• 제목/요약/키워드: PCR screening

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학교 신체 검사에서 발견된 단독 단백뇨의 분석 (Analysis of Isolated Proteinuria on School Urinary Mass Screening Test in Busan and Kyungsangnam-do Province)

  • 오동환;김정수;박지경;정우영
    • Childhood Kidney Diseases
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    • 제7권2호
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    • pp.142-149
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    • 2003
  • 목적 : 초, 중, 고등학생들을 대상으로 실시한 집단뇨 검사의 전반적인 분석에 대한 연구 결과들은 여러 연구자들에 의해 지속적으로 보고되었으나, 단독 단백뇨(isolated proteinuria)에 대한 연구는 소수에 불과하다. 국내에서는 매년 전체학생의 0.3-0.5% 정도를 차지하는 것으로 보고되어 있다. 단백뇨는 과도한 양의 단백이 소변으로 배출되는 것으로, 증상이 없는 환자에서 발견된 단백뇨는 심각한 신장질환이나 전신 질환의 초기 발현이거나 혹은 임상적으로 의미 없는 일시적인 소견일 수 있다. 그러나 지속적인 단백뇨의 경우는 향후 진행성 신질환의 경과를 취하는 경우가 적지 않으므로 진단 당시 정확한 검사 및 지속적인 외래 추적 관찰이 필수적이다. 이에 저자들은 부산 경남지방에 거주하는 초, 중, 고등학교 학생들 중학교 신체검사에서 우연히 발견된 단독 단백뇨를 주소로 본 원을 방문하였던 학생들을 대상으로, 단독 단백뇨의 원인을 규명하고, 전국적인 자료 구축의 기본적인 데이터를 제공하고자 본 연구를 시행하였다. 방법 : 2002년 4월부터 2003년 8월까지 학교 신체 검사에서 발견된 소변 검사상의 이상 소견을 주소로 부산백병원 소아과를 방문하였던 학생 중 단독 단백뇨의 소견을 보였던 초, 중, 고등학생 44명을 대상으로 전향적으로 조사하였다. 성별은 남자가 15명, 여자가 29명으로 남녀 비는 1:1.93이었다. 연령은 7세부터 16.9세까지로 평균 연령은 12.0세였다. 모든 학생들은 소아신장학회의 프로토콜에 의거하여 검사를 시행하였다. 결과 : 단독 단백뇨를 보였던 44명 학생들에서 단백뇨의 원인적 분석 결과는 일시적 단백뇨가 4례(9.1%), 기립성 단백뇨가 36례(81.8%), 지속성 단백뇨가 4례(9.1%)로, 기립성 단백뇨가 가장 많았다. 본원에 의뢰된 학생들의 학교 신체검사상에서의 단백뇨 정성검사(urine dipstick test) 결과를 보면, 전체적으로 2+가 24례(54.5%)로 가장 많았으며, Trace와 3+가 각각 6례, 1+ 5례, 4+ 3례였다. 기립성 단백뇨 군에서는 2+가 21례(58.3%)로 가장 많았다. 24시간 채집뇨상의 총단백량은 일시적 단백뇨 군에서는 평균 $121.0{\pm}136.4\;mg$이었고, 기립성 단백뇨 군은 평균 $179.1{\pm}130.0\;mg$, 지속성 단백뇨 군은 $1,532.8{\pm}982.5\;mg$이었다. 기립성 단백뇨 군에서는 24시간 채집뇨상의 총단백량의 범위가 40 mg에서 616 mg까지로 비교적 넓은 범위를 나타내었다. 단회뇨를 이용하여 측정한 PCR은 일시적 단백뇨군에서는 평균 $0.10{\pm}0.01$이었고, 기립성 단백뇨군은 평균 $0.61{\pm}0.61$, 지속성 단백뇨 군은 평균 $4.35{\pm}4.04$이었다. 기립성 단백뇨 군에서는 PCR의 범위가 0.09에서 2.32까지의 편차를 나타내었다. 지속성 단백뇨를 보이는 경우가 4례에서 관찰되었다. 이들 모두는 1년 동안 계속하여 단백뇨가 나타났으며, 결국 신조직 검사를 시행하였다. 1례는 미세병변이었고, 나머지 2례는 막증식성 사구체 신염이였으며, 나머지 1례는 신유전분증이었다. 결론 : 단백뇨의 검출은 신장질환의 존재를 확인해 줄 뿐만이 아니라 지속적인 단백뇨는 진행성 경과의 위험성을 동시에 암시해 주는 매우 유용한 지표이다. 본 연구 결과 학교 신체 검사상에서 발견된 단독 단백뇨의 주된 원인은 기립성 단백뇨로 81.8%를 차지하였다. 그러나 지속성 단백뇨의 경우 비록 9.1%의 빈도를 보였지만, 신장 조직검사를 시행한 결과 진행성 경과를 취할 수 있는 막 증식성 사구체 신염과 매우 희귀한 증례인 신유전분증 등으로 진단됨으로써 지속성 단백뇨의 경우 정확 진단적 접근이 필수적임을 알 수 있다. 기립성 단백뇨의 경우는 간단한 소변 검사만으로도 진단이 가능하므로 필요하지 않은 검사의 무분별한 시행이나 신장 질환에 대한 막연한 불안감을 해소할 수 있다. 초, 중, 고등학생을 대상으로 시행하고 있는 집단 소변 검사는 예방적인 차원에서의 의료 관리의 전형적인 사례로 볼 수 있다. 이의 성공적이면서도 확고한 정착을 위해서는 각 지역을 중심으로 시행되어진 자료의 수집과 관리를 일원화하는 작업이 요구되고 있다. 이를 통해 얻어진 자료들의 통계적 분석과 다양한 예시들은 소아 신질환의 관리의 귀중한 이정표를 제시해 줄 것이다.

