• 제목/요약/키워드: Process Annotation

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노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 cDNA library 제작 및 EST 분석 (Construction of a Full-length cDNA Library from Korean Stewartia (Stewartia koreana Nakai) and Characterization of EST Dataset)

  • 임수빈;김준기;최영인;최선희;권혜진;송호경;임용표
    • 원예과학기술지
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    • 제29권2호
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    • pp.116-122
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    • 2011
  • 본 연구에서는 지리산에서 자생하는 한국 특산종인 노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 EST library를 제작하고 서열을 분석하였다. 노각나무의 유엽을 재료로 cDNA library 만들었고 1,392개의 cDNA에 대한 부분 서열 분석을 진행하였다. EST와 unigene 서열의 분석은 컴퓨터를 기반으로한 filtering과 수작업 그리고 NCBI의 BLAST 분석을 통해 수행하였다. 벡터 서열과 100bp 이하의 서열을 제거한 후 1,301개의 EST를 분석하였다. 전체 150개의 contig와 743개의 singleton을 분리하여 총 893개의 unigene을 분리해냈으며 서열 분석을 통해 95개의 microsatellite를 확인하였다. NCBI 데이터베이스의 BLASTX로 상동성을 검색한 결과 EST의 65%는 기능을 알고 있는 유전자와 11.6%의 EST는 아직까지 기능이 보고되지 않은 유전자와 높은 상동성을 보였다. 남아 있는 23.2%의 EST는 기존에 데이터베이스에 보고된 유전자와 상동성을 보이지 않는 유전자로 밝혀졌다. 다양한 데이터베이스를 기반으로 한 유사성 기반 기능 분석은 노각나무의 EST가 포도나무와 포플러와 높은 유사성을 보인 것을 확인하였다. 기능에 따른 분류에 있어 molecular function은 nucleotide binding, biological process는 transport, cellular component는 plastid가 가장 높은 비율로 나왔다. 본 연구를 통해 얻어진 EST 자료는 노각나무의 새로운 유전자원에 대한 연구의 기본 자료로 유용하게 활용될 것이다.

Transcriptional Profiling of Differentially Expressed Genes in Porcine Satellite Cell

  • Jeong, Jin Young;Kim, Jang Mi;Rajesh, Ramanna Valmiki;Suresh, Sekar;Jang, Gul Won;Lee, Kyung-Tai;Kim, Tae Hun;Park, Mina;Jeong, Hak Jae;Kim, Kyung Woon;Cho, Yong Min;Lee, Hyun-Jeong
    • Reproductive and Developmental Biology
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    • 제37권4호
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    • pp.233-245
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    • 2013
  • Muscle satellite cell (SC) is responsible for postnatal muscle growth, repair, and regeneration. Satellite cell is an important source of multi-potent stem cell process and differentiation into adipogenic, myogenic, and osteoblastogenic. The objective of this study was to identify alter of transcriptome during differentiation in porcine satellite cell and to elevated transcriptome at different stages of postnatal development to gain insight into the differences in differentiated PSC. We used RNA-seq technique to investigate the transcriptomes during differentiation in pig muscle. Sequence reads were obtained from Illumina HiSeq2000. Differentially expressed genes (DEG) were detected by EdgeR. Gene ontology (GO) terms are powerful tool for unification among representation genes or products. In study of GO biological terms, functional annotation clustering involved in cell cycle, apoptosis, extracellular matrix, phosphorylation, proteolysis, and cell signaling in differences stage. Taken together, these results would be contributed to a better understanding of muscle biology and processes underlying differentiation. Our results suggest that the source of DEGs could be better understanding of the mechanism of muscle differentiation and transdifferentiation.

정적 오염 분석을 활용한 타입스크립트 코드의 보안 취약점 탐지 (Detecting Security Vulnerabilities in TypeScript Code with Static Taint Analysis)

