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Comparison of covariance thresholding methods in gene set analysis

  • Park, Sora;Kim, Kipoong;Sun, Hokeun
    • Communications for Statistical Applications and Methods
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    • 제29권5호
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    • pp.591-601
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    • 2022
  • In gene set analysis with microarray expression data, a group of genes such as a gene regulatory pathway and a signaling pathway is often tested if there exists either differentially expressed (DE) or differentially co-expressed (DC) genes between two biological conditions. Recently, a statistical test based on covariance estimation have been proposed in order to identify DC genes. In particular, covariance regularization by hard thresholding indeed improved the power of the test when the proportion of DC genes within a biological pathway is relatively small. In this article, we compare covariance thresholding methods using four different regularization penalties such as lasso, hard, smoothly clipped absolute deviation (SCAD), and minimax concave plus (MCP) penalties. In our extensive simulation studies, we found that both SCAD and MCP thresholding methods can outperform the hard thresholding method when the proportion of DC genes is extremely small and the number of genes in a biological pathway is much greater than a sample size. We also applied four thresholding methods to 3 different microarray gene expression data sets related with mutant p53 transcriptional activity, and epithelium and stroma breast cancer to compare genetic pathways identified by each method.

Buffer Overflow Attack and Defense Techniques

  • Alzahrani, Sabah M.
    • International Journal of Computer Science & Network Security
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    • 제21권12호
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    • pp.207-212
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    • 2021
  • A buffer overflow attack is carried out to subvert privileged program functions to gain control of the program and thus control the host. Buffer overflow attacks should be prevented by risk managers by eradicating and detecting them before the software is utilized. While calculating the size, correct variables should be chosen by risk managers in situations where fixed-length buffers are being used to avoid placing excess data that leads to the creation of an overflow. Metamorphism can also be used as it is capable of protecting data by attaining a reasonable resistance level [1]. In addition, risk management teams should ensure they access the latest updates for their application server products that support the internet infrastructure and the recent bug reports [2]. Scanners that can detect buffer overflows' flaws in their custom web applications and server products should be used by risk management teams to scan their websites. This paper presents an experiment of buffer overflow vulnerability and attack. The aims to study of a buffer overflow mechanism, types, and countermeasures. In addition, to comprehend the current detection plus prevention approaches that can be executed to prevent future attacks or mitigate the impacts of similar attacks.

병기 IB 자궁경부암의 방사선치료에서 외부방사선치료와 고선량율 강내치료의 최적선량 배합 (Optimum Dose Combination of External Radiation and High Dose Rate ICR in FIGO IB Uterine Cervical Cancer)

  • 이상욱;서창옥;정은지;김우철;장세경;금기창;김귀연
    • Radiation Oncology Journal
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    • 제14권3호
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    • pp.201-209
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    • 1996
  • 목적 : FIGO 병기 Ib 자궁경부편평상피암 환자에서 고선량율 강내치료를 이용한 방사선치료후 환해율, 5년 국소제어을, 5년 생존율 및 예후인자, 방사선 합병증을 분석하여 고선량율 강내치료의 효용성을 평가하고자 하였다. 그리고 심각한 후기 합병증 없이 만족스런 국소 제어율을 얻기 위한 외부방사선선량과 강내치료선량의 최적 선량배합을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법 : 1979. 5 - 1990. 12월 까지 연세암센타 치료방사선과에서 자궁경부 편평상피암 FlGO 병기 Ib로 진단된후 근치적 목적하에 외부 및 강내치료를 받은 162명의 환자들을 대상으로 치료 결과를 후향적 분석하였다. 외부 방사선 치료는 LINAC 10MV X-ray를 이용해 180-200cGy/fr씩 4000-4600cGy14.5-5주를 전골반 부위에 시행하였근데, 일부환자에서 2000-4000 cGy에서 중앙차폐(midline block)를 시행하였다. 코발트 선원을 이용한 원격 조정 아프터 로딩 고선량율 강내치료를 A점에 1회당 300cGy씩 주 3회, 총 10-13회 (3000-3900 cGy)실시하여 A 점에 들어간 총방사선 조사량은 6420 - 9500cGy 으로 평균 8394 cGy 였다. 결과 : 방사선 치료후 완전 관해율은 $99.4\%$ 였다. 5년 전체생존율은 $91.1\%$이고, 5년 무병생존율은 $90.9\%$였다. 추적 관찰 기간동안 치료 실패 양상을 관찰해 보면 국소 실패만 보인 경우는 7명이었고 원격전이만 보인경우가 6명이었으며, 국소 및 원격전이가 모두 발생한 경우가 1예 있어서 국소제어 실괘율은 $4.9\%$(8/163), 원격전이율은 $4.3\%$(7/164)였다. 후기 합병증은 38명 ($23.5\%$)에서 발생하였초, 그 중 30병 직장 합병증으로 $18.5\%$ 후기 합병증 발생율을 보였고, 방광 합병증은 8명에서 발생하여 $4.9\%$ 후기 합병증 발생율을 보였다. 직장 합병증이 생긴 환자관에서 직장에 소사된 방사선량은 평균 7887 cGy 이었고, 합병증이 발생하지 않은 환자군의 평균조사량은 7488 cGy이었다. 결론 : 근치적 목적으로 외부 방사선 치료 및 고선량률 강내 치료는 FIGO병기 Ib 자궁경 부편평상피암을 치료하는데 매우 효과석이라 생각하였고, 외부방사선치료중 중앙차폐를 시행하여 A점 선량이 75Gy를 넘지 않게 방사선치료 설계를 하면 심각 합병증없이 좋은 치료성적을 얻을 수 있겠다.

