• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XIII)
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• pp.232-234
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• 2003

• KSBB Journal
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• 제22권5호
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• pp.362-365
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• 2007

Cyanobacterial A-domain의 A3 motif와 A7 motif의 높은 진화론적 보존성에 의거해서 Non-ribosomal peitides를 생산하는 시아노박테리아를 Screening할 수 있는 degenerated primer를 만들 수 있었다. Degenerate primer서열의 종류는 가능하면 1,000개 정도까지를 기준으로 만드는 것이 좋다. Primer의 종류가 너무 많으면 primer 1종류 당 mol수가 적게 되어 특이성도 저하된다. 그러므로 Primer의 종류가 많을 경우는 inosin을 N (4종류의 염기) 부분에 이용하면 어느 염기에도 강하게 결합하지 않고 두 가닥 DNA 형성을 저해하지도 않으므로 degeneration을 줄이는데 도움이 된다. Degenerate primer의 annealing 온도는 primer에 포함되어있는 서열 중 가장 낮은 Tm을 기준으로 한다. 이번 연구처럼 N (ACGT) 대신에 Inosin을 이용하였을 때에는 Inosin이 Tm을 높게 하지 않고 Tm을 낮게 하지도 않으므로 Tm 계산시 고려하지 않아도 되었다. PCR 효율이 떨어질 우려가 있으므로 충분한 Tm값 (대개 $45\sim60^{\circ}C$ 이상)을 갖는 서열을 디자인하여 primer로 PCR하는 것이 좋지만, A3/A7 degenerate prime에서는 실험에 의해 40$^{\circ}C$로 annealing 온도가 (Tm) 다소 낮게 설정되었다. 그러므로 검출되지 않은 NRPS gene을 가진 균주와 CBT635, CBT654와 같이 약한 PCR band의 형성은 새로 제작된 primer의 낮은 Tm 기인한다고 생각되어진다. Tm의 이론적인 값은 Tm ={(G+C)*4+(A+T)*2}의 식을 통해서 정방향 primer에서 54$^{\circ}C$ 역방향 primer에서 42$^{\circ}C$로 계산되었다. 새로운 degenerate primer에 의해서 MTF2/MTR2로 검출되지 않는 6개의 균주가 더 검출되었으며, A3/A7과 MTF2/MTR2를 이용한 통합 PCR Screening을 통해서 NRPS gene 검출에 특이성과 효율성을 높일 수 있다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권4호
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• pp.235-240
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• 2002

현재 유전자 변형 작물의 검정에는 CaMV 35S프로모터 혹은 NOS 터미네이터 등과 같이 형질전환에 널리 이용하는 유전인자를 검출하기 위한 PCR 기술이 널리 이용되고 있다. 본 연구에서는 유전자변형 감자를 검정하기 위한 새로운 기술로서 감자특이 internal control과 CaMV 35S 프로모터 혹은 NOS 터미네이터에 특이적인 프라이머를 이용한 경쟁적 이중PCR 방법을 개발하였다. 감자 유전자의 RAPD 결과 이용한 모든 품종에서 약 530 bp인 homozygous DNA 밴드를 증폭하는 특이 primer (rAGU4A)를 찾아 감자특이 internal control 증폭용으로 이용하였다. 이 프라이머에 의해 증폭되는 DNA는 TC 염기의 반복 빈도가 높은 repetitive 혹은 microsatellite DNA (AF541972)로 판단되었다. 이와 같은 단일 프라이머 internal control 증폭용으로 이용한 경쟁적 이중 PCR은 비특이적 PCR 산물을 줄일 수 있고, 기존 방법들에 비해 경제적이다. 현재 상품화되어 있는 유전자 변형 감자품종인 'New Leaf'의 경우도 형질전환에 이용한 유전인자로 CaMV 35S 프로모터와 NOS 터미네이터가 모두 이용되었으므로 이 기술을 이용할 경우 현재까지 상품화된 유전자 변형감자들의 효율적인 검정 기술로 이용될 수 있을 것으로 기대된다.

