• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제26권8호
• /
• pp.1398-1403
• /
• 2016

The simultaneous detection and accurate identification of hepatitis A virus (HAV) is critical in food safety and epidemiological studies to prevent the spread of HAV outbreaks. Towards this goal, a one-step duplex reverse-transcription (RT)-PCR method was developed targeting the VP1/P2B and VP3/VP1 regions of the HAV genome for the qualitative detection of HAV. An HAV RT-qPCR standard curve was produced for the quantification of HAV RNA. The detection limit of the duplex RT-PCR method was 2.8 × 10¹ copies of HAV. The PCR products enabled HAV genotyping analysis through DNA sequencing, which can be applied for epidemiological investigations. The ability of this duplex RT-PCR method to detect HAV was evaluated with HAV-spiked samples of fresh lettuce, frozen strawberries, and oysters. The limit of detection of the one-step duplex RT-PCR for each food model was 9.4 × 10² copies/20 g fresh lettuce, 9.7 × 10³ copies/20 g frozen strawberries, and 4.1 × 10³ copies/1.5 g oysters. Use of a one-step duplex RT-PCR method has advantages such as shorter time, decreased cost, and decreased labor owing to the single amplification reaction instead of four amplifications necessary for nested RT-PCR.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제31권3호
• /
• pp.358-367
• /
• 2021

The World Health Organization (WHO) has declared the coronavirus disease 2019 (COVID-19) as an international health emergency. Current diagnostic tests are based on the reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) method, which is the gold standard test that involves the amplification of viral RNA. However, the RT-qPCR assay has limitations in terms of sensitivity and quantification. In this study, we tested both qPCR and droplet digital PCR (ddPCR) to detect low amounts of viral RNA. The cycle threshold (CT) of the viral RNA by RT-PCR significantly varied according to the sequences of the primer and probe sets with in vitro transcript (IVT) RNA or viral RNA as templates, whereas the copy number of the viral RNA by ddPCR was effectively quantified with IVT RNA, cultured viral RNA, and RNA from clinical samples. Furthermore, the clinical samples were assayed via both methods, and the sensitivity of the ddPCR was determined to be equal to or more than that of the RT-qPCR. However, the ddPCR assay is more suitable for determining the copy number of reference materials. These findings suggest that the qPCR assay with the ddPCR defined reference materials could be used as a highly sensitive and compatible diagnostic method for viral RNA detection.

• 한국식품위생안전성학회지
• /
• 제29권1호
• /
• pp.31-39
• /
• 2014

본 연구에서는 FCV 현탁액에 물리, 화학적 위생처리 후 복합효소처리라는 전처리과정을 적용한 뒤 real-time RT-PCR법을 이용하여 살균효능을 분석하였다. RT-PCR 이전에 $37^{\circ}C$에서 30분 동안 PK와 RNase A를 처리함으로써 UV, 열, 염소, 에탄올, 과초산계열 제품에 의해 불활성화 된 바이러스들은 음성 결과를 나타내었고, real-time RTP-CR법을 통해 살균 효능을 정량분석한 결과, 복합효소처리를 했을 경우 무처리구보다 더 높은 살균 효능을 보이는 것을 확인할 수 있었다. 이로써 Nuanualsuwan S. 등의 선행연구에서와 같이 PK와 RNase A로 전처리하는 단계를 통하여 물리, 화학적 위생처리에 의해 손상되지 않은 바이러스가 RT-PCR법에 의해 증폭되는 것을 방지함으로써 Real-time PCR법에 대한 검출 감도를 높일 수 있음을 확인하였다. 또한, FCV를 검출하기 위해 사용된 RT-PCR과 real-time RT-PCR 두 방법 중에서도 real-time RT-PCR법이 가장 신속하면서도 민감도 높은 결과로 도출되었다. 따라서, 유전자 분석 이전에 복합효소처리는 물리, 화학적 위생처리에 의해 불활성화 된 바이러스의 RNA가 transcription 또는 증폭되는 것을 방지하기 위한 수단으로 real-time RT-PCR법과 결합됨으로써 노로바이러스를 비롯한 식중독 바이러스를 검출하는데 효과적으로 적용될 것으로 판단된다. 또한 식품현장에서 전기영동 과정없이 신속하게 살아있는 바이러스만을 수치적으로 정량화함으로써 식품안전에도 기여할 것으로 사료된다.

• Environmental Engineering Research
• /
• 제20권1호
• /
• pp.51-57
• /
• 2015

As expected, the expression of denitrifying genes in a Typha wetland (relatively stagnant compared to other ponds), showing higher nitrogen removal efficiency in summer, was affected by temperature. The abundance and gene transcripts of nitrate reductase (narG), nitrite reductase (nirS), nitric oxide reductase (norB), and nitrous oxide reductase (nosZ) genes in seasonal sediment samples taken from the Acorus and Typha ponds of free surface flow constructed wetlands were investigated using quantitative polymerase chain reaction (Q-PCR) and quantitative reverse transcription PCR (Q-RT-PCR). Denitrifying gene copy numbers ($10^5-10^8$ genes $g^{-1}$ sediment) were found to be higher than transcript numbers-($10^3-10^7$ transcripts $g^{-1}$ sediment) of the Acorus and Typha ponds, in both seasons. Transcript numbers of the four functional genes were significantly higher for Typha sediments, in the warm than in the cold season, potentially indicating greater bacterial activity, during the relatively warm season than the cold season. In contrast, copy numbers and expression of denitrifying genes of Acorus did not provide a strong correlation between the different seasons.

