• 제목/요약/키워드: PNA

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비브리오 콜레라 신속 검출을 위한 펩티드 핵산 기반 비대칭 real-time PCR 방법의 적용 (Application of a Peptide Nucleic Acid-Based Asymmetric Real-Time PCR Method for Rapid Detection of Vibrio cholerae)

  • 강민경;이택견
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제20권12호
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    • pp.117-124
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    • 2019
  • 비브리오 콜레라는 수산물과 선박평형수 내에서 모니터링되고 있는 중요 병원성 박테리아이다. 이를 검출하기 위한 여러 방법들이 개발되어 왔으나, 시간 소모가 크고 민감도에서 한계가 있었다. 본 연구는 비브리오 콜레라를 보다 정확하게 검출하기 위한 방법을 개발하는 목적으로 수행하였다. PNA 기반 비대칭 real-time PCR 기술에 적용하기 위하여 펩티드 핵산(Peptide nucleic acid, PNA) 프로브를 개발하였다. 독성 유전자인 Cholera enterotoxin subunit B (ctxB)를 비브리오 콜레라 검출을 위한 타겟 유전자로 선정하고, conventional PCR과 real-time PCR을 위한 positive template를 합성하였다. Real-time PCR 프라이머와 PNA 프로브를 디자인하여, 정량 분석을 위한 표준곡선 실험을 수행하였다. 선택된 PNA 프로브는 비브리오 콜레라에 특이적으로 반응하였으며, 검출한계는 0.1 cfu/100 mL이었다. 종합해 보면, 본 연구에서 개발된 PNA 프로브와 비대칭 real-time PCR 방법은 수산물과 선박평형수 뿐만 아니라 해양환경에 있는 비브리오 콜레라를 신속하고 정확하게 모니터링할 수 있는 기술로 판단된다.

PNA 바이오칩을 이용한 고려인삼 품종 판별 (Molecular Identification of Korean Ginseng Cultivars (Panax ginseng C. A. Mey.) using Peptide Nucleic Acid (PNA) Microarray)

  • 방경환;조익현;김영창;김장욱;박홍우;신미란;김영배;김옥태;현동윤;김동휘;차선우
    • 한국약용작물학회지
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    • 제20권5호
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    • pp.387-392
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    • 2012
  • This study was carried out to identify Korean ginseng cultivars using peptide nucleic acid (PNA) microarray. Sixty-seven probes were designed based on nucleotide variation to distinguish Korean ginseng cultivars of Panax ginseng. Among those PNA probes, three (PGB74, PGB110 and PGB130) have been developed to distinguish five Korean ginseng cultivars. Five Korean ginseng cultivars were denoted as barcode numbers depending on their fluorescent signal patterns of each cultivar using three probe sets in the PNA microarray. Five Korean ginseng cultivars, Chunpoong, Yunpoong, Gopoong, Gumpoong and Sunpoong, were simply denoted as '111', '222', '211', '221' and '122', respectively. This is the first report of PNA microarray which provided an objective and reliable method for the authentication of Korean ginseng cultivars. Also, the PNA microarray will be useful for management system and pure guarantee in ginseng seed.

웹 기반 Home PNA 장치 관리 시스템의 설계 및 구현 (Design and Implementation of Web-based Home PNA Device Management System)

  • 안병오;안성진;정진욱
    • 정보처리학회논문지C
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    • 제8C권6호
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    • pp.865-874
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    • 2001
  • 본 논문에서는 Home Phoneline Neworking Aliance(Home PNA) 장치에 연결된 많은 가입자들로부터 야기될수 있는 대역폭 서비스 불균형 현상을 해결하고 이 장비를 이용하는 가입자들을 관리하기 위한 웹 기반 Home PNA 장치 관리시스템을 구현하였다. Simple-Net-work Managment Protocol(SNMP) 를 탑대한 Home PNA장치를 관리하기 위해서 관리항목을 Muti Dewling Unit(MDU) 장비으 Management Information Base(MB)로 부터 추출한 MIB 오브젝트를 이용하여 시스템관리, 포트관리, 성능관리, 장애관리로 분류하였다. 시스템관리는 개별 MDU 장비에 대해 구성정보를 제공하고, 포트관리는 현재 가입되어 있는 가입자에 대한 현황정보를 제공하고 비인가 가입자에 대한 필터링을 수행한다 그리고 성능관리는 트렁크 라인과 가입자 라인의 트랙픽 정보를 제공한다. 마지막으로 장애관리는 예외 상황에 대한 장애로그 및 trap 메시지를 제공한다. 구현된 시스템의 운영성을 시험하기 위하여 실제 네트워크에서 그 동작성을 검증하였다.

