• 대한의생명과학회지
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• 제29권1호
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• pp.11-25
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• 2023

In hepatocellular carcinoma (HCC), chromosome 4 open-reading frame 47 (C4orf47) has not been so far investigated for its prognostic value or association with infiltrating immune cells. We performed bioinformatics analysis on HCC data and analyzed the data using online databases such as TIMER, UALCAN, Kaplan-Meier plotter, LinkedOmics, and GEPIA2. We found that C4orf47 expression in HCC was higher compared to normal tissues. High C4orf47 expression was associated with a worse prognosis in HCC. The correlation between C4orf47 and infiltrating immune cells is positively associated with CD4+T cells, B cells, neutrophils, macrophages, and dendritic cells in HCC. Moreover, high C4orf47 expression was correlated with a poor prognosis of infiltrating immune cells. Analysis of C4orf47 gene co-expression networks revealed that 12501 genes were positively correlated with C4orf47, whereas 7200 genes were negatively correlated. The positively related genes of C4orf47 are associated with a high hazard ratio in different types of cancer, including HCC. Regarding the biological functions of C4orf47 gene, it mainly regulates RNA metabolic process, DNA replication, and cell cycle. The C4orf47 gene may play a prognostic role by regulating the global transcriptome process in HCC. Our findings demonstrate that high C4orf47 expression correlates with poor prognosis and tumor-infiltrating immune cells in HCC. We suggest that C4orf47 is a novel prognostic biomarker and potential immune therapeutic target for HCC.

• 미생물학회지
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• 제41권4호
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• pp.255-261
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• 2005

Streptomyces griseus trypsin(SGT)을 코드하는 sprT 유전자를 포함하여 약 6.7 kb의 DNA 단편을 Streptomyces griseus ATCC 10137의 염색체 DNA로부터 클로닝 하여 염기서열을 결정하였다. 염기서열 분석 결과, 염색체 DNA를 EcoRI-HindIII 제한효소로 완전 분해하여 클로닝한 약6.7 kb의 단편에는 sprT유전자를 포함하여 총6개의 완전한 ORF (open reading frame)와 1개의 불완전한 ORF가 존재하는 것으로 밝혀졌으며, 순서대로 ORF1, SGT, ORF2, ORF3, ORF4, ORF5, ORF6로 명명하였다. 예상 단백질의 아미노산 서열 분석 결과, ORF1은 oxidoreductase, ORF3는 ArsR family의 transcription regulator, ORF4는 Listeria monocytogenes의 LPXTG motif를 갖는 peptidoglycan bound protein, ORF5는 transmembrane helix를 갖는 막단백질, ORF6는 Streptomyces avermitilis에서 보고된 lipoprotein과 높은 상동성을 보였으며, ORF2는 기능을 예측 할 수 없었다. 이와 같은 분석결과, sprT 유전자 주위에는 세포막이나 세포벽 구성성분을 코드하는 유전자가 존재하고 있으며, 따라서 SGT Pretense는 이러한 세포막 또는 세포벽 합성이나 분해과정에서 어떤 기능을 담당할 가능성 이 있는 것으로 추측되었다.

• 생명과학회지
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• 제22권8호
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• pp.1009-1017
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• 2012

Rodobacter sphaeroides에서 orf282 유전자는 cbb3 terminal oxidase를 암호화하는 ccoNOQP 오페론과 혐기적 활성자인 FnrL을 암호화하는 fnrL 유전자 사이에 있으며, 아직은 기능이 잘 알려지지 않았다. orf282 유전자의 기능을 알기 위해 우리는 orf282의 일부를 삭제함으로써 유전자를 붕괴시켜 orf282-minus mutant를 제조하였다. 두개의 FnrL 결합 부위가 orf282의 upstream에 존재한다는 것이 밝혀져 있으며, orf282 유전자가 FnrL에 의해 양성적으로 조절된다는 것이 증명되었다. orf282 유전자는 B875와 B800-850 spectral complexes의 형성과 관련이 없다. orf282 mutant에서의 cbb3 oxidase 활성을 wild type와 비교해보면 orf282 유전자가 ccoNOQP 오페론의 조절과 cbb3 cytochrome c oxidase의 생합성과 무관하다는 것을 알 수 있다. orf282 mutant의 구조 유전자인 nifH와 조절유전자인 nifA의 프로모터 활성이 증가한 것은 orf282 유전자 산물이 nifH와 nifA의 발현에서 음성적 effector로 작용한다는 것을 시사한다.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제28권8호
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• pp.956-962
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• 2005