• KSBB Journal
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• 제23권5호
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• pp.398-402
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• 2008

Cyanobacteria havebeen identified as one of the most promising group producing novel biochemically active natural products. Cyanobacteria are a very old group of prokaryotic organisms that produce very diverse secondary metabolites, especially non-ribosomal peptide and polyketide structures. Though many useful natural products have been identified in cyanobacterial biomass, cyanobacteria produce also extracellular proteins related with NRPS/PKS. Detection of unknown secondary metabolites in medium was carried in the present study by a screening of 98 cyanobacterial strains. A degenerated PCR technique as molecular approaches was used for general screening of NRPS/PKS gene in cyanobacteria. A putative PKS gene was detected by DKF/DKR primer in 38 strains (38.8%) and PCR amplicons resulted from a presence of NRPS gene were showed by MTF2/MTR2 primer in 30 strains (30.6%) and by A3/A7 primer in 26 strains (26.5%). HPLC analysis for a detection of natural products was performed in extracts from medium in which cyanobacteria containing putative PKS or NRPS were cultivated. CBT57, CBT62, CBT590 and CBT632 strains were screened for a production of extracellular natural products. 5 pure substances were detected from medium of these cyanobacteria.

• 한국환경생태학회지
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• 제17권2호
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• pp.169-176
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• 2003

RAPD를 이용하여 국내에 생육하는 4종의 자생 민들레와 2종의 귀화 민들레 종간의 유전적인 유연관계를 분석하였다 Primer Screening을 통해 선발된 30개의 Primer를 이용하여 RAPD를 행한 결과, Polymorphic band 수는 141개로 나타나 민들레 종간의 유전적인 차이 분석이 가능하였다. Primer OPC12, OPD16, OPK16, OPK17, OPK20, OPSI에서는 각 종마다. 특정 밴드가 있는 것으로 조사되었다. 특히 OPS8에서는 564bp에서 귀화종인 서양민들레 종에서만 특이 밴드가 나타났다. RAPD분석결과 자생종과 귀화종 민들레들은 명확히 2군으로 구분되었다. 1군에는 서양민들레. 붉은씨서양민들레 등의 귀화종 그룹이었으며, II군은 민들레, 산민들레, 좀민들레, 횐민들레 등의 자생종 민들레 그룹으로 나뉘어졌다. Bootstrap 방법으로 6종의 유연관계를 분석한 결과도 비유사계수를 통한 방법으로 분석한 결과와 매우 유사하였다 우리 나라에서 자생하는 민들레속 6종의 주요형질을 조사한 결과 I군에 속하는 민들레류는 II군에 속한 종들에 비해 개화일수가 길고, 외총포편의 방향이 다르며 털의 유무 또한 다른 특징이 있었다. ll군에 속하는 횐민들레는 다른 민들레종과는 화색에서 확연한 차이를 보였으며 자생종들 속에서도 잎의 방향과 발아의 생리적 특성 등 유전적으로 여러 다른 점이 복합적으로 작용함으로서 II군내에서도 유전적 거리가 가장 먼 것으로 나타났다.

• 한국버섯학회지
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• 제2권3호
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• pp.145-148
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• 2004

이 연구는 약용버섯 번데기 동충하초로부터 특이적 자실체 형성 유전자를 선별하기 위하여 수행하였다. cDNA는 버섯의 분화 4단계 균사체, 원기, 미성숙 자실체, 성숙한 자실체로부터 분리한 각각의 total RNA를 이용하여 합성하였다. 특이적으로 발현된 유전자의 선별은 cDNA와 랜덤한 primer set을 이용한 DD-PCR에 의해 수행되었고, pGEM 클로닝 벡터를 이용하여 6개의 partial 유전자 서열을 확인하였다. 6개의 DD-PCR product는 보고된 유전자와 유사도를 확인하기 위해 NCBI BLAST search를 사용하여 GenBank에서 비교하였고, 6개의 유전자는 보고되지 않은 유전자임을 확인하였다.

• Corrosion Science and Technology
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• 제6권4호
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• pp.206-210
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• 2007

Aerospace aluminum alloys such as Al alloy 2024-T3 and 7075-T6 are subject to localized corrosion due the existence of intermetallics containing Cu, Mg or Zn. Chromate is currently widely used in the aerospace industry as the corrosion inhibitor for these alloys. However, chromate needs to be replaced due to its strong carcinogenicity. In this study, an extensive pigment screening has been performed to find replacements for chromates. Different categories of inhibitors were evaluated by immersion tests, DC polarization tests and other methods. Phosphates, zinc salts, cerium salts, vanadates and benzotriazole were found to be effective inhibitors for AA7075. Among those inhibitors, zinc phosphate was found to be the most effective in our novel, silane-based, one-step aqueous primer system. The performance of this primer is comparable to that of currently used chromate primers in accelerated corrosion tests, while it is completely chromate-free and its VOC is about 80% less than that of current primers. Studies by SEM/EDS showed that the unique structure of the superprimer accounts for the strong anti-corrosion performance of the zinc phosphate pigment. The self-assembled stratified double-layer structure of the superprimer is characterized by a less-penetrable hydrophobic layer at the top and a hydrophilic layer accommodating the inhibitors underneath. The top layer functions as the physical barrier against water ingress, while the lower layer functions as a reservoirfor the inhibitor, which is leached out only if the coating is damaged by a scratch or scribe. The presence of a silane in the primer further improves the adhesion and anti-corrosion performance of the primer.

