• 생명과학회지
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• 제27권3호
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• pp.275-282
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• 2017

부산지역 급성호흡기감염증으로 내원한 환자에서 호흡기바이러스 검사를 시행하여 아데노바이러스 및 보카바이러스의 특징적인 임상증상 및 유행양상을 알아보고자 하였다. 3,230명의 환자에서 총 1,485건(46.0%)의 호흡기바이러스가 검출되었고 이 중 아데노바이러스 257건(8.0%), 보카바이러스 68건(2.1%)을 확인하였다. 성별 발생양상은 남자가 여자보다 아데노바이러스, 보카바이러스로 인한 호흡기감염증에 취약하였으며, 모두 1~5세 연령군에서 높은 검출률을 보여 영 유아의 주요 감염요인임을 확인할 수 있었다. 주요 임상증상으로 아데노바이러스는 발열, 두통이 보카바이러스는 천명음이 통계적으로 유의하였다. 아형분석결과, 아데노바이러스는 1~6, 8형의 혈청형을 확인하였고 기존 분리주와 97% 이상의 상동성을 보였다. 연도별 유행 혈청형은 2011년 아데노바이러스 1형, 2012년 3형과 4형, 2013년에는 3형이 우점적으로 유행하였다. 아데노바이러스 3형의 경우, 대유행을 유발하는 아형으로 보인다. 보카바이러스는 모두 1형으로 나타났다.

• 생명과학회지
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• 제27권6호
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• pp.652-660
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• 2017

최근 양어에서는 전염병, 환경오염, 어분 가격 상승 등으로 어려움을 가지고 있다. 본 연구는 쑥에서 분리한 L. plantarum SK3494를 이용하여 전통 약초인 개똥쑥을 발효시켜 in vitro 생리활성을 측정하고 어류용 사료첨가제로서의 가능성을 연구하였다. 개똥쑥의 발효시 유산균수는 9.38 log10 CFU/ml이며, pH는 4.1로 나타났다. 발효개똥쑥의 항산화활성은 DPPH 측정과 MAC-T 세포 내 과산화물 감소 실험에서 뛰어난 효과를 보였다. 발효개똥쑥은 어류 병원균인Photobacterium damselae subsp. damselae와 Vibrio ichthyoenteri에 대하여 강한 항균활성을 나타내었다. 따라서 유산균을 이용한 개똥쑥 발효물은 양식용 사료첨가제로써 가능성을 가지고 있는 것으로 판단되었다.

• 생명과학회지
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• 제27권6호
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• pp.661-672
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• 2017

내생균류는 숙주식물 내에서 생물학적 그리고 비생물학적 스트레스로부터 저항성을 갖는데 도움을 준다. 수생식물은 수생환경에 서식하며 육상식물보다 수분스트레스에 더 많이 노출되어있다. 본 연구에서는 제주에 있는 남생이못, 수장동습지, 용수저수지, 강정천 4개의 습지에서 11개의 수생 수변식물을 채집하여 연구하였다. 전처리를 통해 식물 외생균을 제거하고 뿌리에서 내생균류를 분리하였다. 남생이못에서 126균주, 수장동습지에서 22균주, 용수저수지에서 44균주, 강정천에서 32균주가 분리되어 총 224개의 내생균류를 분리하였다. 분리된 균은 ITS를 이용해 동정한 후, 다양성 분석을 하였다. 남생이못에서 분리된 내생균류는 4개 문(Phylum), 7개 강(class), 12개 목(order), 19개 과(family), 30개 속(genus)로 구분되었다. 수장동습지에서 분리된 내생균류는 4개 문, 5개 강, 6개 목, 11개 과, 11개 속으로 구분되었으며, 용수저수지에서 분리된 내생균류는 4개 문, 5개 강, 7개 목, 12개 과, 13개 속으로 구분되었다. 강정천에서 분리된 내생균류는 1개 문, 2개 강, 5개 목, 7개 과, 9개 속으로 구분되었다. 4개의 습지에서 공통으로 분리된 속은 Alternaria속, Colletotrichum속, Fusarium속이었다. 향후 내생균류의 다양한 생태학적 분포와 다양성 규명에 대한 연구에 기초자료로 이용될 것이다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제32권3호
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• pp.201-208
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• 2016

The main areas for field-grown vegetable production in Iran were surveyed during the years of 2012-2014 to determine the occurrence of begomoviruses infecting these crops. A total of 787 leaf samples were collected from vegetables and some other host plants showing virus-like symptoms and tested by an enzymelinked immunosorbent assay (ELISA) using polyclonal antibodies produced against Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV). According to the ELISA results, 81 samples (10.3%) positively reacted with the virus antibodies. Begomovirus infections were confirmed by polymerase chain reaction (PCR) using previously described TYLCV-specific primer pair TYLCV-Sar/TYLCV-Isr or universal primer pair Begomo-F/Begomo-R. The PCR tests using the primer pair TYLCV-Sar/TYLCV-Isr resulted in the amplification of the expected fragments of ca. 0.67-kb in size for ELISA-positive samples tested from alfalfa, pepper, spinach and tomato plants, confirming the presence of TYLCV. For one melon sample, having a week reaction in ELISA and no reaction in PCR using TYLCV-specific primers, the PCR reaction using the primer pair Begomo-F/Begomo-R resulted in the amplification fragments of the expected size of ca. 2.8 kb. The nucleotide sequences of the DNA amplicons derived from the isolate, Kz-Me198, were determined and compared with other sequences available in GenBank. BLASTN analysis confirmed the begomovirus infection of the sample and showed 99% identities with Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV); phylogenetic analysis supported the results of the database searches. This study reports the natural occurrence of TYLCV in different hosts in Iran. Our results also reveal the emergence of ToLCNDV in Iranian cucurbit crops.

