• 한국식품과학회지
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• 제38권3호
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• pp.419-426
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• 2006

전국 각지에서 채집한 토양에서 분리한 25종의 내열성 균주 중 내열성 단백질 기수분해효소 활성을 갖는 균주 strain JE 375를 선별하였다. 본 균주는 gram 양성 간균의 특징을 나타냈으며 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology와 Biochemical Tests for Identification of Medical Bacteria에 준하여 생화학적 특성을 검토한 결과 catalase 양성, 포자형성, motility 양성, glucose 발효, mannitol 발효, xylose 산화, hemolysis ${\beta}$균임을 보아 Bacillus sp.으로 추정 되었다. Strain JE 375의 whole cell fatty acid를 gas chromatography로 분석한 결과 $C_{15:0}$ iso 26.17%, $C_{16:0}$ iso 13.01%, $C_{17:0}$ iso 30.19%로 분석되어 Bacillus 계열로 동정되었다. 16S rDNA sequence분석 결과 strain JE 375는 Bacillus caldoxylolyticus와 sequence가 97.6% 일치하는 유사성을 보였으나 부분적으로 sequence의 차이가 있고 gene bank data base상에서 16S rDNA sequence가 일치하는 균주는 검색되지 않았다. 이 같은 실험 결과에 따라 strain JE 375는 기존에 발표되지 않은 새로운 균주로 판단되어 Bacillus sp. JE 375로 명명하였다. Bacillus sp. JE 375은 tryptone 1%, yeast extract 0.5%, NaCl 1%, maltose 1%의 배지조성분과 배양 온도 $65^{\circ}C$에서 20시간 동안 배양하였을 때 최대의 단백질 분해 효소를 생산하였다. Bacillus sp. JE 375로부터 단백질 분해 효소를 acetone으로 침전시키고 DEAE-sepharose column chromatography를 통하여 효소를 정제하여 SDS-PAGE를 통해 확인한 결과 55 kDa 크기의 band를 확인할 수 있었다. 이 효소의 최적 배양 온도는 $65^{\circ}C$이었으며 배지의 최적 pH는 6.5로 나타났다. pH에 대한 안정성은 중성 부근의 pH에서 효소 활성의 안정성이 높게 나타났다. 본 효소의 반응 조건을 검토한 결과 중성 조건에서 안정하였으며, $60^{\circ}C$의 고온에서 활성을 가졌다. 효소 활성은 1 mM $CaCl_2$ 첨가에 의해 증가하였다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제40권5호
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• pp.375-379
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• 1997

리보즘불활성화 단백질(Ribosome-inactivating protein, RIP)을 생성하는 식물을 탐색하여 그중 호박$(Cucurbita\;moschata\;D_{UCHESNE})$ 잎에서 ammonium sulfate 침전, DE 52-Cellulose, S-Sepharose, FPLC Superose 12 HR, FPLC Mono-S column chromatography에 의하여 ribosome-Inactivating 활성이 있는 단백질(PR 1, PRIP 2)을 분리하였다. 정제된 단백질의 분자량은 SDS-PAGE에서 약 31,000과 30,500인 염기성 단백질로서, 특히 PRIP 1은 열에도 안정하여 $50^{\circ}C$에서 30분간 처리한 경우에도 활성이 유지되었다. 이 단백질들의 ribosome-inactivating 활성을 in vitro translation system에서 측정한 결과 50% 활성저해농도 $(IC_{50})$는 PRIP 1은 0.82nM, PRIP 2은 0.79 nM이었다. PRIP 1과 PRIP 2의 N-말단부분의 아미노산 서열을 분석하여, 이미 밝혀진 리보즘불활성화 단백질들과 아미노산서열의 유사성을 분석해 본 결과, PRIP 1은 Luffa cylindrica에서 분리된 Luffin B 및 Trichosanthes kirilowii Maximowicz에서 분리된 Trichokirin과, PRE 2은 Momordia charantia에서 분리된 Momordin II 및 MAP 30과 유사성이 매우 높았다.

• 한국동물학회지
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• 제27권1호
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• pp.25-34
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• 1984

