Journal of the Korean Data and Information Science Society
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제15권1호
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pp.75-81
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2004
We selected, in previous research, a major DNA Marker 235bp of ILSTS035 microsatellite locus in progeny test Hanwoo chromosome 6. We apply a major DNA Marker 235bp to perormance valuation Hanwoo chomosome 6. We use bootstrap BCa method and calculate confidence interval. A major DNA Marker 235bp is verified that it does not have environmental effect but affects primely economic trait factor.
Journal of the Korean Data and Information Science Society
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제15권1호
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pp.41-47
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2004
DNA marker 95bp and 100bp are selected as major DNA markers of the BM4311 microsatellite locus in progeny test Hanwoo chromosome 6 linkage map. This document is tried to know whether DNA marker 95bp and 100bp are also major DNA markers in Hanwoo performance valuation in chromosome 6 linkage map. The bootstrap BCa method will be used to calculate confidence interval for DNA markers.
Jang, Sungbong;Kim, So Yeon;Lee, Soo-Hyun;Shin, Min Gwang;Kang, Jimin;Lee, Dooho;Kim, Sidong;Noh, Seung Hee;Lee, Seung Hwan;Choi, Tae Jeong
농업과학연구
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제46권2호
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pp.293-301
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2019
This study was done to estimate the effect of progeny numbers and pedigree depth on the accuracy of the estimated breeding value (EBV) using best linear unbiased prediction (BLUP) method in Hanwoo. The experiment groups (sire = 100, 200, and 300; progeny = 4 and 8) were made by random sampling and by genetic evaluation of the following traits: Body weight (BW), carcass weight (CW), eye muscle area (EMA), back fat thickness (BFT) and marbling score (MS9). As a result of the genetic evaluation, the accuracy of the EBV was roughly 30 - 60% with 4 progenies, and the accuracy of the EBV increased by about 50 - 75% with 8 progenies. In the other words, when the number of progenies increased from 4 to 8, the accuracy of the EBV simultaneously increased by about 15 - 20%. Moreover, when the number of sires was higher, variations in the accuracy of the EBV within the groups for each trait decreased. Therefore, this result indicates that not only the number of progeny but also the number of sires can affect the accuracy of the EBV. Consequently, collecting information on the progeny and careful management of that information are very important things in the Hanwoo breeding system. Therefore, the EBV can show more precise results when conducting genetic evaluations.
본 연구는 1989년 8월부터 2005년 9월까지 농협중앙회 가축개량사업소에서 당대 검정을 실시한 비거세우 3,904두의 검정 자료와 1996년 8월부터 2004년 6월까지 축산연구소 한우시험장(대관령지소), 유전자원시험장(남원지소), 농협중앙회 가축개량사업소에서 출생한 후대검정 거세우 2,424두의 검정 자료를 조사 분석하였다. 분석 형질은 당대검정 비거세우(후보우)의 6개월령, 12개월령 체중 및 12개월령 일당증체량과 후대검정 거세우의 6, 12, 24개월령 체중 및 12개월령 일당증체량으로 DFREML 패키지를 이용하여 분석하였다. 측정된 당대검정우의 6개월령, 12개월령 체중 그리고 일당증체량은 각각 181.72±30.22kg, 351.48±40.24kg 그리고 998.07±153.84g으로 나타났으며 후대검정우의 6개월령, 12개월령, 24개월령 체중 그리고 일당증체량은 각각 169.18±32.82kg, 229.37±44.57kg, 570.45±64.36kg 그리고 739.41±172.14g으로 나타났다. 당대검정 비거세우(후보우)의 6개월령 체중, 12개월령 체중 및 일당증체의 유전력은 각각 0.54±0.06, 0.60±0.06 및 0.23±0.04 추정되었다. 후대검정 거세우의 6개월령, 12개월령 및 24개월령 체중에 대한 유전력은 0.80±0.08, 0.50±0.07 및 0.46±0.07로 나타났으며 일당증체에 대한 유전력은 0.07±0.03으로 추정되었다. 한우의 당대 검정에 있어서도 기존의 초기성장형질에 대한 조사뿐만 아니라 12개월 이후의 체중에 대한 조사도 고려해봐야 할 것이며 차후 후대 검정우의 체중과 도체형질간의 유전모수 추정 연구 또한 필요하다고 생각된다. 이는 곧 당대와 후대간 체중의 간접적인 비교와 후대의 체중과 도체형질간의 간접적인 비교를 가져올 것이라 사료된다.
