• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2008년도 춘계학술발표대회
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• pp.455-458
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• 2008

단백질체학에서 2-DE는 조직내의 단백질을 규명하는 단백질 분리 기술로서 2-DE에 의하여 생성된 단백질 이미지에서 스팟 매칭을 진행하여 상이한 단백질 젤 내에 존재하는 동일한 단백질 클래스를 찾을 수 있다. 그러나 단백질 2-DE 이미지는 실험 환경의 변화에 민감하여 이미지의 위치적인 변형이나 먼지, 공기방울 등으로 인해 많은 에러 정보를 포함할 수 있다. 이러한 에러는 스팟 매칭에 치명적인 영향을 주어 낮은 정확도를 가지게 된다. 본 논문에서는 단백질 2-DE 이미지 분석을 위한 스팟 매칭에서의 정확도를 향상시키기 위하여 기준점 학습과 기준점 추출의 두 단계로 이루어진 자동화된 기준점 추출 방법을 사용하여 스팟 매칭의 정확도를 향상시킬 수 있는 최적의 기준점을 선정하는 방법을 제안하며 선정된 기준점을 기반으로 다수의 기준 이미지를 선택하여 스팟 매칭을 반복적으로 진행함으로써 확률 기반의 정확한 스팟 매칭 결과를 도출하고자 한다. 특히 데이터 마이닝 기법에서 사용되는 최소지지도 값을 적용함으로써 지지도가 높은 스팟 매칭 결과를 빈발한 스팟 매칭으로 판정한다. 제안한 스팟 매칭 정확도 향상 기법의 정확도를 평가하기 위하여 실제 단백질 2-DE 젤 이미지 데이터를 사용하여 입력 기준점의 개수와 최소 지지도의 증가에 따른 정확도의 변화를 분석하였다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제21권4호
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• pp.353-366
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• 1992

본 연구는 참치의 석유 에텔 추출물로 부터 항암 효과가 있는 활성 성분을 분리 정제하고, 흰생쥐의 임파모 세포인 LI210 과 P388, 인체 장암세포인 HCT-48, HT-29 및 HRT-18를 대상으로 단계별로 얻어지는 성분의 항암 활성올 측정하고, 그 물질의 생체내에서의 작용 기전을 밝히기 위해 여러가지 면역학적 실험을 수행하였다. In vitro배양액에서의 인체 결장암세포인 H HCT-48에 대해, crude extract는 배양액 1ml강 $60\mu\textrm{g}$ 첨가시 증식이 2배로 억제되었으며(1 unit), 이를 column chromatography 수행하여 얻은 fraction D의 1 unit은 $2 22\mu\textrm{g}$이며, 다시 TLC를 하여 얻은 Spot I 의 1 unit은 $9\mu\textrm{g}$으로서 정제 했을때 277배 증가하였다. Spot I 은 GC/ M5에 의해 7가지 성분이 섞여있는 혼합물로서 이 중 4가지 생분은 $C_{14:0},\;C_{16:0},\;C_{17:1},\;및\;C_{18:0}$인 지방산으로 확인이 되었으며, 나머지 3가지는 지방 성분으로 분자식은 확인되지 않았다. 다른 인체 장암 세포인 HT-29과 HRT-18에 대한 crude extract의 1 unit은 $64\mu\textrm{g}\;및\;54\mu\textrm{g}$이었으며 frattion D의 1 unit에 해당하는 양은 두 세포 모두 약 $34\mu\textrm{g}$이었다. 또한, 생쥐의 백혈병 성 임파모 세포인 L1210과 P388의 경우 crude extract의 1 unit에 해당하는 양은 $2-2.5\mu\textrm{g}$이며, fraction D의 경우는 $1.2-1.4\mu\textrm{g}$으로서 참치 추출물의 세포 종식 억제력은 백혈병성 임파모세포에서 인체 장암세포보다 높았으며, 암세포의 종류에 따라 효과의 차이가 있었다. 참치 추출물(fraction D)을 첨가한 배양액에서 배양한 HCT-48 세포획 크기 분포도는 배양시간이 경과함에 따라 세포의 크기가 작아지며, 현미경 사진에서 보면 본래의 형태가 위축되거나, 세포의 주위가 흐트러지면서 사면 현상을 보였다. 참치 석유 에텔 추출물에는 DHA가 18.8%를 차지 하며 EPA는, 3.25% 포함되어 있었다. 대조군 생쥐에 비해 S-180을 접종한 후 참지 추출물을 투여한 생쥐에서 용혈반 형성 세포수와 혈청 단백질 중 immunoglobulin의 relative %가 현저히 증가되었다. 그러나 비장의 자연 살해 세포의 활성에는 변화를주지 않았다. 이상의 결과로 보아, 참치의 석유 에델 추출물중에 in vitro에서 인체 장암세포 및 백혈병성 임파모세포의 증식 억제 및 생체내에서 면역 증강 효과를 나타내는 성분이 존재함을 알 수 있다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제46권1호
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• pp.108-114
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• 2017

