• 제목/요약/키워드: Promoter Analysis

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Effects of Bacillus subtilis KN-42 on Growth Performance, Diarrhea and Faecal Bacterial Flora of Weaned Piglets

  • Hu, Yuanliang;Dun, Yaohao;Li, Shenao;Zhao, Shumiao;Peng, Nan;Liang, Yunxiang
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제27권8호
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    • pp.1131-1140
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    • 2014
  • This research focused on the effects of different doses of Bacillus subtilis KN-42 on the growth performance, diarrhea incidence, faecal bacterial flora, and the relative number of Lactobacillus and Escherichia coli in faeces of weaned piglets to determine whether the strain can serve as a candidate antimicrobial growth promoter. A total of 360 piglets (initial body weight $7.14{\pm}0.63$ kg) weaned at $26{\pm}2$ days of age were randomly allotted to 5 treatment groups (4 pens per treatment with 18 pigs per pen) for a 28-day trial. Dietary treatments were basal diet without any antimicrobial (negative control; NC), basal diet supplemented with 120 mg/kg feed of neomycin sulfate (positive control; PC) and basal diet supplemented with $2{\times}10^9$ (L), $4{\times}10^9$ (M) and $20{\times}10^9$ (H) CFU/kg feed of B. subtilis KN-42. During the overall period, average daily gain and feed efficiency of piglets were higher in groups PC, M, and H than those in group NC (p<0.05), and all probiotics and antibiotics groups had a lower diarrhea index than group NC (p<0.05). The 16S rDNA gene-based methods were used to analyze faecal bacterial flora on day 28 of experiment. The result of denaturing gradient gel electrophoresis analysis showed that supplementation of B. subtilis KN-42 to the diet changed the bacterial communities, with a higher bacterial diversity and band number in group M than in the other four groups. Real-time polymerase chain reaction analysis showed that the relative number of Lactobacillus were higher in groups PC and H than in group NC (p<0.05), and the supplemented B. subtilis KN-42 to the diet also reduced the relative number of E. coli (p<0.05). These results suggest that dietary addition of B. subtilis KN-42 can improve the growth performance and gastrointestinal health of piglets.

TBAB를 포함하는 혼합 하이드레이트의 상평형 및 $^{13}C$ NMR 분석 (Phase Equilibria and $^{13}C$ NMR Analysis of the Double Semi-Clathrates Containing TBAB)

  • 이승민;박성민;이영준;이성원;서용원
    • Korean Chemical Engineering Research
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    • 제49권3호
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    • pp.367-371
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    • 2011
  • TBAB(tetra-n-butyl ammonium bromide)는 상온/상압 조건에서 semi- clathrate를 형성하는 물질로서 최근 가스 하이드레이트 형성법을 이용한 천연가스 수송 및 저장, 기체분리 공정 등에서 열역학적 촉진제로 주목받고 있다. 본 연구에서는 TBAB의 열역학적 촉진제로서의 특성을 알아보기 위해 $CH_{4}$+TBAB와 $CO_{2}$+TBAB 혼합 하이드레이트계에 대하여 TBAB 농도(5, 32 wt%)에 따른 가스 하이드레이트 3상(하이드레이트(H)-물($L_{w}$)-기상(V)) 평형 조건을 측정하였다. 혼합 하이드레이트의 경우 TBAB의 농도가 5 wt%일 때에 비해 32 wt%일 경우에 열역학적 촉진 효과가 훨씬 크게 나타나는 것을 알 수 있었으며, 이는 순수 TBAB semi-clathrate의 농도별 상압 해리 온도 경향과 유사하였다. 또한, $^{13}C$ NMR 분석을 통하여 $CH_{4}$ + TBAB 혼합 하이드레이트의 동공에 $CH_{4}$ 기체가 포집되어 있음을 확인하였고 이 동공의 특성이 순수 $CH_{4}$ 하이드레이트(구조-I)의 작은 동공($5^{12})$과 동일함을 확인할 수 있었다.

