• Reproductive and Developmental Biology
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• 제34권3호
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• pp.117-122
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• 2010

To search the potent pig pheromonal odorants through receptor-based approach methods, molecular dockings between 680 Flavomets as substrate molecule and pig odorants binding proteins OBP (1HQP) and PBP (1GM6) as receptor, and QSPR (quantitative structure-property relationship) analyses from physico-chemical parameters of Flavomets and their docking scores (DS) were performed and discussed quantitatively. From the basis on the findings, the optimal value $(MSA)_{opt.}=407.595\;{\AA}^2$ of MSA (molecular surface area; ${\AA}$), and RB (number of rotational bond) had the Flavomets will be able to increase DS. Therefore, it is expected that the stearyl alcohol from DS and H-bond type between substrate and receptor would be shows the character as potent pig pheromonal odorant.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제33권1호
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• pp.1-5
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• 2009

To search a new pig pheromonal odorant, the $N^1$-allyl-$N^2$-(tetrahydrofuran-Z-ylmethyl)oxalamide molecule predicted by ligand based approach and molecular docking method was synthesized by nucleophilic addition-elimination reaction ($Ad_{NU-E}$) between N-allyloxalamic acid ethylester and tetrahydrofurlmethylamine. According to the evaluation results for efficiency of pig estrus control, the synthesized pig pheromonal $N^1$-allyl-$N^2$-(tetrahydrofuran-2-ylmethyl)oxalamide molecule advanced the estrus by 11.3 days (p<0.05) compared with the non-pheromone group. And from these results, it is predicted that the synthesized pig pheromonal compound will be able to increase the reproduction efficiency of pig.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제34권3호
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• pp.153-159
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• 2010

The 34 potently pig pheromonal odorants (1-32, 5755 & 7113) through structure-based virtual screening and ligand-based virtual screening method were selected and their ADMET and pharmacokinetics characters were evaluated and discussed quantitatively. The pheromonal odorants were projected on the following pre-calculated models, Caco-2 cell permeability, blood-brain barrier permeation, hERG inhibition and volume-distribution. From the results of in silico study, it is found that an optimal compound (31) either penetrating or have a little ($P_{caco2}$=-8.143) for Caco-2 cell permeability, moderate penetrating ability ($P_{BBB}$=0.082) for blood-brain barrier permeation, the low QT prolongation ($P_{hERG}$=1.137) for the hERG $K^+$ channel inhibition, and low distribution into tissues ($P_{VD}$=-5.468) for volume-distribution. Therefore, it is predicted that the compound (31) a topical application may be preferable from these based foundings.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제28권1호
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• pp.45-52
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• 2004

To search a new porcine pheromonal odorants, this research for biostimulation and role of pheromone was augmented by means of "control system technologies" to offer a potentially useful and practical way to improve reproductive efficiency in livestock species. Therefore the 13 physicochemical parameters such as similarity indice (S), hydrophobicity (logP) and van der Waals molecule volume (MV) etc. of 54 steroid analogues, which are analogous of substrate molecules, 5$\alpha$-androst-16-en-3-one (P1) and 5$\alpha$-androst-16-en-3-ol (P2) of lipocalin as receptor of pig pheromones were calculated and discussed. The physicochemical properties of these steroid analogues were mainly followed by steric dissimilar of A and D ring in steroid nucleus. And we found that from correlation with S values and MV constants of molecules, the more MV constants are small, the more S values tend to approach 1. Based on this results, the S-values of 4-androsten-3,17-dione (P1-1) and 5 $\alpha$ -androstan-3-one (P2-1) were 1.0, respectively. The two compounds of them were chosen because they showed the same value each other at a side of hydrophobicity, molar refractivity and molecular volume. It is expected that the new two compounds will be able to substitute for P1 and P2, porcine pheromonal odorants.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제32권3호
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• pp.141-146
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• 2008

돼지 페르몬성 냄새 물질을 탐색하기 위하여 tetrahydrofuran-2-yl 계 화합물들과 관측된 결합 친화력상수(Obs.p$[Od]_{50}$) 사이의 정량적인 구조-활성관계(QSAR)로부터 4개 형태의 모델(2D-QSAR, HQSR, CoMFA 및 CoMSIA)들이 유도되었다. Ligand based approache로부터 최적화된 CoMFA 모델(예측성; $r^{2}_{cv.}(q^2)$=0.886 및 상관성: $r^{2}_{ncv.}$=0.984)이 가장 좋은 모델이었다. CoMFA 모델로부터 돼지 페르몬성 냄새 물질로 예측된 $N^{1}$-allyl-$N^{2}$-(tetrahydrofuran-2-yl)methyl) oxalamide (P1), 2- (4-trimethylammoniummethylcyclohexyloxy)tetrahydrofurane (P5) 및 2- (3-trimethylammonium-methylcyclohexyloxy)tetrahydrofurane (P6) 분자들은 비교적 높은 결합 친화력 상수값(Pred.p$[Od]_{50}=8{\sim}10$)과 몇 가지 독성에 대하여 낮은 독성간을 나타내었다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제29권1호
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• pp.43-48
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• 2005

