• 미생물학회지
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• 제39권4호
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• pp.277-282
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• 2003

P2의 sir 변이를 억제하는 변이체 박테리오파아지 P4를 얻기 위하여, P4 ash8 sid71 kmr intS를 박테리오파아지 P2 sir3 용원소에 plating하여 플라크를 형성하는 P4 ost2를 분리하였다. P4 ost2는 1단계 생장실험에서 P2의 sir 변이를 억제하는 P4 변이체로 나타났다. 제한효소 절단 반응으로 유전체 DNA의 재배열이 일어난 단편을 찾아 cloning과 sequencing을 거쳐 P4 ost2의 구조를 규명하였다. P4 ost2의 DNA는, 6.9 kb의 결실을 가진 P4 ash8 sid71 kmr intS의 불완전한 trimer로 2개의 cos-cleavage 부위를 가지는 28.8 kb의 유전체로 밝혀졌다. CsCl 부양균등밀도 편차실험으로 P4 ost2의 DNA 크기를 확인하였고 파아지 머리 안에 packaging된 DNA에 대한 기초적인 구조를 파악하였다. P4 ost2의 분리 동정을 통해, P4 유전체 상의 cos-cleavage 부위의 개수가 Sir-type 파아지 머리의 packaging 반응과는 관련이 없다고 추정할 수 있었다.

• Journal of Microbiology
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• 제44권5호
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• pp.530-536
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• 2006

Bacteriophage P4, a satellite phage of coliphage P2, is a very useful experimental tool for the study of viral capsid assembly and cos-cleavage. For an in vitro cos-cleavage reaction study of the P2-P4 system, new shortened and selectable markers containing P4 derivative plasm ids were designed as a substrate molecules. They were constructed by swapping the non-essential segment of P4 DNA for either the kanamycin resistance (kmr) gene or the ampicillin resistance (apr) gene. The size of the genomes of the resulting markers were 82% (P4 ash8 delRI:: kmr) and 79% (P4 ash8 delRI:: apr) of the wild type P4 genome. To determine the lower limit of genome size that could be packaged into the small P4-size bead, these shortened P4 plasmids were converted to phage particles with infection of the helper phage P2. The conversion of plasmid P4 derivatives to bacteriophage particles was verified by the heat stability test and the burst size determination experiment. CsCl buoyant equilibrium density gradient experiments confirmed not only the genome size of the viable phage form of shortened P4 derivatives, but also their packaging into the small P4-size head. P4 ash8 delRI:: apr turned out to be the smallest P4 genome that can be packaged into P4-sized head.

• 미생물학회지
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• 제51권1호
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• pp.1-6
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• 2015

"P2 sir-관련 도움파지 비효율성"이라는 용어는 P2 sir 변이체가 그들의 위성 박테리오파지인 P4에 대해 도움파지 역할을 충분히 못하는 것을 가리키는 용어이다. 이 연구의 목적은 이러한 P2 sir-관련 도움파지 비효율성을 극복하는 요인들을 조사하는 것이다. 우선 P2의 cos 영역을 함유하는 P4 sid71 cosP2가 P2 sir3의 도움파지 비효율성을 극복하는지를 조사하였다. 그 결과 P4 sid71 cosP2는 P2 sir3의 도움파지 비효율성을 극복하지 못하였다. P2의 cos 영역 대신에 $P2_{sir}$-sized head에 packaging되는 DNA 크기가 도움파지 비효율성을 극복하는 중요한 요인으로 나타났다. 이 연구에서는, DNA 조작을 통해 packaging 되는 DNA 크기가 P4 ost1과 P4 ost2 사이가 되는 세 종류의 P4 유도체를 조성하였다. 그 중 하나인 P4 sid71 delRI::apr의 CsCl 균등밀도차실험을 거쳐 packaging되는 DNA의 크기를 확인하였다. P4 유도체들의 후손방출량 실험에 따르면 그들은 모두 P2sir3-관련 도움파지 비효율성을 극복하였다. $P2_{sir3}$-sized head에 잘 packaging되는 P4 유도체의 크기는 28-29 kb로 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제34권4호
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• pp.236-242
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• 1998