공공 R&D 시설. 장비의 공동 활용 전략에 대한 연구: 사업별 서비스 품질 개선 및 운영주체의 역할 재조정 (A Study on the Strategic Management of the Public R&D Facilities: The Direction of Service Quality Improvement and Managerial Role Reformation)

  • 임성민;정욱
    • 기술혁신학회지
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    • 제12권2호
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    • pp.388-412
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    • 2009
  • 최근 연구개발투자의 확대와 더불어 첨단 분야 연구 활동이 활발해지고, 국가균형발전 및 지역혁신에 대한 관심이 증폭되면서 연구시설 장비 인프라가 크게 확대되고 있는 상황에 있으나 연구시설 장비의 중요성에 비하여 전략적 투자와 효율적인 운영체제 및 공동 활용을 위한 노력은 아직 미흡한 실정이다. 본 연구는 국가 연구개발 사업 중 주요 부처에서 지원하고 있는 대표적 연구시설 장비 구축 사업들의 향후 개선 방향에 대한 정책적 제언을 제공하기 위하여 대외 공동 활용 서비스에 있어서 사업의 대외 사용자들이 인식하는 중요한 서비스 품질의 요인들과 각 요인들에서 느끼고 있는 만족도를 파악하고 이를 바탕으로 하여 중요도-만족도 분석을 수행하여 각 사업별 집중 개선 대상이 되는 서비스 품질 요인을 파악하였다. 그리고 서비스 제공자들에 대한 심층인터뷰를 수행하여 설문 조사 결과의 확인과 원인 도출 및 개선방향 설정 등을 포함하는 분석활동을 수행한끝에 정부차원의 시설 장비 운영 자원제도의 수립에 있어서 함께 고려되어야 할 사항들을 파악하였다. 그 결과 대학의 경우 공동 활용 목적 보다는 자체 연구목적의 다양한 적용분야에 대한 시설 장비 지원 사업을 추진하는 것이 보다 적합하고, 독립법인의 경우에는 공동 활용 목적의 일반/범용수준의 장비들을 지원하는 사업을 추진하는 것이 효과적이며, 정부출연연구소의 경우에는 선도/개척 수준에 해당하는 고가 및 희귀한 장비들을 필요로 하는 자체연구 및 공동활용목적의 사업을 추진하는 것이 보다 적합하다는 사업 추진주체의 효과적 역할분담에 대한 정책적 제언을 제시하였다.

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Microarray 분석을 이용한 유채 종자성숙단계별 유전자 발현 양상 (Gene Expression Profiling of Oilseed Rape Embryos Using Microarray Analysis)

  • 노경희;박종석;김종범;김현욱;이경렬;김순희
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제55권4호
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    • pp.227-234
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    • 2012
  • 유채 종자 성숙단계별 변화하는 종자의 특성을 살펴본 결과, 개화 후 25일된 미성숙 종자에서 지방산 생성이 관찰되기 시작하였으며, 개화 후 35일된 미성숙 종자에서 지방산 생성이 거의 최고치에 달하는 것을 관찰하였으며, 이 때 백립중이 406 mg으로 가장 무거웠다. 유채 300k Microarray를 이용하여 유채 종자 성숙단계별 발현되는 유전자의 발현양상을 살펴보았다. 유채 300k Microarray는 NCBI에 등록되어 있는 543,448개의 ESTs와 780개의 cDNA정보를 군집 분석하여 80,696개의 유전자정보를 얻어 제작되었다. 개화 후 10, 25, 그리고 35일된 종자에서 total RNA를 분리하여 유채 300k Microarray 실험을 수행한 결과, 약 7,000개의 유전자에 해당하는 8.5%가 잎에 비해 종자(25DAF)에서 발현 양이 2배 이상 증가됨을 알 수 있었고, 10배 이상 증가하는 유전자 비율도 0.4%에 해당하였다. 종자 특이 발현 유전자의 발현양상을 보면, 초기에는 저장 및 세포분화 관련 유전자들의 발현 양이 높게 나타난 반면, 후기에는 지방산 대사 관련 유전자를 포함한 에너지 축적 관련 유전자들의 발현 양이 높게 나타나는 것을 관찰 할 수 있었으며, reverse transcriptase-polymerase chain reaction을 통해서 이를 확인하였다. 본 실험 결과는 종자 특이 발현 프로모터를 발굴하거나 특정 대사 기작 연구에 관여하는 유전자 발현 양상을 광범위하게 살펴봄으로써 좀 더 심도 있는 연구를 할 수 있는 기초자료를 제공하는데 많은 도움이 될 거라 사료된다.

