{\pm}0.004$, ranged from 0.305 to 0.564. The dendrogram obtained by the eight primers indicates four genetic clusters. The genetic distance between two Porphyra species ranged from 0.076 to 0.627. The individual no. 02 of P. tenera was genetically closely related to no. 01 of P. tenera(genetic distance=0.082). Especially, two entities between the individual DENTATA no.21 and DENTATA no. 19 of P. dentata showed the longest genetic distance (0.627) in comparison with other individuals used. In this study, RAPD-PCR analysis has revealed the significant genetic distance between two Porphyra species pairs (P<0.001).

• Journal of Microbiology
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• 제44권1호
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• pp.106-112
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• 2006

In this study, the genetic diversities of multi-resistant Salmonella typhimurium (ST) isolates were analyzed via the application of both pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and Polymerase chain reaction (PCR) analysis methods, using 6 kinds of primers (REP, ERIC, SERE, BOX, P-1254 and OPB-17). And their discriminative abilities (DA) were also compared in order to determine the most effective and reliable analysis method. 118 S. typhimurium isolates, cultured from diverse animals and human patients in Korea beginning in 1993, were analyzed and subjected to a comparison of Simpson's index of diversity (SID), using both PFGE and PCR methods. PFGE by XbaI enzyme digestion allowed for discrimination into 9 pulsotypes, with high SID values (0.991) on the genomic DNA level. This shows that PFGE is a very discriminative genotypic tool, and also that multiple clones of S. typhimurium isolates had existed in domestic animals and humans in Korea since 1993. However, we could ultimately not to trace the definitive sources or animal reservoirs of specific S. typhimurium isolates examined in this study. Depending on the SID values, the combined method (7 kinds of method) was found to be the most discriminative method, followed by (in order) SERE-PCR, REP-PCR, ERIC-PCR, PFGE & OPB-17 (RAPD), P-1254 (RAPD), and BOX-PCR at the $80\%$ clone cut-off value. This finding suggests that the REP-PCR method (which utilizes 4 primer types) may be an alternative tool to PFGE for the genotyping of S. typhimurium isolates, with comparable cost, time, and labor requirement. The establishment of a highly reliable and discriminatory method for epidemiologic analysis is considered necessary in order for researchers to trace the sources of specific pathogens and, consequently, to control and prevent the spread of epidemic S. typhimurium isolates to humans.

• 한국약용작물학회지
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• 제7권2호
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• pp.94-100
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• 1999

라벤다의 기내배양을 통한 대량증식의 가능성을 알아보기 위하여 식물체 부위별 절편, 생장 조절물질 및 배지가 캘러스 유지 및 유식물체의 분화에 미치는 영향과 기내증식 개체의 변이에 대해 조사하였다. 캘러스 유도는 잎 절편을 이용한 2, 4-D 1 mg/l 와 NAA 2 mg/l 의 단독 또는 BAP 0.05 mg/l 와의 조합 처리 조건에서 양호하였다. 신초의 분화에는 경정을 이용한 BAP $2{\sim}4\;mg/l$ 단독 또는 BAP 4 mg/l +NAA 0.2 mg/l 조합 처리가 가장 양호하였다. $B_{5}$ 배지에 BAP 0.5 mg/l 와 NAA 0.01 mg/l 가 조합 첨가되었을 때 신초의 증식이 9.1배로 높게 나타났다. 분화된 신초의 뿌리 형성은 NAA $0.1{\sim}1\;mg/l$ 와 IAA 1 mg/l 에서 양호하였다. 기내에서 증식된 유식물체는 peatmoss:vermiculite:perlitc (1:1:1, v/v/v) 혼합 상토에서 90% 이상의 높은 활착율과 양호한 생육을 보였다. 재분화 식물체의 RAPD 분석 결과 primer OPA14에서 하나의 변이 band가 나타났다.