Leishmania virus (LRV)1-4 has been reported to produce a fusion of ORF2 and ORF3 via a programmed +1 frameshift in the region where ORF2 and ORF3 overlap (Lee et a/., 1996). However, the exact frameshift site has not been identified. In this study, we compared the frameshift efficiency of a 259bp (nt. 2565-2823), frameshift region of LRV1-4, and the 71 bp (nt. 2605-2678) sub-region where ORF2 and ORF3 overlap. We then predicted the frameshift site using a new computer program (Pseudoviewer), and finally identified the specific region associated with the mechanism of the LRV1-4's+1 frameshift by means of a mutational analysis based on the predicted structure of LRV1-4 RNA. The predicted structure was confirmed by biochemical analysis. In order to measure the frameshift efficiency, constructs that generate luciferase without a frameshift or with a+1 frameshift, were generated and in vitro transcription/translation analysis was performed. Measurements of the luciferase activity generated, showed that the frameshift efficiency was about $1\%$ for both the 259bp (LRV1-4 259FS) and 71 bp region (LRV1-4 71FS). Luciferase activity was strongly reduced in a mutant (LRV1-4 NH: nt. 2635-2670) with the entire hairpin deleted and in a mutant (LRV1-4 NUS: nt. 2644-2659) with the upper stem of the hairpin deleted. These results indicate that the frameshift site in LRV1-4's is in the 71 bp region where ORF2 and ORF3 overlap, and that nt. 2644-2659 (the upward hairpin stem) playa key role in generating the +1 frameshift.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제13권3호
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• pp.457-462
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• 2003

The complete nucleotide sequence of a plasmid, pMG1, isolated from Bifidobacterium longum MG1 has been determined. This plasmid, composed of 3,862 base pairs with 65.1% of G+C content. harbors two major open reading frames (ORF) encoding putative proteins of 29 kDa (ORF I) and 71 kDa (ORF II). ORF I showed relatively high amino acid sequence homology with replication proteins of other plasmids from Gr Im-positive and -negative bacteria. Upstream of ORF I, four sets of tandem repeat sequences resembling the iteron structure of related plasmids were found. S1 endonuclease treatment and Southern blot analysis revealed that pMG1 accumulates single-stranded DNA (ssDNA) intermediate, which indicate i the rolling circle replication (RCR) mechanism of this plasmid. Homology search indicated that ORF II encodes plasmid mobilization protein, and the presence of highly conserved oriT sequence in the upstream of this gene supported this assumption. RT-PCR showed that only ORF I is expressed in vivo. Based on these results, pMG 1 was exploited to construct a shuttle vector, pBES2. It was successfully transformed into Bifidobacterium and maintained stably.

• Genomics & Informatics
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• 제7권4호
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• pp.217-219
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• 2009

The primary clue for locating protein-coding regions is the open reading frame and the determination of ORFs (Open Reading Frames) is the first step toward the gene prediction, especially for prokaryotes. In this respect, we have developed a web-based ORF search tool called ORF Miner. The ORF Miner is a graphical analysis utility which determines all possible open reading frames of a selectable minimum size in an input sequence. This tool identifies all open reading frames using alternative genetic codes as well as the standard one and reports a list of ORFs with corresponding deduced amino acid sequences. The ORF Miner can be employed for sequence annotation and give a crucial clue to determination of actual protein-coding regions.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제38권1호
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• pp.87-93
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• 2011

SAMDC는 폴리아민 생합성 과정에서 주효소로 작용하며 항상성을 유지하기위해 정교하게 조절된다. 카네이션 SAMDC 유전자는 5'-leader sequence에 54개 아미노산으로 구성된 small uORF가 존재한다. Translation 과정을 조절하는 uORF의 작용기작을 연구하기 위하여 35S 프로모터에 SAMDC 유전자의 uORF 부위와 GUS 유전자를 재조합한 형질전환 담배 식물체를 이용하였다. 본 실험에서는 SAMDC uORF 염기서열 혹은 SAMDC uORF 단백질에 의해서 downstream GUS ORF의 translation이 억제되었다. 특히 translation 억제는 개시코돈이 point-mutation된 construct에서 효과적으로 이루어졌다. 따라서 이러한 결과는 ribosomal stalling이 translation 억제 과정에 관여한 것으로 사료된다. 개시 코돈과 종결코돈을 가진 SAMDC uORF의 아미노산 서열을 frame shift 시키면 GUS 활성이 증가하였는데 이는 translation inhibitor로서 작용할 때 아미노산 서열이 중요하다는 것을 의미하며, 결국은 SAMDC uORF의 단백질 구조가 중요하게 작용할 가능성을 제시한다. 또한 유식물과 담배 꽃 등의 in vivo 상에서도 GUS 발현을 조직화학적으로 분석했을 때 small uORF가 존재할 경우 GUS 염색이 크게 저하되었지만, 개시코돈이나 혹은 종결코돈이 제거되도록 point-mutation 시킨 construct가 도입된 형질전환식물체에서는 SAMDC uORF의 억제효과가 크게 완화 되었다. 또한 가장 중요한 관찰 결과로는 small uORF 염기서열로부터 in vitro 시스템에서 5.7 kDa의 단백질이 실제적으로 합성되었음을 관찰하였다. 폴리아민 처리 후 GUS 단백질이 억제된 결과는 uORF로부터 합성된 단백질이 폴리아민 뿐 만 아니라 translation 과정에 관여하는 다른 요소들과 상호작용을 이루어 조절될 수 있음을 암시한다.