박테리오파지 P2-P4 시스템은 바이러스 조립과정 기작 연구를 위한 뛰어난 실험 소재로 연구되어 왔으나, 이 시스템에 유전자 조작상 필수적인 유용한 플라스미드가 없는 관계로 그의 필요성이 대두되고 있다. 본연구에서는 도움파지가 없을 때 플라스미드 상태로 존재하는 P4 ash8 (sid71)을 시작물질로, 항생제 내성 유전자를 도입하여 선택성을 줄 목적으로 P4 파지 증식에 불필요한 P4 DNA 단편을 pUC4-K 플라스미드의 kmr(kanamycin resistance) 유전자로 치환하여 P4 ash8(sid71) kmr을 생성하였다. 이 플라스미드는 박테리오파지 P2로 induction하여 박테리오파지 P4 상태로 증식시킬 수 있게 그 genome 크기를 조정하였으며, 파지 상태로 전환된 것을 burst size 결정 및 CsCl 부양 균등밀도 편차실험을 통해 입증하였다. 생성된 P4 플라스미드 유도체를 유전자 조작하여 P4의 integrase 기능을 잃은 변이체를 쉽게 만들 수 있었으며, 역시 박테리오파지 P4 상태로 증식시킬 수 있었다. 이러한 변이체 플라스미드의 안정성 실험을 수행하여, P4의 integrase 기능이 지속적인 플라스미드 상태 유지를 위해 필요하다는 것을 보여주었다.

• 미생물학회지
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• 제49권1호
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• pp.99-104
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• 2013

박테리오파지 P2 sir 변이체는 그것의 위성파지인 박테리오 파지 P4를 위해 비효율적인 도움파지로 알려졌다. 이러한 현상을 "P2 sir-관련 도움파지 비효율성"이라고 부르고 있으며, P2와 P4의 cos 지역에서의 DNA 염기배열 순서 차이가 이러한 현상을 나타나게 한다고 생각되었다. 이를 검증하기 위해, 여러 단계의 in vitro DNA 조작을 거쳐 P2의 cos 지역을 함유하는 유도체 P4인 P4 sid71 cosP2를 조성하였다. 일단계 생장 실험을 통해 그것의 후손 방출량을 결정하였다. 그 결과는, P4 sid71 cosP2에서 P4의 cos 지역을 P2의 cos 지역으로 대체한 것이 "P2 sir-관련 도움파지 비효율성"을 극복한 것으로 나타났다. P2 야생형과 P2 sir 돌연변이형을 도움파지로 삼아 준비한 P4 sid71 cosP2 파지 농축액들을 CsCl 부양 균등밀도 편차실험으로 분석하였다. 그 결과, 양 경우 모두 3개의 P4 유전체를 가진 파지 입자가 우세한 것으로 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제39권2호
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• pp.118-122
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• 2003

바이러스 조립 과정 기작 연구를 위한 좋은 재료인 박데리오파아지 P2-P4시스템에 이용될 벡터 플라스미드를 개발하기 위하여, P4 ash8 sid71을 출발 물질로 삼아 새로운 P4 유도체 벡터를 조성하였다. 유전자 재조합 기법을 써서 쉽게 선택 가능한 tetracyclin내성 유전자(tetR)를 도입하고 플라스미드P 4의 크기를 조절하였다. 이를 통해 얻어진 P4 ash8(sid7l) tetR은 12.09 kb의 크기를 가지며, 필요할 때 P2로 induction하면 생물학적 활성을 가지는 박데리오파아지로 전환 가능하였다. 전환된 파아지의 burst size를 결정하고, CsCi 부양균등밀도 편차실험을 수행하였다. 균등밀도 실험 분포도에서 P2크기 파아지 머리의 packaging 상한을 추정할 수 있었다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제11권1호
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• pp.59-72
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• 2004