韓國産 Liobagrus屬의 2종 魚類에 대하여 形態的 特徵과 水溶性 蛋白質의 電氣泳動像을 水系別로 比較하였다. 形態的인 特徵에 있어서 漢江産 L. andersoni는 錦江 및 洛東江에서 採集된 L. mediadiposalis와 顯著한 차이가 있었으나 錦江産 L. andersoni는 區分되는 形態的 特徵이 上記 2種間에 부분적인 一致를 보일뿐만 아니라 體長에 對한 體幅比는 독특한 값을 나타내었다. 이같은 類以性 및 差異는 각종 조직을 分離 SDS PAGE한 蛋白質 樣相에서도 나타났으며, 특히 筋肉蛋白質 樣相 比較에서 분명하였다. 筋蛋白質의 二次元電氣泳動像에서는 더욱 뚜렷하게 差異나는 수종의 저분자 蛋白質이 探知되었다. 本 硏究에서 얻은 電氣泳動에 의한 蛋白質 分劃像은 形態的 比較와 一致를 보일 뿐만 아니라 微量蛋白質 組成까지 細部的인 比較를 가능케하므로 Liobagrus屬의 水系에 따른 差異 및 分類가 電氣泳動에 의해서 신빙성있게 이루어질 수 있음을 보였다. 以上의 결과에 비추어 볼 때 錦江에서 採集되는 L. andersoni 類似 標本은 漢江의 L. andersoni와는 별도로 分類되어야 한다고 보며, 이를 漢江産의 地理的變異型, 또는 上記 究明된 두 종간의 自然雜種 내지는 別種인지의 與否를 명확히 하기 위한 몇가지 具體的인 檢討 必要하다고 본다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권4호
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• pp.636-643
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• 2001

Bacillus sp. AIR-5, a strain from soil, produced an extracellular maltopentaose-forming amylase from amylose and soluble starch. This bacterium produced 8.9 g/l of maltopentaose from 40 g/l of soluble starch in a batch fermentation and the maltopentaose made up 90 % of the maltooligosaccharides produced (from maltose to maltoheptaose). The culture supernatant was concentrated using a 30 K molecular weight cut-off membrane and purified by DEAE-Cellulose and Sephadex G-150 column chromatographies. The purified protein showed one band on a native-PAGE and its molecular mass was estimated as 250 kDa. The 250-kDa protein was composed of tetramers of a 63-kDa protein. the isoelectric point of the purified protein was pH 6.9, and the optimum temperature for the enzyme activity was $45^{\circ}C$. The enzyme was quickly inactivated above $55^{\circ}C$, and showed a maximum activity at pH 8.5 and over 90% stability between a pH of 6 to 10. The putative N-terminal amino acid sequence of AIR-5 amylase, ATINNGTLMQYFEWYVPNDG, showed a 96% sequence similarity with that of BLA, a general liquefying amylase.

• 생명과학회지
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• 제14권6호
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• pp.986-990
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• 2004

2002년 5월에서 7월사이 한국 근해로부터 총 가검물 50례 중에서 V. vulnificus은 5균주가 분리되었고, API 20E kit의동정률이 $89.4\~93.7\%$로 나타났다. V. vulnificus 16S rDNA를 증폭하여 얻은 산물을 cloning하여 염기서열을 결정하고 분석한 결과 V. vulnificus로 확인되었다. 동정된 분리균주들의 cell lysates을 SDS-PAGE로 분석하였고 표준균주로 사용된 V. vulnificus ATCC 27562와 분리 균주들을 비교해 본 결과 단백밴드pattern이 많은 차이를 보였으나 외막단백질은 V. vulnificus간에는 공통의 밴드가 확인되었으나 V. parahaemolyticus 와는 차이를 보였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제37권1호
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• pp.24-32
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• 2009

숙성 정도가 오래된 김장 배추 김치에서 분리되어 16S rDNA 염기 서열 분석을 통해 부분 동정된 KNUC25 분리 균주를 단백질 전기 영동 패턴과 생리적 특징 그리고 염기 서열의 유사성을 비교하여 Lactobacillus paraplantarum로 동정하였다. L. paraplantarum KNUC25의 농축 상등액은 그람 양성균과 음성균에 넓은 범위의 항균 활성을 나타냈다. 전자 현미경을 통해 KNUC25가 만들어내는 항균 물질은 세균의 표면에 작용하여 생육을 억제하는 것으로 확인되었다. 항균 활성 물질을 생산하는 최적 온도는 섭씨 30도이고, 높은 온도에서도 항균 활성을 보였으며 단백질 분해 효소에 안정하며 비단백질성 항균 물질일 가능성을 보여주었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제47권4호
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• pp.522-529
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• 2019

A Bacillus strain, SJ4, exhibiting strong fibrinolytic activity was isolated from saeu (shrimp, Acetes chinensis) jeotgal, a Korean traditional fermented food and was identified as B. subtilis. The B. subtilis SJ4 strain can grow at a NaCl concentration of up to 15% (w/v). The fibrinolytic activity of B. subtilis SJ4 (152.0 U/ml) cultured in Luria-Bertani (LB) broth for 48 h at 37℃ with aeration was higher than that of B. subtilis SJ4 cultured in TSB (124.5 U/ml) under same culture conditions. The major proteins in the LB culture supernatant of B. subtilis SJ4 were analyzed by SDS-PAGE, which revealed three major bands (23, 25, and 28 kDa). The band (23 kDa) with strong fibrinolytic activity, analyzed on fibrin zymogram, was observed at 60-96 h of cultivation. The aprESJ4 gene encoding the major fibrinolytic enzyme, AprESJ4, was cloned by PCR. The aprESJ4 gene sequence exhibited high similarities with the fibrinolytic gene sequences of other Bacillus species. The amino acid sequence of AprESJ4 exhibited 98.9 and 98.4% similarity with subtilisin NAT and AprE2 of B. subtilis, respectively. Hence, B. subtilis SJ4 can be a potential starter culture for jeotgal products.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제15권5호
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• pp.1054-1059
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• 2005