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임상 객담검체에서 Peptide Nucleic Acid Probe를 이용한 결핵과 비결핵 항산균의 구분 (Evaluation of Peptide Nucleic Acid Probe-Based Fluorescence In Situ Hybridization for the Detection of Mycobacterium tuberculosis Complex and Nontuberculous Mycobacteria in Clinical Respiratory Specimens)

  • 이승희;김신영;김형회;이은엽;장철훈
    • Annals of Clinical Microbiology
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    • 제18권2호
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    • pp.37-43
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    • 2015
  • 배경: 결핵은 전세계적으로 단일 원인균으로는 가장 높은 치사율을 가진 질병이다. 결핵의 치료에 있어서 마이코박테리아를 빠르고 정확하게 확인하는 것이 필수적이다. 본 연구에서는 임상 객담 검체의 도말 슬라이드에서 결핵균과 비결핵 항산균의 감별을 위해 Peptide Nucleic Acid (PNA) Probe를 이용한 FISH assay를 평가하고자 한다. 방법: 결핵균과 비결핵 항산균의 16s rRNA를 타겟으로 한 PNA probe를 합성하였다. 각 probe의 특이도는 표준 균주인 Mycobacterium tuberculosis ATCC 13950, M. kansasii ATCC 12479, 임상 검체에서 분리된 마이코박테리아 3종(M. abscessus, M. avium, and M. intracellulare) 그리고 호흡기계에서 흔히 분리되는 10종류의 박테리아를 이용하였다. Centers for Disease Control and Prevention (CDC)의 Acid fast bacili (AFB) 염색 기준상 trace 이상인 128개의 임상 객담 검체를 이용하여 Probe의 성능을 평가하였다. PNA FISH와 항산균 염색결과는 CDC 기준에 따라 단계를 분류하고 서로 비교하였다. 결과: 결핵균과 비결핵 항산균 특이 PNA probe는 결핵균과 M. kansasii 표준 균주 그리고 임상검체에서 분리된 3종의 마이코박테리아에 대해 특이적인 반응을 보였고 다른 박테리아와 교차반응을 보이지 않았다. 또한 89개의 결핵균 배양 양성 객담 검체와 29개의 비결핵 항산균 배양 양성 객담 검체에 각각 특이적인 반응을 보였고 CDC 기준에 따라 분류한 PNA FISH와 AFB염색 결과는 2+ 이상의 검체에서 서로 잘 일치하였다. 결론: PNA FISH 방법은 임상 객담 검체에서 결핵을 진단하고, 항산균과 비결핵 항산균을 구분하는데 있어서 민감하고 정확한 결과를 보였다.

HomePNA 2.0 시스템을 위한 등화기의 성능 비교 (Performance Comparison of Equalizers for HomePNA 2.0 Systems)

  • 박기태;최효기;이원철;신요한
    • 대한전자공학회:학술대회논문집
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    • 대한전자공학회 2002년도 하계종합학술대회 논문집(1)
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    • pp.61-64
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    • 2002
  • In this paper, various equalizers are considered to improve the performance of Home Phoneline Networking Alliance (HomePNA) 2.0 system under dispersive channel with intersymbol interference. We evaluate and compare the performances of Recursive Least Squares (RLS) and Least Mean Squares (LMS) adaptation algorithms. Computer simulations show that the equalizers utilizing tile RLS algorithm outperforms the LMS algorithm, especially for the system of high symbol rate and complex constellation.