돼지 웅성 페르몬인 5a-androst-16-en-3-one을 대체할 수 있는 활성 분자를 탐색하여 가축의 생산과 수요를 조절하기 위한 생물학적 자극 통제 수단으로 활용하고자 냄새 분자로서 2-cyclohexyloxytetrahydrofurane (A) 및 2-phenoxytetrahydrofurane (B) 유도체들의 구조 변화와 수용체인 porcine odorant binding protein (pOBP)에 대한 결합친화력 상수(p[Od.]/sub 50/) 사이의 정량적인 구조-활성관계에 관한 분자 HQSAR 모델XI을 유도하였다. 냄새 분자 중에서 cyclohexyl-치환체(A)가 phenyl-치환체(B)보다 높은 결합 친화력을 나타내었으며(A>B) 모델XI은 분자 조각크기(5∼8), 홀로그램 길이(97 bin)의 키랄성(chirality)조건에서 예측성(q²=0.916)과 상관성(r²=0.988)이 매우 양호하였다. 기여도(contribution map)로부터 냄새 분자의 결합 친화력 상수에 기여하는 부분은 2-oxyfuryl group의 C3 및 C5 원자인 반면에 cyclohexyl 고리상 tert-butyl group의 중심 탄소 원자와 furyl group의 C4 원자 부분은 기여하지 않았다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제31권1호
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• pp.15-20
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• 2007

가축의 번식과 수요를 조절할 수 있는 생물학적 자극 통제 수단으로 새로운 돼지 페르몬성 냄새 물질를 탐색하고자, 기질 분자로서 2-cyclohexyloxytetrahydrofurane (A), 2-phenoxytetrahydrofurane (B) 유도체들의 설명인자인 물리화학 파라미터와 돼지 페로몬의 수용체 (pOBP)에 대한 결합 친화력 상수($p[Od.]_{50}$) 간의 2D-QSAR 모델을 유도하고 검토하였다. 2D-QSAR 모델은 결합 친화력 상수를 약 96.4% 설명하는 매우 양호한 모델($r^{2}=0.964$)로서 분자내 치환기의 소수성 (SL) 상수에 관한 적정값이 $(SL)_{opt.}=1.418$일 때 가장 높은 결합 친화력을 나타냄을 알았다. 그러므로 분자내 치환기의 소수성 인자가 결합 친화력 상수에 가장 큰 영향을 미치는 중요한 요소이었다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제30권1호
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• pp.13-19
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• 2006

생물학적 자극통제 수단으로 활용하기 위한 돼지 웅성 페르몬성 분자를 탐색하고자 일련의 냄새 분자로서 2-(cyclo-hexyloxy) tetrahydrofurane 유도체들의 정량적인 구조와 수용체인 porcine odorant binding protein (pOBP)간의 결합 친화력 상수$(p(Od)_{50})$에 대한 비교 분자장 분석(CoMFA)을 실행하였다. 가장 양호한 CoMFA 모델 AIV $(r^2_{cv}.(q^2)=0.886$ 및 $r^2_{ncv}.=0.984$)은 기질 분자 내 입체 중심(chiral center)의 절대 배열이 $C_1(R),C_2(S)$인 분자를 atom based fit 방법으로 배열하였을 경우의 standard field와 indicator field가 조합된 CoMFA장의 조건에서 유도되었다. 이 CoMFA 모델은 입체장 40.8% 정전기장 14.6%및 소수성장 44.6%가 결합 친화력 상수에 영향을 미치는 요소임을 나타내었다. 등고도의 분석 결과로부터 효과적인 결합 친화력 냄새 분자를 수식하는 데 몇 가지 가치 있는 정보를 얻을 수 있었다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제30권3호
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• pp.169-174
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• 2006

돼지 페르몬성 분자를 탐색하기 위하여 일련의 green odorant로서 기질 분자인 2-(Cyclohexyloxy)tetrahydrofurane 유도체들의 정량적인 구조와 수용체인 porcine odorant binding protein(pOBP) 사이의 결합 친화력 상수($p(Od)_{50}$)에 대한 비교 분자 유사성 지수 분석(CoMSIA)을 실행하였다. 가장 양호한 CoMSIA 모델(I-AI)은 기질 분자내 입체 중심의 절대 배열이 $I:\;C_{1'}(R),\;C_2(S)$인 분자를 atom based fit 정렬하였을 경우의 입체장 조건에서 유도되었으며 PLS 분석 결과, 예측성이 ${r^2}_{cv.}(q^2)=0.856)$ 그리고 적합성이 ${r^2}_{ncv.}=0.964)$ 이었다. 모델의 CoMSIA 등고도 상, pOBP와 냄새 분자 사이의 상호작용으로부터 가장 높은 결합 친화력을 나타내는 분자의 구조적 특정들을 이해할 수 있었다.