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SNP마커 개발을 통한 사료용 옥수수 품종판별 (Distinguishing the Korean Silage Corn Varieties through Development of PCR-Based SNP Marker)

  • 김상곤;이진석;배환희;김정태;손범영;백성범
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제37권2호
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    • pp.168-175
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    • 2017
  • 옥수수 품종판별 마커 개발을 위하여 SNAP 방법을 변형하여 2bp 불일치 SNP PCR 방법을 옥수수 품종판별에 적용하였다. SNP 마커개발을 위하여 MaizeGDB 웹사이트(www.maizegdb.org)를 통해서 200 SNP 위치를 확인하였으며, 표준맵으로 알려진 B73 옥수수 게놈서열을 바탕으로 2bp 불일치 Primer을 디자인하였다. PCR 생성물은 200-500bp 사이에서 결정되었으며 SNP site가 있을시 PCR 생성물이 생성되지 않게 디자인 되었다. 선행연구에서 선발된 16개의 Primer조합을 이용해서 농촌진흥청에서 개발된 사료용 옥수수 10품종(강다옥, 광평옥, 다평옥, 안다옥, 양안옥, 신광옥, 장다옥, 청다옥, 평광옥, 평안옥)과 수입 사료용 옥수수 40품종과의 판별 가능성을 검정하였다. SNP PCR 결과를 바탕으로 한 Cluster분석에서 신광옥과 PI1395 그리고 몇몇 수입 사료용 옥수수를 제외하고는 모두 판별 가능한 것으로 검정되었다. SNP 통한 품종판별 최소조합수를 선발한 결과 강다옥은 IBM911과 IBM1798, 장다옥은 IBM440과 IBM549, 평강옥은 IBM440과 IBM1269, 평안옥은 IBM795와 IBM1601였다. 이는 SNP 마커 개발을 통해 빠르고, 손쉽게 품종판별이 가능한 마커로 활용가능하다는 것을 보여준다.

