• Preventive Nutrition and Food Science
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• 제15권2호
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• pp.159-166
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• 2010

The aim of this study was to develop species-specific primer sets for kimchi Lactobacillus. Known gene sequences of Lactobacillus 16S rRNA were collected from the NCBI Gene bank, and 69 primer sets were designed using the homologous gene sequence. Six species of kimchi Lactobacilli were used as reference strains: Lactobacillus brevis KCTC3102, Lactobacillus farciminis KCTC3681, Lactobacillus fermentum KCTC3112, Lactobacillus hilgardii KCTC3500, Lactobacillus plantarum KCTC3099, and Lactobacillus sanfranciscensis KCTC3205. PCR amplification and gel electrophoresis were performed to identify the accuracy and specificity of the developed primer set. The results show that the primer set of 5'-aagcctgcgaaggcaag-3' & 5'-aggccaccggctttg-3', 5'-acatactatgcaaatctaagagattagacg-3' & 5'-actgagaatggctttaagagattagcttac-3' resulted in a specific PCR band on L. hilgardii, and primer set of 5'-ctaataccgcataacaactactttcacat-3' & 5'-aacttaataaaccgcctacattctctttac-3' on L. farciminis. The results indicate that the developed primer sets can provide a useful tool for the identification and differentiation of L. hilgardii and L. farciminis from other Lactobacillus species of kimchi.

• 한국수정란이식학회지
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• 제10권1호
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• pp.91-100
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• 1995

3.3kb 웅성특이 DNA(pEM39 plasmid DNA)가 성 특이 DNA 검색자로 활용되어질 수 있는가를 확인하기 위하여 구조적인 분석을 Southern blotting, DNA sequencing과 computer program 분석을 통하여 실시하였다. 전체 3.3kb에서 유래된 약 1kb 단위의 단편을 이용하여 표지된 짧은 DNA probe들은 Southern blot 분석에서 웅성특이성을 나타내었다. McGraw와 Jeon의 sequence에 대한 유사성 비교 자료로부터 여러 부분의 conserved region을 찾아내고 이것을 기초로 하여 5개의 primer set들을 선발하였다. Conserved region에 존재하면서 computer program에 의해서 선발되어진 PMS1과 2의 primer set가 최종적으로 PCR 분석을 위하여 선정되었다. 이 primer set를 사용한 PCR 분석에서, 1ng부터 10pg까지의 웅성 genomic DNA에서 PCR 산물을 얻을 수 있었으며, 자성의 경우는 어떠한 산물도 찾을 수 없었다. PCR에 이용할 수정란의 시료는 2 세포기의 수정란에서 얻었으며 순수 분리된 genomic DNA에서 확립된 조건에서 PCR을 수행하였다. 8개의 수정란을 분석한 결과 4개의 웅성과 4개의 자성 수정란을 확인하였다. 이러한 결과는 선정된 primer set가 돼지 수정란의 성을 조기 감별하는데 효율적인 DNA probe로 사용될 수 있다는 것을 암시한다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제35권6호
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• pp.561-566
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• 2020

참돔은 등쪽에 푸른 반점이 흩어져 있고, 홍민어는 꼬리 쪽에 검은 점이 있어 원물 형태는 쉽게 구분할 수 있다. 그러나 횟감이나 필렛으로 이용 시 참돔과 홍민어를 구분하기 어려워, 참돔의 종 특이 primer를 개발 및 검증하고 모니터링을 통해 참돔의 위변조 사례를 조사하고자 하였다. 시료에서 gDNA를 추출하여 PCR을 진행하였으며 참돔 primer의 product size는 468 bp, 홍민어 primer의 product size는 181 bp으로 설계하였다. Multiplex PCR 결과 참돔과 홍민어에 대한 종 특이적 증폭이 확인되었다. 또한, 참돔과 홍민어 PCR 민감도 실험 결과 참돔 primer는 1 ng, 홍민어 primer는 0.1 ng 까지 밴드가 확인되었다. 모니터링 결과 참돔으로 구매한 시료 19건 모두 참돔으로 판정되었다. 따라서 본 연구에서 제작된 참돔과 홍민어 종에 대한 종 특이적 primer는 횟감 등 수산물에도 적용할 수 있어 현재 유통 및 판매되고 있는 참돔 및 홍민어 판별에 적합성을 확인하였다.