  • 문태근;김형식
    • 정보보호학회논문지
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    • 제31권2호
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    • pp.263-277
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    • 2021
  • 자바스크립트로 작성된 웹 어플리케이션에서 Cross-Site Scripting (XSS), SQL Injection과 같은 검증되지 않은 사용자 입력 데이터로 인해 발생하는 취약점을 탐지하기 위해 오염 분석 기법이 널리 사용되고 있다. 이러한 취약점을 탐지하기 위해서는 사용자 입력 데이터에 영향을 받는 변수들을 추적하는 것이 중요하지만, 자바스크립트의 동적인 특성으로 인해 웹 어플리케이션을 실행해 보지 않고 그러한 변수들을 식별하는 것은 매우 어렵다. 때문에, 기존의 오염 분석 도구들은 대상 어플리케이션을 실행하는 오버헤드가 존재하는 동적 오염 분석을 사용하도록 개발되었다. 본 논문에서는 타입스크립트(자바스크립트의 상위집합) 컴파일러를 활용해 얻은 심볼 정보를 기반으로 데이터의 흐름을 정확히 추적하고, 타입스크립트 코드에서 보안 취약점을 발견하는 새로운 정적 오염 분석 기법을 제안하였다. 제안한 기법은 개발자가 검증되지 않은 사용자 입력 데이터를 포함할 수 있는 변수에 표시를 할 수 있도록 하며, 이를 활용해 사용자 입력 값에 영향을 받는 변수와 데이터를 추적한다. 제안한 기법은 TypeScript 컴파일러에 원활히 통합될 수 있기 때문에, 별도의 도구로 작동하는 기존 분석 도구와 달리 개발자가 개발 과정에서 취약점을 발견할 수 있게 한다. 제안한 기법의 유효성을 확인하기 위해 프로토타입을 구현하였으며, 취약점이 보고된 8개의 웹 어플리케이션을 선정하여 분석을 수행하여 성능을 평가한 결과 기존의 취약점을 모두 탐지할 수 있음을 확인하였다.

딥러닝 기반 불량노면 객체 인식 모델 개발 (Development of an abnormal road object recognition model based on deep learning)

  • 최미형;우제승;홍순기;박준모
    • 융합신호처리학회논문지
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    • 제22권4호
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    • pp.149-155
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    • 2021
  • 본 연구에서는 전동 이동기기를 이용하는 교통약자의 이동을 제한하는 노면 불량 요소를 딥러닝을 이용해 자동 검출하는 불량 노면객체 인식모델을 개발하고자 한다. 이를 위하여 부산시 관내 5개 지역에서 실제 전동 이동 보조 장치가 이동할 것으로 예상되는 보행로, 주행로를 대상으로 하여 노면 정보를 수집하였으며 이때 도로 정보 수집은 데이터 수집을 보다 용이하게 하기 위하여 소형 차량을 이용하였다. 데이터는 노면과 주변을 그 주변을 구성하는 객체로 구분하여 영상을 수집하였다. 수집된 데이터로부터 교통약자의 이동을 저해하는 정도에 따라 분류하여 보도블록의 파손등급 검출과 같은 일련의 인식 항목을 정의하였고, YOLOv5 딥러닝 알고리즘을 해당 데이터에 적용하여 실시간으로 객체를 인식하는 불량노면 객체 인식 딥러닝 모델을 구현하였다. 연구의 최종단계에서 실제 주행을 통해 객체 단위로 분리 수집된 영상 데이터의 가공, 정제 및 어노테이션 과정을 수행한 후 모델 학습과 검증을 거쳐 불량노면객체를 자동으로 검출하는 딥러닝 모델의 성능 검증 과정을 진행하였다.

Sentiment Analysis of Product Reviews to Identify Deceptive Rating Information in Social Media: A SentiDeceptive Approach

  • Marwat, M. Irfan;Khan, Javed Ali;Alshehri, Dr. Mohammad Dahman;Ali, Muhammad Asghar;Hizbullah;Ali, Haider;Assam, Muhammad
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제16권3호
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    • pp.830-860
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    • 2022
  • [Introduction] Nowadays, many companies are shifting their businesses online due to the growing trend among customers to buy and shop online, as people prefer online purchasing products. [Problem] Users share a vast amount of information about products, making it difficult and challenging for the end-users to make certain decisions. [Motivation] Therefore, we need a mechanism to automatically analyze end-user opinions, thoughts, or feelings in the social media platform about the products that might be useful for the customers to make or change their decisions about buying or purchasing specific products. [Proposed Solution] For this purpose, we proposed an automated SentiDecpective approach, which classifies end-user reviews into negative, positive, and neutral sentiments and identifies deceptive crowd-users rating information in the social media platform to help the user in decision-making. [Methodology] For this purpose, we first collected 11781 end-users comments from the Amazon store and Flipkart web application covering distant products, such as watches, mobile, shoes, clothes, and perfumes. Next, we develop a coding guideline used as a base for the comments annotation process. We then applied the content analysis approach and existing VADER library to annotate the end-user comments in the data set with the identified codes, which results in a labelled data set used as an input to the machine learning classifiers. Finally, we applied the sentiment analysis approach to identify the end-users opinions and overcome the deceptive rating information in the social media platforms by first preprocessing the input data to remove the irrelevant (stop words, special characters, etc.) data from the dataset, employing two standard resampling approaches to balance the data set, i-e, oversampling, and under-sampling, extract different features (TF-IDF and BOW) from the textual data in the data set and then train & test the machine learning algorithms by applying a standard cross-validation approach (KFold and Shuffle Split). [Results/Outcomes] Furthermore, to support our research study, we developed an automated tool that automatically analyzes each customer feedback and displays the collective sentiments of customers about a specific product with the help of a graph, which helps customers to make certain decisions. In a nutshell, our proposed sentiments approach produces good results when identifying the customer sentiments from the online user feedbacks, i-e, obtained an average 94.01% precision, 93.69% recall, and 93.81% F-measure value for classifying positive sentiments.