• 한국동물위생학회지
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• 제31권1호
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• pp.1-16
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• 2008

Salmonella infections cause the disease in pigs but also some zoonotic Salmonella serotypes can be transmitted to human through swine products, resulting in food poisoning. The objective of this study was to investigate the bacteriological prevalence and detection of invA gene using Salmonella specific polymerase chain reaction (PCR), the epidemiological characteristics related to Salmonella strains cultured from pig samples in Gangwon areas using serotyping, random amplified polymorphic DNA (RAPD) and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) methods. During the period of November 2001 through April 2002, 1,174 ileocecal lymph node were collected from the slaughtered pigs raised in 38 farms located in Gangwon province. The samples were submerged in boiling water and macerated in saline and lymph node homogenates were inoculated into Tetrathionate broth with iodine (TTB, Difco, 0.5% iodine was added) for enrichment growth. Then additional tests were performed using several mediums, and suspects were identified by API 20E kit (BioMerieux) and PCR. Of total 1,174 samples from 38 farms, 44 (3.7%) were isolated as Salmonella spp from 13 farms (34.2%). Of 44 isolates, 31 were in Yangyang region, followed by 9 in Goseong, 2 in both Gangneung and Sokcho. However, there was no difference in regional isolation frequency. All isolates have a 521bp amplified product in Salmonella specific PCR with primer invA which encodes in proteins for invasion of epithelial cells. Of 44 recovered serotypes, 23 (52.3%) were S Eingedi, 10 (22.7%) S Schwarzengrund, 9 (20.5%) S Typhimurium, and 2 (4.5%) S Mbandaka. In RAPD analysis, there appeared to be unique bands distinguishing each serotype, although similarities exist between the different serotypes. Four serotypes of 44 Salmonella isolates appeared to fall into 14 different RAPD types. In PFGE analysis, 9 S Typhimurium were tested with XbaI enzyme and SpeI enzyme. The combination of results obtained with two enzymes subdivided the 9 S Typhimurium into 4 PFGE types.

• 한국균학회지
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• 제38권2호
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• pp.112-119
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• 2010

느타리속에 속하는 버섯은 예로부터 인체에 이로운 생리 활성물질을 많이 함유한 버섯으로 알려져 왔다. 최근 우리나라에서 노랑느타리와 분홍느타리의 재배가 증가함에 따라 이들 버섯의 유전적 다양성과 유연관계의 규명이 필요하게 되었다. 이에 우리나라와 해외 지역에서 수집한 노랑느타리4균주, 분홍느타리 3균주 그리고 느타리 4균주를 대상으로 rDNA의 ITS region 염기서열과 genomic DNA의 RAPDPCR을 수행하였다. ITS1과 ITS2 영역의 염기의 수는 각각 167에서 254쌍, 156에서 213쌍으로 계통에 따라 변이가 있었고 5.8S 영역의 염기의 수는 노랑느타리 균주는 158쌍이었고, 분홍느타리와 느타리 균주는 157쌍으로 동일하였다. 각각의 균주 간 유연관계를 알아보기 위해 본 실험에 사용한 11균주와 NCBI GenBank에 염기서열이 등록되어있는 노랑느타리 3균주, 분홍느타리 2균주, 느타리 1균주의 ITS 영역의 염기서열을 이용하여 분지도를 작성한 결과, 4개의 클러스터로 나눠지는 것으로 나타났다. 분홍느타리와 느타리의 균주는 큰 클러스터 내에서는 하나의 클러스터에 속했지만 각각의 종은 이 클러스터 내에서 각기 서로 다른 2개의 소그룹으로 나누어졌다. 또한 20 종류의 primer를 이용하여 RAPD를 수행한 결과 10개의 primer가 효과적으로 염색체 DNA를 증폭하는 것으로 나타났다. 증폭의 양상은 느타리속의 계통과 primer의 종류에 따라 다르게 나타났는데, 증폭된 DNA의 단편 수는 균주 당10개, 단편의 크기는 0.1 kb에서 2.0 kb까지 다양하였다. 본 실험 결과 실험에 사용한 느타리속 균주의 계통과 품종간의 유연관계는 높았고 느타리속의 동일한 종은 우리나라, 중국 및 일본에서 수집한 장소와 상관없이 상동성이 높았다.