Improving the Chitinolytic Activity of Bacillus pumilus SG2 by Random Mutagenesis

  • Vahed, Majid;Motalebi, Ebrahim;Rigi, Garshasb;Noghabi, Kambiz Akbari;Soudi, Mohammad Reza;Sadeghi, Mehdi;Ahmadian, Gholamreza
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제23권11호
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    • pp.1519-1528
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    • 2013
  • Bacillus pumilus SG2, a halotolerant strain, expresses two major chitinases designated ChiS and ChiL that were induced by chitin and secreted into the supernatant. The present work aimed to obtain a mutant with higher chitinolytic activity through mutagenesis of Bacillus pumilus SG2 using a combination of UV irradiation and nitrous acid treatment. Following mutagenesis and screening on chitin agar and subsequent formation of halos, the mutated strains were examined for degradation of chitin under different conditions. A mutant designated AV2-9 was selected owing to its higher chitinase activity. To search for possible mutations in the whole operon including ChiS and ChiL, the entire chitinase operon, including the intergenic region, promoter, and two areas corresponding to the ChiS and ChiL ORF, was suquenced. Nucleotide sequence analysis of the complete chitinase operon from the SG2 and AV2-9 strains showed the presence of a mutation in the catalytic domain (GH18) of chitinase (ChiL). The results demonstrated that a single base change had occurred in the ChiL sequence in AV2-9. The wild-type chitinase, ChiL, and the mutant (designated ChiLm) were cloned, expressed, and purified in E. coli. Both enzymes showed similar profiles of activity at different ranges of pH, NaCl concentration, and temperature, but the mutant enzyme showed approximately 30% higher catalytic activity under all the conditions tested. The results obtained in this study showed that the thermal stability of chitinase increased in the mutant strain. Bioinformatics analysis was performed to predict changes in the stability of proteins caused by mutation.

창출(蒼朮) 에탄올 추출물이 비만세포 매개 염증반응에 미치는 영향 (The Effects of Ethanol Extract from Atractylodes Chinensis Rhizome on the Mast Cell-Mediated Inflammatory Responses)

  • 김선민;김경준
    • 한방안이비인후피부과학회지
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    • 제24권1호
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    • pp.45-63
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    • 2011
  • Objective : Atractyloides Chinensis Rhizome (ACR) is widely used in oriental medicine as a remedy for an inflammation and an allergic disease. However, as yet there is no clear explanation of how ACR affects the production of inflammatory cytokine. This study was to determine the effects of ACR on the mast cell-mediated inflammatory responses. Method : The amount of inflammatory cytokine production induced by the phorbol myristate acetate (PMA) plus calcium ionophore(A23187) in the human mast cell line (HMC-1) incubated with various concentrations of ACR was measured. The TNF-${\alpha}$ protein levels were analysised by Western blots. The TNF-${\alpha}$, IL-6 and IL-8 secreted protein levels were measured by the ELISA assay. The TNF-${\alpha}$, IL-6 and IL-8 mRNA levels were measured by the RT-PCR analysis. NF-${\kappa}$B, phospho-I${\kappa}$B and MAPKs were examined by Western blot analysis. The NF-${\kappa}$B promoter activity was examined by a luciferase assay. Results : 1. The expressions of TNF-${\alpha}$ and TNF-${\alpha}$ mRNA were decreased dose-dependently at 0.05-0.2mg/$m\ell$ of ACR and significantly decreased at 0.2mg/$m\ell$. 2. The expressions of IL-6 and IL-6 mRNA were decreased dose-dependently at 0.05-0.2mg/$m\ell$ of ACR and significantly decreased at 0.2mg/$m\ell$. 3. The expressions of IL-8 and IL-8 mRNA were decreased dose-dependently at 0.05-0.2mg/$m\ell$ of ACR and significantly decreased at 0.2mg/$m\ell$ specially. 4. The expressions of Phosphorylated-JNK were decreased, not p38, ERK 5. The expressions of NF-${\kappa}$B were decreased dose-dependently at 0.1-0.2mg/$m\ell$ of ACR. The expressions of Phosphorylated I${\kappa}$B were significantly decreased at 0.2mg/$m\ell$. In addition, ACR suppressed PMA plus A23187-induced NF-${\kappa}$B promoting activity. Conclusion : It is suggested that ACR should suppress through inhibition of NF-${\kappa}$B activity and cytokine production.