• 식물병연구
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• 제22권4호
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• pp.249-256
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• 2016

국내 딸기 주산단지의 시설재배지 170개 포장으로부터 토양시료를 채취하여 식물기생선충을 조사한 결과, 농업적으로 중요한 뿌리썩이선충이 96개포장(56.5%), 뿌리혹선충이 63개 포장(37.1%)에서 검출되었다. 이 중 44개 포장은 뿌리썩이선충과 뿌리혹선충이 복합감염된 것으로 나타났다. 뿌리썩이선충과 뿌리혹선충의 도별 발생은 경남지역이 각각 68%와 46%, 시 군별로는 진주시가 81%와 54%로 가장 높았다. 국내 최대의 딸기 수출재배단지이자 식물기생선충의 검출률이 가장 높았던 진주시의 뿌리썩이선충과 뿌리혹선충의 종 동정 결과, 사과뿌리썩이선충(P. vulnus), 당근뿌리혹선충(M. hapla)이 우점하고 있는 것으로 나타났다.

• 한국해양바이오학회지
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• 제2권1호
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• pp.34-39
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• 2007

Penaeidins은 새우류에 존재하는 항미생물성펩티드의 한 종류로서 새우의 외부 병원체에 대한 방어기작을 구성하는 중요한 인자이다. 본 연구에서는 대하 혈구세포의 cDNA library로부터 분리된 EST 클론을 분리 동정하였다. 아미노산 염기서열 분석과 계통수 분석을 통하여 본 연구에서 분리한 EST 클론이 대하의 Penaeidin 3-2 유전자와 아미노산 수준에서 동일함을 밝혔다. 대하의 Penaeidin 3-2는 signal peptides로 예상되는 19개 아미노산 잔기를 포함하여 전체 71개의 아미노산 잔기로 이루어져 있고, C-말단에는 3개의 이중황화결합을 형성할 수 있는 6개의 cysteine가 존재하였다. 대하 Penaeidin 3-2 전사체는 혈구세포, 간췌장, 근육 조직에서 발현되었으며, 특히 혈구세포에서 주로 많이 발현되었다. 흰반점바이러스의 인위감염 실험에서 바이러스 감염 후 대하 Penaeidin 3-2의 발현이 증가하였다. 이상의 결과들로부터 대하 Penaeidin 3-2가 자체 방어 작용에서 중요한 역할을 할 것으로 예상된다.

• 한국어병학회지
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• 제30권2호
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• pp.79-88
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• 2017

현재 양식장에서는 Aeromonad를 비롯한 다양한 병원균에 의한 전염병으로 인해 많은 경제적 손실을 겪고 있다. 연어과 어류뿐만 아니라 담수 및 해수어류에도 치명적인 감염을 야기하는 Aeromonas 종은 적어도 26종 이상이 보고되어왔으며, 전염병을 유발하는 유비쿼터스 세균이다. Aeromonas 종을 확인하기 위해 16S rDNA 및 하우스 키핑 유전자의 핵산 서열을 기반으로 한 분자생물학적 기술이 사용될 수 있다. 본 연구에서 Aeromonas 종은 강원도 16개 양식장의 연어과 어류로부터 분리되었으며 Aeromonad의 16S rDNA와 하우스 키핑 유전자의 서열, 즉 RNA polymerase sigma factor ${\sigma}^{70}$ (rpoD) 또는 DNA gyrase subunit B (gyrB)를 기반으로 계통 발생 학적으로 동정했다. 그 결과 대서양 연어 (Salmo salar), 은연어 (Oncorhynchus keta), 산천어 (Oncorhynchus masou masou), 무지개송어 (Oncorhynchus mykiss)에서 96 개의 균주가 수집되었으며, 36개의 균주가 16S rDNA 분석에 의해 Aeromonas 속으로 확인되었다. 확인된 Aeromonas 속 균주는 rpoD 또는 gyrB 유전자 서열을 기반으로 추가 분석되어 Aeromonas salmonicida (24 균주), A. sobria (10 균주), A. media (1 균주) 및 A. popoffii (1 균주)로 검출되었으며, 이 것은 Aeromonas salmonicida가 강원도의 연어과 어류에서 주요 감염균임을 나타낸다. 또 하우스 키핑 유전자의 서열에 기초한 Aeromonas 종의 계통발생학적 동정은 16S rDNA 서열보다 더 정확하다는 것이 또한 증명되었다.