To advance the effectiveness of the current Hanwoo improvement system, we developed a general simulation that compared a series of breeding schemes under realistic user circumstances. We call this system the Integrated General Model (IGM) and it allows users to control the breeding schemes and selection methods by manipulating the input parameters. The Current Hanwoo Performance and Progeny Test (CHPPT) scheme was simulated with a Modified Hanwoo Performance and Progeny Test (MHPPT) scheme using a Hanwoo Breeding Farm cow population of the Livestock Improvement Main Center (LOMC) of the National Agricultural Cooperatives Federation (NACF). To compare the two schemes, a new method, the Simple Hanwoo Performance Test (SHPT), which uses ultrasound technology for measuring the carcass traits of live animals, was developed. These three models, including the CHPPT, incorporated three types of selection criteria: phenotype (PH), true breeding value (TBV), and estimated breeding value (EBV). The simulation was scheduled to mimic an actual Hanwoo breeding program; thus, the simulation was run to include the years 1983-2020 for each breeding method and was replicated 10 times. The parameters for simulation were derived from the literature. Approximately 642,000 animals were simulated per replication for the CHPPT scheme; 129,000 animals were simulated for the MHPPT scheme and 112,000 animals for the SHPT scheme. Throughout the 38-year simulation, all estimated parameters of each simulated population, regardless of population size, showed results similar to the input parameters. The deviations between input and output values for the parameters in the large populations were statistically acceptable. In this study, we integrated three simulated models, including the CHPPT, in an attempt to achieve the greatest genetic gains within major economic traits including body weight at 12 months of age (BW12), body weight at 24 months of age (BW24), average daily gain from 6 to 12 months (ADG), carcass weight (CWT), carcass longissimus muscle area (CLMA), carcass marbling score (CMS), ultrasound scanned longissimus muscle area (ULMA), and ultrasound scanned marbling score (UMS).
본 연구는 농협중앙회 가축개량사업소가 보유하고 있는 1998년부터 2005년까지 실시한 한우 당대검정 대상우 2,532두의 자료와 1996년부터 2002년까지 실시한 한우 후대검정 대상우 1,819두의 자료를 이용하여 당대 및 후대의 형질을 다형질 개체모형을 이용하여 유전모수를 추정하였다. 적합한 통계분석모형을 찾기 위하여 각 형질별로 회귀분석을 통한 변수선택방법으로 고정효과와 공변량을 결정하고, MTDFREML 패키지를 이용하여 유전모수를 추정하였다. 분석형질은 등지방두께, 도체중, 도체율, 등심단면적, 근내지방도 및 12개월령 체중으로, 이들의 유전력은 각각 0.51, 0.32, 0.27, 0.33, 0.50 및 0.26로 나타났다. 한편 유전평가에서 제외되었던 등지방두께 및 도체율의 유전력이 각각 0.51 및 0.27으로 추정되어 이에 대한 선발이 가능할 것으로 나타났다. 특히 등지방두께는 현 육량지수 산출식에서 그 영향력이 매우 크므로 한우보증씨수소 선발지수에 포함하는 방안을 고려할 필요가 있을 것으로 사료된다. 도체형질간의 유전상관은 등지방두께와 등심단면적을 제외하고 모두 양의 상관을 나타났다. 그러나, 12개월령 보정체중과 도체율 및 근내지방도의 유전상관은 각각 0.09 및 0.27으로 나타나 현행 한우개량체계에서 처럼 당대검정우를 12개월령 체중으로 선발할 경우 등심단면적과 근내지방도가 우수한 개체가 탈락할 가능성이 있는 것으로 나타나 이의 보완을 위한 혈통지수의 활용방안이나 초음파단층촬영기술의 이용방법에 대한 추가연구가 필요한 것으로 사료된다.
Objective: The growth, carcass and retail cut yield records on 1,428 Hanwoo steers obtained through progeny testing were analyzed in this study, and their heritability and genetic relationships among the traits were estimated using animal models. Methods: Two different models were compared in this study. Each model was fitted for different fixed class effects, date of slaughter for carcass traits and batch of progeny test live measurement traits, and a choice of covariates (carcass weight in Model 1 or backfat thickness in Model 2) for carcass traits. Results: The differences in body composition among individuals were deemed being unaffected by their age at slaughter, except for carcass weight and backfat thickness. Heritability estimates of body size measurements were 0.21 to 0.36. Heritability estimates of retail cut percentage were high (0.56 from Model 1 and 0.47 from Model 2). And the heritability estimates for loin muscle percentage were 0.36 from Model 1 and 0.42 from Model 2, which were high enough to consider direct selection on carcass cutability traits as effective. The genetic correlations between body size measurements and retail cut ratio (RCR) were close to zero. But, some negative genetic correlations were found with chest girths measured at yearling (Model 1) or at 24 months of age or with chest widths. Loin muscle ratio (LMR) was genetically negatively correlated with body weights or body size measurements, in general in Model 1. These relationships were low close to zero but positive in Model 2. Phenotypic correlation between cutability traits (RCR, LMR) and live body size measurements were moderate and negative in Model 1 while those in Model 2 were all close to zero. Conclusion: Therefore, the body weights or linear body measurements at an earlier age may not be the most desirable selection traits for exploitation of correlated responses to improve loin muscle or lean meat yield.