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CUG2 유전자에 의하여 감소된 FBXW7 E3 ligase 발현이 유사-종양줄기세포 표현형을 유도 (The Decreased Expression of Fbxw7 E3 Ligase Mediated by Cancer Upregulated Gene 2 Confers Cancer Stem Cell-like Phenotypes)

  • 야웃 낫파판;김남욱;붓루앙 파차라폰;조일래;카오윈 시리차트;고상석;강호영;정영화
    • 생명과학회지
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    • 제32권4호
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    • pp.271-278
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    • 2022
  • 신규 종양 유전자 Cancer Upregulated Gene (CUG) 2가 어떻게 유사-종양줄기세포 표현형을 유도하는지 잘 알려져 있지 않다. Cyclin E, c-Myc, Notch, 그리고 Yap1와 같은 종양단백질를 분해하여 그 발현을 조절하는 FBXW7 E3 ligase의 발현이 대장암, 자궁경부암, 그리고 위암 등 여러 암조직에서 낮아져 있음이 보고되고 있다. 그래서 우리는 이 FBXW7 단백질이 CUG2에 의한 종양형성에 관여할 수 있다는 가설을 세웠다. 이 연구에서 우리는 각 대조구 세포주보다 CUG2가 과발현된 A549 폐암 세포주와 BEAS-2B 기관지 세포주에서 FBXW7 단백질 발현이 낮게 나왔다. 여기서 MG132를 처리하게 되면 감소된 FBXW7과 FBXW7 기질로 알려진 Yap1 단백질 발현이 증가되는 결과를 관찰하였다. 종양줄기세포 현상에서 FBXW7의 역할을 규명하기 위하여, FBXW7 siRNA를 처리하였다. 대조구 세포주에서 감소된 FBXW7의 조건은 세포 이동 침습, 그리고 구형 형성이 증가되는 종양줄기세포 현상이 촉진되는 것을 관찰하였고, CUG2가 과발현된 두 세포주에서 FBXW7 발현 벡타 도입으로 FBXW7 발현 증가는 종양줄기세포 현상이 억제됨을 알 수 있었다. 또한 FBXW7의 감소는 EGFR-Akt-ERK1/2와 β-catenin-Yap1-NEK2 신호 경로를 활성화시키고, 반대로 FBXW7 발현 증가는 이 두 경로의 활성이 억제됨을 알 수 있었다. 이들 결과를 종합해 보면, CUG2 과발현은 FBXW7의 발현 감소로 이어지고, 이는 EGFR-Akt-ERK1/2와 β-catenin-Yap1-NEK2 신호경로를 활성화시켜 유사-종양줄기세포 현상을 촉진하는 것으로 생각된다.