목단피의 NF-κB와 MAPKs 억제를 통한 Pro-inflammatory Cytokines 활성에 미치는 효과 (The Effect of Moutan Cortex on Pro-inflammatory Cytokines through NF-κB & MAPKs pathway in HMC-l)

  • 박주호;김경준
    • 한방안이비인후피부과학회지
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    • 제22권2호
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    • pp.1-18
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    • 2009
  • Objective : Moutan Cortex (the root bark of Paeonia suffruticosa Andr.) is widely used in oriental medicine as a remedy for inflammation. However, as yet there is no clear explanation of how MC(Moutan Cortex) affects the production of inflammatory cytokine. This study was to determine the effects of Essence extracted MC on the mast cell-mediated inflammatory responses. Method : We observed the effect of MC on compound 48/80-induced histamine release of rat peritoneal mast cells and the effect of administering MC on PCA in rat. We measured the amount of inflammatory cytokine production induced by the phorbol myristate acetate (PMA) plus calcium ionophore(A23187) in the human mast cell line (HMC-1) incubated with various concentrations of MC. The TNF-$\alpha$ protein levels were analysised by Western blot. The TNF-$\alpha$, IL-6 and IL-8 secreted protein levels were measured by the ELISA assay. The TNF-$\alpha$, IL-6 and IL-8 mRNA levels were measured by the RT-PCR analysis. NF-$\kappa$B, phospho-I$\kappa$B and MAPKs were exmined by Western blot analysis. The NF-$\kappa$B promoter activity was examined by luciferase assay. Result : 1. Enzyme immunoassay indicated that MC suppressed histamine secretion of rat peritoneal mast cells. 2. In PCA dependent on IgE, MC had anti-allergic effect of the internal surface of rat skin. 3. Western blot indicated that MC decreased TNF-$\alpha$ protein levels. 4. ELISA indicated that MC decreased TNF-$\alpha$, IL-6 but MC had no significant effect on IL-8 in HMC-1 cells. 5. RT-PCR indicated that MC decreased TNF-$\alpha$, IL-8 but MC had no significant effect on IL-6 in HMC-l cells. 6. Western blot indicated that MC suppressed the induction of MAPKs, NF-$\kappa$B & phospho-I$\kappa$B activity in HMC-1 cells. 7. Luciferase assay indicated that MC suppressed the PMA plus A23187-induced NF-$\kappa$B promoting activityin HMC-1 cells. Conclusion : In this study, we have found that MC is an inhibitor of NF-$\kappa$B, MAPKs & cytokines on the mast cell-mediated inflammatory responses.

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과발현 형질전환벼에서 CCCH type zinc-finger protein 유전자 OsZF2 기능 분석 (Functional characterization of a CCCH type zinc-finger protein gene OsZF2 by ectopic overexpression of the gene in rice)

  • 이정숙;윤인선;윤웅한;이강섭;변명옥;서석철
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제36권1호
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    • pp.23-29
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    • 2009
  • 벼의 저온처리 cDNA 은행에서 분리된 CCCH 형태 zinc finger 단백질인 OsZF2의 기능을 분석하기 위하여 벼에서 CaMV 35S 프로모터 조절하에 OsZF2가 발현(35S:OsZF2)되는 형질전환벼 식물체를 개발하였다. 35S:OsZF2 형질전환벼에 대한 하이그로 마이신저항성 검정을 통해 동형접합체 계통을 선발하고 Northern 발현분석에 의해 OsZF2 유전자가 형질전환체에서 과발현되는 것을 확인하였다. 형질전환체와 대조구인 낙동벼를 100 mM NaCl 첨가 MS 배지에서 키운 후 잎과 뿌리의 길이를 측정하여 내염성 검정을 수행한 결과 대조구에 비해 형질전환체 생육이 다소 양호 한 것으로 나타났다. GMO 포장에서 생육상태를 관찰 한 결과 형질전환체는 생육지연으로 인한 왜화 현상을 나타내며 출수기 또한 열흘 정도 지연되나 등숙기에는 대조구와 같은 초장을 보였다. zinc finger 유전자는 식물체의 발달과 분화 단계 및 환경 스트레스 반응 등 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있으므로 유전체발현 분석으로 하위단계에서 조절되는 유전자 발현 양상을 분석하였다. 35S:OsZF2 전환체에서 낙동벼보다 4배 이상 발현이 증가된 유전자 중에서 게놈 주석에 기초한 기능을 유추하면 신호전달과 관련된 protein kinase, DNA 결합단백질과 대사에 관련된 효소 유전자, 스트레스 반응에 관여하는 일부 유전자 및 병 저항성과 관련된 유전자들의 발현이 증가되었다. 따라서 벼에서 분리된 OsZF2 CCCH type zinc finger 유전자는 벼 성장 발달과 스트레스에 반응하는 상위 조절자로서 기능을 할 것으로 추측된다.