• 대한한의학회지
• /
• 제23권2호
• /
• pp.57-69
• /
• 2002

Objective: The aim of this study is to investigate the effect of Injin butanol fractions with Thin Layer Chromatography on Fas-mediated Apoptosis. Method: Injin-butanol fraction separated by TLC. MIT assay, cell cycle analysis, Caspase-3 protease assay, DNA fragmentation assay and quantitative RT-PCR were performed to evaluate the effects of TLC extraction of lnjin-butanol fraction on cell viability, cell cycle progression and apoptosis. Results: Scopoletin, luteolin, apigenin and unknown powder was isolated by TLC. Fas-mediated apoptosis analysis shows that scopoletin has inhibiting function on apoptosis. Caspase- 3 protease assay analysis shows that scopoletin inhibits activity of caspase-3. Quantitative RT-PCR analysis shows that no activity on caspase-3, but apoptosis inhibition cytokine -Bcl-2- is activated, and apoptosis activating cytokine -Bax- is unactivated. Conclusion: These results show that each fraction of Injin-butanol TLC extraction, especially scopoletin, acts as a protective function on liver cell viability, and inhibitory function on apoptosis. (J Korean Oriental Moo 2002;23(2):57-69)

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제36권1호
• /
• pp.34-42
• /
• 2008

소의 혈액, 세포, 조직, 기관 등 소 유래 물질을 원료로 사용한 생물의약품, 조직공학제제, 세포치료제의 경우 소 유래원료 물질에 다양한 바이러스가 오염된 사례가 있기 때문에 바이러스 안전성 검증이 필수적이다. BVDV는 동물세포주, 우혈청 등에 가장 흔하게 오염되는 바이러스이다. 소 유래물질을 원료로 하는 생물의약품, 조직공학제제, 세포치료제 등에서 BVDV안전성을 확보하기 위해, 원료물질, 제조공정, 완제품에서 BVDV를 정량적으로 검출하고, 제조공정에서 BVDV제거 검증을 위한 시험법으로 활용이 가능한 BVDV real-time RT-PCR시험법을 확립하였다. BVDV에 특이적인 primer를 선별하였으며, 형광염료 SYBR Green I을 사용하여 BVDV RNA 정량 검출 시험법을 최적화하였다. 세포배양법에 의한 감염역가와 비교한 결과 real-time RT-PCR 민감도는 $1TCID_{50}/mL$이었다. 확립된 시험법의 신뢰성(reliability)을 보증하기 위해 시험법 검증을 실시한 결과 특이성 (specificity)과 재현성(reproducibility)이 우수함을 확인하였다. 확립된 real-time RT-PCR을 생물의약품 제조공정 검증에 적용할 수 있는지 확인하기 위하여 인위적으로 BVDV를 오염시킨 CHO 세포주와 소 유래콜라겐에서 BVDV검출 시험을 실시하였다. BVDV를 감염시킨 CHO 세포와 세포배양 상청액에서 BVDV를 정량적으로 검출할 수 있었다. 소 유래 콜라겐에서도 $10TCID_{50}/mL$까지 정량적으로 검출할 수 있었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제14권8호
• /
• pp.4883-4889
• /
• 2013

Background: The most common incident cancer and cause of cancer-related deaths in women is breast cancer. The Myc gene is upregulated in many cancer types including breast cancer, and it is considered as a potential anti-cancer drug target. The present study was conducted to evaluate the Myc (gene and protein) expression pattern in an experimental mammary tumour model in rats. Materials and Methods: Thirty six Sprague Dawley rats were divided into: Experimental group (26 animals), which received the chemical carcinogen N-methyl nitrosourea (MNU) and a control group (10 animals), which received vehicle only. c-Myc oncoprotein and its mRNA expression pattern were evaluated using immunohistochemistry (IHC) and semi-quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR), respectively, in normal rat mammary tissue and mammary tumours. The rat glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gene was used as internal control for semi-quantitative RT-PCR. Results: Histopathological examination of mammary tissues and tumours from MNU treated animals revealed the presence of premalignant lesions, benign tumours, in situ carcinomas and invasive carcinomas. Immunohistochemical evaluation of tumour tissues showed upregulation and heterogeneous cellular localization of c-Myc oncoprotein. The expression levels of c-Myc oncoprotein were significantly elevated (75-91%) in all the tumours. Semi-quantitative RT-PCR revealed increased expression of c-Myc mRNA in mammary tumours compared to normal mammary tissues. Conclusions: Further large-scale investigation study is needed to adopt this experimental rat mammary tumour model as an in vivo model to study anti-cancer strategies directed against Myc or its downstream partners at the transcriptional or post-transcriptional level.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제43권3호
• /
• pp.267-274
• /
• 2015