인간 단클론 항체 생산용 Humanized Xenomouse 제작의 기초 소재인 생쥐 Ig 중사슬 및 경사슬 Genomic DNA 클론의 확보 및 유전자 적중 벡터의 제작 (Isolation of Mouse Ig Heavy and Light Chain Genomic DNA Clones, and Construction of Gene Knockout Vector for the Generation of Humanized Xenomouse)

  • 이희경;차상훈
    • IMMUNE NETWORK
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    • 제2권4호
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    • pp.233-241
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    • 2002
  • Background: Monoclonal antibodies (mAb) of rodent origin are produced with ease by hybridoma fusion technique, and have been successfully used as therapeutic reagents for humans after humanization by genetic engineering. However, utilization of these antibodies for therapeutic purpose has been limited by the fact that they act as immunogens in human body causing undesired side effects. So far, there have been several attempts to produce human mAbs for effective in vivo diagnostic or therapeutic reagents including the use of humanized xenomouse that is generated by mating knockout mice which lost Ig heavy and light chain genes by homologous recombination and transgenic mice having both human Ig heavy and light gene loci in their genome. Methods: Genomic DNA fragments of mouse Ig heavy and light chain were obtained from a mouse brain ${\lambda}$ genomic library by PCR screening and cloned into a targeting vector with ultimate goal of generating Ig knockout mouse. Results: Through PCR screening of the genomic library, three heavy chain and three light chain Ig gene fragments were identified, and restriction map of one of the heavy chain gene fragments was determined. Then heavy chain Ig gene fragments were subcloned into a targeting vector. The resulting construct was introduced into embryonic stem cells. Antibiotic selection of transfected cells is under the progress. Conclusion: Generation of xenomouse is particularly important in medical biotechnology. However, this goal is not easily achieved due to the technical difficulties as well as huge financial expenses. Although we are in the early stage of a long-term project, our results, at least, partially contribute the successful generation of humanized xenomouse in Korea.

인체 혈액응고 9인자 cDNA cloning 및 Escherichia coli 에서의 발현 (Cloning and Expression of Human Clotting Factor 9 cDNA un Escherichia coli)

  • Young Won Lee;Hyang Suk Hur;Myoung Hee Kim
    • 대한의생명과학회지
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    • 제2권2호
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    • pp.231-240
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    • 1996
  • 인체 혈액 응고 9인자는 간에서 생성되며 461개의 아미노산으로 구성된 당 단백질이다. 따라서 인체 혈액 응고 9인자 cDNA를 찾기 위해 태아의 간(fetal liver) cDNA library를 PCR(Polymerase Chain reaction) 방법으로 screening하였으며, 그 결과 ATG개시 코돈으로부터 TAA종료 코돈까지 포함하는 1.4 kb의 9인자 cDNA를 찾았다. 또한 클론된 9인자 cDNA를 박테리아에서 발현시키기 위해 박테리아 발현 벡터인 pGEX-2T 플라스미드에 클로닝하므로써 pGEX-F9 플라스미드를 제조하였다. pGEX-F9로 형질전환된 E. coli에서 PGEX-F9의 발현을 유도하면 73 kDa 크기의 GST-factor9 융합 단백질이 다량생성되며 , 이 단백질이 혈액 응고 9인자 단백질을 함유하는 융합 단잭질임을 혈액 응고 9인자 항체를 이용한 Western blot으로 입증하였다. E. coli에서 발현된 GST-factor 9 융합 단백질은 전체 단백질의 약 20%를 차지하며 GST agarose bead를 이용한 one step purificarion 방법을 통해 GST-factor9 융합 단백질을 쉽게 분리 할 수 있다.