목 적 : 로타바이러스는 영유아에서 설사를 일으키는 주요 원인 바이러스로서 세계적으로 유행하며 국내에서도 해마라 유행하고 있다. 국내에서 유행하는 로타바이러스의 유전자형을 규명하고 이를 기초 역학자료 및 백신 개발에 유용한 자료로 사용함과 동시에 로타바이러스 감염 환자들의 연령, 계절적인 분포 및 임상양상을 조사하여, 최근의 국내 로타바이러스 감염의 역학변화를 알아보는 것이 본 연구의 목적이다. 방 법 : 2000년 9월부터 2001년 4월까지 마산파티마병원 소아과에 내원하거나 입원하는 환자들 중 대변 검체에서 Latex agglutination검사(Slidex Rota-Kit2, Bio Merieux, France)로 로타바이러스 양성 판정을 받은 환자들의 검체를 이용하였다. 환자의 검체에서 RNA를 추출한 후 추출된 RNA를 주형으로 하여 cDNA를 합성한 뒤 VP4, VP7에 대한 PCR을 실시하여 유전자형을 결정하였다. 결 과 : 1) 총 대상 환자들은 120명이었고 남자가 79명(65.8%), 여자가 41명(34.2%)이었다. 연령별로는 생후 2일에서부터 12세까지 분포하였고 2세이하 환자가 97%인 l16명으로 대부분을 차지하였다. 계절적인 양상은 9월, 10월 사이에는 산발적인 발생을 보이다가 12월부터 급격히 증가하여 익년 4월까지 환자의 발생을 보이는 분포를 보였다. 2) 전체 대변 검체 120개중에서 C형은 97개(80.8%)에서 결정이 되었고 P형은 102개(85%)에서 결정되어 120개 검체 중 l16개(97%)가 적어도 하나이상의 유전자형이 결정되었다. 3) p형은 P[4]가 77례(64.2%)로 가장 많았으며 P[6]가 22례(18.3%), P[8]가 1례(0.8%)이었다. 혼합감염은 P[4]/P[6]가 12례(10%), P[4]/P[8](0.8%) 1례로 나타났고 유전자형이 결정되지 않은 것이 7례(5.9%)이었다. 4) G형은 G2가 74례(61.7%)로 가장 많았고 G1이 17례(14.2%), G4, G1이 각각 1례였다. 혼합감염은 G1/G2, G1/G4, G1/G9, G8/G9이 각각 1례로 나타났고 유전자형이 결정되지 않은 것이 23례(19.2%)이었다. 5) 조합형에 대한 분석을 하면 P[4]G2가 62례(51.7%)로 가장 많았고 P[6]가 7례(5.8%), P[6]G2가 7례(5.8%), P[4]/P[6]G1가 4례(3%), P[4]/P[6]G2가 4례(3%), P[4]가 3례(2.5%), P[8]G2가 1례(0.8%), P[4]G4가 1례(0.8%)로 나타났다. 결 론 : 2000년에서 2001년 사이 경상남도 지방에서 다양한 로타바이러스의 유전자형의 유행이 있었고 조합형에 대한분석을 해보면 P[4]G2가 62례(51.7%)로 가장 많았고 P[6]G1가 7례(5.8%), P[6]G2가 7례(5.8%), P[4]/p[6]G1가 4례(3%), P[4]/P[6]G2가 4례(3%), P[4]G1가 3례(2.5%), P[8]G2가 1례(0.8%), P[4]G4가 1례(0.8%)로 나타났다. 이번 연구의 결과에서 국내에서 다양한 로타바이러스의 유전자형의 유행이 확인되었고, 역학이 변화하고 있음을 알 수 있었으며 유전자형의 결과는 향후 로타바이러스 백신의 개발과 도입에 있어 기초 자료로 사용되어질 수 있을 것이다. 로타바이러스는 특성상 변이가 잘 일어나 새로운 유전자형이 쉽게 나타날 수 있고 백신은 유전자형에 특이하게 작용하므로 추후 지속적인 로타바이러스의 유전자형에 대한 연구가 이루어져야 할 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제52권1호
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• pp.120-124
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• 2016