• Journal of Life Science
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• 제9권1호
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• pp.14-16
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• 1999

Genetic variability was monitored by random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction (RAPD-PCR) in dicofol-susceptible (S), dicofol-resistant (R) and its reverse-selected (RS) strains of two-spotted spider mite, of Tetranychus urticae. Before the reverse-selection, RS strain, selected reversely from R strain, was 23-fold resistance ratio at {TEX}$LC_{50}${/TEX} to S strain. The resistance was started to in incline slowly to the resistance level of S strain after one year, and the resistance ratio was 4-fold in the 7 years after then. PCR-amplification of T. urticae DNA showed polymorphism in the amplifications with 12 primers in 100 kinds of arbitrary DNA sequences. RAPD amplification with primer OPR-12 (5`-ACAGGTGCGT-3`) showed amplified bands at 1,000 base pair in the S-and RS-strain, and at 350 base pair in R-strain. The results of polymorphism are genetic variabilities derived from development and selection of resistance in each strain. The peculiarly amplified fragments were guessed to participate in dicofol resistance. From the analysis of genetic similarity, it is inferred the gene composition of S-and RS-strain is much closer than that of R-strain.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제31권3호
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• pp.285-292
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• 1993

간흡충 total RNk에는 많은 량의 185 rRNA가 함유되어 있었지만 285 rRNA는 그 양이 매우 적었다. 약 $8{\;}{\mu\textrm{g}}의{\;}poly{\;}(A)^{+}$ mRNAS부터 합성된 double-stranded CDNA는 대부분이 0.4-4.2 kb 크기이었으며 9.5 kb에 달하는 것도 있었다. 이미 보고되어 있는 tropomyosin의 amino산 서열을 기준하여 5개의 degenerated oligonucleotide (sense primer 2개와 antisense primer 3개)를 합성하였다. TotalcDNA를 template로 하고 sense primer와 antisense primer를 조합하여 실시한 PCR 산물 중에서 580 bp 크기의 특이 유전자가 나타났다. 만손주혈흡충의 tropomyosin CDNA를 탐색자로 써서 Southern hybridization했을 때 이 유전자만이 검출되어서. 이 유전자는 간횹충 tropomyosin (CSTM) CDNA의 일부분일 가능성이 높다고 생각되어 sequencing vector인 POEM-3Zf(-)에 cloning한 다음 염기서열을 결정하였다. nRf 증폭된 CSTM CDNA는 크기가 575 bp이었으며 191개의 predicted amino산 서열은 한 개의 open reading frame을 갖고 있었다 CSTM CDNA의 amino산 서열은 만손주혈흡충 tropomyosln과 86.3%. Trichosoonvk: colhnfornis tropomyosin과 51.1% 의 유사성을 갖고 있었다. 이 CSTM cDNA fragment는 앞으로 간흡충 cDNA library를 screening하여 완전한 CnM CDNA를 cloning하기에 좋은 probe로 쓰일 것으로 예상된다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제35권3호
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• pp.203-210
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• 1997

이질아메바 병원성 분리주에서 특이적으로 발현되는 mRNA를 동정하고자 differential display reverse transcription-polymerase chain reaction(DDRT-PCR)을 수행하여 병원성 특이 증폭산물을 확인하였다. 한국인에서 검출한 이질아메바 병원성 분리주 YS-27과 Entamoeba dispar분리주인 S 16으로부터 정제한 mRAN를 주형으로 11개의 arbitrary primer와 3개의 one base anchored $oligo-dT_{11}M$(M: A, C 또는 G)의 조합을 이용, DDRT-PCR을 실시한 결과 31개의 분획이 YS-27주에서만 증폭된 것으로 확인되었다. 이 331개 DNA 중 21개는 cysteine proteinase 유전자와 상동성을 나타내었다. YS-27주로부터 제작된 cDNA library를 나머지 DNA를 탐침으로 사용, 검색하여 최종 4개의 clone을 얻었다. 이 4개의 clone을 이용, immunoscreening을 수행한 결과, 이 clone들은 이질아메바 감염자 혈청과 양성반응을 나타내고 있었다.