Molecular Signatures in Chicken Lungs Infected with Avian Influenza Viruses

  • Jeong Woong Park;Marc Ndimukaga;Jaeyoung Heo;Ki-Duk Song
    • 한국가금학회지
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    • 제50권4호
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    • pp.193-202
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    • 2023
  • 인플루엔자 A 바이러스(IAVs)는 많은 조류 종의 호흡 기관에 감염되며 사람을 비롯한 다른 동물로 전파될 수 있는 포장된 음극성 역전사 RNA 바이러스이다. 이 연구에서는 이전 연구의 마이크로어레이 데이터를 다시 분석하여 닭에서 공통 및 특이하게 발현되는 유전자(DEG) 및 그들의 생물학적 활동을 식별하였다. 고병원성(HPAIV) 및 저병원성(LPAIV) 인플루엔자 A 바이러스 감염된 닭 세포에서 각각 760개와 405개의 DEG가 발굴되다. HPAIV 및 LPAIV는 각각 670개와 315개의 DEG를 가지고 있으며, 이 중 90개의DEG가 두 바이러스에서 공유된다. HPAIV 감염으로 인해DEG의 기능 주석에 따르면 세포 주기의 기본적인 생물학적 기능과 연관된 다양한 유전자가 발굴되었다. 대상 유전자중에서 CDC Like Kinase 3(CLK3), Nucleic Acid Binding Protein 1(NABP1), Interferon-Inducible Protein 6(IFI6), PIN2 (TERF1) Interacting Telomerase Inhibitor 1(PINX1), 그리고Cellular Communication Network Factor 4(WISP1)의 발현은 polyinosinic:polycytidylic acid(PIC)로 처리된 DF-1 세포에서 변화되었다. 이것은 toll-like receptor 3(TLR3) 리간드인 TLR3 신호에 의해 이러한 유전자의 전사가 조절될 수 있음을 시사하며, 닭에서 AIV의 병리 생리학에 대한 더 나은 이해를 얻기 위해서는 AIV 감염 과정 중에 호스트 반응을 조절할 수 있는 메커니즘을 구명하는 데 더 많은 연구에 초점을 맞추는 것이 필요하다고 사료된다. 이러한 메커니즘에 대한 이해는 신규 치료 전략 개발에 활용될 수 있다.

증강현실 캐릭터 구현을 위한 AI기반 객체인식 연구 (AI-Based Object Recognition Research for Augmented Reality Character Implementation)

  • 이석환;이정금;심현
    • 한국전자통신학회논문지
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    • 제18권6호
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    • pp.1321-1330
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    • 2023
  • 본 연구는 증강현실에서 적용할 캐릭터 생성에서 단일 이미지를 통해 여러 객체에 대한 3D 자세 추정 문제를 연구한다. 기존 top-down 방식에서는 이미지 내의 모든 객체를 먼저 감지하고, 그 후에 각각의 객체를 독립적으로 재구성한다. 문제는 이렇게 재구성된 객체들 사이의 중첩이나 깊이 순서가 불일치 하는 일관성 없는 결과가 발생할 수 있다. 본 연구의 목적은 이러한 문제점을 해결하고, 장면 내의 모든 객체에 대한 일관된 3D 재구성을 제공하는 단일 네트워크를 개발하는 것이다. SMPL 매개변수체를 기반으로 한 인체 모델을 top-down 프레임워크에 통합이 중요한 선택이 되었으며, 이를 통해 거리 필드 기반의 충돌 손실과 깊이 순서를 고려하는 손실 두 가지를 도입하였다. 첫 번째 손실은 재구성된 사람들 사이의 중첩을 방지하며, 두 번째 손실은 가림막 추론과 주석이 달린 인스턴스 분할을 일관되게 렌더링하기 위해 객체들의 깊이 순서를 조정한다. 이러한 방법은 네트워크에 이미지의 명시적인 3D 주석 없이도 깊이 정보를 제공하게 한다. 실험 결과, 기존의 Interpenetration loss 방법은 MuPoTS-3D가 114, PoseTrack이 654에 비해서 본 연구의 방법론인 Lp 손실로 네트워크를 훈련시킬 때 MuPoTS-3D가 34, PoseTrack이 202로 충돌수가 크게 감소하는 것으로 나타났다. 본 연구 방법은 표준 3D 자세벤치마크에서 기존 방법보다 더 나은 성능을 보여주었고, 제안된 손실들은 자연 이미지에서 더욱 일관된 재구성을 실현하게 하였다.