Bacillus subtilis 균주를 이용하여 뽕잎을 발효하고, 발효과정 중 성분 변화와 단백질의 변화, 항산화 활성을 측정하였다. 뽕잎의 조단백 함량은 21.40%, 구성아미노산은 105.06 mg/g으로 측정되었으며, 그중 주된 아미노산은 aspartic acid와 glutamic acid였다. 뽕잎 발효 36시간 후 B. subtilis의 생균수는 9.49 log CFU/mL였으며, protease의 활성은 발효가 진행될수록 증가하여 발효 120시간에는 97.45 units/mL로, 뽕잎의 환경에서 B. subtilis의 생육이 우수하였다. 2DE 실험 결과 발효 전 관찰되던 단백질 spot이 발효 후 분해된 것을 확인하였다. 총 유리아미노산은 발효 전($486.91{\mu}g/g$)보다 발효 후($644.35{\mu}g/g$) 증가하였으며, 특히 alanine, isoleucine, leucine, valine의 함량이 3배 이상 증가한 것으로 나타났다. DPPH radical scavenging activity는 발효 전 25.93%에서 발효 후 73.22%로 증가하였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권11호
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• pp.1599-1607
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• 2004

This study examined the effects of pre-slaughter fasting, chasing stress and chiller ageing on objective meat quality, and their relations to the proteome profile of longissimus muscle using 20 male Korean native black pigs. Treatments were composed of two levels of pre-slaughter feed withdrawal, two levels of pre-slaughter stress and four chiller ageing times. A 15 min chasing stress immediately prior to slaughter significantly (p<0.05) decreased detectable levels of $\mu$-calpain activity during rigor development and chiller ageing, but did not have any direct effect on objective meat quality. On the other hand, pigs fed until the morning of slaughter resulted in significantly (p<0.05) higher hunter L* value and cooking loss than those which received an 18 h feed withdrawal prior to slaughter. Cooking loss and hunter L* value were constant during 7 d of chiller ageing, followed by significant increases at 14 d. The fed animals showed a significantly (p<0.05) higher hunter a* value at both 3 and 7 d, while the other group maintained a stable redness for 7 d. WB-shear force was not affected by the pre-slaughter treatments, but had significant (p<0.05) linear reduction from 1 to 7 d. A gelbased proteome analysis was performed on selected animals for low and high hunter L* values at 1 d. Ten and five spots had greater than two-fold spot densities for the low and high hunter L* groups, respectively. The ten spots included chain A, deoxyribounclease I complex with actin, heat shock protein 27 kDa, a protein similar to cardiac $Ca^{2+}$ release channel, and myosin heavy chain, while the five spots included chain A aldehyde dehydrogenase, glycerol-3 phosphate dehydrogenase, and hemoglobin alpha chain. In general, feeding until the morning of slaughter resulted in more desirable meat color, but appeared to reduce palatability due to increased cooking loss. Proteome analysis demonstrated that various proteins were concomitantly involved in the determination of final meat color. The most noticeable observation in the current study was that various isoforms for a particular protein differed in degradation and/or expression rate depending on meat quality.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제19권3호
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• pp.347-355
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• 2006

