• The Plant Pathology Journal
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• 제35권3호
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• pp.243-256
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• 2019

Field surveys for Plum pox virus (PPV) infection were conducted in stone fruit orchards all over Bulgaria. In total, 1168 out of 3020 leaf samples from cultivated Prunus spp. and wildly growing P. cerasifera trees reacted positive for PPV in DASI-ELISA with the universal monoclonal antibody (MAb) 5B. Further ELISA analyses showed that 987 and 127 isolates belonged to PPV-M and PPV-D serotypes, respectively. The plum and P. cerasifera showed 82.0% and 50.5% levels of infection, respectively followed by the peach (40.0%) and the apricot (32.0%). Five hundred fifty one PPV isolates were further typed by IC-RT-PCR with PPV-Rec, -M and -D-specific primers, targeting (Cter)NIb-(Nter) CP genome region, as 125 isolates were sequenced. The results revealed the presence of PPV-Rec, PPV-M and PPV-D and mixed infections of these strains. PPV-Rec was the most prevalent strain (49.0%), followed by PPV-M (40.1%), while PPV-D was the less spread strain (8.2%). PPV-Rec was the most common strain in plums, including the eight "old-aged" trees from the region of the first Sharka discovery. PPV-M was the most prevalent strain in peach and apricot. Phylogenetic analyses on (Cter)NIb-(Nter)CP of the isolates were performed. PPV-Rec isolates formed a homogeneous group, while PPV-M isolates split into PPV-Ma and PPV-Mb subgroups. Five separated clades were formed by the analyzed PPV-D isolates. Nucleotide sequences of the partial CP coding region of the analyzed isolates revealed a slightly higher intra-strain genetic variability in PPV-Rec and PPV-M isolates, while that of PPV-D strain isolates was higher from the reported for these strains.

• 식물병연구
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• 제25권1호
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• pp.8-15
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• 2019

전 세계적으로 자두곰보바이러스는 핵과류에 발생하는 중요한 바이러스이다. 2015년 국내 복숭아에서 자두곰보바이러스 감염이 확인된 이후 국내 핵과류 과원에 대한 자두곰보바이러스 발생 조사가 시작되었다. 2016-2017년 국내 핵과류 1,985과원의 30,333주 나무에서 시료를 채집하여 특이 프라이머를 이용한 RT-PCR 검정 결과, 10과원의 21주 나무에서 자두곰보바이러스가 확인되었고, 박멸조치에 따라 감염 주에 대한 폐기 등 방제가 실시되었다. 2016년 자두곰보바이러스에 감염된 복숭아 나무 7주의 total RNA에서 PCR 산물 약 547 bp을 얻은 후 direct sequencing 하여 염기서열을 결정하였다. BLAST 검색 결과 Genbank에 등록된 자두곰보바이러스 D 계통 분리 주들(LC331298, LT600782)과 99% 높은 염기서열 상동성을 보였으며, 국내 복숭아 나무 7개 분리 주 간에 98-100% 염기서열 상동성을 보였다. Phylogenetic tree 분석 결과 한국, 일본, 미국, 캐나다에서 보고된 D 계통과 높은 유연관계를 가지는 것을 확인 할 수 있었다. 이 보고는 2016-2017년 국내 핵과류 과원의 자두곰보바이러스 발생 현황에 대한 첫 보고이며, 이를 바탕으로 발생 주 제거 등 국내 금지급 자두곰보병의 예방 및 방제 대책 수립을 위한 기초자료로 활용하고자 하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제27권1호
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• pp.44-52
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• 2011

Field surveys were conducted in 45 stone fruit orchards in seven districts of Isparta Province located in western Mediterranean region of Turkey important for stone fruit production. Leaf samples were collected from 175 trees showing virus-like symptoms. These samples were first tested by ELISA for five different RNA viruses including Apple mosaic ilarvirus (ApMV), Prunus necrotic ringspot ilarvirus (PNRSV), Prune dwarf ilarvirus (PDV), Plum pox potyvirus (PPV), Apple chlorotic leafspot trichovirus (ACLSV). While no ApMV and PPV infection was found, 46, 24 and 16 samples were tested positive for PDV, ACLSV and PNRSV, respectively, in ELISA showing about 45% of symptomatic trees in the region were infected with at least one of these viruses. In addition, it was found that nine sweet cherry trees were mixed infected with two or three of these viruses and PDV with an infection rate of 26.3% was the most widespread virus in symptomatic trees in western Mediterranean region. Thirty samples were selected and tested by a multiplex RT-PCR (mRT-PCR) for simultaneous detection of these viruses. While PPV was not detected, more than half of the tested 20 samples were individually or mixed infected with ApMV, ACLSV, PNRSV and PDV. The mRT-PCR results were confirmed by detection of these viruses individually in some of the field samples using RT-PCR with primes specific to each virus. Comparison of ELSA and mRT-PCR results of 30 samples showed that numbers of infected and mixed infected samples as well as infection and mixed infection rates were significantly higher in RT-PCR (20 and 66.7%) than in ELISA (14 and 46.7%). The results confirm that mRT-PCR is more sensitive than ELISA.

• 식물병연구
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• 제18권4호
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• pp.391-395
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• 2012

국내에서 재배되는 복숭아에 발생하는 바이러스병을 조사하기 위하여 경북 영천 등 복숭아 주산단지 6개 지역에서 전체 시료 515점을 채집하여 5종(ACLSV, ApMV, PDV, PNRSV, PPV) 바이러스의 감염여부를 RT-PCR 방법을 이용하여 바이러스 검정을 실시하였다. RT-PCR 검정 결과 전체 시료 515점 중 335점의 시료에서 ACLSV와 PNRSV가 검출되어 검정한 시료의 65.0%가 바이러스에 감염된 것을 확인하였다. ACLSV가 검출된 복숭아나무는 잎에 모자이크 증상이 관찰되었으며 PNRSV가 검출된 복숭아나무는 별다른 이상증상이 관찰되지 않았다. 검출된 바이러스의 유전자 염기서열 분석으로 ACLSV 4개와 PNRSV 3개의 분리주들을 확인하였으며 ACLSV 분리주들 간에는 95% 이상, PNRSV는 88% 이상의 아미노산 서열 상동성을 나타냈다. 기존에 보고된 ACLSV 및 PNRSV 분리주들과의 아미노산 서열 비교에서는 ACLSV 분리주들의 경우 70-99%, PNRSV 분리주들의 경우 88-99%의 상동성을 보였다. 이들 바이러스 분리주들의 계통학적 분석에서 ACLSV 분리주들은 A, B 그룹 중 A그룹에, PNRSV 분리주들은 I (PV32), II (PV96), III (PE5) 그룹에 각각 하나씩 속하는 것으로 나타났다.