Journal of the Korean Data and Information Science Society
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제27권3호
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pp.741-747
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2016
본 연구에서는 국가단위 개체모형을 이용하여 일반농가 한우의 도체중, 등심단면적, 등지방두께, 국내지방도에 대한 유전력를 추정하고 이를 국가단위 종모우 선발용 후대검정우 집단의 유전력과 비교하여 일반 한우농가 개량방향에 효율적인 기초자료로 활용하고자 한다. 일반농가 한우 107,020두 중 생산정보와 2008년부터 2012년까지의 도체성적 기록이 정확한 일반농가 한우 5,843두를 대상으로 다형질 개체모형을 사용하여 유전력를 추정하였다. 유전력를 추정하기 위해 도체형질에는 출생년도, 사육지역을 고정효과, 사육일령을 공변량으로 포함하였다. 일반농가 한우의 유전력를 추정한 결과 도체형질에 대한 유전력은 도체중 0.19, 등심단면적 0.17, 등지방두께 0.20, 근내지방도 0.23 이며 국가단위 씨수소 선발용 후대검정우 집단의 유전력에 비해 낮았다. 이는 사육지역의 환경, 암소 유전능력과 사육개월의 차이로 인해 낮게 나타났다. 따라서 본 연구에서도 현재 실시되어지고 있는 국가단위 씨수소 선발용 개체모형에 농가 한우집단에 사용할 수 있는 유전요인을 포함시켜 실용화 개체모형 개발이 시급하다.
A total of 6,973 steer growth records of Hanwoo breeding bull's progeny test data collected from 1989 to 2015 were analyzed to identify the most appropriate growth curve among three growth curve models (Gompertz, Logistic and von Bertalanffy). The Gompertz growth curve model equation was $W_t=990.5e^{{-2.7479e}^{-0.00241t}}$, the Logistic growth curve model equation was $W_t=772(1+8.3314e^{-0.00475t})^{-1}$, and the von Bertalanffy growth curve model equation was $W_t=1,196.4(1-0.646e^{-0.00162t})^3$. The Gompertz model parameters A, b, and k were estimated to be $990.5{\pm}10.27$, $2.7479{\pm}0.0068$, and $0.00241{\pm}0.000028$, respectively. The inflection point age was estimated to be 421 days and the weight of inflection point was 365.3 kg. The Logistic model parameters A, b, and k were estimated to be $772.0{\pm}4.12$, $8.3314{\pm}0.0453$, and $0.00475{\pm}0.000033$, respectively. The inflection point age was estimated to be 445 days and the weight of inflection point was 385.0 kg. The von Bertalanffy model parameters A, b, and k were estimated to be $1196.4{\pm}18.39$, $0.646{\pm}0.0010$, and $0.00162{\pm}0.000027$, respectively. The inflection point age was estimated to be 405 days and the weight of inflection point was 352.0 kg. Mature body weight of the von Bertalanffy model was 1196.4 kg, the Gompertz model was 990.5 kg, and the Logistic model was 772.0 kg. The difference between actual and estimated weights was similar in the Logistic model and the von Bertalanffy model. The difference between market weight and estimated market weight was the lowest in the Gompertz model. The growth curve using the von Bertalanffy model showed the lowest mean square error.
한우의 유전체 전장의 정보를 Illumina BeadArray$^{TM}$ Bovine SNP50 assay를 이용하여 단일염기다형 현상을 조사한 결과, 유전적 다양성을 보이는 좌위가 약 32,567 좌위 이상에서 다양성을 보이고 있었으며 약 5,554 좌위에서 다양성이 조사되지 않았다. 이는 조사된 자료의 가계집단의 수가 크게 제한되었기 때문에 기인될 수 있으며 또 다른 원인으로는 한우 종축집단의 크기가 작을 수 있다는 현상을 반증한다고 사료된다. 유전분석의 기초가 되는 혈통기록에 의한 개체간 혈연관계를 유전체 정보에 의한 혈연관계와 비교하여 본 결과, 유전체 정보에 의한 혈연관계의 크기가 혈통기록에 의한 혈연관계보다 좀 더 정확하게 추정될 수 있다는 장점이 있으며 혈통기록상의 오류로 그릇된 혈연관계의 크기를 유전체 정보를 통하여 보완할 수 있다는 장점이 있다. 이러한 장점을 활용하면 유전체정보를 이용한 유전능력 평가의 정확성을 크게 향상시킬 수 있을 것으로 사료되었다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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