• 한국육종학회지
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• 제42권5호
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• pp.525-533
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• 2010

본 연구는 사과 품종의 유전적 다양성을 분석하여 육종의 기초 자료로 활용하기 위하여 최근에 국내에서 육성된 품종 및 도입품종을 포함한 34품종을 대상으로 RAPD와 SSR 분석을 수행하였다. RAPD분석에서 총 37종의 선발된 임의 primer를 분석하여 193개의 다형성 밴드(36.2%)를 얻었으며, 평균 다형성 밴드 수는 5.6개였다. SSR 마커 26종을 이용하여 분석한 결과 총 112개의 대립인자가 확인되었고, 마커 당 대립인자 수는 평균 4.3개였다. 유전적 다양성(PIC 값)은 평균 0.843이었고 범위는 0.536(CH03d12)-0.952(CH04c06)였다. RAPD와 SSR분석에서 획득된 305개의 다형성 밴드를 이용하여 UPGMA(비가중 평균결합) 방식으로 유사도 및 집괴분석을 수행한 결과 유전적 유사도 0.640를 기준으로 4개의 그룹으로 분류되었다. 제1그룹에는 '서광'이 단독으로 분류되었고, 제2그룹에는 12품종이 속하였는데 'Spur Earliblaze'와 'Jonathan'을 제외하고 대부분 'Golden delicious'를 교배친으로 이용하여 육성된 품종이 분포하는 것으로 나타났다. 제3그룹에는 'Fuji'와 'Fuji'를 교배친으로 이용되여 선발된 품종 및 그의 아조변이 품종 등 13개 품종이 속하였고 제4그룹에는 '홍로', '감홍', '새나라' 등 8품종이 포함되었다. 품종간 유전적 유사도는 0.529-0.987의 범위로 평균 유전적 유사도는 0.647이었다. 가장 높은 유사도 값(0.987)을 나타낸 품종은 '화랑'과 '단홍' 품종 간이었고 가장 낮은 유사도 지수(0.529)를 나타낸 품종은 '서광'과 '화랑' 품종 간이었다. 본 실험을 통해 사과 34품종 간의 유연관계는 알려진 pedigree와 일치하는 것을 알 수 있었다.

• 한국균학회지
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• 제34권2호
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• pp.73-78
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• 2006

서로 다른 두 가지 표고 균주가 혼합되었을 때의 생리 및 유전적 변화에 대한 조사를 시도하였다. 균사생장은 KFRI 180이 82mm, KFRI 1 80mm로 조사되었다. KFRI 1은 2.4% 중량감소가 이루어졌으며, KFRI 180은 1.6% 감소된 것으로 나타났다. 성형종균은 배양 과정 중이나 배양 후에 균사가 뭉쳐서 성형이 유지되는 것에는 전혀 문제가 없었고 이런 현상은 혼입비율 간에도 차이가 없었다. 또한 성형종균의 상태도 서로 간에 구별할 수 없을 정도로 비슷했다. 각 처리구별로 성형종균에서 분리한 균을 PDA에서 재배양했을 때, KFRI 1 50%-KFRI 180 50% 처리구가 다른 처리구들에 비해 생장력이 떨어졌으며, 톱밥배지 시험관에서의 조사에서도 동일한 결과를 얻었다. 각 처리구별로 배양 중인 종균병의 외형을 관찰한 결과, KFRI 1 50%-KFRI 180 50% 처리구 종균에 얼룩 덜룩한 무늬가 형성된 반면에 다른 처리구들은 KFRI 1, 180과 구별될 수 있을 정도의 차이를 보이지 않았다. 대치배양을 통한 균주 확인을 시도한 결과, 두 균주가 섞인 것들은 혼합 비율과 관계없이 모두 KFRI 1 균주와 대치선을 형성하지 않았다. 하지만 RAPD primer를 이용한 분석에서는 KFRI 1과 KFRI 180이 50% 섞였을 경우, KFRI 180의 밴드 유형을 나타냈기 때문에, KFRI 1 50%-KFRI 180 50% 분리균에는 KFRI 180균의 특성이 함께 존재할 것으로 판단된다. 균주가 혼입되었어도 자실체는 발생되는지를 확인하기 위해 종균병들을 표고 발생조건에 노출시킨 결과, KFRI 1 100%, KFRI 1 90%-KFRI 180 10%, KFRI 1 80%-KFRI 180 20%, KFRI 1 50%-KFRI 180 50% 등 4개 처리구에서 자실체가 발생되었으며, 발생된 자실체들은 외형적으로 기형이었으나 주름살은 정상적으로 만들어졌다.