배추 유전체열구의 현황과 전망 (Korea Brassica Genome Project: Current Status and Prospective)

  • 최수련;박지영;박범석;김호일;임용표
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제33권3호
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    • pp.153-160
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    • 2006
  • 유전체 연구란 목적하는 유전체의 구조를 밝히고 가지고 있는 모든 유전자의 기능 및 진화과정을 망라하여 이해하고자 하는 것이다. 계통발생학상 애기장대와 연관되어 있는 Brassica rapa는 채소, 유지 및 사료로 이용되는 중요한 작물의 하나이다. Brassica rapa의 유전체 연구를 착수하는 데는 적합한 유전학적 재료 및 유전체 재료가 있어야 한다. 우리는 배추 (Brassica rapa spp. pekinensis)를 재료로 하여 표준 mapping 집단을 개발하여, 78계통으로 구성된 DH집단과 약 250 계통으로 구성된 RI집단을 개발하였다. 2가지 제한효소 (HintIII, BamHI)를 이용해 세균인공염색체 (BAC) library (KBrH, KBrB)를 만들었고, 이들은 각각 56,592개와 50,688개의 클론으로 구성되어 있다. 또한 배추의 각기 다른 부위를 이용하여 만든 22가지의 cDNA library를 이용하여 평균 575bp의 길이를 가지는 104,914개의 EST 분석을 실시 하였다. 세계적으로 'Multinational Brassica Genome Project (MBGP)' 조직이 구성되었고 배추의 전 염기서열 분석을 하기로 2003년 결정되었다. 그 첫 단계로 104,914개의 BAC 클론의 BAC-end 염기서열분석이 제안되어 2006년 9월 5개국 공동 프로젝트로 추진하여 완성하게 되었다. 이러한 BAC-end 염기서열분석의 결과는 유전자의 염기서열 해석, 및 풍부하게 존재하는 반복염기서열 DNA를 분석함으로써 배추의 유전체 구조를 이해할 수 있는 실마리를 주었다. BAC 클론의 전체 염기서열분석은, 비록 단편 내에 유전자의 결실이 변화무쌍하게 일어나지만 배추 DNA 단편이 유전체에서 광범위하게 삼중복으로 존재함을 나타냈다. 이러한 BAC-end 염기서열을 아기장대 염기서열에 비교하여 629개의 종자 BAC을 선정하게 되었고, 이들의 염기서열 분석을 완성하였다. MBGP에서는2단계로서 배추의 전 유전체 염기서열 분석을 추진하게 되었고, 유전자지도에 위치한 종자 BAC을 이용하여 인접한 BAC 클론을 찾아 염기서열 분석하는 BAC-to-BAC 방법을 추진하고 있으며 8개국에서 참여하여 현재 염기서열 분석을 추진 중 이다. 최근에 각 국에서는 생물정보학기법을 활용한 염기서열 분석 기반에 대하여 많은 토론이 진행되고 있다. 앞으로 다양한 유전체 정보가 축적됨에 따라 배추의 유전체 구조를 이해하고 농업적으로 적용하고자 하는데 기여를 할 것이다.