• 원예과학기술지
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• 제28권4호
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• pp.672-677
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• 2010

유전자변형 장미 개발에 이용된 형질전환 벡터 pSPB130을 검출할 있는 duplex PCR이 개발되었다. 유전자변형 장미를 검출하기 위해 anthocyanin synthase($ANS$)가 장미 내 재유전자로 PCR 검사법에 이용하였다. 107bp의 PCR 산물을 얻을 수 있는 RHANS-KF/KR primer가 ANS 유전자를 증폭시키는데 이용되었고, 이것을 이용하여 9개의 다른 식물에 대해서 PCR한 결과 장미에서만 특이적인 증폭산물이 확인되었다. GMRH-KF/KR primer가 형질전환 벡터 pSPB130에 삽입된 35S promoter와 flavonoid 3',5'-hydroxylase($F3^{\prime}5^{\prime}H$) 사이의 염기서열을 확인할 수 있도록 제작되었다. 본 연구에서 개발된 duplex PCR의 검정한계치는 약 0.5%이며, 이러한 duplex PCR이 우리나라 미승인 유전자변형 장미를 모니터링 하는데 유용하게 사용될 수 있을 것이다.

• 생명과학회지
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• 제24권4호
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• pp.361-369
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• 2014

16S rRNA gene PCR법은 환자 검체로부터 병원성 미생물을 검출 및 동정에 사용되어진다. 본 연구는 대량의 임상미생물 진단을 위해 bacterial 16S rRNA 부위 유전자 서열을 이용하여 광대한 범위와 높은 특이도를 가지는 primer을 포함한 PCR법을 개발하였다. 10개 표준 균주 16S rRNA 보존 부위의 유전자 서열을 기반으로 primer set를 구축하였다. 98명 환자 검체에서 임상 미생물을 분리하였다. 98개 균주는 phenotypic 방법을 이용하여 확인하고, 개발된 primer set와 universal primer set를 이용한 PCR법으로 확인하였다. 획득한 PCR 산물은 forward primer, reverse primer, 그리고 자동화 DNA 분석기를 이용하여 각 균주의 16S rRNA 유전자 서열을 분석 및 확인하였다. 본 연구에서 개발된 primer set와 universal primer set의 임상미생물 검출에 대한 효율성을 평가하였고, 또한 phenotypic 방법과 분자생물학적 방법을 비교했다. 분리된 98개 균주를 대상으로 개발된 primer set로 16S rRNA PCR을 진행하여 778 bp 크기의 단일밴드로 증폭 되었음을 확인했다. 총 98개중 94개 균주(95.9%)는 phenotypic 결과와 동일함을 확인했다. 새로 개발된 primer set를 이용한 결과는 universal primer set를 이용한 98개 균주(100%)의 결과와 동일함을 확인하였다. 개발된 16S rRNA gene PCR법은 임상미생물 검출 및 동정에서 신속성, 정확성, 그리고 검사 비용 절감의 장점을 가진다. 개발된 primer set는 병원성 미생물 동정에서 효율성을 확인했다.

• Journal of Microbiology
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• 제44권1호
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• pp.92-97
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• 2006

We developed an mPCR assay for the simultaneous detection, in one tube, of Escherichia coli O157:H7, Salmonella spp., Staphylococcus aureus and Listeria monocytogenes using species-specific primers. The mPCR employed the E. coli O157:H7 specific primer Stx2A, Salmonella spp. specific primer Its, S. aureus specific primer Cap8A-B and L. monocytogenes specific primer Hly. Amplification with these primers produced products of 553, 312, 405 and 210 bp, respectively. All PCR products were easily detected by agarose gel electrophoresis, and the sequences of the specific amplicons assessed. Potential pathogenic bacteria, in laboratory-prepared and four commercially available kimchi products, were using this mPCR assay, and the amplicons cloned and sequenced. The results correlated exactly with sequences derived for amplicons obtained during preliminry tests with known organisms. The sensitivity of the assay was determined for the purified pathogen DNAs from four strains. The mPCR detected pathogen DNA at concentrations ranging from approximately 0.45 to $0.05\;pM/{\mu}l$. Thus, this mPCR assay may allow for the rapid, reliable and cost-effective identification of four potentially pathogens present in the mixed bacterial communities of commercially available kimchi.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제49권3호
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• pp.281-284
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• 2011

Amebiasis is a protozoan disease caused by Entamoeba histolytica and a potential health threat in areas where sanitation and hygiene are inappropriate. Highly sensitive PCR methods for detection of E. histolytica in clinical and environmental samples are extremely useful to control amebiasis and to promote public health. The present study compared several primer sets for small subunit (SSU) rDNA and histone genes of E. histolytica cysts. A 246 bp of the SSU rDNA gene of pure cysts contained in phosphate-buffered saline (PBS) and in stool samples was successfully amplified by nested PCR, using the 1,147-246 bp primer set, of the primary PCR products which were pre-amplified using the 1,147 bp primer as the template. The detection limit of the nested PCR using the 1,147-246 primer set was 10 cysts in both groups (PBS and stool samples). The PCR to detect histone gene showed negative results. We propose that the nested PCR technique to detect SSU rDNA can be used as a highly sensitive genetic method to detect E. histolytica cysts in stool samples.