A study was conducted to predict the rumen microbial protein production based on urinary excretion of purine derivatives in buffaloes fed a diet of wheat straw and concentrate (40:60) at four fixed levels of feed intake. (95, 80, 60 and 40% of preliminary voluntary feed intake) following experimental protocol of IAEA (Phase I). The buffaloes were allocated according to a $4{\times}4$ latin square design. The urinary allantoin, uric acid, total PD excretion (mmol/d) in treatments L-95, L-80, L-60 and L-40 was 20.13, 16.00, 12.96 and 9.17; 1.88, 2.12, 2.11 and 2.15; 22.01, 18.12, 15.07 and 11.32, respectively and were significantly (p<0.05) different among treatments except for uric acid. The rate of PD excretion (mmol/d) was positively correlated with the digestible organic matter intake. Variations were observed in PD and creatinine concentration in spot samples collected at 6-hour interval. However, daily PD:Creatinine ratio (PDC index) appears to be a reasonably good predictor of microbial-N supply. The contribution of basal purine excretion to total excretion of purine derivatives (PD) was determined in pre-fasting period followed by a fasting period of 6 d (Phase II). Daily PD and creatinine excretion (mmol/kg $W^{0.75}$) during fasting averaged 0.117 and 0.456 respectively for buffaloes. The excretion rates of PD decreased significantly (p<0.01) during fasting compare to pre-fasting period, the urinary creatinine excretion remained almost similar. Except for creatinine, plasma concentration of target parameters significantly (p<0.01) declined during fasting. Likewise, glomerular filtration rate (GFR) and renal clearance of allantoin and uric acid also decreased. Based on the PD excretion rates during fasting and at different levels of feed intake obtained in this study, a relationship between daily urinary PD excretion (Y-mmol) and microbial purine absorption (X-mmol) was developed for buffaloes as Y = 0.74X+0.117 kg $W^{0.75}$. The microbial N supply (g/kg DOMI) remained statistically similar irrespective of dietary treatment. The results showed that excretion of urinary purine derivatives is positively correlated with the levels of feed intake in Murrah buffaloes and thus, estimation of urinary purine derivatives and PDC index could be used to determine microbial nitrogen supply when there is large variation in level of feed intake.

• 식물병연구
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• 제15권3호
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• pp.254-258
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• 2009

전형적인 모자이크 증상의 표주박(Lagenaria leucantha var. gourda)으로부터 CMV를 분리하고 Lag-CMV로 명명하였다. 표주박에서 분리한 Lag-CMV는 N. benthamiana에서 전신감염되어 전형적인 모자이크 증상을 나타내 대조로 공시한 CMV들과 유사하였다. 그러나 N. tabacum. cv. Xanthi nc에서 접종엽에 퇴록반점이 형성되는 점이 As-CMV와 유사하였으며, 접종엽에 무병징을 나타낸 Fny-CMV와 구분되었다. 또한 Fny-CMV에 감염된 오이와 쥬키니 호박은 매우 심한 모자이크 증상을 나타낸 반면, Lag-CMV와 As-CMV에 감염된 식물은 비교적 엷은 모자이크 병징이 발현되었다. 고추에서는 Fny-CMV와 As-CMV가 접종상엽에 모자이크 증상이 발현되으나, Lag-CMV는 무병징으로 감염되었다. Lag-CMV에 감염된 N. benthamiana로부터 추출한 dsRNA의 전기영동 패턴은 대조의 Fny-CMV나 As-CMV의 dsRNA와 종류 및 분자 크기에서 차이를 나타내지 않았다. Lag-CMV에 감염된 N. benthamiana로부터 추출한 total RNA를 외피단백질 유전자와 IR 및 3' 비번역영역 일부를 포함하는 약 950 bp의 cDNA합성을 위한 프라이머를 이용하여 RT-PCR을 실시한 결과 약 950 bp의 cDNA가 검출되었다. 이 cDNA를 제한효소 EcoRI, HindIII, MspI, SalI 및 XhoI으로 처리한 후 RFLP분석을 실시한 결과, Lag-CMV의 RFLP패턴은 As-CMV와 일치하였다. 한편 이 cDNA를 이용하여 염기서열을 분석한 결과, 염기서열의 유사도는 As-CMV와 99.1%, Fny-CMV와는 94.5%였으며, 외피단백질의 아미노산서열 유사도는 As-CMV는 100%, Fny-CMV와 97.3%를 나타냈다. 이와 같은 결과들로부터 표주박에서 분리한 Lag-CMV는 As-CMV와 같은 서브그룹 IB에 속하는 것으로 확인되었다.