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BRCA1 Gene Mutation Screening for the Hereditary Breast and/or Ovarian Cancer Syndrome in Breast Cancer Cases: a First High Resolution DNA Melting Analysis in Indonesia

  • Mundhofir, Farmaditya EP;Wulandari, Catharina Endah;Prajoko, Yan Wisnu;Winarni, Tri Indah
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제17권3호
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    • pp.1539-1546
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    • 2016
  • Specific patterns of the hereditary breast and ovarian cancer (HBOC) syndrome are related to mutations in the BRCA1 gene. One hundred unrelated breast cancer patients were interviewed to obtain clinical symptoms and signs, pedigree and familial history of HBOC syndrome related cancer. Subsequently, data were calculated using the Breast and Ovarian Analysis of Disease Incidence and Carrier Estimation Algorithm (BOADICEA) risk prediction model. Patients with high score of BOADICEA were offered genetic testing. Eleven patients with high score of BOADICEA, 2 patients with low score of BOADICEA, 2 patient's family members and 15 controls underwent BRCA1 genetic testing. Mutation screening using PCR-HRM was carried out in 22 exons (41 amplicons) of BRCA1 gene. Sanger sequencing was subjected in all samples with aberrant graph. This study identified 10 variants in the BRCA1 gene, consisting of 6 missense mutations (c.1480C>A, c.2612C>T, c.2566T>C, c.3113A>G, c.3548 A>G, c.4837 A>G), 3 synonymous mutations (c.2082 C>T, c.2311 T>C and c.4308T>C) and one intronic mutation (c.134+35 G>T). All variants tend to be polymorphisms and unclassified variants. However, no known pathogenic mutations were found.

Nonspecific Mouse Hepatitis Virus Positivity of Genetically Engineered Mice Determined by ELISA

  • Han, Dae Jong;Kim, Hyuncheol;Yeom, Su-Cheong
    • 대한의생명과학회지
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    • 제21권1호
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    • pp.9-14
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    • 2015
  • Mouse hepatitis virus (MHV) is a major pathogen in laboratory mice that usually leads to fatal diseases, such as hepatitis, multiple sclerosis, encephalitis, and respiratory disease. MHV has a high infection rate, and it needs to be detected as soon as possible to prevent its spread to other facilities. However, MHV detection by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) often gives false positives; thus, it is very important that the results are confirmed as true positives in the early infection stage or distinguished as false positives with more accurate, reliable methods. Under microbiological screening, MHV ELISA-positive mice were found in four GFP-tagging transgenic mice. To verify the detection of the MHV antigen directly, reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed, and the mice were determined to be MHV negative. Additional serum antibody-based screening was conducted with three different ELISA kits, and multiplexed fluorometric immunoassay (MFIA) was performed to confirm their accuracy/sensitivity. In brief, the ELISA kit for A59 nucleocapsid protein (MHV-A59N) revealed MHV ELISA positivity, while other ELISA kits (MHV-S lysate and MHV-JHM lysate) demonstrated MHV negativity. In MFIA, only the test for the recombinant A59 nucleocapsid antigen was MHV positive, which was consistent with the ELISA results. These results suggest that the ELISA kit with the recombinant A59 nucleocapsid antigen might induce non-specific MHV ELISA positivity and that confirmation is therefore essential.

Ghrelin 유전자의 Leu72Met 다형성 분석에서 PCR-RFLP, PCR-SSCP, Amplication Refractory Mutation System(ARMS)의 비교분석 (Comparision of PCR-RFLP, PCR-SSCP, Amplication Refractory Mutation System(ARMS) in Leu72Met Polymorphism of Ghrelin Gene)