P2-크기 머리에 packaging 될 특정 DAN 크기(28-29 kb long)와 박테리오파지 P4 유전자 sid의 변이가 "P2 sir-관련 도움파지 비효율성"을 극복할 수 있는 요소로 압축되었다. 유전자 sid의 변이 여부가 필수적인지를 확인하기 위해, 정상적인 sid 유전자를 가지며 $P2_{sir3}$-크기의 큰 머리에 packaging 될 DNA 크기가 28.5 kb되는 P4 delRI::kmr을 사용하여 실험하였다. P4 delRI::kmr이 P2 sir3 용원소에 대해 낮은 EOP를 보이므로, 이를 증가시키기 위해 P2 sir3 용원소를 숙주세포로 하여 파지 stock을 제조하였다. 이 과정에서 P4 delRI::kmr이 P2 sir3 용원소에 대해 적응하는 것을 관찰하고, CsCl 부양 균등밀도 편차실험과 분리된 DNA의 전기영동을 통해 그것이 packaging 될 머리 크기에 따른 DNA 형태 변화에 의한 적응이라는 것을 알아냈다. P2 sir3 용원소에 적응된 P4 delRI::kmr과 적응되지 않은 P4 delRI::kmr stock의 burst size 결정 실험은, sid 유전자 변이에 상관없이 packaging 될 DNA 크기에 의해 "P2 sir-관련 도움파지 비효율성"이 극복된다는 것을 보여주었다.

• 미생물학회지
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• 제28권2호
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• pp.109-113
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• 1990

Mutator 기능을 가지는 플라스미드 pKM101과 이의 돌연변이체 pSL4를 DNA 수복능력이 다른 Esherichia coli B/r(phr, recA, uvrA, uvrB)균주들에 도입하여 돌연변이원인 UV와 MNNG에 대한 보호효과와 mutagenecity를 조사형ㅅ다. pKM101과 pLS4의 mutator 기능과 보호효과는 repair 기능에 따라 다르나 전반적으로 두 플라스미드의 UV와 MNNG에 대한 저향성과 돌연변이율을 증가시켰고 pLS4는 pKM101보다 그효과가 높았다. 이러한 pLS4와 pKM101의 기능적 차이는 이들 플라스미드의 mutator 유전자상에 일어난 변이에 의한 것이라고 생각되었다.

• 분석과학
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• 제24권5호
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• pp.378-386
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• 2011

본 연구는 호수바닥에 있는 침전물로부터 인의 용출 메커니즘을 규명하고자, 인이 물로 용출될때 미치는 온도의 영향을 조사하였다. 연구 결과를 보면, 온도가 증가하면 PO4-P가 평형에 빨리 도달하고, 평형농도가 증가하며, $PO_4$-P의 용출 증가로 인하여 pH가 감소한다. 즉, $PO_4$-P의 용출이 pH의 감소에 영향을 미침을 알 수 있었다. 탁도물질에서 용출된 $PO_4$-P는 물에 용존하며, 탁도물질에 흡착되지 않기 때문에 탁도의 변화에 관계없이 점진적인 증가를 나타냈지만, $PO_4$-P는 탁도에서 용출되기 때문에 탁도와 관련이 있다. 총인(Total phosphorous, T-P)은 용존성 $PO_4$-P와 탁도물질에 포함된 인을 포함하기 때문에 탁도의 변화에 직접 관련이 있음을 알 수 있었다. 온도가 감소하면 물의 밀도가 증가하여 탁도의 침전이 감소하기 때문에 탁도의 농도가 높아져 T-P 농도를 증가시키며, 온도가 증가하면 물의 밀도감소로 인하여 탁도물질의 침전이 용이해져서 탁도는 감소하지만 $PO_4$-P의 용출이 증가하여 T-P 농도가 증가했다. 따라서 동일 시간대의 T-P는 온도가 달라도 유사한 농도를 가졌다. 호수가 깊어지면 저층수의 온도가 감소하여 인의 용출이 감소하므로 이 메카니즘은 호수 바닥으로부터 물로 용출되는 인에 대하여 온도가 미치는 영향을 이해하는데에 중요하다.