• BMB Reports
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• 제47권10호
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• pp.563-568
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• 2014

Human genome projects have enabled whole genome mapping and improved our understanding of the genes in humans. However, many unknown genes remain to be functionally characterized. In this study, we characterized human chromosome 4 open reading frame 34 gene (hC4orf34). hC4orf34 was highly conserved from invertebrate to mammalian cells and ubiquitously expressed in the organs of mice, including the heart and brain. Interestingly, hC4orf34 is a novel ER-resident, type I transmembrane protein. Mutant analysis showed that the transmembrane domain (TMD) of hC4orf34 was involved in ER retention. Overall, our results indicate that hC4orf34 is an ER-resident type I transmembrane protein, and might play a role in ER functions including $Ca^{2+}$ homeostasis and ER stress.

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.105-111
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• 2009

노로바이러스는 급성 위장염을 일으키는 Caliciviridae 과(family)에 속하는 바이러스로 유전자형이 매우 다양하다. 본 연구에서는 노로바이러스 국내분리주의 게놈 RNA로부터 3개의 open reading frame (ORF) 모두의 염기서열을 분석하고, 유전학적 계통분석을 통하여 분자생물학적 특성을 분석하였다. 본 연구에 사용된 노로바이러스(Hu/NLV/Gunpo/2006/KO)는 바이러스성 식중독, 장염 증세를 보이는 2세 여아 가검물로부터 분리되었다. 역전사반응과 PCR 증폭을 통해서 바이러스의 게놈 RNA를 3개의 중첩되는 cDNA 단편으로 합성하였으며, 합성된 cDNA를 염기서열 분석에 직접 사용하였다. 시퀀싱 결과 Hu/NLV/Gunpo/2006/KO는 3개의 ORF (ORF1, 5,100 bp; ORF2, 1,647 bp; ORF3, 765 bp)로 구성되어 있음을 알 수 있었다. 35개의 노로바이러스 국외 분리주와 비교한 결과, ORF1은 ORF2 또는 ORF3에 비해서 상대적으로 염기의 변이율이 낮았으며, 특히 ORF2와 ORF3의 C-말단 부위에서 높은 변이율을 관찰하였다. 유전학적 계통도를 분석한 결과, Hu/NLV/Gunpo/2006/KO는 genogroup II 에 속하며, Saitama U1, Gifu'96, Mc37, Vietnam 026과 같은 클러스터를 형성하는 것을 알 수 있었다. 본 연구를 통하여 노로바이러스 Hu/NLV/Gunpo/2006/KO의 3개의 ORF 염기서열을 모두 밝힘으로써, 앞으로 노로바이러스의 검출법 개발과 유전학적 상관관계뿐 아니라, 유전자의 기능 분석과 관련된 기초연구에 중요한 기초자료를 제공할 수 있을 것으로 기대한다.

• 한국미생물생명공학회:학술대회논문집
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• 한국미생물생명공학회 2004년도 Annual Meeting BioExibition International Symposium
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• pp.278-281
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• 2004

The $\alpha$1,6-mannosyltransferase encoded by Saccharomyces cerevisiae OCH1 plays a key role for the outer chain initiation of the N-linked oligosaccharides. A search for Hansenula polymorpha genes homologous to S. cerevisiae OCHI (ScOCH1) has revealed seven open reading frames (ORF100, ORF142, ORF168, ORF288, ORF379, ORF576, ORF580). All of the seven ORFs are predicted to be a type II integral membrane protein containing a transmembrane domain near the amino-terminal region and has a DXD motif, which has been found in the active site of many glycosyltransferases. Among this seven-membered OCH1 gene family of H. polymorpha, we have carried out a functional analysis of H. polymorpha ORF168 (HpOCH2) showing the highest identity to ScOCH1. Inactivation of this protein by disruption of corresponding gene resulted in several phenotypes suggestive of cell wall defects, including hypersensitivity to hygromycin B and sodium deoxycholate. The structural analysis of N-glycans synthesized in HpOCH2-disrupted strain (Hpoch2Δ) and the in vitro $\alpha$1,6-mannosyltransferase activity assay strongly indicate that HpOch2p is a key enzyme adding the first $\alpha$1,6-mannose residue on the core glycan Man$_{8}$GlcNAc$_2$. The Hpoch2Δ was further genetically engineered to synthesize a recombinant glycoprotein with the human compatible N-linked oligosaccharide, Man$_{5}$GlcNAc$_2$, by overexpression of the Aspergillus saitoi $\alpha$1,2-mannosidase with the 'HDEL” ER retention signal.gnal.