An extracellular protease was identified from Bacillus subtilis KCCM 10257 by N-terminal sequencing and mass spectral analysis. The molecular mass of the extracellular protease was estimated to be 28 kDa by SDS-PAGE. Sequencing of the N-terminal of the protease revealed the sequence of A(G,S,R)QXVPYG(A)V(P,L)SQ. The N-terminal sequence exhibited close similarity to the sequence of other proteases from Bacillus sp. A mass list of the monoisotopic peaks in the MALDI-TOF spectrum was searched after peptide fragmentation of the protease. Six peptide sequences exhibiting monoisotopic masses of 1,276.61, 1,513.67, 1,652.81, 1,661.83, 1,252.61, and 1,033.46 were observed from the fragmented protease. These monisotopic masses corresponded to the lytic enzyme L27 from Bacillus subtilis 168, and the Mowse score was found to be 75. A doubly charged Top product (MS) at a m/z of 517.3 exhibiting a molecular mass of 1034.6 was further analyzed by de novo sequencing using a PE Sciex QSTAR Hybrid Quadropole-TOF (MS/MS) mass spectrometer. MS/MS spectra of the Top product (MS) at a m/z of 517.3 obtained from the fragmented peptide mixture of protease with Q-star contained the b-ion series of 114.2, 171.2, 286.2, 357.2, 504.2, 667.4, 830.1, and 887.1 and y-ion series of 147.5, 204.2, 367.2, 530.3, 677.4, 748.4, 863.4, and 920.5. The sequence of analyzed peptide ion was identified as LGDAFYYG from the b- and y-ion series by de novo sequencing and corresponded to the results from the MALDI-TOF spectrum. From these results the extracellular protease from Bacillus subtilis KCCM 10257 was successfully identified with the lytic enzyme L27 from Bacillus subtilis 168.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권11호
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• pp.1753-1759
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• 2006

Paenibacillus sp. HY-8 isolated from the digestive tracts of the longicorn beetle, Moechotypa diphysis, produced an extracellular endoxylanase with a molecular weight of 20 kDa estimated by SDS-PAGE. The xylanase was purified to near electrophoretic homogeneity from the culture supernatant after ammonium sulfate precipitation, gel filtration, and ionexchange chromatography. The purified xylanase exhibited the highest activities at pH 6.0 and $50^{\circ}C$. The $K_m\;and\;V_{max}$ values were 7.2 mg/ml and 16.3 U/mg, respectively, for birchwood xylan as the substrate. Nucleotide sequence of the PCR-cloned gene was determined to have the open reading frame encoding a polypeptide of 212 amino acids. The N-terminal amino acid sequence and the nucleotide sequence analyses predicted that the precursor xylanase contained a signal peptide composed of 28 amino acids and a catalytically active 19.9-kDa peptide fragment. The deduced amino acid sequence shared extensive similarity with those of the glycoside hydrolase family 11 of xylanases from other bacteria. The predicted amino acid sequence contained two glutamate residues, previously identified as essential and conserved for active sites in other xylanases of the glycoside hydrolase family 11.

• Toxicological Research
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• 제26권1호
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• pp.47-52
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• 2010

The Malassezia fungi are responsible for various human skin disorders including dandruff and seborrheic dermatitis. Of the Malassezia fungi, Malassezia globosa (M. globosa) is one of the most common in human scalp. The completed genome sequence of M. globosa contains four putative cytochrome P450 genes. To determine the roles of Malassezia P450 enzymes in the biosynthesis of ergosterol, we isolated MGL3996 gene from M. globosa chromosomal DNA by PCR. The MGL3996 gene encodes an enzyme of 616 amino acids, which shows strong similarity with known CYP52s of other species. MGL3996 gene was cloned and expressed in Pichia pastoris (P. pastoris) heterologous yeast expression system. Using the yeast microsomes expressing MGL3996 protein, a typical P450 CO-difference spectrum was shown with absorption maximum at 448 nm. SDS-PAGE analysis revealed a protein band of apparent molecular weight 69 kDa and Western blot with anti-histidine tag antibody showed that MGL3996 was successfully expressed in P. pastoris. Cloning and expression of a new P450 gene is an important step to study the P450 monooxygenase system of M. globosa and to understand the role of P450 enzymes in pathophysiology of dandruff.