활로씨 사징증 환자에서 Blalock-Taussig 단락술후 폐동맥의 발달에 관한 연구 (Study of the Development of the Pulmonary Arteries following the Blalock-Taussig Shunt in Tetralogy of Fallot)

  • 정경영
    • Journal of Chest Surgery
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    • 제22권4호
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    • pp.594-600
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    • 1989
  • Primary intracardiac repair of tetralogy of Fallot with low mortality and early good results, has been accomplished in recent years. But palliative procedures have been reserved for those hypoplastic pulmonary arteries, a hypoplastic left ventricle or anomalies of the coronary artery would make total correction difficult. And the Blalock-Taussig shunt operation is recognized as a standard and popular palliative procedure. I undertook a retrospective determination of the effect of the Blalock-Taussig shunt operation on the development of the main pulmonary artery and the right and left pulmonary arteries. Between January, 1980, and April, 1987, at the Severance Hospital, 16 patients were studied by cardiac catheterization and angiocardiography, before undergoing Blalock-Taussig shunting procedures for the palliation of severe symptoms of tetralogy of Fallot, and some time later, usually prior to a second procedure. The mean interval between catheterizations was 22.25 months. Patients with tetralogy of Fallot and pulmonary atresia or with an occluded shunt were not included. The primary and secondary angiograms of each patient were reviewed, and measurements of the diameter of the main pulmonary artery, the right and left pulmonary arteries, and the descending thoracic aorta were taken. The results are as follows; 1. The hematocrit decreased from 56.39% to 50.34%[p< 0.05], and the arterial oxygen saturation increased from 62.00 % to 81.31 %[p< 0.001] following shunt procedures 2. The ratio of the diameter of the right pulmonary artery plus the left pulmonary artery to the diameter of the descending thoracic aorta increased 1.30 k 0.28 times [p< 0.01]; but the ratio of the diameter of the main pulmonary artery to the diameter of the descending thoracic aorta increased 1.10 * 0.33 times, which was not. significant[p< 0.05]. 3. The interval between shunting and second catheterization was not related to the magnitude of change in the pulmonary arteries[r=0.141, p >0.05]. 4. The changes in the ratio of the diameter of the right pulmonary artery plus the diameter of the left pulmonary artery to the diameter of the descending thoracic aorta was inversely related to the initial ratio[r=0.757, p >0.001], but the change in the ratio of the diameter of the main pulmonary artery to the descending thoracic aorta was not related[r=0.059, p >0.05]. 5. There were no differences in enlargement of the pulmonary artery on the side of the shunt [ipsilateral] versus enlargement on the opposite side [p >0.05], nor according to the size of the shunt[p >0.05]. In conclusion, this study suggests that the Blalock-Taussig shunt is effective for the development of the right and left pulmonary arteries but not effective for the main pulmonary artery.

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비만모델 랫드에서 지장김치의 혈액 지질대사, 항비만 효능 및 메카니즘 (Biochemical mechanism of Jijang-Kimch on anti-obesity effect and blood lipid metabolism in obesity model rats)

  • 신종서;엄경환;최윤서;이혜선;박희진;박병성
    • 한국응용과학기술학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.1198-1207
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    • 2019
  • 고지방식이에 의해 유도한 비만모델동물에서 지장김치의 혈액 중 유해 지질 감소, 항비만 효능 및 그 작용 메카니즘을 조사하였다. 4개의 처리구는 CD(일반식이를 섭취한 정상 대조구, chow diet as normal control), HFD(고지방식이를 섭취한 비만 대조구, high fat diet as obesity), HFDCK(고지방식이+일반김치 추출물 투여구), HFDJK(고지방식이+지장김치 추출물 투여구)로 구분하여 김치추출물을 28일 동안 경구투여 하였다. 체중, 간 및 지방조직 무게는 비만모델동물에서 HFDJK가 HFDCK에 비해서 낮았다(p<0.05). 혈액 중성지방, 총콜레스테롤, LDL-C, 혈당은 HFD와 비교할 때 CD, HFDJK, HFDCK의 순서대로 낮았으며 HFDJK는 HFDCK에 비해 낮았다(p<0.05). 간 및 지방세포의 크기는 HFD, HFDCK, HFDJK의 순서대로 증가하였으며 HFDJK는 HFDCK에 비해서 크게 낮았다(p<0.05). 결과는 비만모델동물에서 지장김치의 섭취가 일반김치에 비해서 혈액 지질과 혈당을 낮추고 지방세포의 크기를 줄여줌으로써 항비만 효능을 갖는다는 점을 나타낸다.

