• 제목/요약/키워드: Pseudomonas sp. DJ-12.

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Comamonas sp. Strain DJ-12로부터 Protocatechuate의 분해에 관여하는 pmcABCDEFT 유전자군의 구조 분석 (Structure Analysis of pmcABCDEFT Gene Cluster for Degradation of Protocatechuate from Comamonas sp. Strain DJ-12)

  • 강철희;이상만;이경;이동훈;김치경
    • 미생물학회지
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    • 제41권3호
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    • pp.195-200
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    • 2005

  • Comamonas sp. strain DJ-12의 pmcABCDEFT 유전자군은 protocatechuate (PCA)의 분해과정에 관여하는 PCA 4,5-dioxygenase, 4-carboxy-2hydroxymuconic semialdehyde (CHMS) dehydrogenase, 2-pyrone04,5-dicarboxylate(PDC) hydrolase, 4-oxalomesaconate (OMA) hydratase, 그리고 4-oxalocitramalate (OCM) aldolase 등의 효소들을 생산하는 유전자들과 transporter의 역학을 하는 유전자로 각각 확인되었다. 이 유전자군은 Comamonas sp. strain DJ-12의 chromosomal DNA로부터 얻은 PCR 산물들을 T-vector에 ligation하여 재조합 플라스미드 pMT1, pMT2, pMT3, pMT4, pMT5, pMT6, pMT7, pMT8, pMT9, pMT10을 제조하였다. 이들 재조합 플라스미드의 염기서열을 분석한 결과 PCA 4,5-dioxygenase 유전자는 alpha(pmcA)와 beta(pmcB) 두 개의 subunit으로 구성 되어있으며, 각각 450 bp와 870 bp이었다. CHMS dehydrogenase 유전자(pmcC)는 960 bp, PDC hydrolase 유전자(pmcD)는 918 bp이였으며, OMA hydratase 유전자(pmcE)는 1029 bp, OCM aldolase 유전자 (pmcF)는 689 bp, 그리고 transporter 유전자(pmcT)는 1,398 bp이였다. 이들 pmc 유전자들은 pmcT-pmcE-pmcF-pmcD-pmcA-pmcB-pmcC의 순서로 배열되어 있었다. Comamonas sp. strain DJ-12의 pmcABCDEFT 유전자산물의 아미노산 서열을 분석한 결과, Comamonas testosteroni BR6020 및 Psedomonas ochraceae NG.J1와 $94{\~}98\%$의 높은 유사성을 보였고, 그 유전자들의 배열 순서도 동일하였다. 그러나 Sphingomonas paucimobilis SYK-6, Sphingomonas sp. LB126, 그리고 Arthrobacter keyser 12B와는 아미노산 서열이 $52{\~}74\%$의 유사성을 보였고, 그 유전자의 배열 구조도 상이하였다.

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4-Chlorobenzoic Acid 분해유전자의 클로닝과 유전학적 특성 (Cloning and Characterization of the Genes Responsible for Degradation of 4-Chlorobenzoic Acid)

  • 이익근;김종우;김치경
    • 미생물학회지
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    • 제28권1호
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    • pp.41-46
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    • 1990

  • 자연환경으로부터 분리한 DJ-12 균주는 4CBA 및 4CB를 비롯하여 그 대사산물인 4OHBA와 PCA를 분해하여 단일 탄소원으로 이용하였다. DJ-12 균주에서 4CBA 및 4CB분해유전자는 약 65kb 크기의 plasmid인 pDJ121에 존재하였으며, 이 pDJ121은 ExoRI, HindIII, SalI 그리고 PslI의 절단부위를 각각 9, 11, 10 그리고 19개씩 가지고 있었다. EcoRI으로 처리한 pDJ121 절편을 pKT230에 ligation 시켜 재조합 vector인 pDK450을 만들었으며, 이를 Pseudomonas putida KT2440에 transformation 시켜 얻은 cloned cell 에서는 4CBA 분해유전자가 잘 발현되었다.

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pKT230 벡터를 이용한 Pseudomonas sp. P20의 2,3-Dihydroxybiphenyl Dioxygenase 유전자의 클로닝

  • 김지영;김치경;가종억;민경희;박용근
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제24권6호
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    • pp.657-663
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    • 1996

  • Pseudomonas sp. P20 isolated from the polluted environment is capable of degrading biphenyl and 4-chlorobiphenyl. The pcbABCD genes responsible for degradation of biphenyl and 4-chlorobiphenyl were cloned using pBluescript SK(+) from the chromosomal DNA of Pseudomonas sp. P20 to construct pCK1 and pCK102, harbouring pcbABCD and pcbCD, respectively. The 2, 3-DHBP dioxygenase gene, pcbC, was cloned again from pCK102 by using pKT230 which is known as a shuttle vector and pKK1 hybrid plasmid was constructed. The E. coli KK1 transformant obtained by transforming the pKK1 into E. coli XL1-Blue showed 2, 3-DHBP dioxygenase activity. The specific 2, 3-DHBP dioxygenase activity of E. coli KK1 was similar to that of the E. coli CK102, but much higher than those of the natural isolates, Pseudomonas sp. DJ-12 and Pseudomonas sp. P20.

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Southern Hybridization에 의한 Biphenyl 및 4-Chlorobiphenyl 분해유전자들의 상동성 분석 (Homology Analysis Among the Biphenyl and 4-Chlorobiphenyl Degrading Genes by Southern Hybridization)

  • 남정현;김치경;이재구;이길재
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제22권1호
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    • pp.37-44
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    • 1994

  • The homology among the genes coding for degradation of bipheny(BP) and 4-chlorobiphenyl(4CB) was comparatively analyzed by Southern hybridization in several BP/4CB degrading bacterial strains. As the hybridization results of their genomic DNAs with pcbABCD as the DNA probe, the group of Pseudomonas sp. DJ-12. P08 and P27 strain was separated by the group of P20 and P1242 strains. The P. pseudoalcaligenes KF707 showed the hybidization signal which was homologous to the group of DJ-12, but they had different restriction endonuclease sites. The pcbAB genes in pCUl recombinant plasmid from Pseudomonas sp. DJ-12 appeared to be homologous to pchAB genes in pKTF20 cloned from P. pseudoalcaligenes KF707, but the C genes in both strains were not homologous. The bphABC in pKTF20 showed the signals homologous to the cbp ACB in pAW6194 cloned from P. putida OU83, but homologous signal was not found botween the pcbABCD genes in pCUl and the cbpADCB genes in pAW6194 recombbinant plasmid.

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