• 한국어병학회지
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• 제24권3호
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• pp.255-268
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• 2011

본 연구에서는 RT-nested PCR을 수행하여 부산 도심의 하천 중 동천에 존재하는 노로바이러스를 검출하고자 하였다. 기존에 보고되어진 노로바이러스의 capsid protein의 염기서열을 비교하여 노로바이러스 genogroup I,II (GI,II) 를 검출하기 위한 새로운 degenerated primer sets (PNK, KGIF/KGIR and KG2F/KG2R) 를 제작하였으며, 채수한 동천 시료를 초고속원심분리기를 통해 농축 후 물 속에 존재하는 노로바이러스의 검출을 시도하였다. 노로바이러스를 검출하기 위해 PCR primer를 비교한 결과 본 연구에서 제작한 capsid protein gene을 target으로 하는 primer set가 기존에 보고되어 있는 primer set보다 동일 시료에 대한 검출빈도가 우수하였다. 동천에 존재하는 노로바이러스의 오염 수준은 GI과 GII가 각각 76.47% (13/17), 70.59% (12/17) 로 나타났다. 그러나 기존에 알려진 primer와 본 연구에서 제작한 primer를 사용하였을 때 검출된 양성비율이 차이가 나지 않았다. 검출된 노로바이러스를 염기서열 비교를 통한 계통 발생학적 분석 결과, 동천에서 검출된 GI의 경우 1/2/4/5/9/10의 genotype이 GII의 경우 3/4/5/11/13의 genotype으로 분류되었다. 그리고 본 연구에서 검출된 major type 중 GII/4의 경우, 최근 아시아 각국에서 많은 문제를 일으키고 있는 major genotype으로 알려져 노로바이러스에 대한 위험성을 제고하게 하였다. 또한, 이러한 결과는 국내의 강, 호수, 하천 등이 비슷한 노로바이러스의 GI,II의 genotype으로 오염되어 있음을 암시하며 수계환경 중 미생물의 질을 개선하기 위한 지속적인 노로바이러스의 모니터링이 요구된다.

• Preventive Nutrition and Food Science
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• 제17권4호
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• pp.274-279
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• 2012

For the quantitative analysis of genetically modified (GM) maize in processed foods, primer sets and probes based on the 35S promoter (p35S), nopaline synthase terminator (tNOS), p35S-hsp70 intron, and zSSIIb gene encoding starch synthase II for intrinsic control were designed. Polymerase chain reaction (PCR) products (80~101 bp) were specifically amplified and the primer sets targeting the smaller regions (80 or 81 bp) were more sensitive than those targeting the larger regions (94 or 101 bp). Particularly, the primer set 35F1-R1 for p35S targeting 81 bp of sequence was even more sensitive than that targeting 101 bp of sequence by a 3-log scale. The target DNA fragments were also specifically amplified from all GM labeled food samples except for one item we tested when 35F1-R1 primer set was applied. A reference plasmid pGMmaize (3 kb) including the smaller PCR products for p35S, tNOS, p35S-hsp70 intron, and the zSSIIb gene was constructed for real-time PCR (RT-PCR). The linearity of standard curves was confirmed by using diluents ranging from $2{\times}10^1{\sim}10^5$ copies of pGMmaize and the $R^2$ values ranged from 0.999~1.000. In the RT-PCR, the detection limit using the novel primer/probe sets was 5 pg of genomic DNA from MON810 line indicating that the primer sets targeting the smaller regions (80 or 81 bp) could be used for highly sensitive detection of foreign DNA fragments from GM maize in processed foods.

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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• 한국콘텐츠학회 2012년도 춘계 종합학술대회 논문집
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• pp.269-270
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• 2012

유전자 증폭을 위한 정확한 PCR Primer의 디자인은 핵심적인 기반 기술이다. 기존 연구를 통해 각 유전자별 특이적인 PCR Primer를 디자인할 수 있는 도구가 제안되었으나, 유전체 정보를 활용한 대단위의 디자인작업을 수행하기에는 적합하지 않았다. 본 논문에서는 클라우드 컴퓨팅 환경에서 대규모의 유전체를 대상으로 특이적인 PCR Primer를 디자인하고 검색할 수 있는 시스템을 설계하고 구현한다. 제안하는 시스템은 Hadoop 플랫폼에서의 MapReduce 프레임워크를 기반으로 설계 및 구현하여 유전자 서열검색을 대규모로 수행할 수 있도록 하였다. 5만개의 질의를 이용한 성능 평가 결과, 제안하는 기법은 기존 BLAST를 이용한 검색방법에 비해 약 3배의 성능 향상을 보였다.