• 한국축산식품학회지
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• 제25권3호
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• pp.350-356
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• 2005

Probiotics로서의 활성이 높은 Lactobacillus acidophilus 30SC의 생존성을 증진시키기 위한 기초 자료를 얻고자, heat shock stress를 가한 후 생균수를 측정하고, 생존율의 변화를 통해 고온 처리에 의한 고온 및 냉동 내성의 증진 효과를 평가하였다. 또한 열처리 동안 새로이 발현되는 단백질을 1차원 및 2차원 전기영동을 이용하여 확인하였으며, 주사전자현미경을 사용하여 세포 모양을 관찰하였다. L. acidophilus 30SC는 $55^{\circ}C$의 heat shock stress를 받았을 때 생존 균수가 감소하는 것으로 나타났다. 나머지 처리구는 $37^{\circ}C$에서 계속 배양한 것과 별다른 차이를 나타내지 않았다. 특히 $45^{\circ}C$로 heat shock stress를 준 경우 $37^{\circ}C$에서 배양한 것과 거의 동일하였다. L. acidophilus 30SC에 $45^{\circ}C$로 heat shock stress를 가한 뒤 추가로 55 및 $60^{\circ}C$에 노출시켰을 때 가장 높은 생존율을 나타냈고, 치사 수준인 $55^{\circ}C$의 heat shock stress를 받은 후 $55^{\circ}C$ 및 $60^{\circ}C$에 노출되었을 때 생존율이 급격히 감소하는 경향을 보였다. L. acidophilus 30SC에 $55^{\circ}C$로 15분 Heat shock stress를 준 경우 약 22와 25 kDa의 단백질들이 새로이 발현된 것으로 나타났으나, 24와 27 kDa로 추정되는 단백질의 발현 정도는 낮았음을 확인하였다. 2차원 전기영동을 실시한 결과, $37^{\circ}C$에서 배양한 대조구와 비교할 때 $55^{\circ}C$로 heat shock stress를 준 경우 새로이 5개의 protein spot을 발견할 수 있었다. 주사전자현미경으로 세포의 형태를 관찰한 결과 heat shock stress를 준 경우에는 세포의 길이가 신장되는 경향을 나타내었다.

• 식물병연구
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• 제16권3호
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• pp.238-246
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• 2010

2006년 9월 충청북도 농업기술원 내 백미속 약용작물, 큰조롱과 넓은잎 큰조롱 시험포장에서 바이러스병 조사를 수행하였다. 각 시험구별 바이러스 발병률은 20-80%의 범위였으며, 뿌리로 번식한 경우가 종자로 번식한 경우보다 발병률이 두 배 정도로 높았다. 두 약용식물에서는 모자이크, 얼룩, 괴저, 황화, 퇴록반점, 기형 등 매우다양한 바이러스 병징이 관찰되었다. 전자현미경 분석결과 대부분의 시료에서 390-730 nm 길이의 사상형 입자가 관찰되었으며, 바이러스 병징을 보인 시료 중 일부에서는 바이러스 입자가 관찰되지 않은 것도 있었다. 전형적인 모자이크 증상을 보이는 큰조롱 잎을 순화하여 약 430-845 nm 길이의 사상형 입자를 얻을 수 있었다. 순화한 바이러스로부터 분리된 RNA를 이용하여 염기서열 분석을 실시한 결과 포티바이러스속 P3과 외피단백질 유전자의염기서열을 얻을 수 있었으며, BLAST 분석결과 포티바이러스속 바이러스들과 각각 약 26-38%와 62-72% 상동성을 나타내었다. 순화한 바이러스의 SDS-PAGE 분석에서 염기서열 분석으로 예상되는 약 30kDa의 외피단백질을 확인하였다. 7과 21종의 지표식물을 사용한 생물검정에서 Chenopodium quinoa에서 접종엽의 국부병반과 함께 전신적 황화반점 증상을 나타냈으며, 나머지 지표식물에서는 감염되지 않았다. 채집된 큰조롱과 넓은잎 큰조롱시료를 특이 프라이머를 이용한 RT-PCR 방법으로 진단한 결과 병징을 보인 모든 시료에서 양성반응이 나타났으며, 병징을 보이지 않는 7점 중 5점의 시료에서 양성반응을 나타내었다. 이러한 결과들을 종합해 볼 때 본 바이러스는 포티바이러스속의 새로운 종으로 확인되었으며, 우리나라가 원산지인 큰조롱에서 최초로 발견된 바이러스인 점에서 Keunjorong mosaic virus(KjMV)로 명명하고자 한다.

• Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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• 제27권5호
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• pp.373-384
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• 2001

Cellular proliferation is an intricately regulated process mediated by the coordinated interactions of critical growth control genes. Two of these factors in mammalian cells are the p53 and mdm-2 genes. A protein product of the mem-2 oncogene has been recently shown to associate with the protein encoded by the tumor suppressor gene p53. The p53 tumor suppressor protein is stabilized in response to DNA damage and other stress signals and causes the cell to undergo growth arrest or apoptosis, thus preventing the establishment of mutations in future cellular generations. Mutation or loss of p53 is a very common event in tumor progression. It occurs in about 50% of all tumors analysed including of colon, lung, breast and liver. The cellular mdm-2 gene, which has potential transforming activity that can be activated by overexpression, is amplified in a significant percentage of human sarcoma and in other mammalian tumors. Proteins encoded by the mdm-2 gene are able to bind to the p53 protein and, when overexpressed, can inhibit p53's transcriptional activation function, thus mdm-2 can act as a negative regulator of p53 function. Experimental study was performed to observe the relationship between p53 gene mutation and mdm-2 protein expression and apply the results to the clinical activity. 36 golden syrian hamster each weighing $60{\sim}80g$ were used and painted with 0.5% DMBA by 3 times weekly on the right buccal cheek(experimental side) for 6, 8, 10, 12, 14 and 16 weeks. Left buccal cheek(control side) was treated with mineral oil as the same manner to the right side. The hamsters were sacrificed on the 6, 8, 10, 12, 14 & 16 weeks. Normal and tumor tissues from paraffin block were examined for histology and immunohistochemistry observation, and were completely dissected by microdissection and DNA from both tissue were isolated by proteins K/phenol/chloroform extraction. Segments of the hamster p53 exons 5, 6, 7 and 8 were amplified by PCR using the oligonucleotide primers, and then confirmational change was observed by SSCP respectively. The results were as follows : 1. Dysplasia at 6 weeks, carcinoma in situ at 8 weeks and invasive carcinoma from 10 weeks could be observed in experimental groups. 2. p53 mutations were detected in 10 of the 36(28%) and the exons 6(6 of the 10 : 60%) was the most hot spot area among the highy conserved region(exons 5, 6, 7 & 8). 3. Immunohistochemical study confirmed 22 of the 36(61%) of p53 expression involving 10 of p53 mutations. 4. mdm-2 expression of was showed in 3 of the 36(8%) involving 1 of the 22 of p53 expression and 2 of the 14 of p53 non-expression. From the above results, mutation of p53 gene or expression of p53 protein may have the influence of the DMBA induced carcinoma of hamster buccal pouch but the expression of mdm-2 protein may not have relationship with tumorigenesis.

• 한국어병학회지
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• 제26권2호
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• pp.99-110
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• 2013

수산종묘는 인류에게 중요한 동물성 단백질을 제공할 뿐만 아니라, 방류를 통한 수산자원 관리의 측면에서도 매우 중요하다. 수산자원의 증강을 목적으로 2009년에는 33품종, 2010년에는 44품종, 2011년에는 43품종, 2012년에는 46품종에 대해 수산생물전염병에 대한 감염 여부를 조사하였다. 검사품종 중에서 해면품종으로는 전복이 가장 많았으며, 그 다음 해삼, 넙치, 조피볼락, 꽃게 순으로 나타났다. 내수면품종 중에서는 붕어가 가장 많았으며, 그 다음으로 쏘가리, 대농갱이, 다슬기, 참게의 순으로 나타났다. 감성돔, 돌돔, 붉은쏨뱅이, 뱀장어는 4년 동안 지속적으로 검사 횟수가 감소하였다. 숭어에 대해서는 2009년에만 전염병 검사가 수행되었다. 8개의 검사 항목에 대해 총 8,476건의 검사가 실시되었으며, 56건 (0.67%)에서 koi herpesvirus, white spot syndrome virus, red sea bream iridovirus 또는 viral haemorrhagic septicemia virus와 같은 병원체가 검출되어 불합격 처리되었다.