내습성 고추 품종 육성을 위한 선발계통의 유전적 특성 구명 (Study on the Genetic Characteristics of Waterlogging Tolerant Pepper (Capsicum annuum L.) for Breeding Tolerant Varieties against Flooding Stress)

  • 양은영;채수영;홍종필;이혜은;박은준;문지혜;박태성;노미영;김옥례;김상규;김대영;이선이;조명철
    • 생명과학회지
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    • 제27권10호
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    • pp.1111-1120
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    • 2017
  • 내습성 및 감수성 선발계통 각 1점씩을 대상으로 침수처리 후 GO 분석을 통해 추출된 유전자들을 기능별로 분류해보면 생물학적 과정(biological process)에 관여하는 유전자 발현이 가장 크게 영향을 받았으며, 분자 기능(molecular function)과 세포 요소(cellular component) 관련 유전자를 포함하여 모든 기능의 유전자 발현 변화가 감수성 계통보다 내습성 계통에서 크게 일어났다. 침수처리 후 발현 양상이 유의하게 차이나는 유전자의 보다 자세한 기능을 측정한 결과 내습성 계통에서 발현량이 증가한 유전자는 CA02g26670은 CONSTANS protein과 관련있는 유전자로 일장조건에 따른 개화조절에 관여하는 유전자이며, 발현량이 감소한 유전자는 CA01g21450, CA01g22480, CA01g34470, CA02g00370, CA02g00380이었다. 감수성 계통에서 침수처리 후 발현량이 증가한 유전자는 CA02g09720, CA02g21290, CA03g16520, CA07g02110, CA12g17910이었는데 각각 단백질 분해효소 활성 저해, DNA binding, 세포벽 분해효소 억제, nodulin 관련 유전자 등으로 밝혀진 유전자들이었다. 감수성 계통에서 발현량이 감소한 유전자는 CA02g02820, CA03g21390, CA06g17700, CA07g18230로 각각 칼슘이온결합, 고온환경 발현기작, 레시틴 생합성 경로의 수용성중간대사체인 phosphocholine 합성 및 저온스트레스 관련 등의 기능을 한다. 내습성 계통과 감수성 계통에서 동시에 발현이 증가한 유전자는 고온 등 환경스트레스로 인한 apoptosis와 관련된 유전자와 peroxidase와 관련있는 유전자로 확인되었고, 발현이 동시에 감소한 유전자는 nucleoside transporter인 CA02g16990로 확인되었으며, 나머지 선발 유전자는 유전자 발현이 확인되지 않았다. 내습성 및 감수성 계통간 습해 조건에서 발현에 차이를 보이는 유전자 구명을 기반으로 향후 불량환경에 대해 저항성을 보이는 계통 육성 및 관련 생리반응에 대한 다양한 연구가 필요하다.

성호(星湖) 이익(李瀷)의 『논어질서(論語疾書)』 연구(硏究) (A Study of Seong Ho Lee Ik's Noneo Jilseo)

  • 서근식
    • 동양고전연구
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    • 제41호
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    • pp.361-384
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    • 2010
  • 본 논문은 성호(星湖) 이익(李瀷)(1681~1763)의 "논어질서"를 연구한 논문이다. 성호는 "논어질서"외에도 10종의 질서류 저술을 남기고 있다. 그 중 "논어질서"를 선택한 것은 공자(孔子)의 말이 "논어"에 담겨 있기 때문이다. "논어"를 바로 이해할 때에 다른 유가경전들은 아울러 따라 오는 것이기 때문이다. 성호는 "논어"에 대한 주석서로서 주자의 "논어집주"를 권장해 주고 있다. 그 이유는 "논어집주"만큼 제자들의 의견이나 여러 가지 상황을 모두 고려한 저작이 없기 때문이다. 이러한 이유에서 "논어집주"는 훌륭한 텍스트로서 역할을 할 수 있다. 그러나, 거기에서 그친 것이 아니라 본문을 보다보면 "일단 의심나는 점을 적어둔다."라고 해서 "논어집주"가 최선이 아님을 보여 주었다. 이것은 '의심'의 결과이다. "논어"를 의심을 두고 보지 않으면 안 되기 때문이다. 그렇다고 해서 무조건적으로 안 좋은 것은 아니다. 초학자들은 "논어집주"는 교과서처럼 삼되 거기에만 머물러서는 안 된다는 것이다. 성호는 공자의 바른 이해를 위해 "논어질서"를 저술하였다. 물론 젊은 나이에 지어지 저술이지만 그 핵심만은 정확하게 파악하고 있다고 할 수 있다. 그렇다면 그 핵심은 무엇인가? 바로 '의심'이다. '의심'을 통해서만 올바로 파악될 수 있는 것이다. 성호가 "일단 의심나는 점을 적어 놓는다."라고 한 것도 이것의 일종이다. 공자의 의견을 올바로 파악하기 위해서는 이러한 과정이 필요한 것이다. "논어"는 일종의 암호문과도 같은 것이다. 암호를 제대로 알기 위해서는 일단 '의심'부터 할 필요가 있다. 이 '의심'이 나중에 암호는 푸는 열쇠가 될 것이다.