사람 혈장으로부터 고순도 혈액응고 제9인자의 산업적 생산 (Industrial-Scale Production of High-Purity Antihemophilic Factor IX from Human Plasma)

  • 강용;최용운;성학모;손기환;신정섭;김인섭
    • KSBB Journal
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    • 제23권1호
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    • pp.37-43
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    • 2008
  • (주)녹십자는 1986년 "훽나인"을 B형 혈우병 치료제로 제조품목허가를 받아 B형 혈우병치료제 공급을 시작하였다. 또한 1991년 New York Blood Center에서 selvent/detergent 바이러스 불활화 방법을 도입하여 제조공정에 추가한 후 혈액유래 바이러스로부터 안전한 제품을 생산하여 왔다. 하지만 이 제품은 혈액응고 제2인자, 제7인자, 제10인자가 함유된 제9인자 복합체로, 정맥 혈전증과 파종성 혈관내응고병증 같은 혈전형성 부작용이 일어날 가능성이 있어, 훽나인보다 순도, 유효성, 바이러스 안전성이 우수한 제품의 개발이 필요하였다. 이를 위해 고순도 제9인자 제제인 "GreenNine VF" 제조공정을 개발하였다. GreenNine VF 제조공정은 기존의 훽나인 생산 공정에 heparin 친화성 크로마토그래피와 양이온 크로마토그래피가 추가된 공정으로, 바이러스 안전성을 증진시키기 위한 바이러스 필터 공정도 포함하고 있다. 이러한 공정에 의해서 산업적 규모로 생산된 GreenNine VF는 훽나인에 비해 순도와 바이러스 안전성이 월등히 높은 것으로 확인되었다. 또한 고순도 혈액응고 제9인자 제제인 Mononine, Octanyne, Berinin HS, Immunine STIM plus 600보다 순도가 더 높았다. Cryo-poor plasma 1,600 L를 원료로 사용했을 때 1 batch 당 250IU 분병제품 2,400병 이상, 500 IU 분병제품 1,200병 이상을 생산할 수 있었다.

Subvalvular Septal Myectomy and Enlargement of the Narrow Aortic Root in Patients with Aortic Valve Replacement

  • Schulte, H.D.;Birchs, W;Horstkotte, D;Kim, Y.H.;Kerstholt, J;Preusse, C.J.;Winter, J
    • Journal of Chest Surgery
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    • 제22권2호
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    • pp.220-224
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    • 1989
  • In candidates for aortic valve replacement [AVR]it is our primary intention to implant the largest possible vale prosthesis of at least 23 mm in diameter in patients with severe valvular aortic stenosis. However, in many patients there is an additional subvalvular asymmetric septal hypertrophy which in some cases may cause an postextrasystolic increase of the LV-aortic gradient. Another component of the aortic stenosis syndrome is a narrow valvular ring, or a combination of both. After complete removal of the diseased valve and decalcification the narrow aortic ring [< 23 mm] can be widened firstly by transaortic subvalvular septal myectomy- [TSM] thus unfolding the left ventricular outflow tract[LVOT]and secondly by extending the oblique aortic incision into the aortic valve ring or further down into the anterior leaflet of the mitral valve. The sub-and supra-valvular defect will be closed by patch enlargement of the aortic root [PEAR] using autologous pericardium. These techniques allow a considerable enlargement of the valvular ring of about 4 to 10 mm in circumference. In a retrospective study using a computerized program, 847 patients with AVR [1980-1984]were reviewed to evaluate the intraoperative hemodynamic results mainly concerning relief of the transvalvular gradient. In 626 patients AVR was performed, 151 patients had double valve replacement [AVR+MVR], and 70 patients had AVR plus additional surgical procedures. Concentrating on the AVR-group [n=626] there were 103 patients with TSM, 24 patients with PEAR and 20 patients with TSM+PEAR which demonstrated that in a total, of 147 patients of this groups [23.5%] an additional procedure was necessary. The Statistical evaluation of the intraoperative pressure measurements before and after AVR in relation to the size of the implanted prostheses indicated the lowest preoperative mean gradient in patients with AVR alone, the highest in patients who afforded TSM plus PEAR. However, after AVR the mean gradients in all three groups were very low [mean 5 to 10 mmHg]. These data indicate that in patients with a narrow aortic ring and additional considerable ASH, TSM and PEAR are suitable techniques to enlarge the aortic root to enable the implantation of an adequate aortic valve prosthesis. Long-term controls have shown that autologous pericardium is a qualified graft material for the ascending aorta.