세포주를 이용하여 생산하는 생물의약품과 생산용 세포주는 세포 배양 과정 중에 사용되는 돼지 유래 trypsin으로 부터 외래성 돼지 유래 바이러스가 오염될 가능성이 있다. PTGV는 세포배양 유래 생물의악품 제조공정에서 오염될 수 있는 외래성 바이러스 중의 하나이다. 본 연구에서는 생물의 약품 제조공정에서 PTGV 안전성을 확보하기 위해, 세포주, 원료물질, 제조공정, 완제품에서 PTGV를 정량적으로 검출하고, 제조공정에서 PTGV 제거 검증을 위한 시험법으로 활용이 가능한 TaqMan probe real-time RT-PCR 시험법을 확립하였다. PTGV에 특이적인 primer와 probe를 선별하여 PTGV 정량검출 시험법을 최적화하였다. 세포배양법에 의한 감염역가와 비교한 결과 real-time RT-PCR의 검출한계는 1.10 × 10⁰ TCID₅₀/ml이었다. 확립된 시험법의 신뢰성을 보증하기 위해 시험법 검증을 실시한 결과 특이성과 재현성, 완건성이 우수함을 확인하였다. 확립된 real-time RT-PCR 을 생물의약품 제조공정 검증에 적용할 수 있는지 확인하기 위하여 인위적으로 PTGV를 오염시킨 CHO-K1 세포주에서 PTGV 검출 시험을 실시하였다. PTGV를 감염시킨 CHO-K1 세포에서 세포변병효과를 관찰할 수 없었지만, 세포배양액에서 PTGV를 정량적으로 검출할 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제18권4호
• /
• pp.648-657
• /
• 2008

In this study, we used functional genomic strategies, proteomics and quantitative real-time (qRT)-PCR, to advance our understanding of genes associated with fumonisin production in the fungus Fusarium verticillioides. Earlier studies have demonstrated that deletion of the FCC1 gene, which encodes a C-type cyclin, leads to a drastic reduction in fumonisin production and conidiation in the mutant strain (FT536). The premise of our research was that comparative analysis of F. verticillioides wild-type and FT536 proteomes will reveal putative proteins, and ultimately corresponding genes, that are important for fumonisin biosynthesis. We isolated proteins that were significantly upregulated in either the wild type or FT536 via two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis, and subsequently obtained sequences by mass spectrometry. Homologs of identified proteins, e.g., carboxypeptidase, laccase, and nitrogen metabolite repression protein, are known to have functions involved in fungal secondary metabolism and development. We also identified gene sequences corresponding to the selected proteins and investigated their transcriptional profiles via quantitative real-time (qRT)-PCR in order to identify genes that show concomitant expression patterns during fumonisin biosynthesis. These genes can be selected as targets for functional analysis to further verify their roles in $FB_1$ biosynthesis.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
• /
• 제34권4호
• /
• pp.275-283
• /
• 2007

목 적: 본 연구에서는 생리혈에 존재하는 탈락된 자궁내막조직에서의 자궁내막증 관련 유전자들의 발현 양상과 자궁내막증 병태생리와의 관련성을 살펴보고자 하였다. 연구방법: 자궁내막증으로 확진된 환자 (n=16)와 정상 대조군 (n=26)에서 생리주기 2$\sim$3일째 Wallace catheter로 채취한 생리혈로부터 탈락된 자궁내막조직을 분리하였다. 기존의 연구들에서 보고된 12종류의 자궁내막증 관련 유전자들의 mRNA 발현 양상을 semi-quantitative RT-PCR 방법으로 비교, 분석하였다. 결 과: 생리혈에서 분리한 탈락된 자궁내막조직은 조직학적 관찰을 통해 자궁내막조직임을 확인하였다. 총 12가지 종류의 자궁내막증 관련 유전자에 대한 RT-PCR 분석에서 telomerase, c-kit, aromatase등의 mRNA 발현이 관찰되지 않았다. 세포사멸 (apoptosis)과 관련성이 있는 fas, fas ligand, bcl-2, bax 유전자와 stem cell factor, ER-$\alpha$/$\beta$, endometriosis protein-I, secretory leukocyte protease inhibitor 등의 mRNA 발현 양상은 자궁내막증으로 확진된 환자군과 대조군에서 통계적으로 유의한 차이를 나타내지 않았다. 결 론: 결론적으로 자궁내막증과 관련된 다양한 유전자들의 발현 양상을 생리혈에 존재하는 탈락된 자궁내막조직에서 분석하였지만 의미성이 있는 유전자를 동정하지는 못하였다. 이는 자궁내막조직의 생리학적 특징인 생리주기에 따른 유전자 발현의 역동적인 변화와 관련이 있을 것으로 생각된다.