  • 강주성;김세림;김선영;주찬웅;조수철;황평한
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제48권10호
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    • pp.1068-1075
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    • 2005
  • 목 적 : 성장호르몬 분비를 촉진하는 ghrelin는 여러 질병에서의 역할은 아직까지 잘 알려져 있지 않았다. 그러나 최근에 ghrelin 유전자 변이가 비만과 당뇨병과 관련이 있는 것으로 알려졌다. 현재까지 보고된 ghrelin 유전자 이상으로는 SNP인 Arg51Gln, Leu72Met, G274A가 있으며 이중 가장 흔한 이상인 Leu72Met 변이이다. 일반적으로 ghrelin 유전자의 Leu72Met와 같은 diallelic 다형성을 스크리닝하는데 SSCP, RFLP, sequencing 등이 사용되어 왔으나 향후 비만 환자들에서 가장 효과적이고 정확하게, 손쉽게 ghrelin 유전자의 Leu72Met 다형성 분석을 검출할 수 있는 스크리닝 방법을 찾아 임상적 적용에 이용하고자 하였다. 방 법 : 비만소아에서 ghrelin 유전자의 Leu72Met 다형성 분석을 PCR-RFLP, PCR-SSCP와 ARMS 분석 방법을 이용하여 비교분석하고 이들의 검사방법의 장단점을 알아보았다. 결 과 : PCR-RFLP, PCR-SSCP와 ARMS 분석 모두에서 allele 특이산물의 밴드가 뚜렷이 구별할 수 있었으며 상기 방법에 의한 결과는 모두에서 일치하였다. PCR-SSCP 방법은 점돌연변이의 존재 여부를 많은 시료를 대상으로 쉽게 분자학적 스크리닝할 수 있는 장점이 있으나 조작이 간단하지 않고 비용부담이 많다. BsrI 제한효소를 이용한 PCR-RFLP법은 비교적 용이하고 간단하여 널리 쓰이는 방법이지만 충분한 고농도의 DNA가 필요하며 전기영동 결과의 올바른 해석이 쉽지 않았다. 이에 비하여 ARMS 분석법은 위의 방법들보다는 간편하여 검사의 소요시간도 짧으며, 검출률이 높고 결과 해석이 매우 쉬웠다. 결 론 : 따라서 본 실험에서 시행한 ghrelin의 Leu72Met 유전자의 다형성을 결정하는 방법 중에는 ARMS 분석법이 정확하고 검사 분석법 및 결과 해석이 매우 쉽고 검사의 소요시간도 짧아 대량 검체에 적용에 매우 효과적으로 사료된다.

중합효소 연쇄반응을 이용한 돼지 내인성 레트로 바이러스의 검출과 분류 (Detection and Classification of Porcine Endogenous Retroviruses by Polymerase Chain Reaction)

  • 이동희;이정은;김훈미;김계웅;박홍양;김영봉
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제49권3호
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    • pp.405-414
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    • 2007
  • 돼지의 내인성 레트로 바이러스인 PERV의 존재는 돼지의 무균 사육을 통해서도 제거할 수 없으며, 장기 이식 시 인수 공통 감염의 위험성을 내포하고 있으므로, 이종 간 장기 이식 시 면역 거부 반응과 더불어 해결해야 할 가장 큰 문제점 중의 하나이다. 본 연구에서는 국내에서 사육되고 있는 Berkshire, Duroc, Landrace, Yorkshire 종을 비롯하여 국내 미니 돼지 및 제주도 토종 흑돼지에서 PERV의 존재 유무 및 종류에 대하여 확인 및 검출하는 중합효소 연쇄반응(PCR) 기반 기법을 확립하였다. 사용된 모든 공시 돼지의 genomic DNA로부터 PERV- A 및 PERV-B가 모두 검출되었으며, PERV-C의 경우 음성대조구인 PK15 세포에서의 결과와 비교했을 때, Duroc종에서 매우 낮은 양의 PCR 산물이, 국내 미니돼지와 제주 토종 흑돼지에서는 상대적으로 높은 양의 PCR 산물이 검출되었다. 또한 PERV-A와 PERV-B의 경우 특이적 primer와 제한효소 BamHI을 이용한 PCR- RFLP를 통하여 확인할 수 있었다. 본 연구의 PERV 검출법은 이종 간 장기 이식 시 PERV에 대한 안전 검정 및 PERV의 분류 방법으로서 활용가능할 것으로 사료된다.