ATF3를 통한 caffeic acid phenethyl ester에 의한 NAG-1 유전자의 발현 증가 (Caffeic Acid Phenethyl Ester Induces the Expression of NAG-1 via Activating Transcription Factor 3)

  • 박민희;정정욱;이성호;백승준;김종식
    • 생명과학회지
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    • 제28권1호
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    • pp.37-42
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    • 2018
  • NAG-1 단백질은 TGF-${\beta}$ superfamily 유전자로서 암세포의 apoptosis를 유도하고 항암 활성과 관련이 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 프로폴리스 유래의 파이토케미칼 CAPE (caffeic acid phenethyl ester)에 의한 항암유전자 NAG-1의 발현과 발현조절에 대해 연구하였다. 인간 대장암 세포주 HCT116에서 CAPE의 처리에 의해 농도의존적, 시간의존적으로 NAG-1의 발현이 증가됨을 확인하였다. 게다가, 다른 대장암 세포주인 LOVO 세포주에서도 농도의존적으로 NAG-1의 발현이 증가됨을 확인하였다. p53-null HCT116세포주를 이용한 실험에서 CAPE에 의한 NAG-1의 발현은 전사조절인자인 p53에 의존하지 않음을 증명하였다. 또한, 3가지 종류의 NAG-1 프로모터 construct를 이용한 실험에서, cis-element 후보가 -474와 -1,086사이에 있음을 증명하였다. CAPE에 의해 전사조절인자인 ATF3와 CREB의 발현이 변화되는 지를 확인한 결과, CREB은 전혀 발현이 증가되지 않는 반면 ATF3는 CAPE 처리에 의해 농도의존적으로 발현이 증가함을 확인하였다. 그리고, pCG-ATF3와 pCREB의 cotransfection 실험에서 CREB은 NAG-1의 발현에 영향을 못 미치는 반면, ATF3의 과대발현에 의해 NAG-1의 발현이 증가됨을 확인하였다. 결론적으로, CAPE에 의한 NAG-1의 발현은 주로 전사조절인자인 ATF3를 경유하여 일어남을 시사한다.

Expression of the Floral Repressor miRNA156 is Positively Regulated by the AGAMOUS-like Proteins AGL15 and AGL18

  • Serivichyaswat, Phanu;Ryu, Hak-Seung;Kim, Wanhui;Kim, Soonkap;Chung, Kyung Sook;Kim, Jae Joon;Ahn, Ji Hoon
    • Molecules and Cells
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    • 제38권3호
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    • pp.259-266
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    • 2015
  • The regulation of flowering time has crucial implications for plant fitness. MicroRNA156 (miR156) represses the floral transition in Arabidopsis thaliana, but the mechanisms regulating its transcription remain unclear. Here, we show that two AGAMOUS-like proteins, AGL15 and AGL18, act as positive regulators of the expression of MIR156. Small RNA northern blot analysis revealed a significant decrease in the levels of mature miR156 in agl15 agl18 double mutants, but not in the single mutants, suggesting that AGL15 and AGL18 co-regulate miR156 expression. Histochemical analysis further indicated that the double mutants showed a reduction in MIR156 promoter strength. The double mutants also showed reduced abundance of pri-miR156a and pri-miR156c, two of the primary transcripts from MIR156 genes. Electrophoretic mobility shift assays demonstrated that AGL15 directly associated with the CArG motifs in the MIR156a/c promoters. AGL18 did not show binding affinity to the CArG motifs, but pull-down and yeast two-hybrid assays showed that AGL18 forms a heterodimer with AGL15. GFP reporter assays and bimolecular fluorescence complementation (BiFC) showed that AGL15 and AGL18 co-localize in the nucleus and confirmed their in vivo interaction. Overexpression of miR156 did not affect the levels of AGL15 and AGL18 transcripts. Taking these data together, we present a model for the transcriptional regulation of MIR156. In this model, AGL15 and AGL18 may form a complex along with other proteins, and bind to the CArG motifs of the promoters of MIR156 to activate the MIR156 expression.