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HomePNA 2.0 시스템에서 FTF 방법을 이용한 등화기 알고리즘 구현 (Implementation of Equalizer Algorithm using FTF Method for HomePNA2.0 Systems)

  • 전병관;박기태;신요안;이원철
    • 대한전자공학회:학술대회논문집
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    • 대한전자공학회 2002년도 하계종합학술대회 논문집(1)
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    • pp.65-68
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    • 2002
  • 본 논문은 HomePNA 2.0 시스템에서 채널에 의한 왜곡을 보상하기 위한 방안을 제시하는 것으로서 심벌률과 전송 방식에 따른 등화기를 Fast RLS 알고리즘인 FTF (Fast Transversal Filter) 알고리즘을 사용하여 구현하여 그 성능을 분석하며, 또한 헤더 부분의 미결정 심벌들을 이용하는 DFE (Decision Feedback Equalizer)형태로 등화기를 구성하고 이에 대한 성능을 분석하고자한다.

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Rapid Compositional Analysis of Naphtha by Near-Infrared Spectroscopy

  • 구민식;정호일;이준식
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제19권11호
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    • pp.1189-1193
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    • 1998
  • The determination of total paraffin, naphthene, and aromatic (PNA) contents in naphtha samples, which were directly obtained from actual refining process, has been studied using near-infrared (NIR) spectroscopy. Each of the total PNA concentrations in naphtha has been successfully analyzed using NIR spectroscopy. Partial least squares (PLS) regression method has been utilized to quantify the total PNA contents in naphtha from the NIR spectral bands. The NIR calibration results showed an excellent correlation with those of conventional gas chromatography (GC). Due to its rapidity and accuracy, NIR spectroscopy is appeared as a new analytical technique which can be substituted for the conventional GC method for the quantitative analysis of petrochemical products including naphtha.

HomePNAl.0 Transceiver의 회로 설계 및 구현 (The Circuit Design and Implementation of HomePNAl.0 Transceiver)

  • 구기종;유광현;홍인성;김보관
    • 대한전자공학회:학술대회논문집
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    • 대한전자공학회 2000년도 추계종합학술대회 논문집(4)
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    • pp.131-134
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    • 2000
  • This paper presents the circuit design and implementation of a HomePNA (Home Phoneline Network Alliance) 1M8 PHY transceiver for specification ver1.1. This paper describes a physical medium interface, an Ethernet MAC controller unit interface, and a management interface of the HomePNA transceiver. The designed HomePNA transceiver can support any specifications having more than 32Mbits/sec(maximum in HomePNA ver2.0) transmission rate by changing physical medium interface, because Ethernet MAC controller unit interface has been designed by using MII.

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Development of Clamping Probe for Rare DNA Detection using Universal Primers

  • Kim, Meyong Il;Lee, Ki-Young;Cho, Sang-Man
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제17권3호
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    • pp.339-344
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    • 2014
  • PCR amplification with universal primer is a useful tool for speciation of symbionts in marine eukaryote coupled with robust separation method such as denaturing high performance chromatography (DHPLC). To overcome the biased amplification, clamping PCR is recommended to suppress the amplification of host gene. In this study, we evaluated the efficiency of rare gene detection for two kinds of clamping probes which were successfully utilized for eukaryotic symbiont analysis: C3 linked nucleotide (C3) and peptide nucleic acid (PNA). PNA was 3-4 orders of magnitude higher than that of C3 tested in clamping efficiency and rare gene detection. This represented that PNA could be a more competent clamping probe for the enhancement of PCR amplification for rare symbiont genes.

Fabrication of Nanogap-Based PNA Chips for the Electrical Detection of Single Nucleotide Polymorphism

  • Park, Dae-Keun;Park, Hyung-Ju;Lee, Cho-Yeon;Hong, Dae-Wha;Lee, Young;Choi, In-Sung S.;Yun, Wan-Soo
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 2012년도 제42회 동계 정기 학술대회 초록집
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    • pp.540-540
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    • 2012
  • Selective detection of single nucleotide polymorphism (SNP) of Cytochrome P450 2C19 (CYP2C19) was carried out by the PNA chips which were electrically-interfaced with interdigitated nanogap electrodes (INEs). The INEs whose average gap distance and effective gap length were about ~70 nm and ${\sim}140{\mu}m$, respectively, were prepared by the combination of the photo lithography and the surface-catalyzed chemical deposition, without using the e-beam lithography which is almost inevitable in the conventional lab-scale fabrication of the INEs. Four different types of target DNAs were successfully detected and discriminated by the INE-based PNA chips.

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