• 한국어류학회지
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• 제29권1호
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• pp.1-12
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• 2017

낙동강 상류 지류인 황지천에서 쉬리(Coreoleuciscus splendidus)와 참쉬리(C. aeruginosa)의 종 간 자연잡종 개체를 채집하였다. 쉬리와 참쉬리의 종 간 잡종 개체는 외부형태 비교와 함께 핵 DNA의 RAG1 유전자(1,334 bp)와 미토콘드리아 DNA인 CO1 유전자(1,551 bp)를 이용한 염기서열 분석을 실시하였다. 외부형태 분석결과 잡종 개체는 등지느러미, 꼬리지느러미 및 뒷지느러미 3곳에서 지느러미 반문의 형태가 쉬리와 참쉬리의 중간 형태를 나타내었다. RAG1과 CO1 유전자를 이용한 분자계통 분석결과 황치천에 분포하는 쉬리속 어류는 쉬리, 참쉬리 두 종과 두 종 간의 잡종 개체군으로 구성되어 있음을 확인하였으며, CO1 유전자의 염기서열 분석결과 순종인 정교배체와 잡종인 상반교배체가 잘 구분되었다. 또한 RAG1 유전자 분석결과 13개의 염기서열 변이를 확인하였고, 잡종 개체는 9개의 염기서열에서 double peaks가 확인되었다. 유전학적 분석과 외부형태 변이 분석에 의해 쉬리와 참쉬리 사이에 잡종화가 발생한 것을 확인하였으나 잡종 F2세대와 잡종 F1 세대의 생식적 격리 여부는 확인하지 못하였다.

• 식물분류학회지
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• 제32권4호
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• pp.383-396
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• 2002

한국산 붓꽃속(Iris L.; Iridaceae) 15종과 비교군인 등심붓꽃속(Sisyrinchium auguistifolium Mill.)과 범부채속(Belamcanda chinensis (L). DC.)을 포함한 17분류군을 대상으로 RAPD분석이 수행되었다. 10개의 oligoprimer를 이용한 효소중합반응에서 80개의 유효한 polymorphic band가 확인되었다. 유전적 상사도 지수에 의하여 bootstrap을 포함한 neighbour-joining 방법을 통하여 계통수를 평가하였다. 한국산 붓꽃속은 3아속(Limniris, Crossiris, Pardanthopsis) 또는 2속과 1아속으로 분류되어지고, 붓꽃아속(Limniris)은 6개의 분계조를 형성하고 있어 Waddick(1992)이 설정한 2절, 6계열의 분류체계가 더 타당하다고 생각된다. Chinensis계열은 금붓꽃계열과 각시붓꽃계열로 구분되어진다. Tripetalae계열에 속하는 부채붓꽃은 Sibiricae계열(시베리아붓꽃, 붓꽃)과 매우 가까운 유연관계를 형성하고 있으며, Ensatae계열에 속하는 타래붓꽃은 Ruthenicae계열에 속하는 솔붓꽃, 난장이붓꽃과 가까운 유연관계를 나타내고 있다. RAPD 분석자료를 기초로 한 한국산 붓꽃속의 계통학적 연구는 형태학적, ITS 염기서열 결과와 비슷한 결과를 제시하였고, 많은 학자들에 의해 논란이 된 분류군들의 문제를 해결하는데 유용한 접근방법이라 생각되며, 전체 붓꽃속 수준에서의 계통분석에 유용한 도구로 이용될 수 있는 것으로 사료된다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제40권2호
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• pp.127-134
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• 2016

Background: Rhizospheric fungi play an essential role in the plantesoil ecosystem, affecting plant growth and health. In this study, we evaluated the fungal diversity in the rhizosphere soil of 2-yr-old healthy Panax notoginseng cultivated in Wenshan, China. Methods: Culture-independent Illumina MiSeq and culture-dependent techniques, combining molecular and morphological characteristics, were used to analyze the rhizospheric fungal diversity. A diffusion test was used to challenge the phytopathogens of P. notoginseng. Results: A total of 16,130 paired-end reads of the nuclear ribosomal internal transcribed spacer 2 were generated and clustered into 860 operational taxonomic units at 97% sequence similarity. All the operational taxonomic units were assigned to five phyla and 79 genera. Zygomycota (46.2%) and Ascomycota (37.8%) were the dominant taxa; Mortierella and unclassified Mortierellales accounted for a large proportion (44.9%) at genus level. The relative abundance of Fusarium and Phoma sequenceswas high, accounting for 12.9% and 5.5%, respectively. In total,113 fungal isolates were isolated from rhizosphere soil. They were assigned to five classes, eight orders (except for an Incertae sedis), 26 genera, and 43 species based on morphological characteristics and phylogenetic analysis of the internal transcribed spacer. Fusarium was the most isolated genus with six species (24 isolates, 21.2%). The abundance of Phoma was also relatively high (8.0%). Thirteen isolates displayed antimicrobial activity against at least one test fungus. Conclusion: Our results suggest that diverse fungi including potential pathogenic ones exist in the rhizosphere soil of 2-yr-old P. notoginseng and that antagonistic isolates may be useful for biological control of pathogens.