Quantification of Her-2/Neu Gene in Breast Cancer Patients using Real Time-Polymerase Chain Reaction (Q-PCR) and Correlation with Immunohistochemistry Findings

  • Abdul Murad, Nor Azian;Razak, Zuraini Abdul;Hussain, Rosniza Muhammmad;Syed Hussain, Sharifah Noor Akmal;Ching Huat, Clarence Ko;Siti Aishah, Che Md. Ali;Abdullah, Norlia;Muhammad, Rohaizak;Ibrahim, Naqiyah;Jamal, Rahman
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권3호
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    • pp.1655-1659
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    • 2013
  • Background: HER-2/neu is a proto-oncogene that encodes a transmembrane tyrosine kinase growth factor which is crucial for stimulating growth and cellular motility. Overexpression of HER-2/neu is observed in 10-35% of human breast cancers and is associated with pathogenesis, prognosis as well as response to therapy. Given the imperative role of HER-2/neu overexpression in breast cancer, it is important to determine the magnitude of amplification which may facilitate a better prognosis as well as personalized therapy in affected patients. In this study, we determined HER-2/neu protein expression by immunohistochemistry (IHC) concurrently with HER-2/neu DNA amplification by quantitative real time-polymerase chain reaction (Q-PCR). Materials and Methods: A total of 53 paired tissue samples from breast cancer patients were frozen-sectioned to characterize the tumour and normal tissues. Only tissues with 80% tumour cells were used in this study. For confirmation, Q-PCR was used to determine the HER-2/neu DNA amplification. Results: We found 20/53 (37.7%) of the tumour tissues to be positive for HER-2/neu protein overexpression using IHC. Out of these twenty, only 9/53 (17%) cases were in agreement with the Q-PCR results. The concordance rate between IHC and Q-PCR was 79.3%. Approximately 20.7% of positive IHC cases showed no HER-2/neu gene amplification using Q-PCR. Conclusion: In conclusion, IHC can be used as an initial screening method for detection of the HER-2/neu protein overexpression. Techniques such as Q-PCR should be employed to verify the IHC results for uncertain cases as well as determination of HER-2/neu gene amplification.

토마토반점위조바이러스(TSWV) 저항성 토마토 유전자원 탐색 (Screening of Tomato Spotted Wilt Virus Resistance in Tomato Accessions)

  • 한정헌;최학순;이준대;김재덕;이원필;최홍수;김정수;윤재복
    • 원예과학기술지
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    • 제30권2호
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    • pp.171-177
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    • 2012
  • Sw5-2 SCAR 분자표지와 생물검정법을 이용하여 토마토 유전자원 94종의 $Tomato$ $spotted$ $wilt$ $virus$(TSWV) 저항성을 조사하였다. Sw5-2 SCAR 분자표지의 PCR 산물은 대략 574bp, 500bp, 462bp였는데, 크기가 가장 큰 PCR 산물이 Sw5-b 저항성 대립유전자와 연관되어 있었다. Sw5-b 저항성 대립유전자는 3개 수집종('Eureta', 10-318, 10-321)에서 관찰되었는데, 접종한 개체 가운데 이들 가운데 일부는 TSWV-pb1(토마토 분리주)에 일시적으로 감염되어 회복되거나 줄기에 괴사 병징을 보였다. ELISA 검사에서 음성으로 판명된 수집종 당 1개체씩 총 35개체를 선발하여 병징 발현 및 바이러스 감염 유무를 추가로 조사하였다. 접종 5개월 이후에 병징이 나타나지 않은 26개체를 대상으로 RT-PCR을 이용하여 TSWV 감염유무를 조사한 결과, 모든 개체에서 TSWV의 RT-PCR 산물이 약하게 증폭되었고, 이들 PCR 산물의 증폭 수준은 'Eureta'와 비슷하였다. 선발된 유전자원의 저항성은 조직 내 TSWV의 농도를 낮게 하는데 중요한 역할을 하고 이들은 Sw5를 포함한 여러 가지 유전자들에 의해 양적으로 조절되는 것으로 판단된다.