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Continuous wave of obturation technique에서 플러거의 다양한 적용 깊이에 따른 근단부 폐쇄효율 비교 (COMPARISON OF APICAL SEALING EFFICACIES USING DIFFERENT PLUGGING DEPTH IN CONTINUOUS WAVE OF OBTURATION TECHNIQUE)

  • 이상진;박정길;허복;김현철
    • Restorative Dentistry and Endodontics
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    • 제32권6호
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    • pp.491-497
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    • 2007
  • 이 연구의 목적은 continuous wave of obturation technique으로 근관 충전을 할 때, 다양한 heat source plugger의 깊이에 따른 근단부 근관 폐쇄능력을 비교하는 것이었다. 직선 형태 발거 소구치를 #35/.06 크기까지 니켈티타늄 파일을 사용하여 성형 및 세정하였다. 성형과 세정이 완료된 치아를 heat source plugger의 적용 깊이에 따라 15개씩 5군으로 분류하였다. 3 mm, 4 mm, 5 mm, 6 mm, 7 mm, 양성 대조군을 제외한 모든 근관은 E&Q plus(Meta Biomed Co., Chungju, Korea)를 사용하여 #35/.06 gutta-percha cone으로 충전하였다. 모든 치아의 근첨공 주변 1 mm를 제외하고 nail varnish를 도포하였고 음성 대조군은 근첨공을 포함하여 전체 면을 도포하였다. 모든 시편을 1% 메틸렌블루 용액에 72시간 동안 보관한 다음 치근첨으로부터 1, 2, 3 mm 높이에서 수평으로 절단하였다. 각 단면을 $12.5{\times}2.5$배 현미경하에서 관찰하고 디지털 카메라로 촬영하였다. 염색제 누출 평가를 위해 aye-degree scoring system을 사용하였다. 각 절단면에서의 점수를 모두 합하여 한 시편의 점수로 사용하고 통계학적 분석을 하였다. 이 실험 조건하에서, 3-7 mm까지의 heat source plugger의 적용 깊이는 근단부 폐쇄에서 유의한 차이를 나타내지 않았다. 5-7 mm의 Buchanan's protocol을 포함한 3-7 mm를 모두 임상 적용에서 받아들여질 만하다고 보인다.

Soft chelating irrigation이 GP/AH Plus로 충전된 근관의 sealing ability에 미치는 영향에 대한 평가 (EFFECT OF SOFT CHELATING IRRIGATION ON THE SEALING ABILITY OF GP/AH PLUS ROOT FILLINGS)

  • 유이숙;김태균;이광원;유미경
    • Restorative Dentistry and Endodontics
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    • 제34권6호
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    • pp.484-490
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    • 2009
  • 본 연구의 목적은 glucose leakage test를 이용하여 soft chelating irrigation이 근관 충전의 sealing ability에 미치는 영향을 평가하는 것이다. 발치된 45개의 단근치를 수집하여 치관부를 잘라내 치근이 총 13mm가 되게 하였다. 근관은 K3 NiTi 구동 기구를 사용하여 성형하고 #45/.06 taper까지 확대하였다. 3개의 실험군(n=13)과 2개의 대조군(n=3)으로 나누었다. 실험군은 다음의 세척 방법으로 처리하였다. 1군, 2.5% NaOCl로 세척; 2군, 2.5% NaOCl로 세척 후 17% EDTA로 최종 세척; 3군, 2.5% NaOCl과 15% HEBP 혼합 용액으로 세척, 근관은 gutta-percha와 AH Plus를 사용하여 측방가압으로 충전하였다. $37^{\circ}C$, 습도 100%에서 7일 동안 보관하고 glucose leakage model을 이용하여 치관부로부터 치근부 방향의 미세누출을 정량화하였다. 1, 4, 7, 14, 21, 28일 째 누출된 glucose의 농도를 spectrophotometry로 측정하였다. 분석 결과 모든 실험군에서 실험 기간 동안 누출이 증가하는 경향이 있었다. HEBP처리군은 실험 기간 동안 EDTA처리군과 유의한 차이를 보이지 않았다. HEBP처리군은 21일 이후부터 도말층으로 덮인 NaOCl처리군에 비해 유의하게 낮은 누출을 보였다. HEBP로 처리된 상아질은 EDTA로 처리된 상아질과 비슷한 양상의 폐쇄를 보였으나 도말층이 남아있는 상아질보다는 우수한 sealing ability를 나타냈다. 그러므로 약한 킬레이트제인 HEBP는 EDTA의 대안이 될 수 있을 것이다.